쟁점세금계산서 중 일부를 공급자가 사실과 다르다고 보아 과세하는 것은 임차인에게 과도한 부담을 주는 처분인 것으로 보임

OOO세무서장이 2012.4.5. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1995.5.1.부터 대형할인매장을 운영하는 법인으로서, 2005.12.19. OOO개발 주식회사(이하 “OOO개발”라 한다)와 OOO 431-5 소재의 신축매장(OOO점, 이하 “쟁점매장”이라 한다)에 대한 임대차계약을 체결한 후 3차례에 걸쳐 계약내용을 변경(이하 원계약과 변경계약을 모두 총칭하여 “쟁점임대차계약”이라 한다)하였고, 2011.8.11. OOO개발에게 2011.8.7.～2011.9.30. 기간에 상당한 임차료를 지급하고 수취한 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 매입세액 공제로 하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 임대법인이 2011.8.16.자 사업의 포괄적 양수․도에 따라 주식회사 OOO기업구조조정(이하 “OOO”라 한다)으로 변경되었는데도 관련 세금계산서를 수수․신고하지 아니하였다 하여 쟁점세금계산서 중 2011.8.16.～2011.9.30.에 상당한 매입세액을 불공제하여 2012.4.5. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제16조 제1항 에 의하면, 사업자가 재화나 용역을 공급하는 경우 공급자는 세금계산서를 공급받는 자에게 발급하여야 하는 것으로 규정하고 있는데, 청구법인은 2011.8.11. 기존 임대인(OOO개발)에게 임차료를 지급하고 세금계산서를 교부받은 이후, 새로운 임대인(OOO)으로부터 세금계산서를 교부받은 사실이 없으므로, 기존 임대법인으로부터 교부받은 세금계산서 이외에는 매입세액을 공제받을 방법이 없는 실정이며, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 및 동법 시행령 제60조 제2항 제5호에 따르면, 동법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 이외 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 않도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 임대용역을 공급받은 과세기간에 세금계산서를 교부받았고, 그 임대용역을 실제 제공받은 사실 및 임차료를 실제 지급한 사실 등 거래사실이 확인되므로 임대법인의 변경이후에 상당하는 기간의 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 임대차계약의 포괄적 승계로 인한 사업양도가 있었을지라도 임대법인이 변경된 날 이후의 부동산임대업의 공급자는 건물 양수인, 즉 공급자 OOO개발의 청구법인에 대한 부동산임대용역의 공급시기는 2011.8.7.～2011.8.15.이며, 2011.8.16.이후부터 용역의 공급자는 OOO라 할 것이므로 부가가치세법 제16조 에 따라 당초 OOO개발로부터 수취한 쟁점세금계산서 중 건물양수인의 부동산임대공급가액에 해당하는 금액을 감액하는 수정세금계산서를 교부받아 신고하고 OOO로부터는 그 용역의 공급시기에 해당하는 일수에 상당하는 금액으로 세금계산서를 교부받아야 하는 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2011.8.7.～2011.9.30. 기간 동안의 임차료를 지급하고 수취한 쟁점세금계산서를 매입세액 공제로 신고한 것에 대하여, 임대법인간 사업의 포괄적양․수도에 따라 양수법인의 용역공급일(2011.8.16.～2011.9.30.)에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 과세전적부심사결정서, 임대차계약서, 임대차계약 승계확약서 및 승계동의서 등에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1995.5.1. 대형할인매장인 OOO 및 OOO 익스프레스 운영을 위해 설립된 법인으로, 2005.12.19. OOO개발과 OOO 431-5에 신축될 건물에 OOO점(쟁점매장)을 임차하는 부동산임대차계약을 체결하였고, 2006.10.13., 2008.10.8., 2011.7.26. 각각 계약의 일부 사항을 변경하는 변경계약을 체결하였다. (나) 임대차는 2011.8.7.부터 개시되었고, 이후 2011.8.16. 쟁점매장의 건물소유권이 OOO개발에서 포괄적 사업양수․도에 의해 OOO로 이전되었으며, 청구법인은 이에 동의한 것으로 나타난다.

(2) OOO개발 및 OOO에 대한 2011년 제2기 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, OOO개발은 쟁점세금계산서 중 일부의 임대료를 제외한 OOO원(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)을 OOO에게 지급하고 이에 대한 세금계산서를 발행․교부하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서와 관련하여 사업양수․도 이후의 임대료 부분은 OOO개발에 대하여 매출과세표준을 감액하고, OOO에 대하여는 세금계산서 미발행으로 인하여 부가가치세를 경정한 것으로 나타난다. (3) 부가가치세법 제16조 제1항 은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 이를 공급받은 자에게 세금계산서를 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 동법 제17조 제2항 제2호 및 동법 시행령 제60조 제2항 제5호에는 세금계산서를 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에도 그 매입세액을 공제하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계와 관계법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 임대용역을 공급받는 임차인으로서 쟁점세금계산서의 발급주체가 아닐 뿐만 아니라, 당초 2011.8.7.～2011.9.30. 기간분에 해당하는 임차료 지급과 그에 따른 쟁점세금계산서를 신고한 것인데 임대법인간 사업의 포괄양수․도에 따라 임대료를 정산하고 세금계산서를 수수한 것과는 별도로, 청구법인으로서는 임대차계약의 해지나 임차료의 변동이 없어 보이는 점, 부가가치세법 제17조 제2항 제2호, 제60조 제2항 제5호에 의하면 세금계산서가 동일 과세기간에 발급받았고 그 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제하는 것으로 규정하고 있어 쟁점세금계산서가 이에 부합하는 점, 쟁점세금계산서를 매입세액 공제로 신고하는 경우와 임대법인들로부터 감액수정세금계산서 및 잔여공급일에 대한 세금계산서를 각 수취하여 신고하는 경우를 비교하면 효과가 동일한데도 후자의 경우 임차법인인 청구법인에게 과도한 부담을 주게 되는 점, 청구법인이 부가가치세법이 추구하는 유통질서의 혼란을 야기시키는 행위를 하였다고 보기 어려운 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점세금계산서 중 2011.8.7.～2011.8.15. 기간 동안의 매입세액 공제는 인정하고 임대법인이 새로이 변경된 용역공급일인 2011.8.16.～2011.9.30. 기간 동안의 매입세액 공제를 인정하지 아니하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.