수탁 업체가 다른 업체에게 위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상임

1. OOO세무서장이 2011.12.26. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도 OOO원의 경정청구 거부처분은OOO 한다)가 다른 업체에게 재위탁하여 지급한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 지급한 비용만을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 액정평판 디스플레이 제조업을 영위하는 내국법인으로, 2008～2009사업연도 중 OOO라는 과제명으로 전사업무를 전산화하기 위하여 OOO을 지급하고, 2009사업연도 법인세 신고시 그 중 3%인 OOO원을 생산성향상시설투자세액으로 산출세액에서 공제하였으나, 이후 OOO(2009사업연도) 등이조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 소정의 연구 및 인력개발비에 해당한다고 보아, 2011.11.15. OOO을 환급하여야 한다는 내용의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 위 경정청구에 따른 조사를 실시하여, 청구법인이 지급한 전산위탁개발비 중 OOO가 아래 <표>와 같이 제3자에게 재위탁하여 지급한 OOO(이하 “쟁점용역비”라 한다)은 재위탁개발비로서 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다고 보아, 2011.12.26. 청구법인에게 위 경정청구 중 법인세 2008사업연도 OOO에 대한 부분을 거부한다는 내용의 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조특법 시행령 [별표6]에 의하면 타기업의 연구전담부서에 기술 개발용역 등을 위탁함에 따른 “위탁개발비”가 연구 및 인력개발비로 세액공제대상에 해당한다고 열거하고 있을 뿐, 당해 위탁개발비의 사용범위를 별도로 규정하고 있지 아니한바, 위탁개발비 중 다시 제3자에게 용역을 위탁하고 지급한 금액에 대하여도 제한이 없는 점, 비록 기획재정 부의 예규(재조특-844, 2009.9.25.)에서 “수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니한다.”고 해석하였으나 이는 법령의 규율범위를 벗어나는 행정해석인 점, 연구 및 인력개발비 세액공제의 취지를 기업의 연구개발활동을 지원하기 위한 조세지원정책이라고 보면, 제3자에게 재위탁한 부분이 “연구개발활동의 일환”으로 이러어졌다면 연구개발용 원재료의 구입 이나 시범제작을 위한 외주가공을 위하여 제3자에게 지출한 비용 등과 다르게 보아 제한할 이유가 없는 점, 최근 개정 조특법은 재위 탁비도 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상금액으로 포함한 점, OOO는 여러 개의 전산개발 프로젝트를 진행하면서 각각의 프로젝트에 대한 책임은 OOO에게 귀속되고 다만 재위탁업체 소속 인원은 개발업무를 지원하기 위하여 프로젝트에 참여한 것인바, 전산개발의 재위탁이라기 보다는 사실상 개발 인력에 대한 외주용역에 가깝다고 보이는 점 등을 종합하였을 때, 쟁점용역비는 OOO의 연구개발을 수행하는 개발 인원에 대한 비용의 일부를 구성하므로 그 전액을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 포함하여야 한다.

(2) 청구법인과 직접 계약을 체결하는 형식을 취하지는 아니하였더라도 재위탁개발비 중 연구전담부서로 등록된 회사에 지급되어 위탁개발비와 그 실질이 동일한 부분에 대하여는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 인정할 수 있다 할 것인바, 쟁점용역비 중 적어도 청구법인이 연구전담부서로 등록된 회사에게 지급한 금액(OOO)을 연구 및 인력개발비로 인정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 법률에서 모든 연구개발비의 종류와 성격, 규모 등을 빠짐 없이 열거할 수 없으므로 다툼이 발생하는 경우에는 권위 있는 행정기관의 유권해석을 통하여 법령을 해석하고 적용하여야 하는데, 기획재정 부의 예규(재조특-844, 2009.9.25.)에 의하면 “수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 조특법 제9조 1항에 따른 연구인력개발에 필요한 비용에 해당하지 아니한다.”는 것인바, 수탁용역업체인 OOO가 재위탁한 전산개발비용 전액을 연구 및 인력개발비에서 제외하여야 한다.

• 가. 쟁 점

① 위탁개발비로 지급된 쟁점용역비 전부를 연구 및 인력개발비 세액공제대상으로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점용역비 중 연구전담부서 등록의 요건을 구비한 재위탁 업체에게 지급된 금액을 연구 및 인력개발비 세액공제대상으로 볼 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ 유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비 스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 [별표 6]의 비용을 말한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조 제2항 제1호 에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 [별표 6]의 비용을 말한다. [별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조제2항관련) 구분 비용

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (5) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위 】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호가 목에서“전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 관련 비용이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 조특법 시행령 [별표6] 제1호 나목 ① 소정의 “ 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 ”에 포함된다고 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다.

(2) 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규 정을 두고 있지 아니한 점, 조특법 시행령 [별표6]에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임).

(3) 다만, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령[별표6]에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-OOO2012.3.12.) 하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조), 동일 건에 대하여 감사원의 2003년OOO 연구인력개발비 세액공제 관련 환급 경정청구) 시도 과세되지 않았고, 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.) 시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. OOO에서 불문의결 되었다는 통지를 한 점(재정경제감사국 OOO) 등을 감안할 때,OOO가 다른 업체에게 재위탁한 연 구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용만을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 봄이 타당하다고 보인다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.