모회사로부터 부여받은 스톡옵션을 행사하여 발생된 비용을 자회사가 모회사에 보전함에 따라 발생된 비용은 자회사의 손금에 해당되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOOOOOOO(OO OOOOOO OO)가 지분 100%를 출자하여 설립한 자회사로서 비상장회사인 바, 2002년부터 2006년까지 OOO가 청구법인의 임직원에게 주식매수선택권(이하 “쟁점스톡옵션”이라 한다)을 부여할 당시 OOO주식의 시가와 행사가의 차액 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 주식보상비용으로 회계처리한 후, 손금불산입(유보)으로 세무조정하였고, 2007년 스톡옵션 행사 및 2007.10.1. (구)OOO에 카드사업부문 양도시 쟁점비용을 손금산입(유보)로 추인하였으며, 동시에 법인세법상 손금 불인정되는 비용으로 보아 손금불산입(기타)으로 반대 세무조정을 하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2011.3.16. 처분청에 ‘쟁점비용이 인건비 성격의 비용으로 청구법인이 지급하여야 할 비용이므로 손금산입하여 2007사업연도 법인세 OOO을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2009.2.4. 개정된 법인세법 시행령 제19조 제19호 가 2009.2.4. 이후 주식매수선택권 행사비용을 보전하는 분부터 적용되므로 이 건에는 적용될 여지가 없다 하여 2011.9.26. 청구법인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 비상장 자회사로서 청구법인의 주식으로 쟁점스톡옵션을 부여할 수 없어 사적자치의 원칙에 따라 불가피하게 OOO 주식을 이용하여 쟁점스톡옵션을 부여하였을 뿐, 청구법인이 실질적으로 비용을 부담하고 쟁점스톡옵션 운용주체로서의 역할을 수행하였고, 쟁점스톡옵션은 청구법인에 직접적으로 고용된 임직원이 청구법인에게 근로를 제공한 것에 대한 대가로 부여된 것으로서 쟁점비용은 사업과 관련하여 지급된 인건비 성격의 비용이므로 법인세법상 손금에 해당되며, 청구법인의 임직원이 부여받는 주식매수선택권은 행사가격이 시가 이상이며 증권거래법에 따라 부여결의일로부터 2년 이상 청구법인에 재직한 경우에만 행사할 수 있어 특수관계자에게 주식을 저가 양도해 이익을 분여하려는 의도가 전혀 없는 정상적인 거래에 해당하여 부당행위계산부인규정이 적용될 여지가 없다.

(2) 2009.2.4. 개정된 법인세법 시행령제19조 제19호는 새로운 손금을 만드는 창설적 규정이 아니라 기존 손금을 확인하는 선언적 규정OOO이고, 지출한 인건비 성격의 비용에 대해 손비가 인정됨을 명확히 하기 위한 주의적 규정이므로 관련 규정 개정 전(2009.2.4. 이전)에 지출한 비용이라고 해서 달리 볼 이유가 없으므로 소급 적용되어야 한다.

(3) 법인세법은 손비를 열거하지 않고 포괄적으로 인정하고 있으며 불인정되는 손비의 범위에 대해서 벌금, 충당금한도초과액, 접대비, 부당행위계산부인 등 타 조항을 통해 규율하고 있으며, 쟁점비용에 대해서는 손금 부인하는 규정이 어디에도 없는데도 불구하고 손금 부인한 처분청의 처분은 조세법률주의에 명백히 위반된 위법한 처분에 해당한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 모회사인 OOO회사가 청구법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권에 대한 보상비용을 청구법인이 보전한 것은법인세법제52조에서 규정하는 부당행위계산 부인대상에 해당되는 것이다(국세청 심사법인 2009-0036, 2009.9.29. 같은 뜻).

