비거주자에 대하여 1세대 1주택, 최대 80%의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 비거주자인 청구인은OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1999.3.30. 취득한 후 보유하다가 2009.7.17OOO에 양도하고 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 에 따라 보유기간에 따라 30%의 비율로 장기보유특별공제율을 적용하여 양도소득세 OOO을 납부하였다.
• 나. 청구인은 대법원 판결(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)에 따라 1세대 1주택 양도에 대하여 거주자와 동일하게 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>의 장기보유특별공제율을 적용하여 납부할 세액을 OOO으로 하여 과다 납부한 양도소득세OOO을 환급하여 달라고 2011.12.19. 처분청에 경정청구를 신청하였으나, 처분청은 비거주자인 경우 1세대 1주택에 해당되더라도 소득세법 제95조 제2항 단서 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없으며 같은 항 본문 [표1]의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다며 2012.2.3. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ㅇ 소득세법 시행령 제159조의2 는 법 제95조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있고, 1세대에 관하여 명시적으로 정의하고 있지 않으므로 같은 영 제154조에서 말하는 1세대의 개념과 동일하게 볼 수 없고, 나아가 동일하게 보더라도 2009.12.31. 개정 전 소득세법 제121조 제2항 에서 토지, 건물의 양도소득 등이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있다. 비과세나 감면 등과 달리 장기보유특별공제는 부동산을 장기보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 와서 일시적으로 실현되는 것으로서 그 성격상 물가상승에 대한 공제의 의미가 강하므로(결집효과의 완화) 거주자나 비거주자를 특별히 차별하여 적용할 여지가 없고, 양도소득에 대하여 거주자와 동일한 방법으로 과세한다는 의미는 양도소득세 계산구조면에서 살펴보면, 거주자와 동일한 방법으로 양도가액, 양도소득금액, 양도소득 과세표준 등을 계산하여야 한다는 것이므로 양도소득금액을 계산함에 있어 공제하는 장기보유특별공제도 거주자와 동일하게 적용하여야 하며, 서울고등법원 판례(OOO2009.11.3.), 대법원 판례(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)에서도 동일한 취지로 판결하여 조세법률주의와 합치되므로 장기보유특별공제는 비거주자에게도 거주자와 동일하게 적용되어야 하므로 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택 양도일 현재 청구인이 비거주자인 경우에는 과세대상인 1세대 1주택에 해당되더라도 1세대 1주택의 거주자와 동일하게 소득세법 제95조 제2항 단서 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 아니라, 같은 항 본문 [표1]의 장기보유특별공제율을 적용하도록 기획재정부 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)와 국세청 예규(부동산거래관리과-1064, 2011.12.21.)로 해석하고 있으므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비거주자인 청구인이 1세대 1주택 양도시에도 거주자와 동일하게 소득세법 제95조 제2항 단서 [표2]의 장기보유특별공제율(80%한도)을 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본에 의하면, 청구인은 1999.3.30. 쟁점주택을 취득하였고, 2002.2.1. 국적을 변경하였으며, 2009.7.17. 쟁점주택을 10억7,000만원에 양도한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 대법원 판례(2009두21147, 2011.07.14.)를 근거로 비거주자이지만 1세대 1주택의 요건을 충족하므로 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>의 보유기간별 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다. (3) 소득세법 제95조 제1항 에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 <표1>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 단서에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 소득세법 시행령 제159조의2 는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)을 말한다고 규정하고 있는바, 같은 영 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 하고, 이하 “1세대”라 한다고 규정하고 있어 같은 영 제159조의2에서 규정하는 1세대는 같은 영 제154조 제1항에서 규정하는 1세대의 개념임을 알 수 있다.

(4) 기획재정부 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법 제121조 제2항 의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택의 장기보유특별공제율이 비거주자에게는 적용되지 아니 함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 소득세법상 1세대 1주택자의 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가 정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보여지는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에 <표2>의 공제율을 적용하도록 하고 있는 바, 여기서 ‘1세대’는 앞서 검토한 바와 같이 소득세법 시행령 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것으로 거주자에 한하여 1세대에 해당한다고 볼 수 있는 점 등으로 볼 때, 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시에는 비거주자에 해당하여 청구인의 쟁점주택은 소득세법 제95조 제2항 단서에서 규정하는 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 같은 항 단서 <표2>의 장기보유특별공제율이 아닌 같은 항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율이 적용되는 것이 타당하다 할 것이다 (조심 2012서736, 2012.5.31. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 소득세법 제95조 제2항 단서의 < 표2>의 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못 이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.