관리처분계획인가를 받은 시점에 과세 및 면세 예정사용면적이 확정된 것으로 보아 부가세 공통매입세액을 정산하는 것이 타당함

OOO세무서장이 2012.3.2. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급 거부처분은 관리처분인가일에 과세․면세 예정사용면적이 확정된 것으로 보아 과세사업에 안분된 공통매입세액을 공제하는 것으로 하여 환급할 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2007.8.16. OOO동 4번지 일대가 재개발구역으로 지정되어 2008.9.29. ‘OOO 제1구역 3지구(이하 “쟁점사업장”이라 한다) 주택재개발정비사업의 시행’을 목적으로 설립된 조합으로 2008.9.30. 사업자등록 후 2011.6.8. OOO 제1구역 3지구 관리처분계획인가를 받았다. 청구법인은 관리처분계획인가일 이전에는 쟁점사업장의 과세․면세 사용면적을 구분할 수 없다고 보아 수취한 세금계산서 매입세액 전액을 불공제하여 부가가치세 신고를 하였으며, 관리처분계획 인가일인 2011.6.8.에 과세․면세 예정사용면적이 확정된 것으로 보아 2008년 제2기부터 2011년 제1기까지의 기간에 대한 공통매입세액을 확정된 과세․면세 비율에 따라 정산하여 관리처분계획인가일이 속하는 2011년 제1기 부가가치세 확정신고시 OOO원을 환급신고하였다.
• 나. 처분청은 부가가치세 환급 적정여부 검증을 위해 현장확인하여 2008년 제2기부터 2010년 제2기까지의 기간 중에 공제받지 못한 공통매입세액은 정산시기가 미도래하였다 하여 환급부인하고, 2011년 제1기 해당 매입세금계산서 중 토지관련 매입세액을 공제부인하여 초과 환급신고한 OOO원과 초과환급신고가산세 OOO원을 제외한 OOO원을 환급결정통보하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 공통매입세액 정산은 사업초기 조합원 및 일반분양, 상가분양 면적이 없는 경우에 매입세액을 전액 환급받고 사업이 완료(조합 해산)되는 시점에서 정산할 수 있다는 결론으로, 이는 부가가치세법 시행령 제61조의2 (공통매입세액의 정산)의 확정시점을 특정한 시점에 한번만 정산하여야 한다고 판단하는 것으로 예규나 판례에서는 관리처분계획변경인가가 됨에 따라 과세사업과 면세사업의 예정사용면적이 비로소 확정된 것으로 볼 수 있으므로 예정사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하는 것이 타당한 것으로 보는 관점과는 다른 관점으로 판단되므로, 청구법인의 2008년 제2기부터 2010년 제2기까지의 부가가치세 공통매입세액 정산은 관리처분인가일이 속하는 2011년 제1기 확정신고시 정산하는 것이 마땅하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제61조의2 에 따르면 공통매입세액의 정산은 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 하도록 되어있으나, 청구법인은 관리처분인가일 현재 보류시설(아파트)이 13개로 확인되고 조합원 및 일반분양대상이 확정되지 않은 상황이고, 특히 상가의 경우 현재 조합원 및 일반분양분에 대한 동․호수 추첨이 이루어지지 않은 상황에서 권리의 가액으로 표시되는 지분만 확정되어 있고, 추후 그 사용면적에 대하여는 확정되지 않은 상태이고 더불어 2012.1.30.자 주택 및 상가분양 대상 조합원이 37명 감소하는 등 관리처분변경계획에 대하여 공람공고를 한 사실이 있는 등 위의 내용을 종합하면 관리처분계획시점을 과세․면세 사용시점이 확정된 것으로 볼 수 없으며, 따라서 청구법인은 관리처분인가일인 2011.6.8.이 속하는 2011년 제1기 확정신고기간을 정산시기로 볼 수 없고, 단지 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에 해당되므로 관리처분인가를 받은 날 이후부터 과세․면세 안분계산을 할 수 있는 근거가 되는 것으로서 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택재개발정비사업조합인 청구법인이 관리처분계획인가를 받은 시점에 과세․면세 예정사용면적으로 부가가치세 공통매입세액을 안분계산할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 2011년 제1기 부가가치세 확정신고서에 의하면 2008년 제2기부터 2010년 제2기까지 수취한 세금계산서의 일반 공통매입세액 OOO원, 건축비 관련 공통매입세액 OOO원을 전액 불공제하여 신고기간별로 신고하였고, 위 기간 동안 불공제한 매입세액 OOO원을 2011년 제1기 부가가치세 확정신고서에 기재하여 제출한 내용이 나타난다.

