비거주자는 1세대 1주택에 따른 장기보유특별공제(표2)를 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 비거주자로 2009.5.15. 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2009.5.4. 소득세법 제95조 제2항 에서 규정하고 있는표1의 장기보유특별공제율을 적용하여 처분청에 2009년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다가, 2011.8.30. 소득세법제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용하여 기납부한 양도소득세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2011.11.7. 청구인이 비거주자이므로 소득세법 제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였
• 다. 다. 청구인은 이에 불 복하여 2011.11.25. 이의신청을 거쳐 2012.3.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원에서 비거주자도 그 요건을 갖추면 거주자와 같이 소득세법제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있다고 판시(대법원2009두21147, 2011.7.14. 선고)한 바 있고, 대법원 판결 이후 유사사건에 대하여 국세청도 소취하를 지속적으로 하고 있으므로 청구인의 경정청구는 받아들여져야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법상 장기보유특별공제는 장기간에 걸쳐 발생하는 양도차익이 매매시점에 일시적으로 실현됨에 따라 발생하는 세부담을 완화하여 부동산거래를 활성화하고, 1세대1주택의 경우 최고 80%의 공제율을 적용하여 국민의 거주권을 보호하는데 그 입법취지가 있는바, 1세대1주택은 비과세나 감면을 전제로 적용되는 개념으로 비거주자에게까지 이를 확대하여 적용하는 것은 입법취지에 부합하지 않는 지나친 확대해석이다. 소득세법에서 해외이주 등 일정한 요건을 갖춰 양도하는 경우에 한하여 1세대1주택 비과세를 적용하는데 이러한 경우를 제외하고는 원칙적으로 비거주자에게 1세대1주택이라는 개념을 적용할 여지가 없고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법제121조가 비거주자에게 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택 장기보유특별공제를 적용하지 아니함을 명확히 하도록 개정되었으며, 소득세법제121조 제2항에서 ‘비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다’는 규정은 거주자와 동일하게 양도가액, 양도소득금액, 양도소득과세표준을 계산하라는 의미이지 특혜조항인 1세대1주택 비과세, 1세대1주택 장기보유특별공제 혜택까지 동일하게 적용하여야 한다는 의미는 아니라는 점등을 감안하면, 비거주자의 경우에도 1세대1주택 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자에게 소득세법 제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 제97조 [양도소득의 필요경비계산] ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

② 양도자산보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호 외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목，제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산 기타 대통령령이 정하는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의 규정에 의하되, 취득가액은 당해 배우자의 취득당시 제1항 제1호 각목의 1의 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입한다.

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제4항에 규정하는 연수는 등기부상의 소유기간에 의한다.

⑦ 제1항 제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 양도한 거주자가 당해 자산의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 당해 자산에 대한 전소유자의 양도가액이 제114조의 규정에 의하여 경정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1998.9.4 해외이주로 주민등록이 말소된 사실이 청구인의 주민등록둥본에 나타나고, 1999.12.29. 구주택을 매매로 취득하였다가 재건축을 거쳐 쟁점주택이 완공되자 2009.2.23. 소유권보존등기로 쟁점주택의 소유권을 취득한 후 2009.5.15. 거래가액을 OOO원으로 하여 타인에게 소유권을 이전한 사실이 쟁점주택의 부동산등기부등본 및 처분청의 이의신청 결정서에 의해 확인된

• 다. (2) 소득세법제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하여 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항 본문은 장기보유특별공제액을 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 양도차익에 표1의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대1주택(부수되는 토지 포함)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. (3) 종전의 소득세법 제121조 제2항은 국내에 소재한 토지, 건물 등의 양도소득이 있 는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정하였다가, 비거주자에게는 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 것으로 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 조문이 개정되었고, 동 규정의 개정과 관련하여 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 비거주자는 소득세법제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다는 내용으로 2010.2.18. 신설된 소득세법 시행령 제180조의2의 개정이유에 대하여 기획재정부 발간 “2009 간추린 개정세법”에는 “기획재정부의 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 1세대1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에게는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화하기 위한 것”으로 되어있는 사실이 나타난다. (4) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 소득세법의 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이고, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 표2의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은 소득세법 제95조 제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문 표1의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서1340, 2012.6.22. 등 다수 참고). 따라서, 처분청에서 소득세법제95조 제2항 단서에 따른 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.