자경기간이 농지대토 감면요건은 충족하지 아니하나 비사업용토지에서 제외되는 기간기준을 충족함

OOO세무서장이 2012.2.6. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 OOO 답 1,355㎡를 소득세법 제104조의3 의 비사업용토지의 범위에서 제외되는 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.7.14. 취득한 OOO 404-1 답 1,355㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)와 같은 곳 340 답 1,292.5㎡(이하 “연접농지”라 한다)를 2009.2.19. OO공사에 공익사업용 토지로 쟁점농지는 OOO원에, 연접농지는 OOO원에 각 양도하였고, 2009.10.9. 쟁점농지의 대토농지로 OOO582-3 답 858㎡를 취득(이하 “대토농지”라 한다)하여, 2009.4.30. 쟁점농지의 양도소득세 예정신고시 취득가액은 환산가액인 OOO원으로 하고, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면(1억원)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부한 후, 2010.5.31. 쟁점농지의 취득가액 OOO원으로 세액 OOO원을 추가로 수정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의 감사결과에 따른 처분지시에 의거, 쟁점농지는 청구인이 자경하지 아니한 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 60%의 중과세율을 적용하여, 2012.2.6. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 연접농지는 전소유자에게 위탁경작을 주고 청구인은 쟁점농지의 자경에만 전념하였는바, 청구인은 쟁점농지를 취득한 후 수용될 때까지 직접 농사를 지었고, 대토농지는 처분청에서 확인한 것과 같이 벼농사를 계속하여 경작하고 있으며, 2006년에서 2008년의 기간 중 쟁점농지를 직접 자경한 사실은 농지원부, OOO정미소에서 도정한 도정표, 농약 및 씨앗 도매업소인 주식회사 OOO의 영수증, 청구인이 2009.9.3. 수령한 농업손실보상금(벼경작), 쌀직불보조금 등으로 확인된다. 다만, 청구인이 2008.5.10. 거래한 것으로 기재한 주식회사 OOO의 간이영수증은 실제 농약 및 씨앗 등을 구매하고 내용이 기재되지 아니한 영수증을 보관하고 있다가 양도소득세 감면신청시 기재하여 제출한 것이고, 청구인은 약 40여년 전에 약사면허를 취득한 이후 단 한번도 약국을 운영한 사실이 없으며, 처분청이 파악한 청구인 명의로 운영되었던 OOO약국 및 OOO약국은 실지 조OOO이 청구인 명의로 운영하였던 것으로, 당초OOO군지부에서 청구인(OOO약국) 명의의 OOO통장 개설시 정OOO의 인감도장이 아닌 조OOO의 인감도장이 날인되어 있다.

(2) 청구인이 쟁점농지 취득시부터 현재까지 계속적으로 자경을 하였다는 것은 명백한 사실이나, 처분청에서 청구인이 임대업 및 염료도매업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 대표이사로 근로소득이 발생하고 있어 청구인의 자경 여부에 대한 입증이 불분명하다는 의견이나, 2007년부터는 OOO에서 염료도매업을 영위하지 않았다는 것이 명백하게 입증되므로 2007년초부터 양도일(2009.2.19.) 사이에 청구인이 경작하였다는 사실은 부인할 수 없는 것으로, 양도일 이전 3년중 2년 이상을 직접 경작하였으므로 비사업용토지에서 제외되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인의 총사업내역과 청구인이 자경에 대해 제출한 입증서류 등의 자료는 농작업의 2분의 1이상을 청구인의 노동력으로 경작하였다고 인정할 객관적인 입증자료로 보기에 미흡한 점 등에 비추어 보면, 청구인이 쟁점농지를 자경한 것으로 보기 어려워 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하고, 또한 조특법에서 규정하고 있는 자경감면은 일선세무서에서 자경판단에 따른 납세자와의 마찰과 집단민원이 발생하고 있으므로 진정한 농업인에게만 엄격하게 적용하여야 할 것으로, 조특법 제70조의 대토감면에 대한 감면세액은 부인하고 조특법 제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)를 적용하여 부과한 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지를 청구인이 자경하지 아니한 것으로 보아 대토농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 후, 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 보금자리주택 건설 등에 관한 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (3) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지(이하생략)

⑬ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (4) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. (5) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (6) 소득세법 시행령 제168조의8 【농지의 범위 등】

① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조제5호 의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지

