조세심판원 심판청구 종합소득세

05.1기 이전 거래분에 대하여 확인조사 없이 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 부당함

사건번호 조심-2012-서-2408 선고일 2013.05.06

이중장부 등에서 나타나고 있는 거래처에 대하여는 실물거래 없는 가공거래분으로 봄이 타당하나, 별다른 확인조사 없이 05.2기 이후 실물거래 없이 세금계산서를 교부한 거래처라 하여 05.1기 이전 거래분에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 봄은 근거과세규정에 위배되는 것으로 보임

주 문

1. OOO세무서장이 2012.2.13. 청구인에게 한 부가가치세 2001년 제2기 OO,OOO,OOO원, 2002년 제1기 OOO원, 2002년 제2기 OOO 원, 2 003년 제1기 OOO원, 2003년 제2기 OOO원, 2004년 제1 기 OO,OOO,OOO원, 2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO 원의 부과처분은 2001년 제2기 OOO원, 2002년 제1기 OOO원, 2002년 제2기 OOO원, 2003년 제1기 OOO원, 2003년 제 2기 OOO원, 2004년 제1기 OOO원, 2004년 제2기 OOO,OOO,OOO 원, 2005년 제1기 OOO원에 상당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,

2. 2012.2.13. 청구인에게 한 종합소득세 2001년 귀속 OOO원, 2002년 귀속 OOO원, 2003년 귀속 OOO원, 2004년 귀 속 OOO원, 2005년 귀속 OOO원의 부과처분은 청구인의 각 귀속연도별 소득금액계산시 2001년 OOO원, 2002년 OOO원, 2003년 OOO원, 2004년 OOO원, 2005년 OOO,OOO,OOO원을 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경 정하며,

3. 2012.3.9. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속 OOO원, 2009년 귀속 OOO원, 2010년 귀속 OOO원의 부과처분 은 이를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO 출신으로 1983년부터 반도체부품인 OOO를 제조하는 OOO(120-01-3****)을 운영하고 있는 개인사업자이며, 1994.9.30.부터 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 설립(청구인 51%로 대표이사이자 대주주, 이OOO 17% 보유)하고 동 법인의 대표이사로 재직하고 있으며, OOO은 2001년 제2기부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 등 18개 업체로부터 공급가액 OOO원 상당의 물품을 공급받고 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 각 과세기간별 부가가치세 신고시 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 신고하는 한편, 청구인의 각 귀속년도별 종합소득세 신고시 쟁점매입세금계산서상 공급가액을 필요경비로 공제하였으며, 또한,이 OOO(청구인의 친동생)가 OOO에 근무하는 것으로 하여 2008년부터 2010년 사이에 인건비 총 OOO원(2008년 7월~12월 OOO원, 2009년 1월~12월 OOO원, 2010년 1월~10월 퇴직시까지 OOO원으로, 이하 “쟁점인건비”라 한다)을 지급하고 청구인의 사업소득금액계산시 필요경비로 공제하여 신고하였다.
  • 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.9.6.부터 2011.12.13.까지 청구인에 대한 개인제세통합조사를 실시하여, OOO이 2005년 제2기부터 2011년 제1기까지OOO 등으로부터 수취한 세금계산서에 대하여 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서로, 동 세금계산서를 이용하여 조성한 비자금을 월별로 “별도지출&수입”이라는 명칭으로 이중장부 작성하여 비자금을 관리하면서 개인적 용도로 사용한 사실에 관한 확인서를 징취한 후, 2005년 이전에도 계속적 반복적으로 사실과 다른 세금계산서를 수취한 혐의를 조사하려 하였으나 장부보존기간인 5년이 지나 관련 장부 등이 전무함에 따라 구체적인 거래처 및 거래금액의 확인없이 2001년 제2기부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO 등 18개 업체로부터 수취한 쟁점매입세금계산서도 거짓 세금계산서로 판단하여 동 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2012.2.13. 청구인에게 부가가치세 총 OOO원(2001년 제2기 OOO원, 2002년 제1기OOO원, 2002년 제2기 OOO원, 2003년 제1기OOO원, 2003년 제2기 OOO원, 2004년 제1기 OOO원, 2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO원)을 경정․고지하고, 청구인의 2001~2005년 귀속 종합소득세와 관련하여 각 귀속연도별 총 OOO을 필요경비 부인하여 2012.2.13. 청구인에게 종합소득세 OOO을 경정․고지하였다.
