쟁점시설의 제작ㆍ설치가 사료 및 유류제조ㆍ판매 등 과세사업과 직접 관련된 것으로 보아 실지 귀속에 따라 매입세액을 공제함이 타당함

OOO세무서장이 2011.12.21. 청구법인에게 한 2008년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 OOO원의 환급 경정청구에 대하여 OOO원을 환급한 처분은, 청구법인 제시 기계장치 및 설비가 사료 및 유류 제조․판매와 직접 관련된 기계장치 및 설비인지 여부를 확인하고 그 실지 귀속에 따라 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 서울특별시 OOO에서 음식물쓰레기를 수거하여 사료 및 유류를 제조하여 판매하는 법인으로서, 2008.2.25. OOO주식회사와 『송파구 음식물류 폐기물 처리시설』제작 및 설치에 관한 계약을 체결하고 OOO원의 세금계산서를 수취하여 2008년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 신고시 전액 면세관련 매입세액으로 신고하였다가 청구법인이 취득한 기계장치 중 과세사업인 사료 및 유류 제조를 위한 기계장치 제작 및 설치(이하 “쟁점시설”이라 한다) 관련 매입세액 OOO원에 대하여 2011.10.13. 처분청에 부가가치세를 환급할 것을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 OOO주식회사로부터 수취한 세금계산서상의 매입세액은 과세사업과 면세사업의 실지 귀속이 불분명하다고 하여 총매입세액 중 총공급가액 대비 과세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산하여 2011.12.21. 청구법인에게 OOO원을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 음식물 쓰레기의 처리는 현재까지 불순물을 제거한 후 수분에 가까운 슬러지(미세한 침전물) 상태로 지정된 장소에 해양투기를 하거나 퇴비화하는 방식이었으나 2013년부터 런던의정서에 따라 전 세계적으로 해양투기가 금지되어 청구법인은 수익성이 떨어지는 퇴비판매보다 별도의 공정을 통해 사료 및 유류를 생산하기로 결정하였다. 사료 및 유류 제조공정은 음식물 쓰레기를 미세하게 파쇄하는 단계(1단계), 파쇄된 쓰레기 중 불순물을 제거하여 원재료를 구분하는 단계(2단계), 원재료를 이용한 사료의 제조단계(3단계), 완성된 사료의 보관 단계(4단계) 등 크게 3～4단계로 구분할 수 있으며, 이 중 1～2단계는 일반적인 음식물처리과정(면세사업)에 해당하고, 3단계 이후부터는 선별된 원재료(슬러지)를 이용하여 사료 및 유류를 제조․보관하는 공정에 해당하여 각 공정별로 기계설비의 실지 귀속이 명확히 구분된다. 청구법인의 수입금액은 음식물 쓰레기 위탁처리용역대가와 사료등 재화의 판매수입으로 구성되어 그 원천이 다르고, 위탁처리용역의 제공은 폐기물관리법상의 음식물 쓰레기를 수거하여 해역으로 배출함으로써 완료되는 반면, 사료 등의 공급은 새로운 공정을 통해 제조되는 별개의 독립적인 사업이므로 쟁점시설에 귀속된 매입세액은 그 전액을 공제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 구분한 사료 등 제조공정은 음식물 쓰레기 처리 전공정이 단계적으로 연결되어 있는 일체된 설비에서의 마지막 단계 공정으로서 청구법인이 임의로 정한 기준이라 할 수 있고, 과세물품인 사료 및 유류는 음식물 쓰레기 처리과정에서 필연적으로 발생하는 부산물이 사료화, 유류화된 것이다. 또한, 쟁점시설은 2013년부터 음식물 쓰레기 해양배출 금지가 전면 시행됨에 따라 종전 1, 2단계에서 끝낸 음식물 쓰레기 처리공정을 3, 4단계까지 연장할 수 밖에 없기 때문에 설치된 시설로서 음식물 쓰레기 처리업(면세) 허가를 얻기 위한 전제조건으로 폐기물처리업(생활폐기물) 허가조건에 따라 설치된 시설에 해당한다. 따라서, 과세사업과 면세사업의 실지 귀속이 불분명한 것으로 보아 총매입세액 중 과․면세 공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 과세사업분(사료, 유류, 임대)에 대한 매입세액을 공제하여 환급한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점시설의 제작․설치가 사료 및 유류제조․판매 등 과세사업과 직접 관련된 것으로 보아 실지 귀속에 따라 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 부가가치세법 시행령제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액 대비 과․면세 공급가액의 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 2008.4.7. OOO구청장과 “송파음식물폐기물처리시설 설치․운영 사업추진실시협약”을 체결하고 2008년 제1기부터 2011년 제1기까지 음식물류 폐기물 처리시설 및 사료․유류 제조시설의 제작 및 설치와 관련하여 OOO주식회사로부터 OOO원 상당(부가가치세 포함)의 세금계산서를 수취하였으며, 동 시설은 OOO구청에 기부채납하는 것으로 하여 20년간 무상사용하는 권리를 취득하였다.