2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지

⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지를 OO공사에 양도하고 아래의 〈표1〉과 같이 양도소득세를 신고․납부하였고, OOO지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사를 통하여 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아, 자경요건 부적정으로 양도소득세를 부족징수하였다 하여 처분청에 시정요구를 하였는바, OOO지방국세청장의 감사지적 내용은 아래와 같다. (가) 청구인이 자경하였음을 증빙으로 제출한 농약 등의 2008.5.10.자 간이영수증은 OOO 3-2에 있는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에서 구입한 것으로 되어 있으나, OOO은 2007.7.31. 폐업한 법인으로 거래내역을 신뢰할 수 없다. (나) 청구인은 OOO 78-23에서 2006.12.5.부터 2007.6.1.까지 ‘OOO약국’을 운영한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 OOO지방국세청장의 감사지적사항 이외에도 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니하였다는 의견은 아래와 같다. (가) 청구인은 2006.12.5.부터 2007.6.1.까지 OOO 78-23에서 ‘OOO약국’을 실제 운영하지 않았다고 주장하나, 2008.11.1.부터 2009.6.30.까지는 OOO 139에서 ‘OOO약국’을 운영한 사실이 국세통합전산망에서 추가 확인된다. (나) 청구인이 자경하였다고 주장하는 2006년∼2008년 기간 중 청구인의 소득발생내역은 아래의 〈표2〉와 같다.

1. 청구인은 임대소득 및 약국 소매업에 따른 사업소득이 계속적으로 발생하고 있고, OOO 174-15에서 부동산임대 및 화공약품 도매업을 영위하는 OOO에서 2004.4.17.부터 현재까지 대표이사로 재직하면서 근로소득이 발생하고 있다.

2. 쟁점농지와 같은 시기에 취득한 연접농지인 OOO 340 답 1,292㎡는 전소유자에게 위탁경작을 주었다고 언급하고 있는 등 청구인이 쟁점농지를 직접 자경했다는 주장은 신빙성이 없다.

(3) 처분청이 2010.3.24. OOO 공사에게 지장물보상내역에 대한 확인요청 결과,OOO 공사는 연접농지는 농업손실보상금을 박OOO․박OOO가, 쟁점농지는 청구인이 2009.3.3. 각각 수령하였다고 회신(2010.3.25.)하였다.

(4) 청구인은 쟁점농지를 직접 자경하였다는 증빙으로 농지원부, OOO정미소OOO 및 OOO미곡처리장OOO이 도정하였다는 영수증, 주식회사 OOO가 2007.5.4. 발행한 간이영수증,OOO종묘OOO가 2005.5.30. 및 2006.5.15. 발행한 간이영수증, OOO지점이 2011.6.24. 발행한 그레늄요소 등 구입내역의 신용카드매출전표, 조OOO의 약사면허증 및 주민등록표등본, 약국과 관련한 은행거래내역, 조OOO의 사실확인서 및 인감증명서, 대토농지를 자경하였다는 김OOO의 확인서 등을 제시하였는 바, 주요 내용은 아래와 같다. (가) 조OOO은 2005.7.8.～2006.12.1. OOO78-23(청구인 명의로 2006.12.5.～2007.6.1. 운영되던 약국과 동일 소재지)에서 ‘OOO약국’을, OOO 71에서 ‘OOO약국’을 운영하던 청구인의 지인 약사로, ‘OOO약국’의 영업부진으로 새롭게 OOO 761-12에서 ‘OOO약국’을 2006.12.8. 개업한 후 ‘OOO약국’을 제3자에게 양도하고자 청구인 명의로 약국을 운영하였으나, 예상과 달리 양도가 되지 않아 2007.6.1. 폐업하였는 바, 조OOO이 OOO에서 새로운 약국을 개업후 기존 ‘OOO약국’을 본인 명의로 유지하지 못했던 이유는 두 곳에서 약국을 운영할 수 없는 약사법 상 규정 때문으로, ‘OOO약국’의 개업과 동시에 약국의 사업용도로 사용하기 위해 청구인 명의로 OOO농협에서 계좌를 개설하였는 바, 실질적인 거래종료일인 2007.10.26.까지 동 계좌의 총출금액 OOO원 중 당시 거래내역을 기억하지 못하는 출금액 OOO원을 제외한 나머지 OOO원은 모두 조OOO의 배우자인 장OOO에게 송금되었다. (나) 조OOO의 확인서(2012.4.17.자, 2012.6.20.자)에는 ‘OOO약국’과 OOO 139 ‘OOO약국’은 조OOO이 청구인 명의를 빌려 조OOO이 운영한 것이라는 내용으로 기재되어 있고, 조OOO의 인감증명서가 첨부되어 있다. (다) ‘OOO약국’과 관련한 통장(OOO지점 청구인 명의 계좌OOO의 입금내역은 대부분 보호건생비 및 보호초심에서 입금된 것이고, 출금내역은 2007.3.29. 청구인 명의로 출금되어 조OOO의 배우자인 장OOO의 통장OOO으로 이체된 것으로 나타나며, 2007.4.11. OOO원이 장OOO에게 대체되었으며, 2007.5.30. OOO원 및 2007.10.26. OOO원이 각각 장OOO에게 대체된 것으로 나타난다. (라) ‘OOO약국’ 관련 통장(OOOOO OOO OO OOO-OO-OOOOOO)의 입금내역은 보호건생비 및 보호초심이고, 2009.3.18. OOO원 인출, 2009.3.31. OOO원 입금, 2009.4.20. OOO원 인출, 2009.4.30. OOO원 입금, 2009.5.19. OOO원 및 OOO원 인출 등의 명의는 조OOO으로 나타나고, 통장 표지의 인장에는 청구인의 도장이 아닌 조OOO의 인감도장이 날인되어 있다. (마) 농지원부는 2000.6.16. 최초작성한 것으로 나타나고, 쟁점농지와 연접농지, OOO 144-53은 자경한 것으로 기재되어 있고, 기타 농지는 경작미확인으로 나타난다. (바) OOO가 2006년 및 2007년 임대업 및 화공약품 도매업을 영위한 사실이 있고, 청구인은 OOO로부터 근로소득을 지급받은 사실이 있으나,OOO의 화공약품 도매업은 실제 청구인의 아들 정OOO이 영위한 것이고, 2007년초 OOO에서 화공약품 도매업이 분리되었으며, 분리된 OOO상사(화공약품)의 사업주는 정OOO이고, 화공약품 도매업 분리후 OOO에서는 더이상 화공약품 도매업 매출이 발생하지 않았는 바, OOO에서 OOO상사로 화공약품 도매업을 별도로 분리해 나가기 전부터 OOO의 실질적인 영업은 정OOO이 한 것이라는 거래처 주식회사 OOO상사 상무 한OOO, OOO대표 김OOO의 확인서를 제출하였다.

