주식과 경영권 양도와 관련하여 양도계약 변경을 원인으로 환급해 달라는 청구주장 이유 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2009.8.4 이OOO와 코스닥상장법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 발행주식 2,455,783주를 OOO원(1주당 OOO원, 이하 “쟁점거래”라 한다)에 양도하기로 양수도계약을 체결하고 계약금 및 중도금 수령과 함께 주식명의개서를 한 후, 2009.11.30. 양수도계약서상의 양도가액으로 2009년 귀속분 양도소득세 OOO원과 증권거래세 OOO원을 신고,납부하였다.
• 나. 그 후 청구인은 양수인과의 별도약정 및 정산합의에 따라 잔금 OOO원 중 OOO원을 감액하였다 하여 기 납부한 양도소득세 및 증권거래세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구서를 2011.9.23. 처분청에 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 2011.12.5. 쟁점거래는 주식의 양도(명의개서)이후 발생한 채권채무관계에 해당한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점거래는 2009.8.4. OOO의 발행주식 2,455,783주와 경영권을 OO,OOO,OOO,OOO원에 양도하기로 계약을 체결하고 2009.8.13. 잔금은 OOOOO의 주된 사업부문인 1공장과 2공장의 회계법인의 평가금액으로 변경하는 내용의 특별약정을 체결한 사후정산조건부 거래로써 당초 잠정가액으로 양도소득세를 신고,납부한 후 양도금액이 확정된 금액을 기준으로 경정청구한 것을 거부한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2009.8.4. 청구인과 양수인 간에 체결한 “주식 및 경영권 양?수도계약서”에는 양도금액을 사후에 정산한다는 특별약정내용이 없고 계약서 내용에 따라 계약체결일에 계약금 및 중도금 OOO원을 지급받은 즉시 주식을 양도(명의개서)하였기 때문에 이 때 이미 쟁점거래에 대한 권리의무(양도금액)가 확정되었으며, 특별약정서에 의거 잔금을 변경하는 것은 쟁점거래 이후 발생한 채권채무의 정산으로 환급청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 대주주인 청구인의 보유주식과 경영권을 양도(1주당 OOO원)하면서 계약금 및 중도금을 수령하고 그 양도가액대로 신고한 후, 잔금의 일부를 감액(변경)해 수령한 양도가액(1주당 OOO원)으로 하여 기 납부한 세액을 환급하여 달라는 주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 신고서 및 경정청구서 등에 의하면, 청구인은 2009.11.30. 쟁점거래의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO,OOO,OOO원과 증권거래세 OOO원을 자진 신고,납부한 후, 2011.9.23. 쟁점거래 양도금액이 2009.8.13. 청구인과 양수인 간 체결된 특별약정서 및 2010.12.6. 작성한 합의서에 의거 OO,OOO,OOO,OOO원으로 변경됨에 따라 결과적으로 과다납부한 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구 하였으나, 처분청은 주식 및 경영권 양수도 계약서상 사후정산조건이나 특약사항이 없고 잔금의 변경은 주식 및 경영권의 양도(명의개서)이후 발생한 채권채무조정이라는 이유로 2011.12.5. 청구인의 환급청구를 거부하였음이 확인된다.

(2) 청구인과 양수인 이OOO가 체결한 주식 및 경영권 양?수도계약서 등에 의하면, 청구인 및 다른 주주 정OOO 외 3인과 이OOO 간에 OOOOO의 주식 양?수도내역 및 경위는 아래와 같다. (OO: O) (가) 청구인은 2009.8.4. OOO의 발행주식 2,455,783주를 OO,OOO,OOO,OOOO(OOO O,OOOO)에 이OOO에게 양도하면서 계약금 및 중도금 OOO원은 계약체결일에, 잔금 OOO원은 2010.7. 30.까지 지급받기로 하고 계약체결일에 주식명의개서를 하였으며, 2009.8.13. 청구인과 특수관계에 있는 주주 정OOO 외 3인은 이OOO에게 OOOOO의 발행주식 1,150,167주를 O,OOO,OOO,OOOO(OOO O,OOOO)에 양도하면서 계약금 및 중도금 OOO원은 계약체결일에 잔금 O,OOO,OOO,OOO원은 2010.7.30.까지 지급받기로 약정한 것으로 나타난다. (나) 이OOO는 2009.8.13. 청구인에게 2010.7.31.까지 OOOOO의 자회사(주식회사 OOOO)을 제외한 주된 사업부문(1공장과 2공장)을 OOO원에 매각하되 회계법인의 평가금액이 OOO원의 상하 5%를 초과할 경우 양당사자간 합의하여 회계법인의 평가금액으로 변경하며 이 경우 위 (1)항의 OOOOO의 주식에 대한 양도금액 중 잔금 OOO원은 합의한 금액(회계법인의 평가금액)으로 변경하기로 한 후, 2010.12.6. OOOOO의 주된 사업부문은 OOOO OOO OOO OOO-OO 소재의 주식회사 OOOO(OOO OOO)에게 총 OOOOOOOOO OOO OOO OOO-O 외 토지 7,366㎡와 건물 5,702.6㎡ 및 기계장치 (이하 ‘제1공장’이라 함)에 대해 OOO원, OOOO OOO OOO OOO-O 외1 필지의 토지 7,701㎡와 건물4,924.89㎡ 및 기계장치(이하 ‘제2공장’이라 함)에 대해 OOO원〕에 양도하기로 약정한 것으로 확인된다. (다) 청구인 및 다른주주 정OOO 외 3인은 2010.12.6. 이OOO와 2008.8.13. 체결한 특별약정서에 따라 OOO의 주식 및 경영권을 양도하고 지급받지 못한 잔금(OOO원)을 OOO의 주된 사업부문의 매도대금과 동일한 OOO원으로 변경하기로 합의한 후 변경된 잔금과의 차액을 각 양도인의 지분비율 상당액만큼 감액하여 배분하였음이 확인된다.

(3) 소득세법제96조(양도가액) 제1항에서 주식 또는 출자지분의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액으로 규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득시기) 제1항에서는 양도시기에 관하여 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날이나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 소득세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득의 실현이 있는 것으로 보고 과세소득을 계산하는 권리의무 확정주의를 채택하고 있고, 실지양도가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 실제로 받았거나 받기로 한 금액의 합계이고, 당초에 약정된 매매가액이 상황변경으로 변경계약이 이루어 진 경우에는 수정된 가액을 양도가액으로 하는 것이나, 양도하기로 한 금액 중 실제로 받지 못한 금액이 있다하여 이를 양도가액에서 공제할 수는 없는 것(조심2010서410, 2010.10.6. 참조)인 바, 이 건의 경우 2009.8.4. 청구인과 양수인 간에 체결한 주식 및 경영권 양수도계약서(쟁점거래)에는 양도금액을 사후에 정산한다는 특별약정 내용이 없는 것으로 되어있고, 계약서 약정내용대로 계약체결일에 계약금 및 중도금을 지급받고 주식을 양도(명의개서)하였기 때문에 잔금을 지급받지 않았다 하더라도 이 때 이미 쟁점거래에 대한 권리의무(양도금액)가 확정된 것이며, 특별약정서는 쟁점거래의 권리의무가 확정된 후에 OOOOO의 주된 사업부문에 대한 양도금액을 사후정산조건부로 합의하면서 그 양도금액의 변경과 연계하여 쟁점거래의 잔금을 변경(감액)하기로 한 것으로, 이는 쟁점거래에 대한 변경계약이라기 보다는 자산의 양도에 따른 권리의무가 확정된 후의 채권채무에 대한 조정으로 봄이 합리적이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.