(3) 청구법인은 위 시설의 설치로 음식물 쓰레기 처리에 따라 OOO구청으로부터 받는 용역수수료 수입과 사료 및 유류를 제조․판매함에 따른 재화판매 수입이 있으며, 그 중 과세사업인 사료 및 유류제조공정과 직접 관련되었다는 쟁점시설의 제작 설치와 관련된 매입세액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점시설이 과세사업과 면세사업간의 실지 귀속이 불분명하다고 하여 공통매입세액 OOO원을 총공급가액 대비 과세 공급가액의 비율로 안분계산하고 OOO원을 환급하였다.

(4) 청구법인은 음식물 쓰레기를 소각, 파쇄, 중화하는 면세사업 공정과 이를 거쳐 만들어진 슬러지를 이용하여 사료 및 유류를 제조하는 과세사업 공정은 구분되고, 각 공정별로 기계설비의 기능도 다르다고 주장하면서 아래의 자료를 제시하고 있다. (가) 사료의 제조공정은 크게 4단계로 구분하고, 1, 2단계는 음식물처리과정(면세), 3, 4단계는 선별된 원재료(슬러지)를 이용하여 사료를 제조 및 보관하는 과정이며, 단계 내용 비고 1단계 음식물 쓰레기를 미세하게 파쇄하는 단계 2단계 파쇄된 쓰레기 중 불순물을 제거하여 원재료를 구분하는 단계 3단계 원재료를 이용한 사료의 제조단계 사료 제조과정 4단계 완성된 사료의 보관단계 사료 보관과정 위 단계를 기계장치 기능별로 세분하면 아래와 같다고 주장하면서, 각 기계장치의 설계도와 사진을 제시하고 있다. (나) 유류의 제조공정은 크게 3단계로 구분되고, 1, 2단계는 음식물처리과정(면세), 3단계는 선별된 원재료(슬러지)를 이용하여 유류를 제조하는 과정이며, 단계 내용 비고 1단계 음식물 쓰레기에서 폐수를 분류하는 단계 2단계 폐수중에서 유류생산에 필요한 원재료 구분단계 3단계 원재료를 이용한 유류의 제조단계 사료 제조과정 위 유류제조공정을 기계장치의 기능별로 세분하면 1, 2단계는 사료제조공정과 유사하고 과세사업인 3단계를 기계장치 기능별로 구분하면 아래와 같다고 주장하면서, 각 기계장치의 설계도와 사진을 제시하고 있다.

(5) 청구법인이 음식물 쓰레기를 처리하여 사료 및 유류를 제조․판매하는 사업에 관한 허가사항 등을 본다. (가) 청구법인은 2009.11.9. 서울특별시장으로부터 폐기물처리업 중 폐기물중간처리업 허가를 받고, 그 허가조건은 ① 폐기물관리법 등 관련법령에 의한 폐기물처리업 제반관리규정을 준수할 것, ② 사료관리법 시행규칙제6조의 규정에 의한 사료제조업의 시설기준에 적합한 시설을 갖추어 운영할 것 등이 명시되어 있으며, 위 허가조건②에 따라 청구법인은 사료 및 유류 기계장치를 설치하고 단미사료제조업 등록을 하였다. (나) OOO구청장과의 “송파음식물류 폐기물처리시설 설치․운영 사업추진실시협약서” 제3조는 사료 및 유류제조시설은 음식폐기물처리시설(의료보건용역)과는 별도시설 및 사업으로 규정하고 동 시설을 이용하여 얻는 수입은 별도사업수입이라고 규정하고 있다. (다) 청구법인이 허가받은 폐기물처리업 중 폐기물중간처리업은 음식물쓰레기 소각, 파쇄, 중화의 공정을 담당하고, 그 결과물을 이용한 사료 및 유류제조는 필수적이 아니라 경영정책상의 선택적인 사업에 해당한다.