(5) OOO 및 OOO상사의 부가가치세 과세표준 신고내역은 아래의 〈표3〉과 같이 확인되고, OOO의 주식등변동상황명세서에는 2006～2008사업연도의 출자지분은 청구인과 특수관계자가 62.87%(청구인 44.91%, 정OOO․정OOO․정OOO 각 5.99%), 비특수관계자인 조OOO 및 이OOO가 각각 11.98%, 25.15%를 가지고 있고, OOO상사(정OOO)의 사업자등록내역에는 2007.1.3. OOO 464-7에서 개업한 것으로 나타나며, 쟁점농지는 녹지지역에서 2007.12.28. 도시지역으로 편입된 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점농지의 양도일 이전인 2006년부터 2009.2.19. SH공사에게 양도(수용)하기까지 청구인이 쟁점농지를 직접 자경하지 아니한 것으로 보아 대토농지에 따른 감면을 부인하고 비사업용토지의 양도에 대한 중과세율(60%) 적용대상에 해당한다는 의견인 바, 2006년의 경우 청구인이 OOO의 대표이사로 재직하였고 OOO가 화공약품 도․소매업을 영위하는 법인인 점 등을 감안하면, 청구인이 농작업의 1/2 이상의 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배한 것으로 인정하기 어려우므로 조특법 제70조의 규정에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정 적용대상으로 보이지 아니한다. 다만, 약국과 관련한 청구인 명의의 사업용계좌에서 조OOO의 배우자 장OOO의 통장으로 수입금액의 대부분이 계좌로 이체되었고, ‘OOO약국’의 사업용계좌통장의 표지에는 청구인의 도장이 아닌 조OOO의 인감도장이 날인되어 있으며, 조OOO이 인감증명서를 첨부하여 약국을 운영하였다는 사실확인서를 제출한 점에 비추어 조OOO이 청구인의 명의로 약국을 운영한 것으로 보이고, OOOOOO지점이 2011.6.24. 발행한 신용카드매출전표에는 청구인이 신용카드로 그레늄요소 등 농자재를 구입한 내역이 나타나고 처분청도 대토농지를 청구인이 경작하고 있다는 사실에 대하여 이견이 없는 점, 농지원부에 쟁점농지를 청구인이 자경하고 있는 것으로 나타나는 점, OOO 공사에 대한 처분청의 확인요청에 대하여 2010.3.25. 답변 공문에서 청구인이 농업손실보상금을 수령한 것으로 나타나는 점, 2007년부터는 OOO가 화공약품 도매업을 영위하지 않은 사실이 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인되는 반면, 청구인의 아들 정OOO이 OOO상사를 별도로 2007.1.3. 개업하여 화공약품 도매업을 영업하고 있는 점, 비사업용토지의 중과세율 적용이 쟁점농지의 양도일 이후 1개월 이내인 2009.3.16. 이후 양도분부터 일반세율을 적용하도록 소득세법 제104조 제6항 이 개정(2009.5.21. 법률 제9672호) 된 점 등을 종합적으로 감안할 때, 2007년부터 쟁점농지의 양도일까지(3년중 2년)에는 청구인이 쟁점농지를 자경한 것으로서 사업용토지로 보는 것이 합리적이므로, 처분청이 쟁점농지를 비사업용토지로 보아 60%의 중과세율 및 장기보유특별공제 적용을 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.