조세심판원 심판청구 종합소득세

주무관청에 등록되지 아니한 종교단체에 대한 기부금은 소득공제대상에 해당하지 아니함

사건번호 조심-2012-서-1661 선고일 2012.05.15

주무관청에 비영리법인 설립허가를 신청하였으나 종교・사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 설립 허가가 불허된 사실이 확인되는 반면, 청구인이 제출한 등록증 등은 종교와 무관하게 부동산등기 및 세법의 집행을 위한 것이므로 주무관청에 등록된 기부금 대상 단체에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인[이 건 과세와 관련하여 OOO(주)로부터 근로소득를 수령하고 있었다]은 OOO 소재 OOO예수교회(이하 “OOO”라 한다)로부터 발급받은 OO,OOO,OOOO(OOOOO OO,OOO,OOOO OOOOO OO,OOO,OOOO OOOOO OO,OOO,OOO원으로서 이하 “쟁점기부금”이라 한다)의 기부금영수증에 근거하여 2007년~2009년 귀속 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 받았다.
  • 나. OOO세무서장은 2011.1.21.~2011.5.31. OOO에 대한 조사를 실시하여 OOO가 주무관청에 등록되지 않은 종교단체이므로 쟁점기부금은 기부금 소득공제대상에 해당하지 아니한다는 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2012.2.6. 청구인에게 종합소득세 2007년 귀속 OOO원, 2008년 귀속 OOO원, 2009년 귀속 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 처분청은 OOO가 법인세법 시행령제36조 제1항 1호 마목 소정의 비영리법인에 해당하지 않는다 하여 엄청난 가산세와 함께 2007년~2009년 귀속 종합소득세를 과세하였으나, OOO는 1984.3.14. 종교의 보급 기타교화를 목적으로 설립되어 1993.10.15. OOO구청장에게 종교단체등록(등록번호 )을 하였고, 1999년에는 관할 OOO세무서장으로부터국세기본법제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인(고유번호: )을 받아 세법의 적용을 받고 있으므로 위 법인세법 시행령제36조 제1항 제1호 마목 소정의 비영리법인에 해당된다 할 것이며, 설령, OOO가 위 시행령상 비영리법인이 아니라 하더라도 청구인은 오랜 기간 OOO에서 신앙생활을 하면서 신도로서 매년 소득의 일정금액을 헌금하고 이에 대한 기부금영수증을 발급받아 당연히 소득공제가 되는 것으로 알고 있었으며 종교단체가 주무관청에 등록을 하여야 하는지 알지 못하였고, 종교관련 주무부서인 문화관광부(종무실)에서 다른 종교단체와 동일하게 각종 지시와 보고를 요구하여서 OOO가 등록되지 아니한 단체인지 여부는 알지 못하였으며, 세무당국 또한 기부금공제에 대하여 지도나 제재가 없어서 청구인은 이를 적법한 것으로 믿은 선의의 피해자이므로 이 건 종합소득세 과세처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 소득세법제52조 제6항 규정의 기부금특별공제를 적용 받기위해서는 기부금납입영수증 외에 개별종교단체 또는 그 단체가 속한 교파의 총회 등이 주무관청에 허가 또는 등록되어 있음을 증명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하여야 하나 청구인은 제출하지 아니하였고, OOO가 주무관청에 등록된 증거로 제시한 OOO시 OOO구청장이 발행한 종교단체등록증명서는부동산등기법제41조의2[등록번호 부여절차, 1992.12.8 개정]에 의하여 부동산등기를 위해 관할구청장으로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것에 불과하여 법인세법 시행령에 정한 주무관청에 허가 또는 등록되었다고 볼 수 없으며, OO세무서장으로부터 발급받은 사업자등록증은 세법과 관련된 원천징수 등 납세편의를 위해 사업자등록번호를 부여한 것에 불과하므로 이에 의해서 법인세법 시행령에서 규정한 바와 같이 주무관청에 등록된 것으로 볼 수 없다. 따라서 법인으로 보는 단체로 승인되거나 주무관청의 관리․감독을 받아온 이상 주무관청에 허가 또는 등록한 것과 동일하게 취급하여야 한다는 해석은 조세법률주의에 의해 허용되지 않으므로 쟁점기부금을 비지정기부금으로 보아 종합소득세를 고지한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인이 OOO로부터 발급받은 기부금영수증상의 기부금에 대한 소득공제를 부인하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제34조 [기부금의 필요경비불산입] ① 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다)중 당해년도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 필요경비에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 제2항의 규정에 의하여 필요경비에 산입하는 기부금과 제45조의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "필요경비산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 사업자의 소득금액의 계산에 있어서 이를 당해년도의 필요경비에 산입하지 아니한다.(각호 생략) (2) 소득세법 시행령 제80조 [지정기부금의 범위] ① 법 제34조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법인세법 시행령제36조 제1항 각호의 것 (3) 법인세법 시행령 제36조 [지정기부금의 범위 등] ① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한정한다.

