일괄양도한 쟁점부동산의 토지와 건물의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2012.2.6. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2011.5.3. OOO대지 387.7㎡ 및 지상건물 634.02㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 양도하고, 2011.7.28. 토지 및 건물의 양도가액을 각각 OOO원으로 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 양도가액중 토지가액과 건물가액 구분이 불분명하다 하여 기준시가로 안분계산하여 2012.2.6. 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 토지와 건물가액을 시세에 따라 구분하여 당초 매매계약서를 수정하고 이에 따라 실제거래가액으로 신고하였음에도 처분청이 이를 부인하고 기준시가로 안분하여 과세하는 것은 부당하며, 청구인이 한 신고내용을 수용할 수 없다면, 쟁점부동산에 대한 감정평가법인의 감정가액이 있으므로 이 감정가액에 따라 쟁점부동산의 토지, 건물가액을 안분 계산하여 양도소득세를 경정․결정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 양도가액은 토지가액과 건물가액 구분이 불분명하여 기준시가로 안분계산한 것이고, 청구인이 제시한 감정평가액은 양도소득세 부과처분 후인 2012.3.13. 소급하여 작성된 것이므로 이를 적용할 수 없다.

• 가. 쟁 점 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명하다 하여 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 따르면, 청구인은 2010.9.30. OOO원에 취득한 쟁점부동산 중의 대지상에 20011.2.28. 다가구주택을 신축하여 2011.5.3. OOO원에 양도하고, 2011.7.28. 토지 및 건물의 양도가액을 각각 OOO원으로 2011.7.28. 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 위 쟁점부동산의 양도와 관련하여 매매계약서 2개(당초 계약서와 부동산거래계약신고 및 양도소득세 신고시 제출한 토지․건물 구분 매매계약서)가 있는 것으로 나타나며, 그 계약서의 주요내용은 다음 <표>와 같다.

(3) 처분청 담당공무원의 양도소득세 조사복명서(2011.11.21.)에 따르면, 청구인에 대하여 2011.11.3.부터 2011.11.22.까지 양도소득세 실지조사를 한 것으로 나타나며, 그 주요내용은 다음 <표>와 같다.

(4) 청구인의 양도소득세 신고서와 처분청의 결의서의 주요내용과 차이는 다음 <표>와 같다.

(5) 심리자료에 따르면, 청구인은 토지․건물로 구분된 매매계약서가 있고, 거래상대방도 실지거래가액임을 확인하고 있으며, 계약당시 양도가액을 총액으로 하였다가 잔금청산일에 토지 시세를 반영하여 토지 및 건물가액을 구분하기로 한 사실이 확인됨에도 당초 계약서에 의하여 기준시가로 토지․건물의 양도가액을 안분계산하는 것은 부당하다며 매수인의 사실확인서, 인감증명서, 당초 계약서, 토지․건물로 구분된 매매계약서, 토지․건물로 구분하여 신고한 부동산 거래계약 신고필증 등의 자료를 제출하였으며, 매수인이 인감 날인한 사실확인서의 주요내용은 다음 <표>와 같다.

(6) 청구인은 감정평가가액에 따라 안분계산하여 양도소득세를 경정․결정하여야 한다고 주장하면서 쟁점부동산에 대한 감정평가서를 제출하였는 바, 이 감정평가서의 주요내용은 다음 <표>와 같다.

(7) 살피건대, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항은 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가법인이 평가한 감정평가가액이 있는 경우 그 가액으로 안분하는 것으로 하고 있으나, 청구인이 제출한 감정평가가액은 쟁점부동산의 양도일(2011.7.28.)이 속하는 과세기간이 종료한 이후 소급하여 작성(2012.3.13.)된 것이므로 이를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012부825, 2012.5.8. 외 다수 같은 뜻임). 그러나, 처분청은 토지․건물 구분 매매계약서가 당초 계약서와 달리 특약사항, 중개인 등의 기재사항이 누락된 점을 들어 이를 인정하지 아니하고, 토지의 취득가액은 청구인이 신고한 가액을 실지거래가액으로 인정하여 OOO원으로, 양도가액은 토지, 건물 일괄 계약한 OOO원을 기준시가로 안분하여 쟁점부동산의 양도소득세를 결정하였으나, 구분계약서가 당사자간에 작성되었고 이 계약서는 매수인이 인감증명 및 거래사실확인서에 의해 실가라고 확인해 준 경우 토지와 건물의 가액 구분이 불합리하다고 인정되지 않는 한 일괄계약서만이 존재한다고 보아 쟁점토지의 실지양도가액이 불분명하다고 단정하기는 어려운 것(국심 2007서1804, 2008.5.28. 참고)인 바, 매수자가 인감증명서를 첨부하여 거래사실확인서를 제출한 사실로 볼 때 구분계약서의 내용이 사실과 다르다고 보기 어려운 점, 청구인의 토지 보유기간(2010.9.30.～2011.5.23.)이 약 7개월에 불과한 점과 토지의 기준시가가 2009년부터 2011년까지 ㎡당 OOO원으로서 가격변동이 없는 점을 고려할 때 처분청이 기준시가로 안분하여 산정한 토지 양도가액 OOO원은 쟁점토지의 실지취득가액 OOO원 보다 12% 높은 가액이므로 실지 취득가액에서 8.5% 상승한 것으로 기재된 구분계약서상의 OOO원이 오히려 쟁점토지의 실지양도가액으로서 적정하다고 보이는 점, 청구인의 신고한 토지의 양도가액 OOO원은 기준시가 OOO원의 1.89배로 처분청이 결정한 양도가액 대비 기준시가의 1.96배에 비하여 큰 차이(0.07배)가 없는 점, 청구인이 제출한 감정평가서에 따르면 청구인이 신고한 구분계약서상의 토지․건물의 양도가액이 처분청이 결정한 가액보다 실지양도가액으로서 적정하다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 구분계약서상 토지․건물의 양도가액을 인정하지 아니하고 쟁점부동산의 양도가액 OOO원을 기준시가로 안분하여 토지와 건물의 실지양도가액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2009광4076, 2010.7.8. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.