2주택 이상 보유자가 1주택을 근린생활시설로 용도 변경하여 양도하는 경우, 용도 변경 이후의 보유기간으로 장기보유특별공제를 적용해야함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.1.15. 서울특별시 OOO 대지 534.4 ㎡를 취득하고 주택용도의 건물을 1986.12.29. 취득한 후, 2005년 8월부터 건물을 근린생활시설로 변경(이하 “쟁점부동산”이라 한다)하였으며, 2011.10.14. 자녀에게 부담부로 증여하고서, 2011.12.30. 채무액에 대하여 양도소득세를 신고․납부하면서 장기보유특별공제를 계산할 때 건물을 근린생활시설로 용도변경한 때부터의 보유기간인 6년에 해당하는 18%의 공제율을 적용하였다가, 2012.1.31. 건물을 취득한 1986. 12.29.부터 보유기간을 계산하여 30%의 공제율을 적용하여야 한다고 주장하며 세액OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2012.3.20. 주택을 근린생활시설로 용도를 변경하여 사 용하다 양도하는 경우 보유기간은 예규(재산세과-903, 2009.5.8.)에 의거 근린생활시설로 사용한 기간을 적용하는 것이므로 신고내용이 정당한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양도소득세는 양도 당시의 현황에 의하여 양도차익을 산정하는 것이며, 전체 보유기간 중 보유한 용도기간별로 구분하여 양도차익을 산정하지 아니하는 것이므로 장기보유특별공제도 보유하는 용도기간 별로 구분할 수 없음이 당연하며, 쟁점부동산의 양도 당시 보유기간 이 10년 이상이므로 장기보유특별공제율 30%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제를 계산함에 있어 2주택 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도를 변경하여 사용하다가 이를 양도하는 경우의 보유기간은 재산세과-903(2009.5.8.) 등의 행정해석에 의하여 당해 건물의 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택에서 근린생활시설로 용도를 변경하는 때에는 이후의 보유기간을 적용하여 장기보유특별공제율을 적용하는 것인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료를 보면 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 2005년 8월부터 그 용도를 주택에서 근린생활시설로 변경하였고, 2011.10.14. 자녀에게 부담부로 증여하며, 2011.12.30. 채무액에 대하여 양도소득세를 신고․납부하면서 장기보유특별공제를 계산할 때 근린생활시설로 용도를 변경한 후부터 보유기간을 산정하여 6년에 해당하는 18%의 공제율을 적용하였다. (나) 국세청 해석이 잘못되었다고 판단한 청구인은 2012.1.31. 양 도소득세 계산당시 특별히 열거되지 아니하는 한 양도 당시의 현황으로 판단하여야 하므로 건물을 취득하는 1986.12.29.부터 보유기간을 계산하여 30%의 장기보유특별공제율을 적용하여 아래 <표>와 같이 양도소득세를 환급할 것을 구하는 내용의 경정청구를 제기하였다. (다) 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 같은 세대원인 배우자 백OOO가 각각 1주택을 보유한 것으로 확인된다. (라) 청구인과 같이 1세대가 2주택 이상을 보유한 자가 양도하는 주택은 장기보유특별공제가 배제되는데, 그 중 1주택을 근린생활시설 로 용도를 변경하였다고 하여 주택으로 취득한 때부터 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용한다면 이전의 2주택 이상 보유기간에 대해서도 공제를 적용하게 되는 결과를 초래하게 되므로 2주택 이상 보유자에 대하여는 배제하는 규정이 의미가 없게 되어 불합리하다. (마) 따라서,소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제를 계 산함에 있어서 2주택인 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도를 변경하여 사용하다가 이를 양도하는 경우의 보유기간은 당해 건물 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간으로 한정하여야 하는 것이다(재산세과-903, 2009.5.8. 참조).

(2) 청구인은 쟁점부동산의 주거 또는 근린생활 용도별로 그 보유기간을 각각 구분하여 양도차익을 산정하게소득세법에 규정되어 있지 아니하며, 같은 법 시행규칙 별지 제84호 서식 부표1의 양도소 득금액 계산명세서에는 장기보유특별공제에 관하여 용도별 보유기간을 구분하여 표시하는 난 또는 구분하여야 한다는 작성방법이 없음에도. 국세청의 행정해석과 같이 용도기간을 별도로 구분하고 그것도 양도당시의 용도로 보유하는 기간에 대해서만 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 것은 법적 근거가 없으므로 위법하다고 주장한다. (3)소득세법제95조 제2항에서󰡒장기보유특별공제액󰡓이란 같 은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 표1에 규정된 보유기간 별 공제율을 곱하여 계산한 금액이며, 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서 같은 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서의 "대통령령으로 정하는 1 세대 1주택"이란 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있 는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)”이라고 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계를 종합하면,소득세법제95조 제2항의 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 2주택 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도변경을 하여 사용하다가 이를 양도하는 경우 보유기간은 건물의 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간인 점(재산세과-903, 2009.5.8. 참조) 등을 보면, 양도소득세 계산당시 특 별히 열거되지 아니한 한 양도당시 현황으로 판단하여야 하므로

1986. 12.29. 취득할 때부터의 보유기간에 대한 장기보유특별공제율 (30%)의 적용을 주장하는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.