무상 공급 부동산에 채무가 일부 설정되었다 하여 부동산 가액 전체를 부가세 과세표준으로 하여 기부자에게 부가세를 과세하는 것은 해당 조문의 입법 취지에도 부합하지 아니한 것으로 보이는 바, 부담부증여분에 상당하는 가액만을 유상공급된 것으로 보아 부가세를 과세하고, 초과 부분은 부가가치세가 면제되는 무상 공급으로 보는 것이 타당한 측면이 있음
무상 공급 부동산에 채무가 일부 설정되었다 하여 부동산 가액 전체를 부가세 과세표준으로 하여 기부자에게 부가세를 과세하는 것은 해당 조문의 입법 취지에도 부합하지 아니한 것으로 보이는 바, 부담부증여분에 상당하는 가액만을 유상공급된 것으로 보아 부가세를 과세하고, 초과 부분은 부가가치세가 면제되는 무상 공급으로 보는 것이 타당한 측면이 있음
OOO세무서장이 2012.7.9. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 의료법인 OOO이 인수한 부동 산(토지 및 건물)의 근저당권 설 정 채무액 OOO원을 기준으 로 건물 상당금액을 부 가가 치세 과세표준으로 하여 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 청구인은
ⓛ② 부동산을 OOO이 자유롭게 사용할 수 있게 하기 위하여 임차인들에게 임대차 계약의 해지를 통보하고 임차 보증금의 반환에 관한 합의를 마친 상태에서 기부신청을 한 것 이고, OOO 은
ⓛ② 부동산에 담보된 금융채무만 인수하였 을 뿐 임대보증금에 관하여는 청구인의 책임과 부담으로 이를 반환하였 던 것이다. 실제로 쟁점①부동산의 경우 2008.10.23.까지 순차로 임대용역 을 종료하고 2008.10.24. 기부신청을 하였으며(2008.11.3. 소유권이전등기 경료), 쟁점②부동산의 경우 2008.11.30. 용역제공을 종료한 후 2008.12.3. 기부신청(2008.12.4. 소유권이전등기 경료)하였는바, 청구인이 부동산 임대사업을 종료하고 사업자의 지위를 사실상 상실한 상태에서 공익재단에 출연한 것이므로 ‘폐업시 잔존재화’로 부가가치세를 부과하 는 것은 별론으로 하더라도 쟁점 ⓛ② 부동산을 사업용 자산의 양도로 보 아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다(주위적 청 구).
(2) 처분청은 쟁점①②부동산의 시가를 감정평가액이자 OOO 의 이사회 회의록에 기재된 기부재산에 대한 평가금액 OOO O,OOOO원으로 하고, 이 중 건물 평가액인 OOO원을 공급대가 로 보아 부가가치세를 산정하였으나, 부담부증여에 의하여 OOO 이 무상으로 공급받은 금액에 대하여는 부가가치세 과세거래에서 제외하고 OOO이 인수한 청구인의 채무액(쟁점①
② 부 동산 OOO원)을 기준으로 부가가치세 과세표준을 재계 산하여야 한다(예 비적 청구).
(3) 쟁점①②부동산 건물 전체의 시가를 과세대상으로 보더라도 쟁점①②부동산 평가액의 가격시점은 출연일을 기준으로 6개월 이 상 경과하였으므로 이를 시가로 볼 수 없으며, 쟁점①부동산의 개별공 시지가가 2008.1.1. 1㎡당 OOO원인데 비하여 2009.1.1. OOO원으로 하락한 사실이 있으므로 시가가 불분명한 것으로 보아 상속세 및 증여세법이 정하는 보충적 평가방법으로 평가하여 야 한다(예비적 청구).
