전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용이 객관적으로 확인되지 아니하므로 이를 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함
전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용이 객관적으로 확인되지 아니하므로 이를 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함
OOO세무서장이 2011.12.14. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 위탁한 연구개발용역을 재위탁 받은 기업(연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우에 한한다)이 수행한 연구개발용역비를 확인하여 해당 사업연도의 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 국세청이 연구개발 전담부서를 보유한 업체에게 전산시스템 개발을 위탁하고 지출한 비용을 연구․인력개발비로 일관되게 해석하였다가, 청구법인이 통제할 수 없고, 청구법인이 지출한 비용과도 관련이 없는 수탁자의 재위탁 행위를 세액공제 기준으로 하여 법인세를 경정한 것은 과세관청이 명백히 기존의 태도를 변경한 것이므로 이는 납세자의 의무불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다. 따라서 이 건 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.
(1) 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하는바, 수탁자가 제3자에게 재위탁하였을 경우 그에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없으며, 이와 관련하여 기획재정부 및 국세청 유권해석(재조특-844, 2009.9.25, 법인세과-483, 2010.5.26.)에서도 세액공제가 불가하다고 해석하고 있으므로조세특례제한법제10조의 입법취지가 제3자에게 위탁한 부분까지도 인정된다고 해석하는 것은 지나친 확대해석인 점, 위탁의 본질은 재위탁을 포함하지 않는 것이고, 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용이라고 열거되어 있을뿐, 재위탁에 대한 공적인 견해표명은 없으므로 제3자에게 다시 위탁한 연구개발비용을 연구 및 인력개발비 세액공제 계산시 제외함이 타당한 점, 통상 전산시스템 개발은 철저한 보안 등이 요구되는 사항으로서 연구에 참여하는 인원 등에 대해 위탁자가 사전승인 등 철저한 통제 및 관리를 하여야 하는 것이 일반적이며 청구법인과 수탁법인간의 계약내용에서도 청구법인이 인력․장비․과업 등에 대한 철저한 통제가 이루어지고 있는 점, 신의칙에 위배되려면 이 건 과세처분의 원인이 된 쟁점재위탁개발비에 대하여 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않겠다는 공적 견해표명이 있었어야 할 것이나 공적 견해표명을 한 사실이 없는 점 등을 감안하면, 쟁점재위탁개발비를 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분은 정당하다.
(2) 과세관청이 기존의 태도를 변경한 사실이 없고, 청구법인이 조세특례제한법령에서 규정하고 있는 연구․인력개발비 중 재위탁 관련 비용을 엄격히 해석하여야 함에도 이를 임의로 확대해석하여 세액공제를 신청한 것이므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
① 청구법인에게서 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁한 경우, 그 금액을조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부
② 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
(1) 처분청의 과세기록에 의하면, 청구법인이 2008년 1월부터 2009년 12월까지 수탁자에게 지급한 총위탁개발비와 처분청에서 총위탁개발비 중 제3자에게 재위탁하였다고 하여 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점재위탁개발비는 아래와 같다.
(2) 청구법인은 2008~2009년에 OOO㈜ 등 수탁자에게 전산시스템 구축을 위한 개발용역을 위탁하였고, 수탁자가 그 중 일부를 전담부서를 보유한 업체와 전담부서를 보유하지 않은 업체에 재위탁하였다며, 재위탁 현황자료를 제출하였으나, 동 자료의 내용만으로는 연구개발용역을 재위탁 받은 업체가 실제로 전담부서를 보유하고 있는지, 동 업체가 수행한 연구개발용역비가 얼마인지 객관적으로 확인되지 아니한다.
(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 세액공제대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 수탁자가 위탁받은 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점,조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 수탁자가 연구개발용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력ㆍ전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하더라도 재위탁받은 제3자가 별표6에 규정된 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에도 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인에게서 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 제3자에게 재위탁한 연구개발비(쟁점재위탁개발비) 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다고 하겠다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임). 다만, 이 건의 경우 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용이 객관적으로 확인되지 않으므로 이를 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 법정신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것인바, 청구법인의 경우 재위탁분에 대하여 세액공제를 적용함으로써 세액을 과소납부한 것이고, 이를 정당시 할 만한 사정도 달리 없으므로 청구법인이 미달납부한 세액에 대하여 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>
(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국·공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.
(5) 국세기본법 제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.