공급가액이 확정되지 않은 경우 그 공급가액이 확정되는 때가 공급시기임

OOO세무서장이 2012.4.5. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 “민간투자법”이라 한다) 제4조 제2호에 따른 사업방식(이하 “BTL방식”이라 한다)으로 시행되는 OOOO시 하수관거정비 임대형 민자사업(이하 “쟁점BTL사업”이라 한다)의 시행자로, 2007년 7월경 OOO시와OOOO시 하수관거정비 임대형 민자사업(BTL) 실시협약을 체결하였다가, 2007년 12월경에 변경 실시협약을 체결하였으며, 2011.1.20. 하수관거시설 및 부속시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)을 준공하여 OOOO시에 기부채납하고, 기부채납용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대한 대가로 OOO시로부터 20년 동안 쟁점시설에 대한 관리운영권을 부여받았다. 그 후, 청구법인은 당사자간 공사비분쟁으로 공급가액이 확정되지 아니하였다 하여, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세 과세표준 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점시설에 대한 관리운영권 등록일(2011.1.20.)을 쟁점용역의 공급시기로 보아, 2012.4.5. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원(세금계산서 미발행가산세 OOO원, 영세율 과세표준 신고불성실가산세 OOO원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 당초 쟁점시설에 대한 총공사비는 OOO백만원으로 합의되었으나, 공사중 부득이한 사정(민원제기로 구간연장, 폐쇄)으로 수차례 설계변경이 발생하여 총공사비가 OOO백만원 증액, OOO백만원 감액되었는 바, 청구법인은 이러한 증감요인을 모두 반영하여 총공사비를 O억원 증액시켜줄 것을 요청(OO,OOOOOO)하였으나, OOO시는 증액된 금액을 인정하지 아니하고 총공사비 OOO억원을 감액하여야 한다고 통지OOO하였다. 위와 같은 총투자비에 대한 견해대립 및 타결과는 별개로, 변경된 설계대로 쟁점시설은 완공되어 2011.1.20.에 준공필증을 교부받았고, 쟁점시설을 OOO시에 기부채납하면서 사회기반시설관리부에 기부재산가액을 당초 협약상 총투자비인 OOO백만원으로 기재하였다. 그에 따라 청구법인의 관리운영권은 2011.1.21.부터 20년간 존속하는 것으로 등재되었다. 이러한 총공사비에 대한 다툼으로 인해 부가가치세법상 공급가액인 총투자비에 관한 치열한 견해대립이 있었고, 2012.5.15.까지 협상을 반복한 결과, 당초 협약상 총투자비 OOO백만원에서 OOO백만원이 감액된 OOO백만원으로 합의한 후 청구법인은 영세율세금계산서를 OOO시에 교부하였고, OOO시는 하수관거정비 임대형 민자사업(BTL) 변경실시협약에 따라 사회기반시설관리부상 기부재산가액도 OOO백만원으로 수정하였다. 따라서, 쟁점용역에 대한 역무제공은 완료되었으나, 그 공급가액이 확정되지 아니하였으므로부가가치세법상 용역의 원칙적인 공급시기인 “역무제공이 완료되는 때”를 쟁점용역의 공급시기로 볼 수 없어 예외적인 공급시기인 “역무의 제공이 완료되고, 그 공급가액이 확정되는 때”를 쟁점용역의 공급시기로 보아야 함에도, 역무의 제공완료일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점시설을 OOO시에 기부채납하고 사회기반시설관리운영권을 등록한 2011.1.20. 현재, 쟁점시설의 공사비 등에 대한 다툼으로 쟁점용역의 공급가액이 확정되지 아니하였다고 주장하나, 다음과 같은 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다. (가) BTL방식의 경우, 사업시행자가 사회기반시설을 완성하여 지방 자치단체 등에 기부채납하고 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상 사용권을 취득하는 것은 서로 실질적․경제적 대가관계가 있으므로 교환거래에 해당한다. (나) 청구법인과 OOO시가 2007년 7월 체결한 쟁점시설의 실시 협약서 제9조 제1항에서 쟁점시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 지방자치단체에 귀속된다고 규정하고 있고, 청구법인은 물권으로 의제하고 있는 관리운영권을 등록함으로써 쟁점시설에 대하여 배타적으로 직접적 권리를 행사하며, 실제로 OOO시장으로부터 쟁점시설에 대한 시설임대료 등 정부지원금을 2011.3.31.에 OOO백만원, 2011.6.30.에 OOO백만원 총 OOO백만원을 지급받았다. (다) 부가가치세법 시행령제48조 제5항에서 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 쟁점용역을 기부채납하고 관리운영권을 등록하면서 사회기반시설관리부에 기부재산가액을 등재한 날에 사실상 쟁점용역의 공급가액이 확정되었다고 볼 수 있다. (라) 청구법인이 설계변경 실정보고 승인요청한 것과 관련하여, OOOO시장이 감리단의 검토의견을 받아들여 당초의 총공사비 OOO백만원에서 OOO백만원을 감액하여 OOO백만원으로 확정하여 승인하였고, 준공검사원 및 준공보고서에도 일관되게 동 금액이 기재되어 있다. (마) 2011년 11월 청구법인과 OOO시간에 쟁점BTL사업의 최종 공사비 및 민간투자비에 대하여 총공사비는 OOO백만원, 총민간투자비는 OOO백만원으로 잠정 합의하였으며, 그 금액이 당초와 거의 달라 지지 아니하였다. 따라서, 사업기반시설의 건설 및 운영을 위한 민간투자사업의 한 방식으로 사업시행자가 자금을 투자하여 사회기반시설을 건설한 후 준공과 동시에 당해 사업시설의 소유권이 국가나 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 사업시행자는 그 시설을 관리운영권 설정기간 동안 국가 또는 지방자치단체 등에게 임대하여 시설임대료를 지급받아 투자금을 회수하는 사업이 BTL방식(임대형 민자사업)임을 감안할 때, 청구법인이 쟁점시설을 건설(준공, 2011.1.20.)하여, 같은 날 OOO시에 OOO백만원을 기부재산가액으로 기재하여 사회기반시설의 관리운영권을 취득하고 임대료수입이 발생하였으므로 관리운영권 등록일을 쟁점용역의 공급시기로 보는 것이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 기부채납한 쟁점시설의 공급시기를 총 투자비 최종 확정일(2012.5.15)인지 아니면 관리운영권 등록일(2011.1.20.)인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에는 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO시 하수관거시설 및 부속시설의 건설, 임대, 관리 및 운영을 위하여 설립된 법인으로 청구법인의 출자자 구성 및 지분율은 아래 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOO OO O OOO (OO: O) (나) 청구법인은 하수관거 및 부속시설을 OOO시에 BTL방식으로 기부채납하기로 하고 2007년 7월경 쟁점 BTL사업 실시협약을 체결하였다가 2007년 12월경 변경실시협약을 체결하였는 바, 동 협약서의 주요내용은 아래와 같다.

