제척기간 내에 제출 후 심리중에 제척기간이 도과한 경우 경정청구 거부처분은 부당함

OO세무서장이 2011.12.27. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 청구법인이 2003～2005사업연도에 지출한 OOO원이조세특례제한법제26조 규정에 의한 임시투자세액공제 대상에 해당하는지를 조사하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2000.4.1.부터 현재까지 호텔업을 영위하고 있는 법인 으로, 2003～2005사업연도 중 OOO원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다) 상당의 호텔건물과 시설물을 투자하고, 2009.3.31. 쟁점금액에 대하여 조세특례제한법제26조에 의한 2005사업연도 임시투자세액공제액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 신청하였다.
• 나. 처분청은 2011.12.27. 청구법인의 2005사업연도 법인세에 대한 국세부과제척 기간이 2011.3.31.자로 이미 종료되었다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.21. 심판청구를 제시하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)국세기본법제45조의2 제1항에 의해 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 처분청에 임시투자세액공제와 관련한 2005사업연도 법인세 경청청구를 하였고, 처분청은 같은 법 같은 조 제3항에 의해 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구한 자인 청구 법인에게 통지하여야 하나, 이를 준수하지 아니하다가 2011.12.26. 국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 의한 국세부과제척기간이 만료되었다는 사유만으로 경정청구 거부처분을 하였다. 따라서, 청구법인의 경정청구에 대하여 국세부과제척기간을 적용 하여 경정청구를 거부한 것은 납세자의 권리와 이익을 부당하게 침해한 것이므로 이 건 처분은 부당하다. (2)조세특례제한법제26조 제1항, 같은 법 시행령 제23조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제14조 제3호에 의하면, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 자산으로서 건축법에 의한 건축물과 당해 건축물에 부착설치된 시설물 중 지방세법 시행령제76조의 규정에 의한 시설물에 투자하는 경우 투자금액의 10%를 법인세에서 공제하도록 명시하고 있는 바, 청구법인은관광진흥법에 의하며 등록한 관광숙박업을 영위하고 있는 내국 법인이고, 청구법인과 같이 호텔건물 내의 편의시설을 직접 운영하고 있는 경우 동 편의시설 또한 호텔업으로 분류되어 있다. 따라서, 청구법인의 호텔건물 및 시설물에 대한 자본적지출은 임시투자세액공제 대상 투자액에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 국세부과제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로국세 기본법제26조의2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다(임시투자세액공제와 관련한 처 분청의 답변 대응 없음).

• 가. 쟁 점

① 처분청이 청구법인의 2009.3.31.자 경정청구에 대하여 2011.12.27. 국세부과제척기간 경과를 사유로 거부통지한 처분의 적법여부

② 쟁점금액이 조세특례제한법 제26조 에 의한 임시투자세액공제 대상인지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구법인은 2003～2005사업연도 중 OOO원 상당의 호텔건물과 시설물을 투자하고 2009.3.31.조세특례제한법제26조에 의한 2005사업연도 임시투자 세액 공제액 OOO원의 법인세 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 신청하였고, 처분청은 2011.12.27. 2005사업연도 법인세의 국세부과제척기간이 2011.3.31.자로 이미 종료되었다 하여 이 건 처분을 하였다. (나)국세기본법제45조의2 제1항 제1호와 제3항에 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자로서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있고, 동 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있다. (다) 처분청은 본 건이 국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 의해 2011.3.31.자로 국세부과제척기간이 종료된 이상 청구법인의 과세 표준과 세액에 대하여 경정 또는 결정할 수 없다는 의견이나, 국세부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액 결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이지만, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세 처분 을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척 기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법 하다고 해석할 것은 아닌 바(대법원 2000두6657, 2002.9.24. 참고), 청구 법인이 위 관련법령에 따라 경정청구기한내에 적법한 경정청구를 한 이상, 이 건 거부처분 당시 국세부과제척기간이 경과되었다 하여 그 경정청구내용에 대하여 살펴보지도 아니하고 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점

② 에 대하여 본다. (가) 청구법인의 2005사업연도 법인세(임시투자세액공제액) 113,602,250원의 환급신청은 아래 [표]와 같은 바, OOO OOO(OOOOOOOOO) OOOO OO (OO: O) 청구법인은 2003～2005사업연도 중 쟁점금액 의 자본적 지출을 하였으나, 2003～ 2004사업연도는 납부할 세액이 없어 임시투자세액 공제를 신청하지 못하다가 2005사업연도에 전액에 대한 법인세 환급신청을 하였다. (나)조세특례제한법제26조, 같은 법 시행령 제23조, 같은 법 시행규칙 제3조 및 제14조의 규정을 보면, 임시투자세액공제는 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정되는 때 제조업, 건설업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 영화산업, 방송업, 관광숙박업 등을 영위하는 법인 또는 내국인이 당해 사업에 주로 사용하는 사업용 유형 자산을 새로이취득하기 위하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외 한다)하는 금액의 10％ 또는 15％를 법인세 또는 소득세에서 공제하는 제도로, 사업용 자산의 범위는 법인세법 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표를 적용받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다)으로 규정하고 있고, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업의 경우 당해 사업에 직접 사용하는 사업용 자산으로서 건축법에 의한 건축물과 당해 건축물에 부착설치된 시설물 중 승강기, 보일러, 7천560킬로칼로리급 이상의 에어컨(중앙 조절식에 한한다) 등도 임시투자세액공제 대상이 되는 사업용 자산 으로 규정하고 있다. (다) 한편, 처분청은 청구법인이 2003～2005사업연도에 지출하였다는 설비투자액이 임시투자세액공제 적용대상인지 여부에 대하여 확인조사나 의견제시가 없어 청구법인이 신청한 경정청구가 공제대상에 해당하는지 여부가 불분명하다. (라) 위의 내용을 종합하면, 청구법인은 2003～2005사업연도 중 쟁점금액 상당의 자본적 시설투자 등을 하였으므로 이에 대한 임시 투자세액공제를 인정하여 2005사업연도 법인세 OOO원을 환급 하여 달라는 경정청구에 대하여 처분청이 임시투자세액공제 대상에 해당여부를 조사하여 그 결과에 따라 법인세를 환급(경정)하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.