합병평가차익의 산정에 관한 △유보의 세무상 처리에 대해 과세관청이 입장을 번복한 것으로 보이고, 청구법인이 09연도 법인세 신고시 10.9.17.회신된 새로이 번복된 과세관청의 유권해석대로 합병평가차익을 계산하여 법인세를 신고하는 것은 무리가 있어 보이는 점 등, 청구법인의 수정신고?납부시 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 봄이 타당함
합병평가차익의 산정에 관한 △유보의 세무상 처리에 대해 과세관청이 입장을 번복한 것으로 보이고, 청구법인이 09연도 법인세 신고시 10.9.17.회신된 새로이 번복된 과세관청의 유권해석대로 합병평가차익을 계산하여 법인세를 신고하는 것은 무리가 있어 보이는 점 등, 청구법인의 수정신고?납부시 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 봄이 타당함
OOO세무서장이 2011.12.1. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 수정신고분에 대한 신고불성실 가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법 제47조 [가산세 부과]
① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. ③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 제47조의3 [과소신고·초과환급신고가산세]
① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제18조제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조제1항 및 제27조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 1. 소득세, 법인세, 상속세·증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조제1항 또는 제14조제1항·제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조제3항·제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 제47조의4 [납부불성실·환급불성실가산세]
① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조 [가산세 감면 등]
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. ③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.
(1) 청구법인은 2010.3.15. OOO를 흡수합병하면서 당해 합병은 지배․종속회사간 합병에 해당하므로 합병회계처리준칙에 따라 연결재무제표상 OOO의 자산 및 부채를 장부가액으로 승계하였고, 2009사업연도 법인세 신고시 합병평가차익의 산정에 있어서 국세청의 질의회신(법인-1373, 2009.12.4.) 내용에 따라 합병평가차익을 OOO원으로 하여 신고하였으며, 신고 후 기존의 질의회신 내용과 상이한 새로운 질의회신(법규법인-178, 2010.9.17.) 내용이 생성되어 2009사업연도 법인세를 수정신고 납부하였으므로, 국세기본법제48조 “ 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때”에 해당되므로 가산세 감면신청은 정당하다는 주장이며, 국세청 질의회신 내용은 아래와 같다. 기존 국세청 질의회신(법인-1373, 2009.12.4.) 내용은 “지배ㆍ종속회사간 합병으로 인하여 합병법인이 피합병법인의 자산ㆍ부채를 장부가액으로 승계하되 피합병법인의 (△)유보금액을 승계하지 않음에 따라 승계한자산에 대한 합병법인 장부가액이 피합병법인 장부가액을 초과하는 경우 그 초과한 부분의 가액은 법인세법 시행령제12조 제1항 제1호에 의한 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것”이라고 해석하고 있고, 새로운 국세청 질의회신(법규법인-178, 2010.9.17.) 내용은 “합병평가차익을 계산함에 있어서, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산가액과 피합병법인의 장부가액은 기업회계상 장부가액에서 세무조정사항(승계받은 세무조정 포함)을 가감한 세무상 장부가액을 기준으로 하는 것”이라고 해석하여, 청구법인은 새로운 유권해석에 의하여 합병평가차익을 OOO원으로하여 익금산입 기타 처분하고 법인세 OOO원을 수정신고 납부하였다.
(2) 청구법인은 2011.6.30. 수정신고시국세기본법제48조 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 보아 국세기본법 시행령제28조에 따라 처분청에 가산세 감면신청을 하였으나, 처분청은 이를 거부하고, 신고불성실 가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원을 2011.12.1. 경정․고지하였다.
(3) 청구법인은 과세관청이 합병평가차익의 산정에 있어서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하지 아니한 세무조정사항(△유보)의 세무상 처리에 대하여 유권해석을 두번이나 번복하고 번복된 유권해석을 근거로 납세자에게 가산세 부담을 지우는 것은 국세행정의 집행에 있어서 과세관청이 지켜야할 신의·성실원칙에 위배되며, 청구법인은 법인세 납세의무 성립일 현재 존재하는 과세관청의 유권해석을 적용함으로써 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 주장한다.
(4) 처분청은 국세청 질의회신은 질의당사자가 아닌 자까지 법적 효력을 미치거나 국세청 종사직원의 업무처리상 구속력을 가지는 것이 아니며, 질의당사자가 질의 내용에 사실관계의 왜곡이 없다는 전제하에 신의․성실 원칙위반 여부를 따져야할 사항이므로, 쟁점 질의회신(법인-1373, 2009.12.4.)의 질의 당사자가 아닌 청구법인이 질의회신을 이유로 가산세 감면신청은국세기본법제48조(가산세 감면 등) 제1항의 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유로 볼 수 없다고 주장한다.
(5) 청구법인은 새로운 예규 생성으로 발생하는 가산세는 정당한 사유에 의한 감면대상임을 주장하며, 과세관청의 유권해석(징세과-117, 2010.2.2.)에 의하면, 비영업용 소형승용자동차의 임차비용 관련 매입세액에 대한 새로운 법령해석(기획재정부 부가가치세과-704, 2009.10.22.)에 따라 부가가치세 매입세액을 공제하는 경정청구와 함께 당해 매입세액을 손금불산입하여 법인세를 수정신고하는 경우에는국세기본법제48조에 의거 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 해석한 사례를 제출하였다.
(6) 처분청은 법인이 유사사례에 대한 질의회신을 참고하여 법인세를 신고․납부한 후, 다른 질의회신에 따라 수정신고와 추가 자진납부를 하는 경우, 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니한다(법규과-1402, 2011.10.25.)는 국세청 해석을 제출하였다.
(7) 청구법인은 2010.6.4. 국세청에 청구법인의 합병과 관련하여 합병평가차익 산정에 대하여 서면질의서를 제출(접수번호 1729)하였으나, 국내 다른 법인이 청구법인과 유사한 사례에 대해 서면질의하여 회신된 상태였기 때문에 서면질의를 취하한 사실이 확인된다.
(8) 청구법인은 2013.6.27.(목) 개최된 조세심판관회의에 출석하여 기존 국세청 질의회신 내용에 따라 2009사업연도 법인세 신고를 한 후 기존과 다른 새로운 국세청 질의회신 내용이 생성되어 새로운 예규에 따라 수정신고․납부를 하였으므로,국세기본법제48조의 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당 되므로 가산세 감면 신청은 정당하다는 취지의 진술을 하였다.
(9) 살피건대, 처분청은 청구법인이 유사사례에 대한 질의회신을 참고하여 법인세를 신고․납부한 후, 다른 법인의 질의회신 내용에 따라 수정신고하여 추가 자진납부하였으므로국세기본법제48조의 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때”에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인이 합병평가차익 산정에 대하여 국세청에 서면질의를 한 사실이 있는 점(국내 다른 법인이 청구법인과 유사한 사례에 대해 이미 기존과는 다른 새로운 유권해석이 나와 청구법인이 서면질의 신청서를 취하), 합병가차익의 산정에 관한 세무조정사항(△유보)의 세무상 처리에 대하여 과세관청이 입장을 번복하여 새로이 번복된 과세관청의 유권해석을 근거로 당초부터 납세자인 청구법인이 합병평가차익을 계산하여 법인세를 신고하기를 기대하는 것은 무리가 있어 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인의 수정신고․납부는 같은조 제1항에 의한 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때”에 해당하는 것으로 판단되어, 청구법인의 가산세 감면신청은 타당성이 있다고 인정된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.