구매확인서 발급 전에 영세율세금계산서를 발행한데 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있음

OO세무서장이 2011.11.29. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세OOO의 부과 처분 및 2011년 제2기(2011.7.1.～2011.9.30.) 부가가치세OOO원의 환급거부 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO으로 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOO 등에게 재화를 공급하고, 이에 대해 영세율세금계산서를 발급한 후 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 결과, 수출하는 재화에 있어 재화의 공급시기가 속하는 달의 다음달 10일이 경과된 후에 구매확인서가 발급된 경우에는 재화의 공급시기에 일반세금계산서를 발급하고, 구매확인서가 발급되면 이에 따라 영세율세금계산서로 수정발급하여야 하나, 청구법인이 재화의 공급시기에 일반 세금계산서의 발급 없이 영세율세금계산서를 발급하였다 하여 이를 사실과 다른 세금 계산서로 보아 공급가액의 1%에 해당되는 금액에 대해 세금계산서불성실가산세를 적용, 2011.11.29. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세OOO를 차감하여 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.26. 이의신청을 거쳐 2012.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 동일한 부가가치세 신고기한 내에 일반세금계산서와 수정세금계산서를 동시에 발급하여 신고하는 것은 업무의 중복으로 행정력 낭비만 초래한다고 판단하여 이를 생략하였을 뿐, 청구법인이 발급한 영세율세금계산서는 부가가치세법 시행령제70조의3 제2항에서 규정하는 거래사실이 확인되는 경우에 해당되어 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없으므로 이에 대해 가산세를 부과한 처분은 부당하다. 처분청이 주장하는 부가가치세법 시행령제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차) 제1항 제4호는 절차적 규정에 불과하고,부가가치세법제22조 제2항 제1호와 같은 법 시행령 제70조의3 제2항의 규정을 감안할 때 청구법인에게 가산세를 부과할 수 없으며, 조세심판원의 선결정례(조심 2011중438, 2011.10.31., 조심 2011중138, 2011.2.15., 조심 2011중863, 2011.6.29. 등)에서도 영세율세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 동 영세율세금 계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로부가가치세법제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 더불어 같은 법 시행령 제70조의3 제2항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재 사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당한다 할 것이라고 판시하고 있으므로 청구법인에게 한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령제59조 제1항 제4호에서 재화를 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우의 수정세금계산서 교부절차를 명확히 규정하고 있음을 볼 때, 동 규정은 ‘과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우에도 영세율을 적용해 주겠다.’는 의미이지, ‘재화나 용역의 공급당시 구매확인서가 발부되어 있지 아니하여도 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급될 것을 전제로 영세율세금계산서를 미리 발행하거나, 구매확인서가 발급된 이후에 재화나 용역의 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발행할 수 있다’는 의미는 아니라고 판단된다. 이 건과 같이 재화의 공급시기에 구매확인서가 발급되지 아니한 경우에는 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 먼저 교부하고, 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급되면, 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제4호에서 정하는 절차에 따라 영세율세금계산서로 수정교부하는 것이 타당함에도 청구법인은 영세율세금계산서만을 발급하였으므로 처분청이 당초 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하지 아니하고, 영세율세금계산서를 교부한 것에 대하여부가가치세법제22조 제2항 제1호에 따라 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 타당하다. 또한, 청구법인은 조세심판원의 선결정례를 근거로 처분청의 처분이 부당하다고 주장하나, 이러한 선결정례는 거래처에 재화를 공급한 후 거래시기마다 또는 월합계로 일반 세금계산서를 교부하고, 거래처에서 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서를 발급받아 오면 당초 교부한 일반세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율세금계산서를 교부한 것에 대해 이를 일부 절차의 생략으로 본 것이므로 청구법인과 같이 일반 세금계산서를 발급하지 않고 바로 영세율세금계산서를 발급한 경우에 대해 세금계산서 불성실가산세를 부과한 처분은 타당하다(조심 2010부3374, 2010.12.21., 조심 2009중44, 2009.4.1. 등 참조).

• 가. 쟁 점 구매확인서가 발급되기 전 영세율세금계산서를 발급한 청구법인에게 세금계산서불성실 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 (2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제11조(영세율 적용)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.

