쟁점토지와 쟁점건물을 일괄 양도하고 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세 과세한 처분은 부당함

처분청이 2011.10.6. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 290,033,760원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1977.12.30. 〇〇광역시 〇〇구 〇〇동 000-00의 토지 93㎡와 〇〇동 000-00의 토지 14㎡ 계 107㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 청구인의 배우자 〇〇〇은 1997.12.15. 남편 소유의 쟁점토지 지상에 2층 건물 104.5㎡를 신축(2000.12.5. 3층 201.71㎡로 증축, 이하 “쟁점건물”이라 한다)하여 단독으로 부동산 임대업을 영위하고 있던 중, 쟁점토지 주변을 구입하여 쇼핑물 건물을 신축하고자 하는 주식회사 〇〇〇〇(이하 “부동산 양수법인”이라 한다)과 매매가격 협상을 통해 청구인은 쟁점토지를 10억원에, 〇〇〇은 쟁점건물을 11억원에 각각 부동산 양수법인과 개별적으로 매매계약(2007.9.19.), 대금정산(2007.11.9.) 및 소유권이전등기(2007.11.9.)를 한 후, 2007.12.13. 청구인은 쟁점토지 양도분 양도소득세 204,224천원을, 〇〇〇은 쟁점건물 양도분 양도소득세 33,181천원을 각각 예정신고 ․ 납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점토지 및 〇〇〇의 쟁점건물에 대한 별개의 양도에 대하여 청구인이 한 일괄 양도이고, 그 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 소득세법제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제6항 및 부가가치세법제48조의2 제4항 단서 규정에 따라 양도가액 등을 기준시가로 안분계산하여 2011.10.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 290,033,760원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 청구인 소유이고 쟁점건물은 〇〇〇의 개인재산인 바, 청구인과 〇〇〇이 비록 부부지간이라 하나, 결혼 이후 부부관계가 원만하지 아니하여 각자 자기 재산을 스스로 관리하여 왔고, 특히 〇〇〇은 노점상을 하면서 악착같이 벌은 돈으로 쟁점건물을 자기 재산으로 취득하였으며, 63세의 나이에도 불구하고 중학교 등의 검정고시를 거쳐 대학교를 졸업하고 사회복지사 및 호스피스봉사 자격을 취득하는 등 평소 자신의 힘으로 벌은 돈으로 사회복지와 봉사에 기여하겠다는 신념이 대단하고 이를 위하여 자기 재산에 대하여는 관리는 물론 처분을 하여도 자기가 알아서 한다고 하여 왔기 때문에 쟁점건물은 청구인이 마음대로 처분할 수 있는 부동산이 아니다. 위와 같은 사정 등으로 당초 2007년 4월 부동산 양수법인으로부터 부동산 매도요청을 받았으나, 청구인과 〇〇〇은 토지 및 건물의 소유자가 각기 다르고 매매계약도 별도로 하여야 한다고 주장함에 따라, 부동산 양수법인은 먼저 2007년 4월초부터 토지소유자인 청구인과 수차례의 가격협상을 하여 2007년 4월말 쟁점토지를 10억원에 매매하기로 잠정계약하고, 그 이후인 2007년 5월초부터 건물소유자인 〇〇〇와 수차례의 가격협상을 거쳐 2007년 5월말 쟁점건물을 11억원에 매매하기로 잠정계약한 후 2007.6.18. 각각 동 매매계약금을 지급하였다가 2007년 9월 쇼핑물부지 일대의 취득이 마무리 되어 2007.9.19. 각각 매매계약서를 약정하고 매매잔금을 2007.11.9.까지 청구인과 〇〇〇에게 별도로 정산하였다. 