공급시기가 속한 과세기간이 경과 후 소급작성된 세금계산서는 매입세액 공제 불가함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 부동산임대업을 영위하는 법인으로, 2008.3.15. OOO으로부터 서울특별시 OOO 중 일부분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO에 매수하기로 하는 내용의 계약(이하 “쟁점거래”라 한다)을 체결하면서 임대사업의 포괄양도양수조건으로 부가가치세 지급은 생략하기로 하고, 계약당일 계약금 OOO을 지급하고, 임대보증금 OOO을 제외한 잔금 OOO은 2008.5.20. 지급한 후, 2008년 제1기 부가가치세 확정 신고 시 쟁점거래를 포괄양도양수로 판단하고 이를 제외하여 신고하였다가 2011.7.25. 처분청에 ‘쟁점거래 중 건물 해당분 OOO에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)가 부가가치세법상 재화의 공급에 해당되므로 관련 매입세액공제를 적용하여 부가가치세액 상당액을 환급해 달라’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2011.9.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.15. 이의신청을 거쳐 2012.3.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 OOO은 2008.5.20. 1차로 쟁점부동산을 매각함에 있어 청구법인에게 포괄양수도계약에 의하여 매매하였으나, 이후 포괄양수도가 아님을 알고 잔금청산 시 쟁점세금계산서를 교부하면서 부가가치세를 추가로 요구하였다. 그러나 청구법인은 포괄양수도 계약이므로 매입세액공제가 어려울 것으로 판단하여 서로 부가가치세 신고를 생략할 것을 제안하였던 것으로, 쟁점세금계산서가 당시에 수수된 사실은 분명하다. 그럼에도 불구하고 처분청이 OOO에게 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세를 징수하였기에 청구법인은 부가가치세법제17조 제2항 제1호 단서 및 같은 법 시행령 제60조 제1항 제1호의2의 규정에 따라 2011년 제1기 확정 신고기간에 적법하게 경정청구를 한 것이므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 서울지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)이 청구법인을 조사한 후 OOO에게 쟁점거래와 관련하여 세금계산서 미발행건으로 과세자료를 통보하였으나, OOO은 처분청의 과세 처분에 대해 이의를 제기하지 아니한 점, 이와 관련한 어떠한 회계처리도 되어 있지 아니한 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 과세기간 내에 수수한 사실이 없는 것으로 판단되므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점세금계산서를 거래시기에 교부받았는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세법제17조 제2항 제2호를 보면, 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항 에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.

(2) 조사청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 쟁점거래가 포괄적양도양수에 해당하지 아니하고, 청구법인과 OOO 사이에 세금계산서 수수내역이 없다는 내용을 대명주택 관할 처분청에 과세자료로 통보하였다.

(3) OOO의 이의신청서 및 동 취하서를 보면, 처분청이 위 과세자료에 따라 2011.6.5. 세금계산서 미발급가산세를 적용하여 OOO에게 2008년 제1기 부가가치세를 경정하여 OOO을 고지하자, OOO은 이에 불복하여 2011.7.7. 처분청에 이의신청을 제기하였다가 2011.7.22. 이를 취하한 것으로 나타난다.

(4) OOO(갑)과 청구법인(을)이 체결한 부동산매매계약서(2008.3.15.) 주요 내용은 아래와 같이 나타난다.

(5) 심리자료를 보면, 청구법인은 2011.7.25. 쟁점세금계산서가 기재된 매입처별세금계산서합계표를 첨부하여 처분청에 2008년 제1기분에 대하여 부가가치세 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2011.9.27. 이를 거부한 것으로 나타난다.

(6) 청구법인은 부가가치세의 납부와 환급시점의 차이로 인한 자금압박으로 포괄적인 사업양수도 계약서를 작성하고도 부가가치세 추징을 우려하여 OOO으로부터 취득일(2008.5.20.)에 쟁점세금계산서를 교부받았으나, 세법지식의 부족으로 인해 쟁점세금계산서를 신고누락한 것이므로 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다며, 부동산매매계약서, 쟁점세금계산서, 2009년 제2기 부가가치세 신고서, OOO 2008, 2009년 귀속 종합소득세 신고서 등을 제출하였다.

(7) 살피건대, 쟁점부동산에 대한 청구법인과 OOO이 체결한 부동산매매계약서(2008.3.15.)를 보면, ‘임대계약의 포괄승계조건으로 한 매매계약이므로 부가가치세를 생략한다’고 기재되어 있어, 대금수수는 그 당시에 이루어진 것으로 볼 수 있다고 보이나, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 상당액 OOO을 쟁점거래일로부터 3년 2개월이 경과한 후인 2011.7.22.에 이르러 OOO에 송금한 것으로 보아 당해 거래 당시에는 세금계산서를 발행하지 아니하고 나중에 쟁점세금계산서가 발행된 것을 가지고 경정청구를 한 것으로 보이는 점, 처분청이 OOO에게 세금계산서 미발행에 따른 부가가치세를 경정하자 OOO은 이의신청을 제기하였다가 이를 취하한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 이후에 작성일자가 소급 작성된 쟁점세금계산서를 교부받아 이에 대한 매입세액 공제를 인정하여 달라고 주장한 것으로 보이므로 이 건 경정청구는 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(국심 2004서1902, 2004.9.8. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.