  • 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로민법제32조에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) (4) 민법 제32조 [비영리법인의 설립과 허가] 제32조(비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(5) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제3조 [설립허가의 신청]민법제32조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 제1호서식에 의한 법인설립허가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 문화체육관광부장관 또는 문화재청장(권한의 위임이 있는 경우에는 그 위임을 받은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사 및 특별자치도지사를 말한다. 이하 "주무관청"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 주무관청은전자정부법제21조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 재산목록에 기재된 재산 중 토지 또는 건물의 등기부 등본을 확인하여야 한다.

1. 설립발기인의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소와 정관을 기재한 서류) 1부

2. 정관 1부

3. 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야 한다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각1부

4. 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부

5. 임원 취임예정자의 성명ㆍ주민등록번호ㆍ주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서 각 1부

6. 창립총회회의록 (설립발기인이 법인인 경우에는 법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 사본 1부 제4조 [설립허가] ① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.

1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것

2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어있거나 확립될 수 있을 것

3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것

② 주무관청은 법인설립허가신청을 받은 때에는 특별한 사유가 없는 한 20일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 허가를 하는 때에는 별지 제2호서식에 의한 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고, 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다.

③ 주무관청은 법인의 설립허가를 하는 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다. (6) 국세기본법 제15조 [신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 OOO세무서장이 통보한 청구인 등에 대한 과세자료, 종합소득세 결정결의서 등의 심리자료에 의하면, (가) OOO세무서장은 OOO가 발행한 기부금영수증이 소득공제 대상이 되지 아니하는 것으로 과세자료를 통보하자 처분청은 아래 <표>와 같이 쟁점기부금에 대한 기부금 소득공제를 부인하고 이 건 종합소득세를 과세하였던바, OOOOOOOOO OOOO (OO: O) (나) OOO는 1984.3.14. 창립되어 당시 OOO세무서장이 1993.10.15. 면세사업자로 직권등록하였으나, 법인세법 시행령제36조 제1항이 규정한 주무관청의 허가를 얻어 설립된 단체가 아님에도 기부자들에게 기부금영수증 발행하였으며, (다) OOO는 2010.12.31.민법제32조 및문화체육관광부 및 문화재청소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제3조에 의거 주무관청인 OO도지사에게 비영리법인 설립허가를 신청하였으나, OO도지사는 공익을 해하고, 허가시 종교․사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 설립허가를 불허하였다.

(2) 이에 대하여 청구인이 제출하는 증빙은 다음과 같다. (가) OOO세무서장이 발행한 OOO의 사업자등록증에는 OOO가 1993.10.15. 비영리종교단체로 등록된 사실이 나타나는데, 이는 당시 OOO세무서장이 OOO를 법인으로 보는 단체로 하여 면세사업자로 직권등록한 것이다. (나) OOO의 종교단체등록증명서에는 OOO가 1993.10.15.부동산등기법에 의하여 OOO시 동안구청장에게 등록된 사실이 나타나고 처분청은 동 등록증명서는 부동산등기용 등록증이라는 의견이다. (다) 문화관광부장관이 발송한 종교단체 주요 현황조사 협조요청 공문(종이 , 2001.1.15.; 종이 , 2002.1.14.) 등에는 당시 문광부장관(종무실장)이 종교 단체의 주요 현황을 조사하여 관련 정책 및 행정에 참고하고 통계자료로 활용하기 위해 OOO 등에게 교세 실상과 변동사항을 작성하여 제출할 것을 요청한 것으로 나타난다. (라) 이외 청구인은 OOO세무서장이 OOO에 보낸 2001년 법인세 신고안내문(2001.12월)을 제출하였다.

(3) 살피건대, 처분청은 청구인이 OOO로부터 발급받은 기부금영수증상 기부금이 기부금 소득공제대상이 아닌 것으로 보아 과세처분을 하였고, 이에 대한 청구인의 주장은 다음의 이유로 받아들일 수 없다고 판단된다. (가) 우선, 청구인은 OOO가 주무관청에 등록된 지정기부금 대상 단체에 해당한다고 주장하나,소득세법제34조 및 같은 법 시행령 제80조와 법인세법 시행령제36조에 의하면 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 지출하는 금액을 지정기부금으로 규정하고 있는바, OOO가 주무관청에 비영리법인 설립허가를 신청하였으나 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 설립 허가가 불허된 사실이 확인되는 반면, 청구인이 제출한 등록증 등은 종교와 무관하게 부동산등기 및 세법의 집행을 위한 것이므로 OOO가 주무관청에 등록된 기부금 대상 단체에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음, 청구인은 처분청의 과세처분이 신의칙에도 위배된다고 주장하나, 신의측의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 처분청이나 과세관청이 OOO가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 아니하겠다는 의사표시를 한 사실이 달리 확인되지 아니하므로 신의칙에 위배된다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2011광4984, 2011.12.9. 등 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)