〇〇〇의 경우, 쟁점건물 매매가액에 대하여 연간임대수입 등을 감안한 끈질긴 협상 끝에 11억원에 매매한 것으로 처분청이 단지 부부지간이라는 이유로 청구인이 쟁점토지 및 쟁점건물을 일괄 양도한 것으로 판단하는 것은 잘못이다. 이와 같이, 청구인은 쟁점토지를 10억원에, 〇〇〇은 쟁점건물을 11억원에 각각 자유의사에 의하여 양도하였고, 그 실제 양도가액인 토지와 건물가액의 구분이 명백한 사실에 대하여는 청구인과 부동산 양수법인, 〇〇〇과 부동산 양수법인 간에 약정된 매매계약서, 그 거래가액이 등기된 부동산 등기부등본과 매매목록, 부동산거래계약 신고필증 등의 공부 자료와 당초의 매매계약 경위, 매매대금수수 사실 등에 비추어도 확인할 수 있고, 이를 각각의 실제 거래가액으로 인정하여야 함에도 불구하고, 처분청이 토지와 건물의 거래가액 구분이 불분명한 것으로 판단하여 과세하는 것은 사실관계의 오해 내지 단순추정에 의한 것으로써 입증책임을 결여한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인과 〇〇〇의 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도에 대하여 매매계약서 및 대금수령증빙 등 독립된 거래로 볼 여지가 있어, 과세사실판단자문회의에 상정하였고, 그 심리결과 부동산 양수법인은 쟁점부동산의 토지를 양수하기 위하여 건물도 함께 양수한 것일 뿐이고 건물은 양수 후 철거할 예정이었으므로 건물의 양도가액을 높게 인정하기 어려웠다는 점, 쟁점건물의 양도가액을 11억원으로 할 합리적인 이유나 가액 산정의 기준을 찾아볼 수 없고, 양도시 기준시가와 실지거래가액에 의한 비율에 있어 큰 차이를 보이는 점 등을 종합하면, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 있기는 하지만 각각의 객관적 가치와 거래목적, 공시가격 등에 비추어 신빙성이 없어 양도인이 신고한 토지와 건물의 양도가액이 실지거래가액이라고 보기 어렵고 이는 양도소득세를 경감시키기 위하여 임의로 구분하여 신고한 가액에 불과하다고 보이므로, 토지․건물의 일괄 양도로 기준시가로 안분하여 결정함이 타당하다고 의결하고 있고, 추가로 검토한 바, 청구인 및 〇〇〇은 특수관계자이며, 청구인이 토지와 건물을 공동담보로 하여 1998.5.1. 근저당설정을 하고 있고, 청구인과 부동산 양수법인과의 토지 매매계약서에 건물의 멸실을 매매조건으로 한 점으로 보아 토지 및 건물의 일괄 양도로 판단되며, 〇〇〇의 쟁점건물은 양도당시 기준시가 56백만원에 상가건축비가 평당 3백만원 정도로 임대수익 등 건물효용도를 감안하더라도 매매가 11억원은 부당하게 높은 가액이며, 청구인의 쟁점토지는 그 매매가액이 평당 30,895천원으로 부동산 양수법인이 복합상가 신축을 위해 매입한 토지 23필지의 평균매입가격(평당 41,437천원)에 비하여 74.5%로 상대적으로 낮은 가격에 매입된 것으로 분석되는 바, 양도차익이 많은 토지의 양도가액을 낮추고 양도차익이 적은 건물의 양도가액을 높여 양도소득세를 부당하게 경감할 목적으로 매매계약서를 작성한 것으로 판단되므로 기준시가로 안분 계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄 양도하고 그 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 제114조(양도소득세과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지) ⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 시행령 제116조(양도차익의 산정) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산) ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등 에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 부동산등기부등본에 의하면, 청구인은 1977.12.30. 