특수관계인으로부터 고가매입한 것으로 볼 수 없음

OOO세무서장이 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원 및 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 익금에 산입한 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원을 익금에 산입하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2006년 2월 주업종 교량포장공사업과 부업종 시멘트 도․소매업을 영위할 목적으로 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)가 100% 출자하여 설립된 법인으로, 2006년～2007년 중 OOO로부터 도로포장 재료인 라텍스(OOO)를 매입하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인제세 통합조사 결과, 청구법인이 OOO로부터 매입한 라텍스의 시가를 OOO가 특수관계 없는 제3자에게 판매한 가격인 톤당 OOO원으로 보아 청구법인의 매입단가인 톤당 OOO원과의 차이를 특수관계자로부터 고가매입 하였다는 조사결과를 통보하였고, 이에 따라, 처분청은 부당행위계산부인한 2006년 OOO,OOO,OOO원 과 2007년 O,OOO,OOO,OOO원 에 대하여, 2011.1.13. 청구법인에게 법인세 2006사업연도 OOO원과 2007 사업연도 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.29. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2011.12.20. 청구법인이 OOO로부터 매입한 라텍스 OOO의 매입가격에 기술료가 포함되어 있는지 여부 등을 재조사하도록 하는 결정을 받았으나, 처분청은 재조사 결과 2012.2.1. 청구법인에게 당초 처분이 정당하다는 조사내용을 통보하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 특수관계법인인 OOO로부터 구입한 OOO의 시가를 주식회사 OOO(이하 OOO라 한다) 등 제3자간의 매입단가인 톤당 OOO원으로 보아, 청구법인이 톤당 OOO원의 고가로 매입하였다고 하여 부당행위계산 부인하였으나, 청구법인의 매입단가에는 건설기술관리법에 따른 신기술지정자인 OOO에 대한 기술료가 포함된 것이다. 처분청이 시가로 산정한 톤당 OOO원은 거래처마다 자체적으로 기술을 보유하고 있거나 공사 이외 실험용으로 사용하기 위해 매입하거나 또는 기술료를 별도로 지급한 경우에 해당하여 청구법인과는 거래조건이 다름에도 불구하고, 이러한 조건을 고려하지 않은 것이므로 정당한 시가로 볼 수 없다. 처분청은 청구법인이 OOO에 2006년 실적분에 대하여 OOO원, 2007년 실적분에 대하여 OOO원의 기술료를 지급하였으므로 OOO 매입단가에는 기술료가 포함되어 있지 않다는 의견이나, 청구법인이 지급한 위 기술료는 특허법에 따른 특허료로, 전체 공사실적 중 10%에 불과한 국도 포장공사에 대해서만 별도로 소액 지급한 것으로서, 제3자의 경우처럼 건설기술관리법에 따른 신기술사용료로서 전체 공사실적에 비례하여 지급한 것이 아닌바, 처분청이 마치 청구법인이 OOO에게 별도의 신기술사용료를 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인한 것은 부당하다. 라텍스 사용자 중 청구법인과 가장 유사한 제3자인 OOO의 2006년 거래와 비교하였을 때, OOO의 매입단가 및 신기술사용료의 합계보다 청구법인의 매입단가가 오히려 낮고, 본 건 과세기간 이후인 2008년도에 청구법인이 특수관계 없는 주식회사 OOO로부터 OOO를 매입하면서는 매입단가에 기술료를 포함하지 않고, 대신 OOO에게 공사실적에 비례한 기술료를 지급한 사실 등으로 보아도 청구법인의 매입단가에는 건설기술관리법에 따른 기술료가 포함되어 있으므로, 이를 고가매입으로 보아 부당행위계산 부인하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO에 건설기술관리법에 따른 기술료를 지급하였다고 주장하나, 청구법인과 OOO 사이의 ‘신기술사용계약 조건’(2006년 3월) 제2조에서 ‘계약의 범위는 통상실시권의 사용계약으로 하며, 특허법이 정하는 통상실시권의 범위를 기본으로 한다’고 한바, 위 신기술사용계약 체결 시점에는 OOO가 특허권자로서 통상실시권을 설정하여 기술사용의 권리를 허락한 것이지만, 2006년 5월 청구법인이 특허권을 인수한 이후에는 청구법인이 특허권자이므로 OOO에 기술료를 지급할 이유가 없다. 설사, 신기술지정자인 OOO에 대한 기술료 지급의무를 인정하더라도, ‘특허권 공유협약서’ 제5조 제3호 및 신기술사용협약서상으로 기술료 지급대상인 국도공사가 청구법인의 공사실적 중 10%에 불과함에도, 청구법인이 지급한 매입단가가, 국도공사만 수행한 OOO의 매입단가 및 기술료 합계와 비슷한 것은, 청구법인이 OOO를 지원하기 위해 고가매입한 것이다. 청구법인과 OOO가 맺은 물품거래계약서 상의 시험비․TEST비․품질관리비에 대한 용역을 OOO가 수행한 사실이 없는바, 청구법인은 당초 세무조사 중 제출하지 아니하고 조세불복 시 조세심판원에 제출한 물품거래계약서(시험비․TEST비․품질관리비 포함으로 변경)는 당초 계약서를 분실하여 2010년 초 재작성하였다고 소명하였으나, 진위가 불분명하고, 청구법인이 심판청구 시 제출한 물품계약서의 단가세부내역서에는 시험비·TEST비·품질관리비 합계 OOO원을 톤당 단가에 포함한다고 되어 있으며, 이는 로열티 성격의 신기술사용에 대한 대가인 기술료와는 별도로 품질관리 등 용역 제공의 대가로 보아야 하며, 청구법인이 시험․TEST․품질관리 용역제공과 관련된 것으로 주장하는 [OOO 교면포장 균열 안정성 검토 보고서, 2007년 8월] 등 보고서는 결재란도 없고 실제 서류제작일 불명이며 위 품질관리 등과는 관련 없는 별도 용역계약에 의한 연구용역 보고서인 것으로 보인다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터 OOO를 매입하면서 기술료를 포함하여 대금을 지급하였으므로 고가로 매입한 것이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서 생략)

