종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부 등

[참조결정] 조심2012서2916

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구인은 1999.6.15. OOO아파트 106-208(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중 재건축으로 인해 같은 곳 OOO아파트 107-701(이하 “신축주택”이라 한다)를 2003.4.30. 취득하여 보유하다가 2006.6.22. 양도하고 2006.7.30. 종전주택 취득일부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 OOO원에 대하여 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 재건축을 통해 취득한 신축주택을 양도한 후 세무사를 통해 조세특례제한법제99조의3에 의거 적법하게 양도소득세를 납부하였는바, 6년이 지난후에 기존해석과 다른 해석을 통해 감면을 부인하고 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3의 규정은 신축주택의 취득시부터 발생하는 양도소득에 대해 신축주택 취득시부터 5년내 양도하는 경우에는 양도소득세 100%를 감면하고, 신축주택 취득부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에는 신축주택 취득시부터 5년간 발생한 양도소득세를 감면하는 것이며, 청구인의 경우와 같이 신축주택 취득후 5년내에 양도한 경우 종전주택의 취득시부터 발생한 양도소득과 신축주택 신축후 발생한 양도소득 전체를 감면하는 규정으로 볼 수 없으므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1)조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는다음 각 호의 어느 하나에 해당하는신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만,해당 신축주택이 소득세법제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택 2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등을 보면,청구인은 1999.6.15. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2003.4.30. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택을 2006.6.22. 양도한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인은 조세특례제한법제99조의3에 의거 적법하게 양도소득세를 납부하였는데 6년여가 지난 후에 과세하는 등 부당한 과세처분을 하였다고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2012서2916, 2012.9.14. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.