① 공익법인에게 부담부채무 인수조건으로 출연한 쟁점①②부 동산 은 사업용 자산의 양도가 아니라는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 공익법인에게 출연한 무상공급분에 대하여는 부가가치세를 면 제하여야 한다는 청 구주장의 당부(예비적 청구)
③ 감정평가액은 시가가 불분명하므로상속세 및 증여세법 에 의한 보충적 평가방법으로 부가가치세 과세표준을 산정하여야 한다는 청 구주장의 당부(예비적 청구)
④ 사업자가 사업을 폐업하는 경우 남아 있는 재화(제17조제2항 각 호 에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 제외한다)는 자기에게 공급 하 는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 경우 사실상 사 업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여 는 부가가치세를 면제한다.
18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공 익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 의 과세표준은 다음 각 호의 가액을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한 다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시 가
3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아 니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가
4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우: 자기가 공급 한 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제21조 【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다 만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에 는 그 폐업일을 공급시기로 본다(이하 생략). 제39조【공익단체의 범위】① 법 제12조 제1항 제18호에 규정하 는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다. 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지 에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한 다) 을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준 시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건 부 또는 장기할부 판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간 의 직전 과세기간 개 시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종 료 일까지 부동산가격 공 시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감 정평가법인이 평가한 감정평 가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 제50조【시가의 기준】① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가 는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.
1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법 시행령 제98조제1항 각 호 또는 법인세법 시행령 제87조제1항 각호에 규정된 자를 말 한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으 로 거래 한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격
2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소 득세법 시행령제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행 령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격
② 제1항은 법 제6조 제2항 및 제3항에 따라 공급으로 보는 재화의 과 세표준의 계산에 관하여 준용한다. 다만, 제15조 제2항에 따라 공급으 로 보는 경우에는 제49조 제3항에 따른 해당 취득가액을 과세표준으로 하 되, 취득가액에 일정액을 가산하여 공급하는 때에는 그 공급가액을 과 세표 준으로 하며, 개별소비세ㆍ주세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세가 부 과되는 재화에 대하여는 개별소비세ㆍ주세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 과세표준에 해당 특별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 상당액을 합계한 금액을 과세표준으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위】① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관 계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을한국증권 선물거래소법에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주 식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에 는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인 이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에 는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내 지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세 법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인 등의 범위 범 위】① 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등”이라 함은 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 “공익법인 등”이라 한다)를 말한다. 4.의료법또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업
(1) 이 건의 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구인은 2006년 9월 쟁점①부동산〔 대 지 432.2㎡, 건물 3,493 ㎡(지하 3층, 지상 10층의 근린생활시 설)〕을 취득하고 리모델링 공사 를 통하여 건물면적 3,469㎡의 의료시설 건물로 변경하였으며, 대지103 ㎡ 및 주택 37㎡를 취득하여 주택건물을 철거하고 쟁점①부동산과 필 지 를 합필한 후 바닥면적 45㎡인 9층 주차타워를 건설하였다. (나) 청구인은 2008년 5월 쟁점①부동산과 연접한 쟁점②부동산(대지 262㎡, 도로 17㎡, 지하 1층 지상 4층의 근린생활시설 및 주택 853㎡)를 취득하였다. (다) 청구인은 2006.8.4. 쟁점①부동산에서 부동산임대업으로 사업 자 등록을 하였다가 2008.12.2. 쟁점②부동산으로 사업장을 정정신고하였으며, 같은 날을 폐업일자로 하여 2008.12.29. 폐업신고를 하였는바, 쟁점①②부동산에 대한 임대현황은 아래 <표>와 같다. <쟁점①②부동산 임대 현황> (라) 청구인은 2007년 제1기에 취득한 건물 및 구축물의 공급가액 OOO원, 2007년 제2기에 취득한 건물 및 구축물 공급가액 OOO,OOO,OOO원에 대하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였 으 며, 2008년 제2기 부가가치세 신고시 ‘폐업시 잔존재화’로 신고한 내 역은 없다. (마) 의료법인 OOO은 2008.7.5. 의료법인 설립 발기인회 의 를 거쳐, 2008.10.16. 청구인의 남편 최OOO를 이사장으로 하여 OOO에서 개업한 후, 2008.12.19. 쟁점①부동산의 주소로 사업장 이전하였는바, 2008.7.5. OOO의 발기인 회의 록 일부 내용은 아래와 같다. 1) 법인설립을 위하여 청구인이 기부신청한 부동산(쟁점①②부동 산) 의 감정평가액〔감정평가기관: (O)OOOOOOOOO〕은 아래 <표>와 같이 OOO원이고, 동 재산에는 청구인의 근저당 권 설정 채무액 OOO원이 설정되어 있는데 이는 나라의료법인의 채무부담이다.
