종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조합원의 신축주택 취득에 따른 양도소득세 특례가 적용되지 않음

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1999.6.26. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였고, 재건축으로 인하여 서울특별시OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2002.7.27. 취득하여 보유하다가 2009.2.6. 양도한 후 2009.3.30. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 감면 신고하였다.
• 나. 부산지방국세청의 2011년 처분청 종합감사시 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면 소득은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니므로 당초 감면소득금액에서 차감하여 2011.8.23. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제99조의3 취지는 건설경기 침체 및 미분양 주택의 과잉에 대한 대책으로 동 규정에 따라 취득한 신축주택 양도시에는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득을 과세하지 아니하는 혜택을 주어 건설경기 및 전체 경제를 활성화하기 위한 것으로서, 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제40조의 산식에 위임되어 있으며, 처분청의 기존 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 세법 규정 및 취지에 맞게 분모 및 분자의 기준시가를 재건축주택의 사용검사필증교부일의 기준시가를 말하는 것으로서 합리성이 있었으나 기존 예규를 변경함으로써 재건축주택의 경우 사업계획승인일 이후부터 준공시점까지 발생한 양도차익은 과세대상이지만, 주택건설업자로부터 분양받은 경우에는 당첨일부터 준공시점까지 발생한 양도차익은 과세대상에서 제외되어 조합원이 취득하는 경우와 건설업자로부터 분양받은 경우와 차별하여 감면소득을 계산하는 결과를 초래하고 있다. 재건축을 통한 신축주택이나 주택건설업자로부터 분양받은 신축주택의 경우 동일하게 준공일부터 5년 이내 양도하는 경우 100% 감면하고 준공일로부터 5년 이후에 양도하는 경우에는 준공일로부터 양도시까지 발생하는 양도차익에서 준공일로부터 5년 이내에 발생한 양도차익을 차감한다는 조세특례제한법 제99조의3 취지에 부합되는 기존 예규에 따라 양도소득세를 감면하여야 하며, 납세자 신뢰의 대상이 되는 같은 법 시행령 제40조의 기존 해석규정에 따라 부동산을 양도 후 적법하게 감면소득을 계산하여 신고하였으나, 10여년간 유지되어온 기존 예규를 변경함으로써 청구인은 재산상 불이익을 받은 바 과세관청의 예규 변경이 적법한 것임에도 불구하고 신의칙 위반으로 취소될 수 있다는 신의성실의 원칙에 의거 납세자의 재산권에 중대한 영향을 미치는 점을 고려하여 처분청의 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 국세청의 종전해석이 취득당시의 기준시가를 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득시점의 기준시가를 적용하도록 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)하였다고 주장하나, 국세청 종전 해석 내용을 보면, 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고 있고, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감면한다는 것은 아니므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제99조의3 조합원의 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일전까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등 ] ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 ] ② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 및 청구인의 제출증빙 등을 종합하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1999.6.26. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인하여 신축주택을 2002.7.27. 취득하여 보유하다가 2009.2.6. 양도한 후 2009.3.30. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 조세특례제한법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 감면 신고하였다. (나) 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면 소득은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니므로 당초 감면소득금액에서 차감하여 2011.8.23. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

(2) 청구인은 처분청의 기존예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 세법 규정 및 취지에 맞게 분자 및 분모의 취득당시 기준시가를 재건축주택이 사용검사필증 교부일 또는 임시사용일의 기준시가로 하여 합리성이 있었으나 기존예규를 변경(재산세과-227, 2009.1.20.)함으로써 조합원의 신축주택의 경우 사업계획승인일(관리처분계획일) 이후부터 준공일까지 발생한 양도차익은 과세되어 일반분양자의 신축주택과 차별하는 등 형평성이 결여되고 신의성실의 원칙에 위배된 부당한 처분이라고 주장하고 있다.

(3) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 조세특례제한법제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있고, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 또한, 청구인은 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 납세자가 부동산을 양도 후 적법하게 감면소득을 계산하여 신고 납부하였으나 10여년간 유지되어 온 기존 예규를 변경함으로써 청구인에게 재산상 불이익을 받은 바, 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다 하겠다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.