  • 다. 한편, OOO이 이OOO(청구인의 친동생)에게 2008년부터 2010년 사이에 지급한 쟁점인건비를 실제 근무하지 않는 이OOO에게 지급한 가공의 인건비로 보아 청구인의 각 귀속년도별 소득금액계산시 쟁점인건비를 필요경비 부인하여 2012.3.9. 청구인에게 종합소득세 2008년 귀속 OOO원, 2009년 귀속 OOO원, 2010년 귀속 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 처분청의 조사내역을 보면, 세무조사 당시 OOO의 운영자인 청구인은 2005년 제2기부터 2011년 제1기까지의 거래분에 대하여는 구체적인 과세자료(거래처, 사업자등록번호, 공급가액, 회수금액, 회수일, 회수방법) 등에 근거하여 OOO이 거래처로부터 매입한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 인정하였으나, 쟁점매입세금계산서가 포함된 2001년 제2기분부터 2005년 제1기분까지의 거래에 대해서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 알지 못한다고 분명하게 부인하면서 사실과 다른 세금계산서라는 사실확인서를 작성한 사실이 없고, 또한, 처분청이 사실과 다른 세금계산서의 발급자로 조사한 거래처의 2006년 제1기분부터 2011년 제1기분의 거래내용을 보면, OOO의 경우 OOO원 중 OOO원, OOO의 경우OOO원 중 OOO원, OOO의 경우 OOO원 중 OOO원, OOO의료기상사의 경우 OOO원 중 OOO원이 각각 실물거래가 있는 것으로 조사되어 있으며, 특히 OOO상사나 ㈜OOO씨스템은 자료상으로 확정한 사실이 없음에도 처분청은 고발을 위한 준비서류의 하나로 2005년 초에 입사한 경리부장으로부터 “OOO은 관행적으로 아무런 생각없이 거짓세금계산서를 수취하고 있었을 뿐 아니라 본인이 입사해 이를 확인하였을 때 당시 너무 관행적으로 진행되고 있어 한꺼번에 이를 수정하기에는 너무 벅찼다”라는 진술서상 ‘관행적’이라는 용어를 사용했다고 하여 이를 근거로 쟁점매입세금계산서에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 추단하였으나, 전말서를 작성한 경리부장은 2005.5.2.에 OOO에 입사하여 현재까지 경리, 회계 등의 업무를 담당한 자이므로 쟁점매입세금계산서를 수취하거나 장부에 계상한 사실이 없음에도 “관행적”이라는 용어를 쓴 것은 심리적 불안상태에서 그 말을 써야 2005년 제2기 이후의 사안에 대하여 본인의 형사처벌에 있어 경감을 받을까 하여 면피용으로 쓴 것으로 쟁점매입세금계산서에 대하여 전혀 모르는 자이므로 경리부장의 전말서를 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 단정할 입증자료로 삼을 수 없는 것임에도, 처분청은 실거래를 입증할 반증자료를 제시하지 못한다고 하여 이 건 과세처분하였으나, 과세요건의 성립의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고세법상 장부의 보관기간(5년)이 경과한 것에 대해서까지 납세자에게 입증책임을 부여하는 것은 무리한 요구로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 추정하여 부가가치세 및 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 이OOO는 OOO 설립당시인 1983년 11월부터 2010년 10월까지 정상적으로 근무한 자이고, 또한 OOO에서 부사장이라는 직책으로 근무하면서도 두 개의 사업체로부터 정식으로 급여를 받기 전까지 급여를 지급받은 사실이 없으며, OOO과 OOO의 조직도에 의하면 이OOO는 OOO의 부사장으로서 국내영업을 