종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인 보유 토지에 대한 종합부동산세 산정시 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 방법으로 산정하여 2011.11.21. 청구법인에게 2011년 귀속 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 결정고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종합부동산세법제14조 제3항, 제6항, 제7항은 종합(별도)합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액은 토지분 종합(별도)합산세액에서 이를 공제한다고 규정하면서 그 구체적인 계산방법은 시행령에 위임하였고, 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항은 다음과 같은 산식, 즉, “종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 = 대상 부동산분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 대상 부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 대상 부동산을 합산하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 계산하도록 규정하고 있는바, 이는 2008년까지 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법과 비교해 볼 때 달라진 것은 “대상 부동산분 과세표준에 대하여 종합(별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액” 부분으로, 이를 문언대로 해석하면 “과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율 × 재산세 표준세율”로 해석해야 하나, 처분청이 이를 “과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율 × 공정시장가액 비율 × 재산세 표준세율”로 해석하여 공정시장가액 비율을 이중적용하는 것으로 해석하는 것은 그 근거를 찾기 어려운 해석으로, 2008년 이전까지 계산하였던 방식인 “과세기준금액 초과분 공시지가 × 공정시장가액 비율 × 재산세 표준세율”로 해석하는 것이 타당하
• 다. 종합부동산세와 재산세 사이에 발생하는 이중과세 조정의 문제는 종합부동산세 부과대상인 과세기준금액 초과분 부동산에 부과되는 재산세액을 공제하는 방법으로 해결하고 있고 있는바, 앞서 살펴본 바와 같이 공정시장가액비율을 거듭 적용함으로써 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 실제 공제되어야 할 재산세 중 공정시장가액 비율 상당액에 한정하는 것은 명백히 이중과세에 해당하는 것이고, 종전 종합부동산세법의 위헌 여부가 쟁점이 된 헌법재판소 결정(2006.3.30. 선고, 2003헌가11) 및 토지초과이득세법의 위헌여부가 쟁점이 된 헌법재판소 결정(1994.7.2 9.선고, 92헌바49)의 취지와 그동안 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 세액은 전액 공제된다고 발표한 정부의 공적인 견해표명과도 맞지 아니하므로 처분청의 계산방식은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2009.2.4. 개정된 종합부동산세법 시행령은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액에 대하여 종전 종합부동산세 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제하도록 하던 것을 실제 과세되는 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 상당액을 공제하는 것으로 그 계산방법이 개정되었는바, 이러한 개정취지에 맞추어 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 계산한 처분청의 계산방식이 타당하고, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 해당 금액에 대한 재산세 상당액을 종합부동산세법 시행령에 따라 공제하고 있어 이중과세 문제는 발생하지 않는다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법․부당한 처분인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 종합부동산세법 시행령제5조의3에 규정된 재산세 공제액의 산출방식에 대하여 “과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 “과세대상의 토지분 과세표준”으로 개정된 것을 반영하여 이미 과세된 재산세 부과세액 합계액에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세상당액에서 차지하는 금액을 종합부동산세액에서 공제하는 방식으로 과세한 것으로 나타난다.

(2) 종합부동산세법제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세의 과세표준을 과세기준금액을 초과한 공시가격에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로, 지방세법제110조 제1항에서는 토지․건축물․주택에 대한 재산세의 과세표준은 시가표준액에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 산정하도록 규정하고 있다.

(3) 2009.2.4., 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 “종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합․별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 하도록 규정하였으나, 2009.2.4., 대통령령 제21293호로 개정된 이후에는 “종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합․별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 / 종합․별도합산과세대상인 토지를 합산하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 계산하도록 규정하고 있다. 또한, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식(종합부동산세 신고서) 부표(2) 작성요령 7번에는 “과세표준 표준세율 재산세액”을 “(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%(별도합산토지의 경우 0.4%)”로 계산하도록 규정하고 있다. (4) 기획재정부가 2009년 5월경 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’ 책자에는 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 산출방식을 규정한 종합부동산세법 시행령제4조의2 개정이유에 대하여 “공정시장가치 기준으로 종부세 과세표준 산정방식이 변경됨으로 인해 과세기준금액 초과 금액 중 일부가 과세표준에서 제외되는 부분이 발생”하고, “과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세액을 공제할 경우 재산세액이 과다 공제되는 문제가 발생”하기 때문이라고 기재되어 있다. (5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합․별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합․별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다. 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) 종합부동산세법(2010.3.31., 법률 제10221호로 개정된 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22586호로 개정된 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산 과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 (3) 종합부동산세법 시행령(2009.2.4., 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산 과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제7항의 규정에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산 과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(4) 지방세법(2010.12.27., 법률 제10416호로 개정된 것) 제110조(과세표준) ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (5) 지방세법 시행령(2010.12.30., 대통령령 제22586호로 개정된 것) 제109조 [공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60