③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 OOO 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

(3) 건설기술관리법 제18조【신기술의 활용 등】① 국토해양부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건설기술을 개발한 자(이하 "기술개발자"라 한다)가 요청한 경우로서 그 건설기술을 보급할 필요가 있다고 인정될 때에는 그 건설기술을 새로운 건설기술(이하 "신기술"이라 한다)로 지정ㆍ고시할 수 있다.

1. 국내에서 최초로 개발한 건설기술로서 신규성ㆍ진보성 및 현장적용성이 있다고 판단되는 건설기술

③ 국토해양부장관은 기술개발자를 보호하기 위하여 필요하면 보호기간을 정하여 기술개발자에게 신기술에 대한 기술사용료를 받을 수 있게 하거나 그 밖의 방법으로 보호할 수 있으며, 기술개발자가 보호기간의 연장을 신청하는 경우에는 그 신기술의 활용실적 등을 검증하여 보호기간을 연장할 수 있다.

④ 국토해양부장관은 발주청에 신기술과 관련된 신기술장비 등의 성능시험, 시공방법 등의 시험시공을 권고할 수 있으며, 성능시험 및 시험시공의 결과가 우수하면 신기술의 활용ㆍ촉진을 위하여 발주청이 시행하는 건설공사에 신기술을 우선 적용하게 할 수 있다.

(4) 건설기술관리법 시행령 제42조【신기술의 활용 등】① 법 제18조 제1항에 따른 기술개발자(이하 "기술개발자"라 한다)는 신기술을 사용한 자에게 기술사용료의 지급을 청구할 수 있다.

③ 발주청은 법 제18조 제1항에 따라 지정․고시된 신기술을 특별한 사유가 없으면 그가 시행하는 건설공사의 설계에 반영하여야 하며 건설공사를 발주하는 경우에 이를 공사계약서에 구체적으로 표시하고 기술개발자로 하여금 해당 건설공사 중 신기술과 관련되는 공정에 참여하게 할 수 있다.

④ 제3항의 경우 발주청은 신기술을 적용하여 건설공사를 준공한 날부터 1개월 이내에 국토해양부장관이 정하여 고시하는 방법 및 절차 등에 따라 그 성과를 평가하고, 그 결과를 국토해양부장관에게 제출하여야 한다. 제44조【신기술의 보호기간 등】① 법 제18조 제6항에 따른 신기술의 보호기간은 신기술의 지정ㆍ 고시일부터 5년의 범위에서 국토해양부장관이 정하는 기간으로 한다.

② 국토해양부장관은 신기술의 지정을 받은 자가 신청하면 그 신기술의 활용실적 등을 검증하여 제1항에 따른 신기술의 보호기간을 7년의 범위에서 연장할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 1998년 5월에 설립된 법인으로, 2001.10.22. 특허청장으로부터 “불투수성 교량표면 포장용 개질 콘크리트”라는 명칭으로 특허(특허번호 제OOO)를 받았으며, 2006.5.9. 청구법인에게 동 특허권리를 전부 이전하였고, 2004.12.16. 건설교통부장관으로부터 신기술지정증서(제322호)를 지정받은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 도로포장을 전문으로 하는 건설업을 영위하고 있고, 2006.2.28. 주식회사 OOO가 100% 출자하여 물적분할한 O OOOO의 특수관계회사로 나타난다.