담당하던 임원이면서 OOO을 창업한 창업멤버로, 제품의 판로개척시에도 제품의 제조과정과 품질을 모르고서는 영업을 할 수 없기에 OOO 뿐만 아니라 OOO에서 품질관리업무를 계속 담당하는 업무를 하게 되었고, 이는 1994.9.30. OOO를 설립하면서 OOO과 같은 건물(연면적 4,362.47㎡로 이중 OOO는 4층 230.64㎡ 사용하고 나머지는 OOO이 사용)을 사용함에 따라 가능했던 것이고, 2008년부터 쟁점인건비를 지급하게 된 것은 경리책임자가 정상근무자에게 당연히 급여가 지급되어야 함에도 정상적으로 지급되지 않고 있어 이를 회계에 반영할 필요성이 있다고 청구인에게 보고함에 따라 적정수준으로 보이는 매출액의 5% 범위내에서 자율적으로 지급하게 된 것이라는 점에서 쟁점인건비를 가공의 인건비로 보아 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) OOO의 회계책임자인 경리부장의 진술을 보면, 2005년 제2기부터 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서를 수취하였고, 2005년 이전에도 계속, 반복적으로 거짓 세금계산서를 수취하여 비자금을 조성한 후 이를 개인적인 용도로 사용해 왔으며, 가공원가 계상을 통해 마련된 비자금을 관리하기 위한 목적으로 직원을 통해 “별도지출&수입”이라는 명목으로 월별로 이중장부를 작성․관리한 사실이 있다고 함에 따라, 이를 근거로 2005년 제2기부터 2010년 제1기까지의 거래처와 유사하거나 동일한 거래처가 교부한 2001년 제2기부터 2005년 제1기까지 거래분인 쟁점매입세금계산서도 거짓세금계산서로 판단한 것으로, 쟁점매입세금계산서 교부자를 보면 이중장부를 통해 가공거래한 사실이 확인되는 거래(주식회사 OOO시스템, OOO, OOO의료기상사, OOO상사, OOO, 주식회사 OOO엔지니어링, 주식회사 OOO사진재료상사, OOO, OOO상사, OOO브러쉬시스템, OOO상사, 주식회사 OOO통상, OOO볼트, OOO상사, OOO상사, OOO상사, OOO 주식회사)이거나 2005년 제2기 이후의 기간동안 수취한 세금계산서가 100% 거짓임이 확인된 거래처(OOO통상 주식회사, OOO)로 확인되는 점에서 근거과세원칙에 위배되는 부당한 처분이라는 청구주장을 인정할 수 없다. (2)이OOO는 청구인의 동생으로 OOO과 OOO의 조직도에 의하면 OOO의 주주(17%)이자 부사장으로 국내외영업을 담당하던 임원이었던 자임이 확인되나 OOO의 조직도상에는 이OOO가 속한 부서가 없는 것으로 확인되고 있고, OOO로부터 2008~2010년 동안 급여를 지급받기 전까지 OOO에서만 급여를 지급받은 사실이 있으며, 2006년 이후부터 OOO은 제품제조를 담당하고, OOO는 OOO로부터 100% 제품을 납품받아 판매만 담당하는 형태로 사업을 영위하고 있고, 청구인은 엔지니어 출신으로서 최초 OOO이라는 상호로 사업을 시작할 당시부터 제품의 개발을 담당하고 이OOO는 개발한 제품의 판로개척 등 영업을 담당하고 있었다는 점과 이OOO가 OOO의 부사장 직함이 있는 점에서 이OOO는 OOO에서 근무한 것으로 볼 수 없으며, 이OOO는 2005년 7월 OOO를 분양받으면서 총 OOO원을 은행대출받은 바, 이와 관련된 이자가 월평균 약 OOO원에 이르게 되었고, 이OOO는 2004년까지 OOO로부터 근로소득이 월평균 OOO원에 불과하여 동 금액으로는 상기 대출금 이자를 부담하기는 어려웠을 것으로 보이며, 2005년 1월부터 OOO에 재입사한 2006년 10월 전까지 대출금이자와 부동산관리비조로 총 OOO원을 증여한 사실이 확인되고 있고, 청구인은 경리부장으로부터이OOO의 대출금 이자납부액 등을 OOO의 법인비용으로 계상할 수 없어 이OOO에 대한 이자대납액과 