비거주자에 대하여 1세대 1주택, 최대 80%의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2009.5.29. OOO의 아파트 입주권(이하 “쟁점아파트”라 한다)을 윤찬 및 장소자에게 매매대금OOO에 양도한 비거주자로, 2009.7.9. 장기보유특별공제액을 소득 세법제95조 제2항 본문 규정의 〈표1〉의 공제율(21%, 연 3%)을 적용한 가액으로 계산하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.
• 나. 청구인은 쟁점아파트의 양도가 최근 대법원 판결(대법원 2009두 21147, 2011.7.14.)과 동일한 1세대 1주택 양도로서 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>에서 규정한 장기보유특별공제율(56%, 연 8%한도) 적용 대상임을 주장하면서 예정 신고․납부한 양도소득세 중 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2011.12.5. 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 비거주자는 소득세법제95조 제2항 표2의 공제율은 적용되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원 판례(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)에 의하면, 2009.12.31. 이전에 양도한 비거주자의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 거주자와 동일하게 연 8%의 공제율을 적용할 수 있도록 결정한 바 있으므로, 처분청에서는 연 8%의 공제율을 적용하여 과세표준을 함으로써 기 납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 기획재정부 유권해석(재산-962, 2008.12.10.)에 의하면, 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니한다고 하였고, 대법원 선고일 이후 조세심판원의 심판례(조심 2012서1143, 2012.4.19.)에서도 1세대 1주택 비과세특례규정은 거주자의 주거생활을 안정시키기 위한 것으로서 비거주자에게 적용되지 않는 것으로 결정하고 있으므로 비거주자인 청구인에 대하여 소득세법 제95조 제2항 단서의 규정에 의한 <표2>의 장기보유특별공제율(80%한도)을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 국내에 1주택을 보유한 비거주자인 청구인이 1주택인 쟁점아파트를양도할 당시 1세대 1주택 요건을 충족한 것으로 보아 소득세법 제95조 제2항 단서 규정 <표2>의 연 8% 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.2.17. 종전의 부동산인 OOO원에 취득하여, 2004.12.31. OOO으로부터 주택재건축사업시행인가를 받고OOO주)로부터 쟁점아파트를 취득하여, 2009.5.29. 쟁점아파트를 21억원/에 양도하였으며, 조합원공급계약서에 의하면 종전부동산의 권리가액은/ 829,904,318*/원이며, 비거주자인 상태에서 1주택인 쟁점아파트를 양도한 것에 대하여는 처분청과 다툼이 없다.

(2) 청구인은 대법원 판례(2009두21147, 2011.07.14.)를 근거로 비거주자이지만 1세대 1주택의 요건을 충족하므로 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>의 연 8% 보유기간별 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다. (3) 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 <표1>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 단서에서 ‘양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 소득세법 시행령 제159조의2 는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 영 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 정하고 있다.

(4) 기획재정부 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법 제121조 제2항 의 개정취지는 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택의 장기보유특별공제율이 비거주자에게는 적용되지 아니 함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 소득세법의 1세대 1주택자의 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제면에서 지원하기 위한 것으로 보여지는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에 <표2>의 공제율을 적용하도록 하고 있는 바, ‘1세대’는 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것으로 청구인이 1주택인 쟁점아파트를 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시에는 비거주자로 청구인의 쟁점아파트는 소득세법 제95조 제2항 단서에서 규정하는 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 같은 항 단서 <표2>의 장기보유특별공제율이 아닌 같은 항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율이 적용되는 것이 타당하다 할 것이다 (조심 2011서3548, 2011.11.25. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 소득세법 제95조 제2항 단서의 < 표2>의 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못 이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.