쟁점세금계산서가 가공으로 확정됨에 따라 부가가치세를 환급결정하였다면 법인세도 경정결정해야 함

OOO이 2011.12.1. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. OOO이 실시한 청구법인에 대한 거래질서관련조사에서 2008년 제1기에 교부 및 수취한 세금계산서 중 매출세금계산서 2매OOO(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 가공매출 및 가공매입으로 확정함에 따라 2008년 제1기 부가가치세를 경정결정하여OOO을 환급하였으나 법인세는 경정결정하지 아니하였다.
• 나. 이에 따라 청구법인은 기 신고·납부한 2008사업연도 법인세 OOO원을 환급하는 것으로 하여 2011.10.6. 경정청구하였으나, 처분청은 당시 조사관청인 OOO이 가공매출로 법인세를 확정 결정한 사실이 없고, 청구법인이 가공매출에 대응되는 매입에 대한 객관적인 자료의 제시가 없다는 이유로 2011.12.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.9. 이의신청을 거쳐 2012.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 국세청 예규에 부가가치세 환급규정만 있고 법인세에 대해서는 명문화된 법령이 없어 환급대상이 아니라는 의견이나, 과세권자가 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 철저히 조세법률주의에 따라 이루어져야 할 것이며, 청구법인의 환급과 관련하여 관련 예규가 없다면 국세기본법상 환급규정을 따르면 될 것이고, 예규나 판례가 없다 하여 상위법인 법령을 위배하는 것은 조세법률주의에 반하는 것이며, 처분청은 청구법인의 법인세 환급신청은 가공매출에 대한 가공매입의 확인이 없으므로 환급은 불가한 것으로 판단하였으나, 조사관청인 OOO이 충분히 조사하여 가공매출 관련 가공매입을 확인하여 부가가치세를 환급하였으므로 법인세 환급을 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조사관청인OOO의 조사복명서를 근거로 법인세 환급을 신청하였으나, 가공매출에 대응되는 가공매입의 확인 없이는 환급이 불가능하며, 조사복명서는 내부서류로서 구속력이 있는 문서가 아니므로 조사복명서를 근거로 한 경정청구에 대한 거부는 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 2008년 제1기 세금계산서 중 쟁점세금계산서가 가공으로 확정됨에 따라 부가가치세를 환급결정하였으나, 법인세를 환급결정하지 아니한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007.9.27. 설립되어 소프트웨어 개발 및 공급 관련 사업을 영위하고 있으며, 당초 거래질서관련조사 대상자로 선정될 당시에는 사업장(본점) 소재지가 OOO이 2011.5.17.～2011.7.22. 거래질서관련 조사를 착수하게 되었고, 조사를 진행하는 동안 청구법인은 2011.5.25. 사업장소재지를 OOO관할로 이전하였다가 2011.9.7. 처분청 관할로 이전하였으며, OOO은 부가가치세만 환급하는 것으로 세무결과통지서를 청구법인에게 통지함과 동시에 OOO에게 부가가치세 경정결의서(안)을 통보하였고, OOO은 부가가치세만 환급하였으며, 청구법인은 2011.9.7. 처분청 관할로 이전한 후 2011.10.6. 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세 신고내역은 아래 [표1] 및 [표2]와 같이 나타난다. (O) OOOOOO이 2011.2.2.～2011.7.22. 기간 동안 청구법인의 2008년 제1기 부가가치세 매출·매입에 대한 거래질서관련 조사 종결보고서 내용을 보면, 아래 [표3]과 같이 매출처인OOO에 대한 서울지방국세청장의 조사결과, 당해 거래는 실물거래없이 세금계산서만 수취한 가공거래로 확인되어 가공매출로 확정하였고, 매출처인 주식회사 OOO의 조사결과, 당해 거래는 대표자 OOO이 실물거래없이 세금계산서를 수취한 것임을 인정하여 관련 부가가치세를 수정신고한 것으로 확인되어 가공매출로 확정하였으며, 가공매출 중OOO의 매출과 관련된 매입은 없는 것으로 확인되고, 주식회사 OOO매출과 관련된 매입은 OOO으로 조사되었으며, 청구법인과 대표자OOO은 가공매출세금계산서 교부 및 가공매입세금계산서를 수취하여 조세범처벌법 등 관련 법령에 따라 고발조치된 것으로 나타난다.

(4) 청구법인의 2008년 제1기 매출세금계산서의 가공 교부 비율은 16.7%이고, 매입세금계산서의 가공 수취 비율은 5.41%로 나타난다.

(5) 청구법인은 2011.8.4. OOO의 세무조사 결과통지서를 통보받고, 부가가치세를 환급받았으므로 그에 따라 신고한 법인세도 경정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) OOO의 세무조사결과 통지서(2011.8.4.)에는 거래질서관련 조사 결과에 따른 경정으로 예상고지세액을OOO으로 하여 통지한 것으로 나타난다. (나) OOO의 청구법인에 대한 2008년 제1기 부가가치세 경정결의서(안)를 보면, 청구법인의 매출세액에서 OOO이 환급세액으로 나타나며, 이 중 가산세OOO이 최종환급세액으로 결의된 것으로 나타난다. (다) 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제51조 제1항은 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 처분청은 가공매출에 대응되는 가공매입의 확인 없이는 환급이 불가능하며, OOO의 조사복명서는 내부서류로서 구속력이 없어 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 거부하였으나, 과세관청은 납세의무자에 비하여 세법상 우월한 지위에 있어 청구법인이 쟁점세금계산서 외에 매출을 누락하거나 가공매입을 계상하여 법인세를 과소신고·납부하였다는 의심이 드는 경우에는 실지조사권을 행사하여 매출누락 등을 적발하여 청구법인에게 법인세 등을 부과할 수 있는 점, 청구법인은 2008년 제1기 및 제2기에 신고한 매출액 상당을 2008사업연도 수입금액으로 신고한 점, 이 건 가공세금계산서(OOO)를 교부받은 매출처인 주식회사OOO는 실물거래없이 세금계산서를 수취한 것임을 인정하여 관련 부가가치세를 수정신고한 것으로 조사된 점, OOO은 쟁점세금계산서를 가공매출 및 매입으로 조사하여 관련 부가가치세를 환급 결정한 점 등으로 볼 때, 청구법인이 교부 및 수취한 세금계산서 중 가공으로 확정된 쟁점세금계산서상 금액이 청구법인이 신고․납부한 2008사업연도 법인세 신고서상 익금과 손금에 반영된 것으로 보이므로 이를 익금 및 손금항목에서 제외하는 것으로 법인세를 경정하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 가공거래로 보아 부가가치세를 환급결정하였음에도 법인세를 경정결정하지 아니하고 청구법인의 경정청구에 대하여 이를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.