쟁점토지를 취득하여 2007.11.9. 부동산 양수법인에게 양도하였고, 〇〇〇은 남편인 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 약 20년 후인 1997.12.15. 쟁점토지 지상에 2층짜리 건물을 신축하고 2000.12.3. 3층으로 증축하여 2007.11.9. 부동산 양수법인에게 양도하였는데, 이 때 쟁점토지 거래가액은 10억원으로, 쟁점건물 거래가액은 11억원으로 기재되어 있다. (나) 〇〇구청장이 2011.11.9. 발행한 부동산거래계약신고필증상 청구인의 쟁점토지 거래 신고분(접수번호 2007-4-**호)에는 거래물건은 ‘토지만 거래’, 실제거래가액은 ‘10억원’으로 기재되어 있고, 〇〇〇의 쟁점건물 거래 신고분(접수번호 2007-4-)에는 거래물건은 ‘건물만 거래’, 실제거래가액은 ‘11억원’으로 기재되어 있다. (다) 청구인이 제출한 쟁점토지와 쟁점건물의 매매계약서를 보면, 쟁점토지 매매계약서(2007.9.19. 작성)에는 청구인과 부동산 양수법인 간 쟁점토지를 10억원(계약금 1억원, 잔금 9억원)에 매매하는 것으로 약정되어 있고, 동 계약서 제2조 제2항은 “갑”(청구인)은 잔금 수령전까지 건물의 멸실신고를 하여야 하며, 잔금 수령 즉시 소유권을 “을”(부동산 양수법인)에게 이전하여야 한다고 기재되어 있고, 쟁점건물 매매계약서(2007.9.19. 작성)에는 〇〇〇과 부동산 양수법인간 쟁점건물을 11억원(계약금 1.1억원, 잔금 9.9억원)에 매매하는 것으로 약정되어 있고, 동 계약서 제2조 제2항의 내용은 위 쟁점건물의 계약내용과 동일하다. (라) 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도대금이 청구인 명의의 계좌(국민은행 **-- 및 신한은행 --)와 〇〇〇 명의의 계좌 (신한은행 -- 및 신한은행 저축예금 --)에 각각 입금되었다고 주장하며 금융거래자료를 제시하고 있다. (마) 처분청이 제시한 부동산 양수법인의 매수 부동산 매매가 분석자료에 의하면, 23필지 평당 평균 토지가액은 41,437천원이고, 쟁점토지 평당 가액은 30,895천원으로 23필지 평균 토지가액의 74.5% 수준이고, 동 23필지 중 평당 204,297천원의 고액거래분(〇〇동 000-000, 000-000)을 제외한다면, 토지 평균매입가액이 35,016천원으로 계산되고 이 경우 쟁점토지의 평당가액은 23필지 평균 토지가액의 88.2% 수준으로 되어 있다. 한편, 동 23필지 토지 중에는 쟁점토지보다 저가인 평당 9,567천원~29,479천원 등으로 매매된 거래가 4건이 있는 것으로 기록되어 있다. (바) 처분청의 과세자료에 의하면, 부동산 양수법인인 〇〇〇〇은 부동산 매매업, 부동산 개발․시행사업을 목적사업으로 하여 2006.11.3. 설립등기되고 2009.10.15.파산선고등기된 것으로 확인된다. (사) 쟁점건물의 양도가액 산출근거는 연간 임대수입(약 6천만원)과 정기이자율(연 4%)을 감안한 약 15억원이며, 부동산 양수법인과의 협상으로 11억원에 양도한 내용으로 〇〇〇이 제출한 거래사실확인서에 나타난다. 또한, 쟁점건물의 임차인은 〇〇푸드, 〇〇텔레콤, 〇〇미디어 등 3개 업체로 연간 임대수입은 약 51,000천원인 것으로 대리인이 제출한 〇〇〇의 2007년 2기 부가가치세 신고서 자료에 나타난다. (아) 부동산 양수법인 전 이사 〇〇〇의 확인서에는 청구인과 〇〇〇이 부부임을 알고 일괄하여 매수협상을 하려고 했으나, 〇〇〇이 반대하여 청구인과는 2007년 4월 중 쟁점토지를 10억원에 매매하기로 약정하였고, 〇〇〇과는 2007년 5월 중 매매협상을 하면서 〇〇〇이 임대수입을 제시하면서 15억원을 고집함에 따라 8억원을 제시했으나 성사가 되지 않고 이후에는 만나 주지를 않아 어쩔 수 없이 11억원에 매매약정하였다고 기재되어 있고, 이 건 심리시 조세심판관 회의에서 참석하여 같은 취지로 의견진술을 하였다.