(2) 청구법인은 OOO와 지배종속의 관계에 있으므로 청구법인에서 근무할 능력있는 임직원을 영입하기 위해 OOO가 주식매수선택권을 부여하는 현실을 감안할 때, 청구법인의 임직원은 법률상 청구법인과 고용계약을 체결하나 실질적으로는 청구법인을 매개로 OOO와 넓은 의미의 고용관계에 있는 것이고, 근로소득은 개인의 종속적인 노동의 대가로서의 성질을 가지는 소득이지만 이에 한하지 않고 넓은 의미의 고용계약 또는 이와 유사한 관계 기타 일정한 근무관계에 기하여 받는 보수도 포함되므로, 청구법인과의 고용계약에 의하여 OOO로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사소득은 근로의 제공에 따라 발생된 근로소득으로서 OOO로부터 지급받은 “을종근로소득”에 해당되는 것이다(국심 2007서0062, 2007.9.12. 같은 뜻).

(3) 2009.2.4. 법인세법 시행령제19조 제19호의 규정의 신설에 따라 OOOOOO가 증권거래법에 따라 비상장자회사 임직원에게 부여한 스톡옵션 행사비용을 자회사가 보전하는 경우 이를 손금으로 산입할 수 있도록 개정되었으나, 위 규정은 같은 법 시행령 부칙에 의하여 그 적용시기가 2009.2.4. 이후 주식매수선택권 행사비용을 보전하는 경우로 규정되어 있으므로 2009.2.4. 이전에 행사비용을 보전한 이 건의 경우 이를 적용할 수는 없는 것이다(국세청 심사법인 2009-0036, 2009.9.29. 같은 뜻).

• 가. 쟁 점 자회사(청구법인)의 임직원이 OOO로부터 부여받은 스톡옵션을 행사하여 발생된 비용을 자회사가 OOO에 보전함에 따라 발생된 비용이 자회사의 손금에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령
• 다. 사실관계 및 판단 (1)법인세법제19조(손금의 범위) 제2항에서 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있고, 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정․신설된 같은 법 시행령 제19조(손비의 범위) 제19호에서 상법제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 등을 손비로 규정하였으나, 그 부칙 제6조(주식매수선택권 행사에 따른 보전비용의 손금산입에 관한 적용례)에서 ‘영 제19조 제19호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있다.

(2) 청구법인의 소득금액조정합계표 등을 보면, 쟁점스톡옵션에 대한 회계처리 및 세무조정내역은 아래 <표>와 같다.

(3) 청구법인은 2011.3.16. 쟁점비용이 인건비 성격의 비용이므로 손금산입하여야 한다며 처분청에 2007사업연도 법인세에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 위 법인세법 시행령제19조 제19호의 신설규정OOO은 부칙에 의거 2009.2.4. 이후 주식매수선택권 행사비용을 보전하는 경우에 인정되는 것이며, 2009.2.4. 이전에 행사비용을 보전한 청구법인의 경우 이를 적용할 수 없는 것으로 보아 2011.9.26. 청구법인에게 경정할 이유가 없음을 통지한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구법인과의 고용계약에 의하여 OOO로부터 부여받은 주식매수선택권행사소득은 근로의 제공에 따라 발생된 근로소득으로서 OOO로부터 지급받은 “근로소득”에 해당된다고 봄이 타당해 보이고, 그 행사비용이 임직원이 속한 청구법인의 비용인 손비로 귀속한다고 법인세법에 규정하고 있지 아니한 점에서 일반적으로 용인되는 통상적인 것으로 인정하기 어려워 보이는 점, 주식매수선택권 행사비용 보전 시 손비로 인정하도록 2009.2.4. 개정된 법인세법 시행령제19조 제19호의 규정은 그 부칙 제6조에 따라 2009.2.4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용된다고 규정된 점에서 확인적 규정으로 볼 수 없으므로 동 규정을 이 건에 소급하여 적용하기는 어려워 보인다(조심 2010서299, 2010.11.18. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 쟁점비용에 대하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 이유가 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.