금융거래가 일치하지 않는다는 문제점 등을 보고받은 후 동 문제점 해결차원에서 연간 급여액이 OOO원에 불과하던 이OOO의 보수를 2006년부터 OOO에서 연간 OOO원을 지급한 사실이 있음에도 OOO에서 그 동안 지급하지 않던 쟁점인건비를 지급한 것은 이OOO가 OOO에 근로를 제공하고 받은 근로의 대가가 아니라 상기 차입금을 상환하기 위한 자금출처를 마련해 주기 위한 것에 불과한 것으로 보이므로 청구인의 소득금액계산시 쟁점인건비를 필요경비 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 장부보존기간이 지난 과세기간의 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서 보고 과세한 처분의 당부

② 2008년~2010년에 지급한 쟁점인건비를 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장 당부

  • 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 전자업계의 엔지니어 출신으로 1983년 반도체부품을 생산하는 개인사업장인 OOO을 개업한 이후, 1994년에 OOO과 동일한 반도체부품을 생산하는 OOO를 설립하여 51%의 지분을 보유(사실상 청구인 가족이 전체지분의 98% 보유)하면서 현재까지 운영하고 있는 자로, 2005년까지 OOO(개인사업체)과 OOO(법인사업체)의 2개 업체가 각각 제조한 제품을 판매하는 형태로 사업을 영위하다가, 2005년말 포괄적 양․수도를 통하여 OOO은 판매부문을 OOO에 양도하고, OOO는 제조부문을 OOO에 양도하여, 2006년부터 OOO은 제조업만을 영위하고 OOO는 OOO이 제조한 제품을 전부 납품받아 판매업(도매업)만을 영위하는 형태로 사업을 영위하고 있다. (나) 청구인이 대표자로 있는 OOO은 2001년 제2기부터 2005년 제1기 부가가치세 과세기간에〈표1〉과 같이OOO 등 18개 업체로부터 공급가액 OOO 상당의 물품을 공급받고 쟁점매입세금계산서를 수취하여 각 과세기간별 부가가치세 신고시 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 신고하였고, 또한, 청구인의 각 귀속연도별 종합소득세 신고시 쟁점매입세금계산서상 공급가액을 필요경비로 공제하여 신고․납부하였다. 〈표1〉쟁점매입세금계산서 내역 (OO: OO) (다) 처분청은 청구인의 2005년 제2기~2011년 제1기 거래분에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서 등을 교부한 거래처로부터 청구인이 교부받은 세금계산서인〈표2〉의 세금계산서를 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서임을 확인한 후 장부보존기간(5년)이 경과한 과세기간에 청구인이 수취한〈표1〉의 쟁점매입세금계산서(세금계산서제출합계표상 합계금액)에 대하여 구체적인 조사없이 박진서(OOO의 경리부장으로 2005년 5월경 입사)와 이OOO로부터 “거짓세금계산서를 수취한 사실이 있음을 확인함”이라는 확인서를 받아 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 종합소득세를 과세한 것으로 확인된다. 