관련법령의 내용과 입법 취지 등으로 보아 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만을 차감하여야함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.9.14. 취득한 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 주택재건축사업에 제공하고 새로이 취득(2005.1.18. 사용승인)한 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2009.5.8. 양도하고 조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 종전주택의 양도소득을 포함하여 산출세액 전액이 감면되는 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대해 조세특례제한법제99조의3 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 종전주택의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2012.4.6. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있어 청구인은 2005.1.28. 사용승인 받은 신축주택을 2009.5.8. 양도하였으므로 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다. 종전주택의 양도소득에 대해서는 감면소득으로 보지 아니한다는 과세관청의 해석사례는 취득일로부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액에 대한 특별한 언급이 없거나 과세관청 내부의 세법해석기준 또는 집행기준에 불과하고 이를 일반 납세자에게 적용하여 납세자에게 불이익을 주는 것은 조세법률주의를 위반하는 것이다. 설령, 과세관청의 의도대로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득전 양도소득금액은 감면을 배제하는 것으로 해석하더라도, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산에 관한 사항을 규정하고 있는 「조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산산식대로 계산하면 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도하는 물건은 양도소득금액 전부에 대하여 감면을 적용받을 수 있다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세의 감면을 규정하고 있고, 국세청의 세법해석사례에서도 재건축주택에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하였으며, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우에는 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것으로 양도소득세 감면대상이 되는 소득금액은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 소득을 의미하는 것으로 보는 것이 타당하고, 침체된 주택시장을 활성화한다는 입법취지를 감안하더라도 종전주택의 양도소득금액은 감면소득에서 배제하는 것이 합리적이고 합목적적이므로 종전주택의 양도소득금액을 감면배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축주택의 종전주택 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 신축주택 등기부등본에 의하면, 청구인은 신축주택을 2005.3.11. 소유권보전으로 소유권을 취득하여, 2009.2.9. 매매를 원인으로 2009.5.8. 소유권 이전한 것으로 확인된다.

(2) 처분청이 제출한 종전주택 및 신축주택의 매매계약서에 의하면, 청구인은 1998.8.3. 종전주택을 매매대금 OOO원에 취득하였고, 2009.2.9. 신축주택을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였다.

(3) 처분청이 제출한 새한감정평가법인의 종전주택에 대한 ‘재건축 관리처분계획수립 일괄건설팅 보고서’에 의하면, 새한감정평가법인은 2001.7.16. 종전주택을 OOO원으로 평가하였다.

(4) 동부건설주식회사가 청구인에게 통지한 신축주택 재건축 분담금납입현황자료에는 청구인이 신축주택 재건축 청산금으로 동부건설주식회사에 OOO원을 납부한 사실이 나타난다.

(5) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 당초 청구인이 신축주택 양도에 대하여 산출세액 OOO원이 감면되는 것으로 하여 신고한 것에 대하여 처분청은 신축주택의 양도로 발생한 양도소득금액에 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 감면소득금액을 계산하고 이를 기초로 감면세액을 OOO원으로 재계산하여 가산세 등을 가산하여 양도소득세 OOO원을 추가고지하는 것으로 경정하였다.

(6) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임). 따라서 종전주택의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.