주식매수청구권 행사하였으나 매수가격에 대한 소송이 제기된 경우 피합병법인이 제시한 매각대금의 귀속시기는 주식매수청구권을 행사한 때임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은OOO”라 한다)가 발행한 주식을 보유한 주주로서, 2007.11.26. OOOOOO(피합병법인)는 OOOOOOOOO(OO OOOOOOO라 한다, 합병법인)와 합병한다는 내용의 합병공고를 하고 합병에 반대하는 주주에게 주식매수청구권을 부여하면서 2008년 1월 주식매수가격으로 주당OOO원을 제시하였고, 청구법인은 합병공고일인 2007.11.26.부터 2주이내에 동 합병에 반대하는 의사를 표시하고 2007.12.11.～2007.12.30. 청구법인이 보유하고 있던 OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대하여 주식매수청구권을 행사하였다.
• 나. 2008.6.30. 청구법인은 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도(이하 “2007사업연도”라 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점주식의 주식매수대금으로 1OOO)을 익금산입하여 신고․납부하였다.
• 다. 2011.6.30. 청구법인은 경정청구일 현재 쟁점주식의 주식매수가액결정에 대한 소송이 대법원에 계류중이므로 2007사업연도에는 쟁점주식의 주식매수대금의 귀속시기가 도래하지 아니하였다 하여 2007사업연도 법인세OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 2011.9.23. 처분청은 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법 시행령제68조에 따른 손익의 귀속시기에도 불구하고 거래가액에 대한 소송이 진행 중인 경우에는 법원의 판결이 확정되는 날이 속하는 사업연도를 손익의 귀속시기로 보고 있으므로 청구법인이 쟁점주식의 주식매수청구권을 행사하여 환수할 금액의 익금귀속시기는 청구법인이 신청한 주식매수가격결정청구 소송이 확정되는 사업연도로 하는 것이 타당하다고 할 것이다. 또한, 처분청은 청구법인이 주식매수청구권을 행사함에 따라OOO가 쟁점주식을 사용․수익하고 있다고 하나, 청구법인과OOO간에는 계약에 의한 사용․수익의 약정이 없고, OOOOOO는 매수한 자기주식에 대한 사용․수익(통상적으로 의결권의 행사 및 배당금 수령 등)을 하고 있지 아니하여OOO가 쟁점주식을 사용․수익하고 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 경정청구 거부사유로 회신한 사용․수익일의 적용은 주식매수거래의 실질을 반영하지 아니한 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시 OOO에게 주식매수청구권을 행사함에 따라 주당 O,OOOOO OOOO OO OOO,OOOOO OOOOO에게 매각하였음이 확인되고 청구법인은 매각후 대금을 지급받지는 아니하였으나 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높을 정도로 성숙․확정 되었다 할 것이며 매각단가에 대해 청구법인과 매수자인 OOO간의 의견 충돌로 대법원에 사건 계류(대법원 OOO)중이기는 하나, 매각한 주식에 대한 소유권이 매각시 매수자인 OOO에 귀속되어 합병이 이루어 진 점, 당시 매각단가인 주당OOO에 대해서는 현재 대법원사건에서도 다툼이 없는 점 등 으로 보아 쟁점주식 매각에 따른 수익의 귀속시기를 2007년 귀속 외 달리 볼만한 합리적 이유가 없다 판단되므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 합병에 반대하여 주식매수청구권을 행사하였으나, 주식매수가격에 대한 협의가 이루어지지 아니하여 법원에 소송 진행 중일 경우 피합병법인이 당초 제시한 주식매각대금(주당 OOO)의 법인세법상 귀속시기가 언제인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제40조 [손익의 귀속사업년도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제68조 [자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[생략]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제71조 [임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도] ④ 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법(제43조를 제외한다)·조세특례제한법 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 재정경제부령으로 정한다. (3) 법인세법 시행규칙 제36조 [기타 손익의 귀속사업연도] 영 제71조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청의 심리자료에 의하면, 쟁점주식에 대한 주식매수청구권 행사 및 매수대금 결정내역 등은 아래와 같다. (가) 상장법인인 OOOOO(OOOOOOO OO OOOOOO OO)O OOOOOO OOOOOOO OOOOOOO OOOOOO OO(OOOO)OO OOOOOOO 소멸(피합병법인)하는 합병을 진행하였고, OOO의 1주당 주식가치는 OOO으로 정해짐에 따라OOO 였다. OOOOOOOOOOO OOOOOO OOOO (나) OOO 보유한 청구법인은 2007.11.26.