(2) 소득세법제100조 제2항에서 양도차익을 산정할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 위 규정에 의하여 기준시가 등으로 토지와 건물을 안분계산 하여야 하는 경우에 해당되려면, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도한 경우이어야 할 것인데, 이 건의 경우는 청구인이 쟁점토지를 1977.12.30. 취득한 후 약 20년이 지난 후인 1997.12.15. 청구인의 배우자 〇〇〇이 쟁점토지 지상에 쟁점건물을 신축한 후 2000.12.5. 증축한 경우로서 토지와 건물의 취득자 및 소유자가 각각 다르고 취득시기 또한 큰 차이가 있는 점, 양도 당시 쟁점토지 및 쟁점건물의 매매계약이 일괄계약이 아니라 청구인은 2007년 4월말 부동산 양수법인과 잠정계약하고 〇〇〇은 2007년 5월말 부동산 양수법인과 가격협상을 진행하여 2007.9.19. 별도의 매매계약을 체결하는 등 청구인과 〇〇〇이 개별로 계약을 체결한 점, 청구인과 〇〇〇 및 부동산 양수법인이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도에 관하여 일괄 가격협상을 한 사실을 찾아보기 어려운 점, 쟁점건물은 대학인근의 대로변에 위치하여 청구인의 임대수입금액이 상당한 점, 청구인과 〇〇〇이 비록 부부지간이라고 할 지 라도 각자 재산을 자기 책임하에 스스로 관리하여 온 것으로 보이는 점, 양도대금 또한 청구인과 〇〇〇이 별개의 계좌로 수령한 것으로 금융거래자료에 기록되어 있는 점, 쟁점건물의 양도가액에 대하여 소유자 〇〇〇이 양도당시 우월한 입장에서 건물임대수입 상당을 협상가액으로 제시하고 부동산 매수법인은 사업상 매수할 수 밖에 없는 형편으로 당사자간 사정반영에 의하여 이루어진 가액임을 당사자인 〇〇〇과 부동산 매수법인측 〇〇〇이 사실확인하고 있어 합리적인 이유가 전혀 없다고 할 수 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄 양도된 경우로 보는 것은 무리가 있다 할 것이다. 설령, 처분청 의견과 같이 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄 양도된 경우로 보더라도, 소득세법제114조 제5항 본문에서 부동산등기법제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액을 실지거래가액으로 추정할 수 있다고 규정하고 있는데, 이 건의 경우 부동산거래계약신고필증 및 부동산등기부등본에서 쟁점토지와 쟁점건물이 각각 별개로 거래한 것으로 기재되어 있고 그 양도가액도 10억원과 11억원으로 각각 구분되어 기재되어 있으며, 부동산 양수법인이 쟁점토지와 비슷한 시기에 매입한 토지 23필지 중 평당 204,297천원의 고액거래분(〇〇동 000-00, 000-000)을 제외하고는 쟁점토지 양도가액은 23필지 평균 양도가액의 88.2% 수준일 뿐만 아니라, 쟁점토지보다 저가에 거래된 경우도 4건이나 있고, 관행상 거래시점 및 당사자 사정 등에 의하여 매매가액이 상이할 수 있어 쟁점토지 등의 거래가액을 실지거래가액이 아니라고 단정하기는 어렵다고 보이며 더욱이 처분청이 기준시가로 안분한 토지 가액은 18억원으로서 평당 약 6천만원 정도인데, 처분청이 제시한 매수법인의 매매가 분석자료를 보면 소위 알박기로 보이는 평당 2억원대의 2필지를 제외하고는 6천만원을 넘는 경우가 없는 점을 볼 때 쟁점토지의 기준시가 안분은 다른 22필지와 비교하여 보아도 합리성이 결여된 것으로 보인다. 따라서, 쟁점토지와 쟁점건물에 대하여 청구인이 한 일괄 양도이고, 그 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 양도가액을 기준시가로 안분계산한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.