(2) 청구법인의 쟁점사업장에 대한 관리처분계획인가된 건축물 면적은 아래 <표1>와 같다. <표1> 관리처분계획인가 건축물 면적내용 구 분 면적(㎡) 비 고

① 전체건축면적 197,238.79 주택 중 국민주택 초과 일반분양 40,756.45 상가 2,019.49 보육시설 776.45 주택 중 국민주택 초과 조합원분양 14,754.17 면세 국민주택 규모 이하 126,005.19 면세 임대주택 12,927.04 면세

② 국민주택 초과 및 상가 등 건축면적 58,306.56

③ 과세비율(②/① 22.08%

④ 면세비율(100%-③) 77.92%

(3) 처분청은 청구법인의 부가가치세 환급신고 적정여부를 검토하기 위해 현장확인하여 신고내용 중 토지관련매입세액과 공통매입세액 중 불공제 관련 매입세액을 적출하고 부가가치세 경정결의한 주요내용이 다음과 같다. (가) 공통매입세액 안분계산 (나) 불공제 매입세액 계산 (다) 2011년 제1기 확정신고 경정결의 내용

(4) OOO구청장이 발행한 조합설립인가서와 관리처분계획 인가 공문에 의하면 청구법인은 2007.8.16. OOO동 4번지 일대가 재개발구역으로 지정되어 2008.9.29. ‘OOO 제1구역 3지구 주택재개발정비사업의 시행’을 목적으로 설립된 조합이며 2011.6.8. OOO 제1구역 3지구 관리처분계획인가를 받은 것이 확인된다. (5) 부가가치세법 제61조의2 [공통매입세액의 정산]에서는 사업자가 같은 법 제61조 제4항[매입세액의 안분계산]의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 총예정공급가액에 대한 면세예정공급가액의 비율 또는 총예정사용면적에 대한 면세예정사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고하는 때에 정산한다고 되어 있다.

(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대 (가) 청구법인은 주택재개발정비사업 시행 초기 단계로서 사업자등록 후부터 발생된 공통매입세액을 안분할 수 있는 예정․확정 사용면적 또는 과세․면세 공급가액이 구성되지 아니하여 과세비율을 0%로하여 전액 불공제 매입세액으로 신고할 수 밖에 없는 것으로, 만약 감가상각자산 취득과 관련된 매입세액이라면 부가가치세법 제62조의2 [납부세액 또는 환급세액의 재계산]에 따라 납부세액 또는 환급세액을 해당 과세기간마다 재계산 할 수 있었다고 보이나, 청구법인이 신고한 일반 공통매입세액은 납부세액 재계산도 할 수 없는 상태였음을 알 수 있다. 결국, 청구법인은 과세․면세 예정사용면적의 윤곽이 드러난 관리처분계획인가서 내용에 따라 그동안의 과세기간에 공제받지 못한 매입세액을 예정사용면적에 의하여 공통매입세액을 안분계산하여 신고하였다. (나) 처분청은 공통매입세액의 정산은 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 하도록 되어있으므로 관리처분계획인가일이 과세․면세 사용면적이 확정된 것으로 볼 수 없으며, 따라서 청구법인은 관리처분인가일인 2011.6.8.이 속하는 2011년 1기 확정신고기간을 정산시기로 볼 수 없고, 단지 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에 해당되므로 관리처분인가를 받은 날 이후부터 과세․면세 안분계산을 할 수 있다는 의견이나, 위에서 살펴본 것처럼 청구법인의 부가가치세 신고내용은 공통매입세액의 정산과정이라기 보다는 예정사용면적에 의한 공통매입세액 안분계산 과정과 안분계산한 세액의 일부 정산과정이 혼합된 과정으로 볼 수 있다. 또한 불충분한 안분계산은 관리처분계획 변경 인가 등 추후 계속 변동되는 예정사용면적에 따라 해당 과세기간의 공통매입세액을 안분계산하여 신고하고, 사용면적이 최종적으로 확정되는 과세기간 확정신고시 재개발사업과 관련된 전체 공통매입세액을 확정된 사용면적에 따라 정산하는 것이 사업초기에 불공제한 매입세액을 수개의 과세기간이 지나 조합이 해산되기 직전 총사용면적이 확정되는 시점에 정산하는 것 보다 더 합리적인 점이 있다고 보인다. 따라서, 주택재개발정비사업조합인 청구법인이 관리처분계획인가일이 속하는 2011년 1기 확정신고시 부가가치세 과세․면세 공통매입세액을 예정사용면적에 따라 안분계산하는 것이 합리적이라 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.