〈표2〉2005년 제2기~2011년 제1기 세금계산서 수취 및 가공거래내역 (OO: OO) (라) 처분청의 2005년 제2기~2011년 제1기 거래분인〈표2〉의 세금계산서에 대하여 세무조사를 실시한 결과를 보면, OOO은OOO 주식회사로부터 2005년 제2기 이후에도 총 OOO원의 세금계산서를 수취하였으나 청구인이 거짓세금계산서를 수취하는 대가로 부가가치세액에 일정액(부가가치세액의 약 20%)을 더한 금액을OOO 주식회사에게 지급하는 방법으로 가공원가를 계상한 사실이 있고, 이에 대하여 청구인도 100% 거짓 세금계산서임을 인정하였으며, 또한 OOO로부터 2005년 제2기 이후에 수취한 총 OOO원의 세금계산서도 100% 거짓세금계산서인 것으로 확인한 사실이 있으며, OOO(거래내역: 2005년 제1기 OOO원), OOO(거래내역: 2005년 제1기 OOO원), OOO의료기상사(거래내역: 2005년 제1기 OOO원), OOO상사(거래내역: 2004년 제2기 공급가액 OOO원), OOO(주)(거래내역: 2004년 제2기 공급가액 OOO원), OOO상사(2005년 제1기 공급가액 OOO원), OOO(2005년 제1기 공급가액 OOO원), OOO(2004년 제2기 공급가액 OOO원), OOO(2004년 제2기 공급가액 OOO원), OOO(2005년 제1기 공급가액 OOO원), OOO(주)(거래내역 2005년 제1기 공급가액 OOO원), OOO(거래내역: 2004년 제2기 OOO원, 2005년 1기 OOO원), ㈜OOO(거래내역: 2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO원), OOO상사(2005년 제1기 OOO원), OOO통상(거래내역 2005년 제1기 OOO원), OOO상사(2005년 제1기 OOO원) 등의 거래는 비자금 조성을 위한 가공거래임이 이중장부에 의하여 확인한 것으로 나타난다. (마) 처분청이 제시한 이중장부라고 주장하는 OOO 강OOO 주임이 작성한 “별도지출&수입” 증빙에 의하면, 세금계산서 수취시 거래금액을 외상매입금으로 계상한 후 외상매입금을 거래처에 지급시에는 장부상으로는 OOO의 예금계좌에서 해당금액을 출금한 후 지급한 것으로 계상하고, 이중장부에는 동 대금을 거래처에 지급하지 않고 비자금을 조성하여 청구인이 관리하는 별도자금관리계좌로 입금하는 것으로 기재되어 있는 바, 2005년 제1기분의 경우 가공세금계산서 매입금액에 상당하는 외상매입금을 지급하는 형식으로 일정금액을 OOO 예금계좌에서 인출하여 세금계산서 교부자에게 송금 및 우회적으로 회수한 후 OOO의 비자금 증가액으로 하고 여기에 부가가치세와 세금계산서 교부자에게 추가로 지급한 금액 및 특정한 자에게 지출한 접대비와 별도인출금(가족들의 대출금 이자변제 등)을 차감한 잔액을 보고하고, 동 잔액은 각각 OOO은행(이OOO 명의 계좌) 등 이OOO의 가족명의 예금계좌로 예치․보관하고 있었던 사실을 처분청이 확인하였고 청구인도 이를 인정한 것으로 나타나고 있다. (바) 조사청이 OOO에 대한 세무조사당시 이OOO 및 경리부장인 박OOO로부터 전말서를 받으면서 확인한 내용을 보면, 2001년 제1기부터 2005년 제2기까지 OOO 주식회사로부터 OOO원의 사실과 다른 세금계산서 외에 23개 업체로부터 2001년 제1기부터 2005년 제2기까지 총 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실이 있음을 박OOO와 이OOO 연명으로 확인한 것으로 사실확인서에 기재되어 있으나, OOO 운영자 이OOO의 전말서 내용을 보면 “2001년에서 2005년도에OOO 주식회사로부터 공급가액 OOO원 상당의 거짓세금계산서를 수취하는 등 2006년 이후와 동일하게 거짓세금계산서를 수취한 사실이 있는지”에 대한 질문에 “잘 알지 못한다”라고 답변한 사실이 있고, 2011.11.28. 세무조사과정에서 조사청이 박OOO로부터 진술받은 전말내용을 보면, “2001년에서 2005년도에OOO 주식회사로부터 공급가액 OOO원 상당의 거짓세금계산서를 수취하는 등 2006년 이후와 동일하게 거짓세금계산서를 수취한 사실이 있는지”에 대한 질문에 대하여 박진서는 “저는 입사를 2005.5.2. 