기부채납한 관사를 신축하는 과정에서 발생한 매입세액은 공제되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010.3.17.부터 부동산업을 영위한는 법인으로 국방부와 OOO번지 외 2곳에 군인 또는 군인가족이 사용하는 OOO관사 외 3개 관사(이하 “기부채납관사”라 한다)를 신축하여 2012.4.6.까지 기부채납하기로 약정한 후, 신축과정에서 발생한 공통매입세액에 대한 예정사용면적(국민주택규모 이하는 면세사업, 초과는 과세사업과 관련)을 기준으로 안분계산하여 불공제하고 2010년 제1기부터 2010년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 국민주택규모 초과분에 대하여도 면세사업과 관련된 것으로 보아 수정신고 하였다가, 청구법인이 불공제세액으로 수정신고 납부한 전 세액이 과세사업(건설용역 제공)과 관련한 것이라 하여 부가가치세 2010년 제1기 OOO원, 2010년 제2기OOO원 합계 OOO원(쟁점세액)을 환급하여 달라는 경정청구서를 2011.7.4. 처분청에 제출하였다.
• 다. 처분청은 군관사의 기부채납재산에 대한 신축과정에서 발생한 쟁점세액은 불공제대상에 해당한다하여 2011.9.1. 청구법인의 경정청구를 거부처분하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인의 사업개요는 국방부에서 시행하는 군관사 임대형 민간사업(Build-Transfer-Lease, 이하 “BTL”이라 한다)을 계약하여 민간 건설회사 로부터 건설용역을 제공받아 기부채납관사(국민주택 규모이하 분과 초과분 혼재)를 건립하여 국가에 기부채납 후 그 대가로 국가로부터 관리운영권(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 일정기간 동안 인정받아 그 권리운영권을 국가에 다시 임대하여 그 대가로 국가로부터 일정기간 임대료를 받는 사업구조이고, 청구법인의 사업운영단계에서 관리운영권임대로 OOO로부터 지급받은 대가의 성격은 기업회계기준해석서 제2112호 및 질의회신(KQR07-OOO, BTL 방식으로 민간투자사업을 진행하는 회사의 회계처리)에 의해 이루어지며 관리운영권의 임대료는 공사대금의 회수로 회계 처리하도록 되어있으며, BTL사업의 경우 사실상 용역(군관사 건설용역)의 공급이라는 단 하나의 거래만 있을 뿐이며, 리스료로서 대금을 지급받는 거래는 건설용역 대금을 분할로 지급받는 것이므로 쟁점세액 환급에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 기부채납하고 그 대가로 일정기간 그 시설의 관리운영권을 부여받아 해당기관에 임대하는 경우 그 관리운영권은 부동산임대용역으로 보며 기부채납관사는 주거용으로 사용하는 건물(주택)에 해당되어 임대료가 면세되며 OOO에 군관사를 기부채납한 사업자가 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 않으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 OOO에 기부채납관사를 신축하는 과정에서 발생한 쟁점세액이 불공제대상에 해당하는 지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2011.12.31>

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 2010.1.1>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

⑤ 제1항에 따라 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)이나 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제19조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31> (2) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/ 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. <개정 1992.12.31, 1995.12.30>

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 부가가치세 신고서 경정청구서 등에 의하면, 청구법인은 쟁점과세기간 중 공통매입세액을 총예정사용면적(병영시설 면적과 군관사 면적의 합계)에 대한 면세예정사용면적(군관사 면적 중 국민주택규모 미만부분)의 비율로 안분계산하여 쟁점세액 불공제하여 부가가치세를 당초 신고한 내역은 별지〈표1〉과 같고, 청구법인은 2011.2.14. 이 건 과세기간 중 공통매입세액에 대한 안분계산시 면세예정사용면적에 국민주택규모초과 부분면적을 포함된 비율로 안분계산하여 불공제액을 계산하고 쟁점세액을 수정신고한 내역은 별지〈표2〉와 같고, 2011.7.4. 다시 면세예정사용면적에 국민주택규모초과 부분면적을 제외된 비율로 안분계산하여 불공제액을 계산하여 경정청구한 신고내역은 별지〈표3〉과 같다.

(2) 청구법인이 제시한 기부채납관사의 BTL실시협약서 등의 주요내용은 아래와 같다. (가) 기부채납관사의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 OOO에 귀속되며, 본 협약에서 달리 정함이 없는 한 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 20년, 주무관청(OOO)이 사업시행자에게 지급할 운영비의 표준비용은 금OOO원으로 한다. (나) 입주보증금은 해당부대에서 징수 관리하며, 사업시행자는 각 세대별 공공요금 산정, 부과, 징수업무 및 해당부대에서 산정한 각 세대별 관리비에 대하여 부과, 징수업무를 한다.

(3) 살피건대, 민간사업시행자인 청구법인이 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제2호 의 방식(BTL)으로 OOO에 기부채납하고 그 대가로 OOO로부터 건축시설비용을 임대료로 받는 것은 일반적인 재화 또는 용역의 공급에 해당하며, 기부채납한 군관사가 군인 및 군인가족이 상시 주거하는 건물인 경우 일반적인 주택과 동일하게 보아 주택의 임대용역은 면세에 해당하여 건설단계에서 부담하는 매입세액은 공제되지 아니한다 할 것이다(국세청 부가가치세과-20, 2010.1.6. 같은 뜻임).

(4) 따라서 처분청이 기부채납관사의 신축과정에서 발생한 공통매입세액의 안분계산시 국민주택규모 초과부분도 면세관련매입세액으로 보아 쟁점세액을 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.