(3) OOO는 2004.3.31. OOO(주)와 OOO 제품 총 대리점 계약을 체결하여 국내에서는 OOO(주)의 제품인 OOO”를 독점판매하였으며, 거래처별원장상 2006년～2007년에 라텍스 품목별․거래처별 매입․매출 거래단가를 보면 <표1>과 같다. <표1> OOO 매입 및 매출단가 (4) 처분청은 청구법인이 2006년～2007년 OOO로부터 매입한 OOO과 관련하여, OOO가 OOO을 제3자에 판매한 단가인 톤당 OOO원 및 OOO원을 비교가능가격으로 하여, 청구법인이 매입한 OOO의 톤당 시가를 OOO원으로 보고 아래 <표2>와 같이 부당행위계산 부인하여 법인세 등을 과세한 것으로 나타난다. <표2> OOO에 대한 부당행위계산부인 내역

(5) 청구법인은 처분청이 라텍스 매입단가에 관하여 비교대상으로 본 사례 중 주식회사 OOO는 건설 능력이 없이 연구기관만 있는 법인으로 건설공사를 하기 위해 OOO를 매입한 것이 아니고 매입량도 미량이며, 주식회사 OOO는 자체적으로 OOO 개질콘크리트를 이용한 공용 중 교량바닥판 콘크리트 보수 및 재포장 공법(VES-LMC 공법)’이라는 신기술을 보유하여 OOO의 신기술 공법을 이용하여 공사한 바는 없다고 주장하며, 주식회사 OOO의 신기술 지정현황을 제출하였다.

(6) 청구법인은 비교대상 중 OOO는 자체 기술이 없어 OOO와 신기술 사용 협약을 체결하고 공사금액에 일정비율(4%)의 기술료를 별도로 지급하였다고 주장하면서, OOO와 OOO 사이의 ‘신기술사용협약서’ 및 OOO와 청구법인 사이의 ‘신기술사용협약서’(2006.3.1.)를 제출하였다.

(7) 청구법인이 모든 라텍스를 동일한 단가로 구입한 2007년도와 OOO의 2006년 매입단가를 비교하면, 아래 <표3>과 같이 청구법인의 라텍스 매입단가는 톤당 OOO원이고, OOO의 라텍스 매입단가 및 신기술사용료 합계액은 톤당 OOO원으로 나타난다. <표3> OOO 매입단가 비교 (OO: O, OO)

(8) 국토해양부 건설신기술 매뉴얼(2012.10.)에 의하면, 건설신기술은 권리를 설정해 주는 형성적 행위인 특허와는 달리 양도․양수가 인정되지 않고, 건설신기술은 건설기술관리법 제18조 등 관련규정에 정해진 심사절차 및 방법에 따라 기술보급의 필요성 등이 인정되는 기술을 지정하고 있으며, 특허제도는 관련법령과 시행 목적, 지정요건, 심사절차 및 방법 등이 건설신기술제도와 상이하므로 특허와 신기술간 상호 구속성이 없다는 취지의 회신 내용이 나타난다.

(9) 이상의 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 처분청은 청구법인의 라텍스 매입단가에는 신기술사용료가 포함되어 있지 않아 OOO로부터 부당하게 고가로 매입하였다는 의견이나, 건설기술관리법상의 건설신기술 제도는 특허제도와 관련법령과 시행 목적, 지정요건, 심사절차 및 방법 등이 건설신기술제도와 상이하여 상호 구속성이 없고, 건설신기술의 양도․양수가 인정되지 않는 것으로 나타나 비록 청구법인이 특허권을 양수하였다고 하더라도 건설신기술 지정권자인 OOO에게 신기술사용료를 지급할 의무가 있다고 판단되는 점, 이에 따라 청구법인의 라텍스 매입단가 톤당 OOO원에 신기술사용료가 포함되었다고 보았을 경우 그 매입가액은, 라텍스 매입자 중 OOO에 신기술사용료를 지급한 OOO의 2006년 매입단가(톤당 OOOO원) 및 신기술사용료(톤당 OOO원) 의 합계액인 톤당 OOOO원과 비교하여 고가 로 나타나지 아니하는 점, 청구법인의 매입단가인 톤당 OOO원에 신기술사용료가 포함되어 있지 않다고 볼 경우, OOO는 특수관계자인 청구법인으로부터 신기술사용료를 지급받지 아니하고 신기술사용료에 해당하는 금액만큼 라텍스를 저가로 매도하여 OOO에게 부당행위계산 부인규정이 적용될 여지가 있는 점 등을 고려하면, 청구법인의 매입단가 톤당 OOO원에는 신기술사용료가 포함되어 있고, 청구법인이 라텍스를 부당하게 고가로 매입한 것으로 보기는 어렵다고 판단된다. 처분청이 부당한 고가매입으로 보아 부당행위계산부인하여 본 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유있으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.