(6) 청구법인은 2007년 12월 설립시부터 2009년 제2기까지 과세사업인 사료 및 유류 제조․판매수입은 발생하지 아니하다가 2010년 제1기와 제2기에는 총수입 대비 과세사업 수입의 비율이 각 3.7%, 3.4%였으며, 2012년 제1기에는 5.5%, 2012년 제2기 예정분은 9.1%로 과세매출비율이 계속 증가하는 추세인 것으로 나타난다.

(7) 이상의 관련법령 및 사실관계를 종합하여 사료 및 유류제조 기계장치 및 설비에 실지 귀속되는 매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인의 음식물 쓰레기 처리공정과 사료 및 유류 제조공정에 대하여 살펴보면, 공정이 순차적으로 진행되어 앞단계 공정은 음식물 쓰레기를 처리하는 공정, 뒷단계 공정은 음식물 쓰레기 처리로 만들어진 슬러지를 이용하여 사료 및 유류를 제조하는 공정으로 구분이 가능하고, 음식물 쓰레기를 처리하는 업체 중 이를 수거하여 해양투기하는 업체 또는 퇴비를 생산하는 업체들은 청구법인과 같이 사료 및 유류를 제조하는 공정이 없는 점 등 청구법인 제시 사료 및 유류제조 공정에서의 기계장치 및 설비는 음식물 쓰레기를 소각, 파쇄, 중화하는 면세 공정과는 구분된다고 봄이 타당하다. (나) 청구법인이 음식물 쓰레기를 처리하는 사업과 관련된 허가사항 등을 살펴보면, 서울특별시장으로부터 폐기물중간처리업 허가를 받으면서 그 허가조건에 사료관리법 시행규칙제6조의 규정에 의한 사료제조업의 시설기준에 적합한 시설을 갖추어 운영하도록 되어 있고, 그에 따라 청구법인은 사료제조업 시설을 갖추어 단미사료제조업 등록을 하였으나 이는 음식물 쓰레기 폐기에 대체하여 사료 등을 제조하여 재활용하는 과정에서 발생할 수 있는 불법행위 또는 시민들 생활을 불편하게 하거나 해하는 행위 등을 방지하기 위한 조건일 뿐 폐기물중간처리업과 사료제조업은 구분되는 사업으로 볼 수 있다. OOO구청장과의 협약에서도 사료 등의 제조에 따른 재화제조 수입은 음식물 쓰레기 처리 용역수수료 수입과는 구분되는 별도의 시설, 사업 및 수입인 것으로 규정하고 있다. (다) 매입세액의 안분계산에 관하여 살펴보면, 처분청과 같이 총매입세액을 과․면세 공급가액의 비율로 안분계산할 경우, 설비투자 초기에는 사료 및 유류 등 과세재화의 매출은 적거나 없는 반면, 수거용역료 수입은 많게 되어 시설투자금액과 매입세액 공제간의 대응관계가 성립하지 않는 불합리한 점이 있고, 지방자치단체의 음식물 쓰레기 처리용역료 단가 변경 또는 사료 및 유류 공급확대 및 가격의 변동에 따라 과․면세 공급가액의 비율이 수시로 변경될 수 있다. 실제로도 청구법인은 과세공급가액의 비율이 초기에는 전혀 없다가 기간 경과에 따라 계속 증가추세에 있는 것으로 나타난다. (라) 따라서, 청구법인의 사료 및 유류 제조 기계장치 및 설비는 음식물 쓰레기 처리시설과는 별도의 시설이라고 할 수 있어 그 실지 귀속에 따라 부가가치세 매입세액을 공제함이 타당하므로 청구법인이 제시한 사료 및 유류 제조 기계장치 및 설비에 대하여 각각 동 사업과 관련되는 시설인지 여부를 확인하여 매입세액을 공제하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.