신축주택 취득 후 5년 내 양도한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대한 양도소득세도 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2011서4975

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1996.1.20.OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, OOO 재건축사업(관리처분계획 인가일: 2001.7.16.)으로 2005.3.2. 같은 동 OOO 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일: 2005.1.28.)하였으며, 2009.8.10. 쟁점신축주택을OOO원에 양도한 다음 2009.8.31. 양도소득 과세표준 예정신고 당시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 산출세액OOO).
• 나. 부산지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 조특법제99조의3 소정의 “신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례”를적용함에 있어, 쟁점종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니한다는 내용의 감사지적을 하였고, 이에 따라 처분청은 취득일부터 양도일까지 양도소득에 해당하는 양도소득세액OOO으로 산정하여 이를 넘는 부분에 대한 세액의 감면을 부인하여, 2011.9.15. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세OOO환급).
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항은 청구인과 같이 쟁점종전주택을 소유하다가 재개발사업을 통하여 쟁점신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 경우, “양도함으로써 발생하는 소득”에 대한 양도소득세 전부를 감면하도록 규정한 점, 조특법 시행규칙 별지 제37호 서식의 작성요령에 의하면 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에만 “양도당시의 기준시가”, “취득당시의 기준시가”, “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”를 기재하도록 명시하였고, 5년이 경과된 후에 양도한 경우에 대하여만 조특법 시행령 제40조 제1항 소정의 산식에 의하여 감면 양도소득금액을 산정하도록 기재한 점, 국세청이 발간한 2004년 양도소득세 해석편람, 2005.1.28. 게시한 양도소득세 절세시리즈, 2009년 재산세 직무교육 교재, 2010년 양도소득세 실무해설 등에 의하면 취득 후 5년 이내에 양도한 경우 양도소득세 산출세액의 100%를 감면한다고 설명하고 있는 점, 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 받은 재건축조합원에 대하여도 감면이 가능하다는 판례(대법원 2007두146, 2008.5.29.)에 따라 감면세액을 환급함에 있어 양도소득세 전액을 감면하였던 점, 국세청의 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)는 이 건 양도당시(2009.8.27.) 공식적으로 생산되지 아니한 점 등을 종합하였을 때, 취득일로부터 5년이내 양도분에 대하여 양도소득세 감면을 부인함은 과세요건 법정주의 및 명확주의, 소급과세금지의 원칙, 신의성실의 원칙에 위반되는 것인바, 법조문 그대로 해석하여야 산출세액 전부를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세청 질의회신(서면인터넷방문상당4팀-OOO2005.11.8.)에 의하더라도 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하지 아니하였고, 조특법 제99조의3의 입법취지 및 법문의 내용을 엄격히 해석한다면 신축주택의 취득으로 인하여 발생되는 소득에 대해서만 양도소득세의 감면을 인정한다는 것인바, 청구인이 신고한 감면소득 중 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점신축주택(2001.5.23.～2003.6.30. 중 매매계약체결분)을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세 전부가 감면된다고 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(3) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.1.20. 쟁점종전주택을 OOO,OOO,OOOOO OOOOO,OOOOOOOOOOOOOOOOOOO 재건축사업에 대하여관리처분계획 인가 결정이 이루어짐에 따라, 조합원 분담금 납부계약을 체결하면서종전주택의 평가액을 OOO,OOO,OOOO,OOOOO OO,OOO,OOOO으로 하였으며, 쟁점신축주택에 대한 사용승인일(2005.1.28.) 이후인2009.8.10. 쟁점신축주택을 OOO양도하였다.

(2) 조특법 제99조의3 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호는 “도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 현재의 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로, 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”는 취지로 규정하였고, 같은 시행령 제99조의3 제2항은 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하였으며, 같은 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 산정하도록 규정하였다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(3) 처분청은 위 산식을 적용함에 있어 “취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가”를 양도당시의 기준시가로, 취득 당시의 기준시가 중분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득 당시 기준시가’로, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득 당시 기준시가’로 각각보아, 아래와 같이 취득일로부터 양도당시까지 발생한 감면대상 양도소득금액을OOO,OOO,OOOO, OO OO OOOOO OO,OOO,OOOOOO OO,OOO,OOOO(OOOO) O OOOO,OOO,OOOO- O,OOO,OOOO(OOOO)OO OOO,OOO,OOOO(OOOO)OO로 각각 산정하였다.

(4) 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 조특법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고,분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고봄이 합리적이라고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임).

(5) 또한, 조특법 제99조의3 소정의 감면대상이 되는 양도소득금액을 산정함에 있어소득세법 시행령제166조를 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 감면대상 양도소득을 구체적으로 산정하는 방법에 있어서도 관리처분계획 인가에 따라 납부한 청산금을 새로운 취득가액으로 봄은 자의적인 해석이라고 보인다(조심 2010서3102, 2011.8.9.,조심 2011서4975, 2012.4.9.외 다수같은 뜻임).

(6) 따라서, 쟁점신축주택을 양도함에 따른 감면대상 양도소득세는 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액만을 대상으로 하여야 하고, 동 양도소득금액은 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 산정함이 타당하다 할 것인바, 이러한 법리에 따라 이루어진 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.