토지・건물 등의 가액이 불분명한 경우 주택부분은 개별주택공시가액을, 주택외부분은 토지・건물의 기준시가를 적용함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 OOO 및 근린생활시설 482.59㎡인 겸용주택(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 1985.1.1.(간주취득일) 취득하여 2009.11.19. OOO2한 후, 주택부분이 고가주택 1세대 1주택에 해당되어 양도가액 안분계산을 하면서 양도가액에서 주택(154.78㎡)과 근린생활시설(482.59㎡)의 면적기준으로 하여 주택부분(부속토지 포함)은 OOO, 근린생활시설부분(부속토지 포함)은 OOO으로 안분․계산하여 양도소득세 예정신고․납부OOO를 하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사 시 쟁점부동산의 양도가액 OOO에 대한 안분은 주택부분 기준시가 OOO과 근린생활시설 기준시가 OOO을 적용하여 주택부분(부속토지 포함, 개별주택공시가액 적용) OOO과 근린생활시설(부속토지 포함, 기준시가 적용) OOO으로 안분․계산하여야 함에도 처분청이 청구인의 면적기준 안분․계산신고대로 인정하여 주택부분(부속토지 포함)의 양도가액을 OOO 초과 안분하여 고가주택 1세대 1주택의 장기보유특별공제액 OOO을 과다 공제함으로써 양도소득세 OOO을 과소결정한 사실을 지적하였다.
• 다. 처분청은 서울지방국세청장의 위 지적에 따라 2012.2.6. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 추가 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산 양도의 경우 토지․건물의 양도가액 구분이 분명하고 토지의 이용가치나 용도가 같고, 개별공시지가가 동일한 1필지이므로 면적이나 기준시가로 양도가액을 안분․계산하여야 함에도 처분청은 토지의 지상건물(주택과 근린생활시설)이 다르다는 이유로 주택의 부속토지는 개별주택공시가액을 토지․건물의 기준시가로 안분하고, 주택 외 건물인 근린생활시설의 부속토지는 개별공시지가로 계산한 바, 이는 토지양도가액을 실거래가액으로 하도록 하는 입법취지와 합목적성이 결여되어 위법․부당한 경정처분이다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 하는 것으로서, 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는소득세법제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의한 개별주택가격을, 주택이외의 건물과 부수토지에 대하여는 같은 호 가목 및 나목에서 규정하는 기준시가를 적용하여 안분계산 하여야 적법하다.

• 가. 쟁 점 개별주택공시가액이 있는 겸용주택양도에 대한 안분계산 시 토지․건물 등의 가액이 불분명한 것으로 보아 주택부분은 개별주택공시가액을, 주택외부분은 토지․건물의 기준시가를 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)소득세법제100조 제2항(양도차익의 산정)은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하고, 같은 법 시행령 제166조 제6항(양도차익의 산정 등)은 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하며, 부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산) 제4항 제1호는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하도록 규정하고 있다.

(2) 쟁점부동산에 대하여 청구인과 후 소유자인 서OOO이 체결한 부동산매매계약서(2009.9.11.)는 아래 <표1>과 같다.

(3) 쟁점부동산에 대한 청구인의 양도소득세 신고와 처분청의 과세 내역을 요약하면 아래 <표2>와 같이 나타난다.

(4) 살피건대, 쟁점부동산 양도 시 청구인은 쟁점부동산을 토지 OOO과 건물 OOO으로 구분하여 양도하였으나, 근린생활시설부분의 가액이 그 기준시가에 66%에 불과하고 건물이 주택과 근린생활시설인 겸용주택임에도 건물 해당 2억원이 주택부분과 주택외부분인 근린생활시설부분이 구분되지 아니한 상태로 양도된 점에서 건물가액이 불분명해 보이는 점 및 당해 주택이 개별주택가격이 고시되어 있는 점에서소득세법제99조 제1항 제1호 가목, 나목, 라목의 규정에 따라 주택 외 부분의 부속 토지는 개별공시지가, 주택외건물(상가)은 기준시가, 주택부분(부속토지 포함)은 개별주택가격이 있는 경우에 해당하므로 각 가액기준으로 안분하는 것이 합리적인 것으로 보인다. 따라서, 청구인이 양도가액을 면적기준으로 안분․계산하여 OOO 상당액을 주택부수토지에 초과 안분하여 고가주택 1세대 1주택의 장기보유특별공제액 OOO 상당액을 과다 공제를 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.