2. OOO이 2008.6.28. 이사회 회의에서 보유하고 있는 의료장비를 의료법인에 기증하기로 한 재산에 대하여 수증할 것을 의결한다(의료장비 요분석기 외 85종 감정평가액 OOO원). (바) 청구인은 OOO에 쟁점①부동산을 2008.10.24. 기부하 는 기부증서를, 쟁점②부동산을 2008.12.3. 기부하는 기부증서를 작성하 였으며, 구체적인 자산의 인도시기, 기부자산에 대한 평가금액이나 부담 부증여 내용에 대한 것은 기재되어 있지 않은 것으로 나타난다(등기 부등본상 쟁점①부동산은 2008.11.3., 쟁점②부동산은 2008.12.4. 소유권이전등기접수됨). (사) 2008.12.9. OOO 이사회는 위 (마)와 같은 금액으로 쟁점①②부동산을 출연 기본재산으로 의결하고 사업장을 쟁점①부동 산 주소지로 이전하기로 의결하였으며, 2008.12.18. 쟁점①부동산의 임차인인 OOO (이사장 청구인)은 OOO 이사 최OOO(청구인의 남편)와 OOO의 사업 에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수도하는 사업양 도․양수계약서를 작성하였다. (아) 청구인은 쟁점①②부동산에 청구인 명의로 설정된 담보채권을 부담 부 증여로 OOO에 인계함에 따라, 2010.9.7. 담보채권액 O,OOO,OOO,OOO 원을 양도가액으로 하여 OOO원의 양도차손이 발생한 것으로 양 도소득세를 신고하였다. (자) 처분청은 쟁점①②부동산의 출연이 특수관계자에 대한 부담 부증여로서 부가가치세 면세 대상이 아닌 것으로 보아, OOO 이사회회의록 및 토지건물감정평가표 상의 건물 감정평가액 O,OOO,OOO,OOO원의 110분의 100인 OOO원을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세하였다.
(2) 쟁점①②부동산의 출연을 폐업에 따른 잔존재화로 보더라도 ‘사 업용자산의 양도’가 아니라는 청구주장(쟁점①)을 살펴보면, 부가가치세법 시행령제21조 제1항 단서에서 ‘폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급 시기 로 본다’라고 규정한 이유는 폐업 전에 공급받을 자와 공급가액 이 정해져 서 부가가치세의 전가가 가능한 경우 당사자 간의 거래가액을 과세표준으로 하여 과세토록 하기 위한 것이고(국심 90서2553, 1991. 5.3, 국심2004전561, 2004.5.12. 같은뜻), 이때 ‘폐업 전에 공급한’의 의 미 는 위 단서규정의 입법취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 재화의 인 도 또는 양 도의 전부 또는 일부가 폐업 전에 이루어진 경우에만 한정되 는 것이 아니라, 그와 같은 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의 상대방․시기․가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상 의 원인 이 폐업 전에 발생한 경우에는, 위 시행령 제21조 제1항 본문 각 호에 의 하여 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라 도 위 ‘폐 업 전에 공급한’ 경우에 해당 한다고 보아야 하는 것(대법원 2006.1.13. 선고 2005두10453 참조)이며, 부동산임대업의 실제 폐업시 점은 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상 등록, 신고 여부와 는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정되는 것(대법원 1997.6.27. 선고 96누16193 판결 등 참조)인바, 청구인은 쟁점①②부동산을 사업장으로 한 부동산임대업을 폐 업(2008.12.2.을 폐업일자로 2008.12.29. 폐업신고)하기 이전에 쟁점①②부동산을 2008.3.3. 및 2008.7.1.자로 감정평가하여 그 금액대로 OOO 에 기부신청하였고 OOO 은 그 금액대로 수증하였음 이 OOO의 2008.7.5. 발기인 회의록으로 확인되는 점, 청구인이 대표자로 있었던 OOO의 의료장비와 청구 인 소유인 쟁점①②부동산의 기부없이는 OOO을 설립할 수 없 었을 것 으로 보이고 OOO은 청구인이 임대한 ‘나라편의점’ 을 인수하 여 계속적으로 임대사업장으로 사용하는 점 등을 고려하여 보 면, 쟁점①②부동산은 폐업시 잔존재화가 아니라 폐업이전에 이루어진 사업용자산의 양도로 판단된다.