부터 2주 이내에 각 서면으로 상기 합병에 반대하는 의사를 표시하였고, 반대의사표시기간 경과 후 20일 이내에OOO에게 쟁점주식 전부에 대하여 매수청구를 하였다. (다) OOO는 2008년 1월 합병에 반대하는 청구법인에게 주식매수가액으로 1주당 OOO을 제시하였으나, 청구법인은 그 가액이 지나치게 낮다는 이유로 협의에 응하지 아니하였다. (라) 2008.6.30. 청구법인은 2007사업연도(2007.4.1.～2008.3.31.)에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점주식의 매수대금으로 OOO을 익금산입하여 법인세를 신고․납부하였다. (마) 청구법인은OOO를 상대로 하여 법원에 쟁점주식의 “주식매수가액결정”신청을 하였고, 2008.10.22. 서울중앙지방법원에서는 1주당 매수가액을 OO,OOOOOO OO(OOOOOOOO,OO,OO,OO,OO,OOO)OOOO, OOOOO가 항고하여 2010.2.8. OOO고등법원에서는 1주당 매수가액을OOO로 결정하였고, 이에 청구법인 및 OOOOO OO OOOOO OOOOOOOOOO OOO(OOOOOOOOOOOO)OO OOO OOOOO O,OOOO으로 최종 결정되었고, 청구법인은 상기의 주식매수가액결정에 대한OOO 결정이후 2010.8.2. 별도로 OOO가 제시한 가격인 1주당OOO을 기준으로 계산한 쟁점주식에 대한 주식매수가격의 일부(OOO및 그에 대한 지연이자(연 6%)의 지급을 구하는 “주식매수대금청구” 소송을 제기하였고, 2011.4.26. 서울중앙지방법원에서는 아래《표2》와 같이 조정OOO되었고 이후 청구법인은 OOO원을 입금받았다. OOOOOOOO O OOOO

(2) 2011.6.30. 청구법인은2007사업연도 법인세에 대하여 청구법인이 주식매수청구권을 행사하여 환수할 금액의 익금귀속시기는 권리의무확정주의에 따라 청구법인이 신청한 주식매수가격결정 소송이 확정되는 사업연도로 하는 것이 타당하므로 2007사업연도에는 익금귀속시기가 도래하지 않은 것이라며 아래《표3》과 같이 경정청구를 제기하였음이 청구법인이 제출한 심리자료에 나타난다. OOOOOOOO OOOO OO (OO:O)

(3) 2011년 8월 상기 청구법인의 2007사업연도 법인세에 대한 경정청구에 대한 처분청의 검토보고서를 보면, 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시OOO에게 주식매수청구권을 행사함에 따라 주당 6,160원에 보유하고 있던 OOO에게 매각하였음이 확인되고, 청구법인은 매각 후 대금을 지급받지는 아니하였으나 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높을 정도로 성숙․확정되었다 할 것이며, 매각단가에 대해 청구법인과 매수자인 OOO의 의견 충돌로 대법원에 사건 계류OOO중이기는 하나, 매각한 주식에 대한 소유권이 매각시 매수자인 OOO에 귀속되어 합병이 이루어진 점, 당시 매각단가인 OOO에 대해서는 현재 대법원에서도 다툼이 없는 점으로 보아 동 주식에 매각에 따른 수익의 귀속시기를 2007사업연도 외 달리 볼만한 합리적 이유가 없어 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 기재되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 법인세법제40조 및 동법 시행규칙 제36조에서 익금의 귀속사업연도는 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 규정하고 있는 바, 주식매수청구권은 일종의 형성권이어서 쟁점주식의 매매계약이 청구법인이 쟁점주식에 대한 주식매수청구권을 행사한 2007사업연도에 성립되었다고 볼 수 있고, 쟁점주식의 최종 매수가액이 2012.2.24. 대법원에서 주당 O,OOOOOO 결정되었지만, 2007사업연도에 청구법인이 합병에 반대하여 주식매수청구권을 행사하겠다는 의사표시를 하여 OOO는 쟁점주식에 대한 매수가액으로 주당 OOO원을 제시하였고 청구법인은 동 금액을 주식매수가액으로 법인세법상 익금으로 인식하여 2007사업연도 법인세를 신고한 점, 쟁점주식에 대한 주식매수청구권 행사이후에는 주당OOO원에 상당하는 주식매수대금에 대하여는 지연이자가 발생하게 되는 것이고 청구법인이 주당 OOO원에 상당하는 주식매수대금 청구소송을 제기하여 이를 수령한 점에서 청구법인은 최소한 주당 O,OOOO에 상당하는 주식매수대금은 언제든지 청구할 수 있었다고 보여 주당 OOO원에 상당하는 주식매수대금은 2007사업연도에 확정되었다고 볼 수 있는 점 등으로 보아 쟁점주식의 매수가액으로 최종 확정된 가액(주당 O,OOOO)O OO OOO OO(OO O,OOOO)과의 차액에 대하여는 법원의 판결이 속하는 사업연도에 익금에 산입하더라도 주당 O,OOOOO OOOO OOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO의 익금의 귀속시기는 2007사업연도라고 판단되므로 처분청이 청구법인의 2007사업연도에 대한 법인세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.