하여 그 이전 부분에 대해서는 잘 알지 못하나 관행적으로 이루어지고 있던 것으로 알고 있다”라고 진술한 사실이 있고, 2012.7.17. 박OOO의 사실확인서 기재내용에 의하면 “본인은 OOO에 2005.5.2. 입사하였기에 입사일 이전 OOO에 대하여는 잘 알지 못합니다. OOO 답변서 6쪽에 기재된 내용, 즉 본인의 입사 이전부터 OOO은 관행적으로 아무런 생각없이 거짓세금계산서를 수취하고 있었을 뿐 아니라, 이하 생략”이라고 되어 있는 부분은조세범처벌법적용을 위한 전말서 작성사실을 알고 ‘관행적’으로라는 말이 들어가야 본인에게 유리할 것으로 생각에서 한 것일 뿐 본인의 입사 이전의 회사일에 대하여 잘 모르는 것으로 기재되어 있다. (사) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실의 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이며(대법원 2009.07.09. 선고, 2009두5022 판결 참조), 과세관청의 조사 등에 의하여 세금계산서를 발행한 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인되는 경우 그 사업자로부터 수취한 세금계산서가 가공자료가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 세금계산서를 수취하여 관련매입세액 등을 공제받은 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠으나,부가가치세법제31조 제3항에서 사업자는 자신이 비치․기장한 장부와 증빙자료를 확정신고기간 종료일로부터 5년간 보관하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 하는 것으로(국심 2007중2333 2007.10.22. 국심 2007서757,2007.7.2.외 다수), 실제 이중장부에서 나타나고 있는 OOO 등 17개 거래처에 대하여는 실물거래없는 가공거래분으로 보아 매입세액을 불공제대상으로 보는 것이 타당해 보이나,OOO 주식회사와 OOO의 경우 처분청이 실물거래없는 사실과 다른 것이라고 당사자가 보관하고 있는 거래증빙에 의하여 거래사실을 조사하거나 거래상대방 등으로부터 매출누락하였는지의 사실여부에 대한 확인조사없이 2005년 제2기 이후 실물거래없는 사실과 다른 세금계산서를 교부한 거래처라 하여 2005년 1기 이전 거래분에 대하여도 청구인과 박OOO의 확인서만을 근거로 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 세금계산서로 보고 과세한 처분은부가가치세법제21조 제2항에서 세금계산서ㆍ장부 기타 증빙을 근거로 하여 경정하도록 한 근거과세규정에 위배되는 측면에서 적법한 처분으로 보기는 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 전자업계의 엔지니어 출신으로 1983년 반도체부품을 생산하는 개인사업장인 OOO을 개업한 이후, 1994년에 OOO과 동일한 반도체부품을 생산하는 OOO를 설립하여 51%의 지분을 보유(사실상 청구인 가족이 전체지분의 98% 보유)하면서 현재까지 운영하고 있는 자로, 2005년까지는 OOO과 OOO의 2개 업체가 각각 제조한 제품을 판매하는 형태로 사업을 영위하다가, 2005년말 포괄적 양․수도를 통하여 OOO은 판매부문을 OOO에 양도하고, OOO는 제조부문을 OOO에 양도하여, 2006년부터 OOO은 제조업만을 영위하면서 제조한 제품을 전부 OOO에서 판매업(도매업)만을 영위하면서 OOO로부터 매입한 제품만을 판매하는 형태로 사업을 영위하고 있으며, OOO로부터 쟁점인건비를 지급받은 이OOO는 청구인의 친동생으로 OOO을 개업할 당시부터 청구인의 사업에 참여하여 영업을 담당하면서, OOO 설립일 이후에는 OOO의 부사장 