계좌인출내역 및 거래현황 등에 의하면 정상거래에 해당하는 것으로 보이므로 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 과세한 처분은 부당함

OO세무서장이 2011.11.7. 청구인에게 한 부가가치세 2004년 제1기 O,OOO,OOO원, 2004년 제2기 O,OOO,OOO원, 2005년 제1기 O,OOO,OOO원, 2005년 제2기 OOO,OOO원, 2006년 제1기 O,OOO,OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1992.8.31.부터 “OO상사”라는 상호로 위생용지 도매업을 영위하는 사업자로, 2004년 제1기 내지 2006년 제1기 과세기간 사이에 주식회사 ☆☆☆(이하 “☆☆☆”라 한다)로부터 공급가액 OOO,OOO천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 OO세무서장으로부터 ☆☆☆에 대한 자료상조사결과를 통보받고 청구인이 실물거래 없이 가공으로 쟁점세금계산서를 수취하였다고 보고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2011.11.7. 청구인에게 부가가치세 2004년 제1기 O,OOO,OOO원, 2004년 제2기 O,OOO,OOO원, 2005년 제1기 O,OOO,OOO원, 2005년 제2기 OOO,OOO원, 2006년 제1기 O,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 ☆☆☆로부터 2004년 제1기 내지 2008년 제1기 과세기간 사이에 공급가액 OOO,OOO천원 상당의 세금계산서를 수취하였는데, 처분청은 청구인이 2006년 제2기 과세기간부터는 ☆☆☆의 자체 재고관리 프로그램에 의하여 발급한 세금계산서(계산서번호, 담당사원, 영업거래처코드가 상단에 추가로 기재되어 있음)를 수취하였다 하여 실물거래에 따라 수취한 것으로 인정하고, 그 이전의 과세기간에는 일반 세금계산서를 수취하였다 하여 실물거래 없이 가공으로 수취한 것으로 보았는바, ☆☆☆는 청구인의 주매입처로 청구인에게 OOOOO 제품을 10년 이상 정상적으로 공급하여 오다가 2006년경 재고관리 프로그램을 새로 도입하면서 세금계산서 발급방법을 변경한 것일 뿐, ☆☆☆와 청구인 사이의 거래 내용이나 대가지급방법에 있어 새 프로그램 도입 전후로 차이가 없으므로 2006년 제1기 과세기간 이전의 거래도 실물거래로 인정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 ☆☆☆와 사이에 실물거래를 하였다는 점을 입증할 만한 직접적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 쟁점세금계산서는 ☆☆☆만의 독특한 양식의 세금계산서가 아니고, 현금수금여부가 표시되어 있는 ☆☆☆만의 독특한 양식의 거래명세표도 제시되고 있지 않은 상황에서, 청구인이 제출한 일반적인 양식의 세금계산서 기재내용대로 정상거래가 있었고 그 대가로 청구인과 청구인의 배우자 명의 계좌에서 출금된 금액이 실제로 ☆☆☆에게 지급되었다고 단정하기는 어려우므로 쟁점세금계산서를 가공으로 보고 과세한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁 점 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 수취하였는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) OO세무서장은 정OO의 사망으로 인한 상속세 조사를 계기로 정OO이 ‘☆☆☆’라는 상호로 실제 판매처가 아닌 사업자에게 세금계산서를 발행한 혐의가 적출되어 ☆☆☆에 대한 자료상 조사를 실시하여 조사한 내용은 아래와 같다. (가) 정OO은 2003.7.1.부터 2008.7.10.까지 ‘☆☆☆’라는 상호로 화장지 도소매업을 영위하였는바, OOOOO 주식회사로부터 매입한 화장지 등을 슈퍼마켓 등 거래처에 본인 및 직원이 배달하여 공급하면서 현금이나 가계수표로 수금하는 식으로 영업을 하면서 2004년 제1기 내지 2008년 제1기 과세기간 동안 판매처가 아닌 사업자에게 총 O,OOO백만원 상당의 가공세금계산서를 발행하고 실제 판매처에게는 총 O,OOO백만원 상당의 무자료 매출을 하였다. (나) ☆☆☆는 매출하면서 2006년부터 고유의 재고관리 프로그램으로 발급한 세금계산서(상단에 계산서번호, 영업사원, 영업거래처코드가 추가로 기재되어 있음)와 거래명세표(담당자, 거래처코드 및 현금거래의 경우 전잔고, 금일잔고, 총외상잔고가 추가로 기재되어 있음)를 발행하였으므로 이를 매출처와의 실거래여부 판단에 사용하여 매출처에 과세자료로 통보하였으며, 2005년 이전에 발행한 거래명세표도 고유의 특징(거래일자, 일련번호, 전화번호, 거래처코드, 배송사원이 추가로 기재되어 있음)이 있으나, 청구인은 2005년경 사업장을 이전하면서 이전 거래자료를 폐기하여 거래명세표를 제시하기 어렵다고 소명하였다. (다) OO세무서장은 ☆☆☆의 매출처 중 청구인(OO상사)이 2004년 제1기 내지 2008년 제1기 과세기간 동안 공급가액 OOO,OOO천원 상당의 세금계산서를 수수한 거래처임에도 2006년 10월경에야 고유의 세금계산서(계산서 번호, 담당사원, 영업거래처코드가 기재됨)를 수수한 점, 김OO(‘OOOO마트’의 사업자로 ☆☆☆로부터 무자료 매입 혐의가 있는 자)에게 정기적으로 소액을 지급한 점 등에 비추어 ☆☆☆로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취하였다고 확정하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

