비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제의 특례(최대 공제율 80%)를 적용하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인[미합중국에 거주하는 비거주자(미합중국 시민권자)임]은 취득한 후 10년 이상 보유하던 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2009.9.7. 양도하고소득세법제95조 제2항 표1에 의한 장기보유특별공제(양도차익의 30%)를 적용하여 2009.9.10. 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2012.1.6. 비거주자인 청구인에게도 위 조항 표2에 의한 장기보유특별공제(양도차익의 80%)를 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2012.2.23. 비거주자인 경우소득세법제95조 제2항 표2에 의한 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전소득세법제121조 제2항은 비거주자의 양도소득에 대하여 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있고 이는 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어서 거주자와 동일한 방법을 적용하여야 한다는 의미이므로 양도소득금액 산정시 공제되는 항목인 장기보유특별공 제액의 산정도 거주자와 동일한 방법을 적용해야 하며, 비거주자도 1세대 1주택의 요건을 갖출 수 있으므로 구소득세법제95조 제2항 단서 규정은 비거주자에게도 적용하여야 하고, 아울러 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하며 합리적인 이유 없이 축소해석할 수 없는 것이므로 구소득세법제95조 제2항 단서 규정은 비거주자에게도 그대로 적용되어야 한다(대법원 2011.7.14. 선고 2009두21147 판결).
• 나. 처분청 의견 2011.7.14 대법원 판례에 불구하고 기획재정부가 예규를 변경하기 전까지는 기존 예규(기획재정부 재산세제과-962, 2008.12.10)에 따라 비거주자인 경우 최고 30%까지만 장기보유특별공제를 인정하여야 하므로(국세청 부동산거래관리과-1064, 2011.12.21) 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 국내 1주택을 보유하고 있는 비거주자인 청구인에게 1세대 1주택 양도에 적용하는소득세법제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.05.21. 법률 제9672호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호데 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 80 제121조【비거주자에 대한 과세방법】

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

(2) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제119조【비거주자의 국내원천소득】 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산⋅권리의 양도소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산⋅권리가 국내에 있는 경우만 해당한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호⋅제2호 및 같은 항 제4호 가목⋅나모에 따른 자산 또는 권리 제121조【비거주자에 대한 과세방법】

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. 부 칙 제2조【일반적 적용례】

① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 경정청구서와 이에 대한 처분청의 거부처분 공문(재산법인세과-974, 2012.2.23.) 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 아래 <표>와 같이 청구인은 쟁점주택 양도 후 2009.9.10.소득세법제95조 제2항 표1에 의한 장기보유특별공제(10년 이상 보유: 양도차익 30%)를 적용하여 신고하였다가, 비거주자가 1세대 1주택을 양도한 경우에도 같은 조항 표 2에 의한 장기보유특별공제(10년 이상 보유: 양도차익의 80%)를 적용하여야 한다며 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다. (나) 이에 대하여 처분청은소득세법제95조 제2항 단서 표2의 장기보유특별공제율은 1세대1주택에 대한 세제지원이 국민의 주거생활 안정 등을 보장하는 취지임을 감안하여 거주자에 한정적용하여야 한다는 기존의 해석(기획재정부 재산세제과-962, 2008.12.10)을 이유로 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 살피건대, 청구인은 비거주자인 본인에게도소득세법제95조 제2항 표2에 의한 1세대 1주택 양도에 따른 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 주장인바, (가)소득세법제95조 제2항 본문은 장기보유특별공제액에 대하여 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 표1에서 규정하는 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로, 단서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 대해서는 그 양도차익에 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 각각 규정하고 있으며, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정하는 같은 법 시행령 제154조 제1항은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족을 1세대로 정의하고 있고, 같은 법 시행령 제159조의2에서 위 소득세법 조항 단서의 대통령령으로 정하는 1세대 1주택이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)이라고 규정하고 있으므로 이는 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족으로 구성된 개념임을 알 수 있다(조심 2012서1143, 2012.4.19. 등 다수 같은 뜻임). 또한, 비거주자인 경우소득세법제95조 제2항 단서를 적용하지 아니하도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된소득세법제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다(조심 2010서3583, 2011.7.8. 같은 뜻임). (나) 따라서, 처분청이 비거주자인 청구인에게소득세법제95조 제2항 표2가 규정한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 거부한 것은 타당한 것으로 보인다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.