제16조(세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제22조(가산세)

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제2호의2에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제2호 및 제2호의2는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지는 각각 1천분의 3, 1천분의 1을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 3, 1천분의 1을 적용한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과하여 발급하거나 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제24조(수출의 범위)

① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출 하는 것

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함 되는 것으로 한다.

1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다) 제54조(세금계산서의 발급특례)

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차)

① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다. 제70조의3(가산세)

② 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제9조의2(내국신용장 등의 범위)

② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 대외무역법 시행령제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

(4) 대외무역법 제18조(구매확인서의 발급 등)

① 지식경제부장관은 외화획득용 원료·기재를 구매하려는 자가부가가치세법제11조 제1항 제4호에 따른 영(零)의 세율을 적용받기 위하여 확인을 신청하면 외화획득용 원료·기재를 구매하는 것임을 확인하는 서류(이하 "구매확인서"라 한다)를 발급할 수 있다. (4) 대외무역법 시행령 제31조(구매확인서의 신청ㆍ발급 등)

① 법 제18조 제1항에 따른 구매확인서를 발급받으려는 자는 구매확인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 지식경제부장관에게 제출하여야 한다.

1. 구매자ㆍ공급자에 관한 서류

2. 외화획득용 원료ㆍ기재의 가격ㆍ수량 등에 관한 서류

3. 법 제16조 제1항에 따른 외화획득용 원료ㆍ기재라는 사실을 증명하는 서류로서 지식경제부장관이 정하여 고시하는 서류

② 지식경제부장관은 제1항에 따른 신청을 받은 경우 신청인이 구매하려는 원료ㆍ기재가 제26조에 따른 외화획득의 범위에 해당하는지를 확인하여 발급 여부를 결정한 후 구매확인서를 발급하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 [별첨] 구매확인서 개설 전 영세율세금계산서 발급내역에 따르면, 청구법인은 구매확인서를 발급받기 전 2011년 1월부터 2011년 6월까지 주식회사 OOO 외 29개의 업체에게 공급가액 합계 OOO 영세율세금계산서를 발급 하였고, 2011년 7월부터 2011년 9월까지는 주식회사 OOO 외 19개의 업체에 대해 공급가액 합계OOO원의 영세율세금계산서를 발급하였으며, 이에 대한 구매확인서는 모두 재화의 공급시기가 속하는 달의 다음달 10일 후부터 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급된 것으로 나타난다. (2) 처분청 소속 세무공무원이 작성한 부가가치세 환급 현지확인 종결복명서(2011.11.24.)에서 처분청은 청구법인의 2011년 제2기 부가가치세 예정신고시 영세율 매출로 인한 조기 환급신청 현지확인 결과, 구매확인서 개설시기가 재화의 공급시기가 속하는 달의 다음달 10일 후인 경우 공급시기에 일반세금계산서를 발급하고, 구매확인서가 개설된 때에 영세율세금계산서를 발급하여야 하나, 청구법인이 공급시기에 일반세금계산서 발급 없이 바로 영세율세금계산서를 발급한 사실이 다음 <표>와 같이 확인됨에 따라 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서불성실가산세를 고지한다고 기재되어 있다. OOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOOOOO OOOO (OO: O) (3) 살피건대, 부가가치세법 시행령제59조 제4호에서 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금 계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있는바, 원칙적으로는 당초 교부한 일반세금계산서에 대하여는 이를 없었던 것으로 하는 부의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하여야 하나, 영세율세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 또한 동 영세율세금 계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 같은 법 시행령 제70조의3 제1항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당한다 할 것이며, 또한, 같은 법 시행규칙 제9조의2 제2항에서 구매확인서를 대외무역법 시행령 제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로 규정 하고 있어, 사업자가 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급 하는 구매확인서에 의하여 재화를 공급하는 경우에는 영세율이 적용된다 하겠다 (조심 2012서26, 2012.4.18. 외 다수, 같은 뜻임). 이 건의 경우 청구법인은 별첨과 같이 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급되어, 부가가치세법 시행규칙제9조의2에 의하여 영세율이 인정되는 적법한 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 것으로 나타나므로, 위에서 본 바와 같이 이 건 영세율세금계산서는 일부 절차를 생략한 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있는바, 청구법인이 교부한 영세율세금계산서에 대하여 세금 계산서불성실가산세를 적용하여 과세한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.