(3) 다음으로, 청구인이 쟁점①②부동산을 공익법인인 OOO에 출연하였으므로 부가가치세 과세표준을 OOO이 인 수한 부담부 채무 상당액으로 하여야 한다는 청구주장(쟁점②)을 살펴보면, 부가가치세법제12조 제1항 제18호는 ‘ 국가·지방자치단 체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공 익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역’의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다 고 규정하고 있는바, ①부동산에 근저당권이 설정되어 있는 경우, 그 부 동산의 실질적 가치는 부동산 가액에서 근저당권의 피담보채무액을 공제한 나머지 금액으로 봄이 상당하고 실제로도 부동산과 그에 설정 된 근저당권의 피담보채무는 함께 거래되는 경우가 많고, ②근저당권이 설정된 부동산을 별도의 대가없이 국가 등에 공급하기로 하는 경우 그 피담보채무까지 모두 변제하지 아니한 이상 부가가치세를 면제 받 을 수 없다고 보는 것은 국가 등에 대한 무상공급을 장려하고자 하 는 면세조항의 취지에도 반하며, ③면세조항의 요건인 ‘무상공급’에 해당 하는지 여부를 판단하기 위해서는 세법이 ‘무상공급’, ‘유상공급’을 어 떠한 기준으로 구별하고 있는지에 관하여 다른 세법규정을 참조할 수도 있을 것인데, 구 상속세 및 증여세법(2011.12.31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것)제47조 제1항 및 소득세법88조 제1항은 부담부증여에 있어서 증여재산에 담보된 채무를 수증자가 인수하는 경우, 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 자산이 유상으로 이 전된 것으로 보고, 나머지 금액을 기준으로 증여세를 부과하는 것으로 규정하고 있는 사정을 종합하여 보면 국가 등에 부동산을 공급하면서 별도의 대가를 지급받지는 아니하되, 다만 그 부동산에 설정되어 있는 근저당권의 피담보채무를 국가 등으로 하여금 함께 인수하 도록 한 경우에는, 그 채무액을 초과하는 부분에 한해서는 무상공급 을 인정하여 면세조항을 적용함이 타당하다고 판단된다(의정부지방법원 2012구합22, 2012.6.19., 같은 뜻임). 따라서, OOO이 인수한 쟁점①②부동산의 근저당권 설 정 채무액 OOO원을 기준으로 건물부분에 해당하는 상당 금액을 부 가가치세 과세표준으로 하여 세액을 경정하는 하는 것이 타 당한 것으로 판단된다.
(4) 1개의 감정기관이 감정평가한 쟁점①②부동산의 평가액은 시 가가 불분명하므로 상속세 및 증여세법에 의한 보충적 평 가방법으로 시가를 산정하여야 한다는 청구주장(쟁점③)은 위 (3)과 같이 쟁점①②부동산의 부담부채무액 중 건물 상당액을 부가가치 세 과세표준으로 인정하였으므로 심리할 실익이 없어 심리를 생략한
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같 이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.