(2) 처분청은 위 자료를 통보받고 청구인이 2004년 제1기 내지 2008년 제1기 과세기간 동안 ☆☆☆로부터 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 수취한 것으로 과세하겠다는 취지로 청구인에게 과세예고 통지를 하였다가 청구인이 한 과세전적부심사청구에 따라 ☆☆☆ 고유의 세금계산서가 수수된 거래(일부 2005년 제2기 및 2006년 제2기 이후 과세기간의 거래로 전체 거래의 41.9%에 해당하는 OO,OOO천원 상당)는 실물거래로 보고, 나머지 일반적인 세금계산서가 수수된 거래는 가공거래로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(3) 청구인은 2006년 제2기 이후 뿐 아니라 그 이전에도 ☆☆☆로부터 실제로 화장지 등을 매입하고 세금계산서를 수취하였다면서 외상매입금원장, 거래처원장, 금융거래내역서, 예금거래명세표, 거래사실확인서(정OO의 배우자 이OO가 작성)를 제시하였는바, 이에 의하면 청구인과 그 배우자 이OO의 계좌에서 쟁점세금계산서의 거래대가 상당액이 세금계산서 발행일로부터 수일이내에 백만원 단위로 인출된 사실, 청구인의 총 매입액 중 ☆☆☆로부터의 매입액이 차지하는 비율은 과세기간별 6%～20% 수준인 사실 등이 나타난다.

(4) 이와 같은 사정을 종합하여 보건대, ☆☆☆는 사업자나 그 직원이 직접 화장지를 배달하고 현장에서 대가를 수금하는 식으로 거래를 하였으므로 그 매출처로서는 실물거래 사실을 입증하기가 현실적으로 쉽지 않은 면이 있고 ☆☆☆가 도입한 재고관리 프로그램에 의하여 발급한 특유의 세금계산서는 정상적인 거래에 따라 수수된 것으로 볼 수 있다면, 청구인이 ☆☆☆와 거래하는 동안 세금계산서를 수취한 후 그 대가 상당액을 청구인과 그 배우자의 계좌에서 인출한 사실이 나타나고, ☆☆☆가 새로운 재고관리 프로그램을 도입하여 청구인과 동 프로그램에 의하여 발급한 세금계산서를 수수하기 시작한 시기를 전후로 하여 청구인과 ☆☆☆간의 거래에 거래량, 거래방법 등에 있어서 특이한 변화를 찾기 어려우므로 2006년 제2기 이후 수수된 세금계산서 뿐 아니라 그 이전에 수수된 세금계산서도 정상거래에 따라 수수된 것이라고 봄이 합리적일 것이다.

(5) 따라서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.