직책을 가지고 OOO이 개발하고 제조한 제품의 판로개척 등 영업부분에 근무하고 있는 자이며, OOO의 지분을 설립시부터 1999년말까지 33%, 2000년 이후부터는 17%를 보유하고 있는 자임이 확인된다. (나) OOO는 이OOO의 인건비 중 월 OOO원(급여 OOO원/4년/12개월)을 제외한 나머지 금액을 이OOO의 근로소득에 대한 원천징수시 상여금으로 기재하여 신고하였고, OOO은 이OOO에게 보수를 정상적으로 지급하지 않다가 OOO 설립일 이후 OOO에서 근무하는 것으로 하여 기 지급하던 보수와는 별개로 2008년 6월부터 2010년 10월까지 쟁점인건비를 지급하고 원천징수한 것으로 나타나며, 2010년 10월 이후부터 현재까지 OOO 및 OOO에서 퇴직하여 근무하지 않는 것으로 확인된다. 〈표3〉이OOO에 대한 급여지급내역 (OO: OO) (다) 청구인이 이OOO가 OOO에 실제 근무하였다고 주장하면서 품의서와 회의록, 지출결의서 및 사진 등을 제출하고 있어 이를 보면, 품의서는 2006.1.1.부터 2007.8.21.까지 OOO에서 품의한 측정 에어컨설치건 등, QA 인원 증원, 3차원 측정기 구매 품의서에 이OOO가 검토자의 지위에서 검토하고 싸인한 것으로 기재되어 있고, 2009.1.13.부터 2009.7.16.까지 매월 미팅하고 작성한 회의록은 이OOO 차장(OOO 소속), 장OOO 차장(OOO 소속으로 해외영업담당), 이OOO 차장, 김OOO 차장(OOO 소속)이 참석하고 제품의 품질보증과 관련한 회의결과에 대하여 결재란에 검토자의 지위에서 이OOO가 싸인한 것으로 나타나고 있으며, 지출결의서는 2007.6.11.부터 2009.7.13.까지 OOO 품질보증부에서 작성한 결의서로 정전기 측정 등 매입관련 지출결의서에이OOO는 부사장의 직위에서 검토자란에 싸인한 것으로 나타나며, 기안문서는 2006.2.3.부터 2009.10.7.까지 국내영업부에서 기안한 문서에 의하면 국내영업 매출 및 수금보고서상 이OOO는 부사장의 직위에서 싸인하였고, 2003년부터 2010년까지 OOO에서 각종 행사시 이OOO와 이OOO 및 직원 등 관계자들과 함께 촬영하였다는 기념사진을 제시하고 있고, 2010.2.12. 등 주차관리를 목적으로 작성된 주차관리일지를 제출하고 있으나 실제 이OOO가 OOO에 근무한 것으로 볼만한 근로계약서나 임명장 등 증빙제시는 없다. (라) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 2006년 이후부터는 OOO은 제품제조를 담당하고, OOO는 OOO로부터 100% 제품을 납품받아 판매만 담당하는 형태로 사업을 영위하고 있고 청구인은 엔지니어 출신으로서 최초 사업을 시작할 당시부터 제품의 개발을 담당하고 이OOO는 개발한 제품의 판로개척 등 영업을 담당하고 있었던 점, OOO로부터 2008~2010년 동안 급여를 지급받기 전까지 OOO에서만 급여를 지급받은 자로, 이OOO는 청구인의 동생으로 OOO과 OOO의 조직도에 의하면 OOO의 주주(17%)이자 부사장으로 국내영업을 담당하던 임원이었던 자임이 확인은 되나 OOO의 조직도상에는 이OOO가 속한 부서가 없는 것으로 확인되고 있는 점, 회의록과 품의서 등에 이OOO가 검토자나 부사장의 지위에서 싸인한 것으로 나타나고 있으나 중요사안에 대하여 회의시 OOO 직원들과 같이 회의 등을 한 정황이 나타나고 있고 이OOO가 실제 OOO에 근무한 것으로 볼만한 임명장이나 근로계약서 등 객관적이고 명확한 증빙의 제시가 없는 점 등으로 볼 때 처분청이 이OOO가 OOO에 실제 근무한 사실이 없다하여 청구인의 각 귀속연도별 소득금액 계산시 쟁점인건비를 필요경비 부인하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)