쟁점면적에 대한 공통매입세액은 총공급가액이 확정되지 아니한 경우 예정사용면적기준으로 안분계산하여야 하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2005.8.5. OOO동 4가 1-1 외 110필지 일대에서 재래시장정비를 목적 으로 설립된 조합 으로, 제반 건축용역을 제공받고 부담한 매입세액 중 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 부가가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2011년 제1기분 환급신고에 대한 현지확인 결과, 조합 원에게 공급되는 것으로서 해당 정비사업의 시행으로 종전 토지 를 대신 하여 공급하는 토지 및 건물은 재화의 공급에 해당하지 아니함에도 청구법인이 판매시설(4,904.963㎡) 중 면세사업에 관련된 예정사용 면적에서 조합원에게 공급할 예정사용면적(2,553.324㎡, 이하 “쟁점 면적”이라 한다)을 차감하여 공통매입세액을 안분계산함으로써 매입 세액을 부당하게 공제받은 것으로 보아 판매시설 중 조합원에게 공급 할 예정사용면적을 면세사업에 관련된 예 정사용면적으로 하여, 공통매입 세액을 재산정한 후 2011.10.17. 청구법인에게 부가가치세 OOO 원(2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원, 2010년 제1기분 OOO원, 2010년 제2기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원)을 경정고지하였고, 2011.10.18. 환급신고액 OOO원(2011년 제1기분) 중 OOO원을 공제한 잔액에 대하여만 환급 결정을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법 시행령제61조 제1항에는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 해 당과세기간에 공급가액이 있을 경우 총 공급가액 중 면세공급가액의 비율로 계산하도록 규정되어 있음에도, 처분청이부가가치세법시행 령제61조 제4항 단서규정을 적용하여 총예정사용면적 중 면세사업에 관련된 예정사용면적 비율로 안분 계산하여 공통매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조합설립 이후 계속하여 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 왔는 바, 쟁점과세기간(2009년 1기～2011년 1기)에도 당초 신고시 공통매입세액을 예정사용면적 비율로 안분계산하여 신고하였고,부가가치세법시행령제61조 제6항이 2010.12.30. 신설 되어 예정 사용면적 비율로 공통매입세액을 안분계산한 경우에는 그 다음 과세 기간 에 과세․면세 공급가액이 발생 하더라도 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제3호를 적용하였다가 사용면적이 확정되는 과세기간 에 제61조의 2 제2호에 따라 정산 하도록 규정하였는 바, 2009년 제1기 과세기간에는 과세분 매출만 OOO만원을 신고하고, 면세분 매출은 신고한 사실이 없으며, 과세분 매출도 분양수입금액이 아니라, 매입처OOO로부터 민원처리비용을 돌려받고 발급한 매출세금계산서로, 실제로는 (-)수정매입세금계산서를 수취하여야 할 것이며, 2009년 제1기 과세기간 이전에는 과세분 및 면세분 공급가액이 없는 것으로 확인되므로 판매시설 중 조합원 분양분을 면세사업에 관련된 예정사용면적으로 하여 공통매입세액을 안분계산한 결과 발생된 과다공제분을 불공제한 처분은 정당 하다.

• 가. 쟁 점 쟁점면적에 대한 공통매입세액을 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 의한 공급가액 기준으로 안분계산할 것인지, 부가가치세법 시행령제61 조 제4 항 단서규정에 의한 면적기준으로 안분계산할 것인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에는 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2006.7.7. 건축허가를 받아, 아파트 162세대와 상가 1개동을 신축하여 2009.2.6. 관리처분계획에 따라 162세대는 조합원들에게, 상가면적 4,904.963㎡중 2,351.639㎡은 일반인에게, 나머 지 2,553.24㎡는 조합원들에게 분양하기로 하였고, 2009년 제1기～2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 부가가치세를 신고하면서 조합원분 공급예정면적(2,553.324㎡)을 포함한 판매시설(4,904.963㎡)에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하 여 신고․납부하였다. (나) 2009년 제1기～2011년 제1기 부가치세 과세기간 중에 청구 법인이 부가가치세를 신고한 내역과 처분청의 과세처분 내역은 아래 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOOOO (OO: OO) (다) 처분청의 조사종결복명서에는 “청구법인은 2005.8.5. 수익사업개시 이후 건축용역 등을 제공받고 부담한 매입세액을 실지귀속에 따라 공제 또는 불공제하고, 부가가치세 법 시행령 제61조 제4항 단서 규정을 적용하여 공통매입세액을 예정 사용면적 비율로 안분계산하여 신고하였고, 정비사업조합이 관리처분인가계획에 따라 조합원에게 공급되는 것으로서 해당정비사업의 시행으로 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은조세특례제한법제104조의7 제3항 의 규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이므로 판매시설 4,904.963㎡ 중 조합원분 공급예정면적 2,553.324 ㎡에 대하여는 공통매입세액을 안분계산하여 불공제하여야 하는 것임에도 그 면적 상당액을 부당공제받은 사실을 확인하여 예정사용면적 비율에 의한 안분계산은 2011년 제1기 이전 과세기간에도 연결되어 있고, 시공사 에 부담한 매입세액이 발생한 2009년 제1기 과세기간 이후 부가가치세 신고서 검토결과, 공통적 오류가 있으므로 각 과세기간에 대한 부가가치세를 경정한다”는 조사내용이 나타난다.

(2) 살피건데,조세특례제한법제104조의7 제3항에 의하면, 정비 사업조합이도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업 에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급 하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법 제6조 에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정되어 있고, 부가가치세법시행령제61조 제4항의 규정에 의하면 공통매입세 액 안분계산을 함에 있어 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로써 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 관련된 예정 사용면적의 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조의2에는 사업자가 제61 조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화 의 취득으로 과세 사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세 사업의 사용면적 이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고 하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다고 규정되어 있는 바, 이 건의 경우 총공급가액이 아직 확정되지 아니하였고, 청구법인 이 2005.8.5. 수익사업개시 이후 건축용역 등을 제공받고 부담한 매입세액 은 실지귀속에 따라 공제 또는 불공제하고, 공통매입세액은부가가치세 법 시행령제61조 제4항 단서규정을 적용하여 예정사용면적의 비율로 안분계산하여 신고하였으므로, 처분청이 부가가치세법 시행령제61 조 제4항 제3호의 규정을 적용하여 매입세액을 안분계산하여 부가가치세 를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.