• O O - (다) 청구법인은 2008.1.8. OOO건설(주) 등 6개 업체와 OOO시 하수관거 정비 시설에 대한 공사도급계약을 체결한 후 2008.1.21. 착공하여, 2011.1.20. 완공하고 준공확인을 받아 같은 날 OOO시에 기부서(총민간투자비 OOO백만원)을 제출하고 주무관청으로부터 20년간 시설물에 대한 사회기반시설 관리운영권을 교부받았으며, 본 협약에 따라 2011년 상반기 2차례에 걸쳐 귀속시설에 대한 대가(시설임대료+운영비)인 정부지급금 OOO백만원을 OOO시로부터 수령하였다 (라) 처분청의 부가가치세 현장확인 종결보고서를 보면 “총민간투자비 금액에 대하여 이견이 있어 총민간투자비를 조정하고자 청구법인이 OOO시에 OOO시 하수관거 재무모델 수정요청 공문을 발송하고 양자간 3차례 회의를 개최하였으나, 쟁점시설(귀속시설)의 총공사비는 감액되고, 건설이자금액은 미확정되어 총민간투자비가 현재까지도 확정되지 아니한 상태로 확인된다”고 기재되어 있다. (마) 청구법인이 2010.10.5.부터 2010.12.20.까지 설계변경 등에 따른 공사범위가 변경된 항목에 대하여 총 5차례에 걸쳐 쟁점시설에 대한 감리단인 주식회사 OOO종합기술공사(이하 “감리단”이라 한다)에게 설계변경실정보고 승인요청을 하였으며, 이에 따라, 감리단은 2010.12.21. OOOO시장에게 당초의 총공사비에서 OOO백만원을 감액하여 OOO백만원으로 확정하고, 청구법인이 제안한 공사비용 OOO백만원은 공사비내에서 조정함이 타당하다는 검토의견서를 첨부하여 공사비 조정 관련 종합정산 실정보고를 하였고, 청구법인이 승인을 요청한 내용과 감리단의 검토의견의 내용은 아래 <표2>과 같다. (바) OOO시장은 2010.10.30. 감리단의 보고내용을 검토한 후, 이를 승인한다는 취지로 감리단에게 실정보고 승인을 하였고, 쟁점시설의 주된 시공자인 OOO건설은 2010.12.20. 감리단에게 준공검사원을 제출하였는데, 동 서류에는 계약금액이 당초 OOO백만원에서 OOO백만원으로 변경되었고, 또한 준공보고서에 의하면, 공사비 내역에 총도급액(사업비조정)이 변경된 금액인 OOO백만원으로, 공사비 변경현황에도 당초의 OOO백만원에서 OOO백만원으로 변경되었다. (사) 청구법인은 쟁점시설이 준공되기 전․후로 청구법인과 OOO시간에 공급가액에 대한 다툼으로 계속 협의를 진행하였다면서, 청구법인이 OOO시와의 회의내용을 정리한 회의록 및 양측 간의 공문 등을 제시하였는 바, 이를 요약하면 아래 <표3> 및 <표4>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OO OO (아) OOO시장이 2011.3.28. 한국환경공단이사장에게 보낸 쟁점BTL사업 재무모델 변경(안) 검토의뢰 공문OOO을 보면 “우리시에서 추진중인 OOO시 하수관거정비 임대형민자사업의 건설공사를 완료하고, 정부지급금(시설임대료, 운영비)을 결정함에 있어, 당초 실시협약된 총공사비 및 운영비의 변경에 따른 재무 모델 분석 적정성에 대하여 검토요청을 하오니 협조하여 주시기 바랍니다”라고 기재되어 있다. (자) OOO시장이 2011.9.7. 청구법인에게 보낸 쟁점BTL사업 총 투자비 및 임대료확정에 관한 확인사항 통보 공문(OOOOO

• OOOOOO)에 의하면 “OOO호(2011.9.6.)와 관련임 천 OOO호(2011.9.6.)와 관련입니다. 위 호와 관련하여(쟁점BTL사업) 총투자비 및 임대료 확정 관련 요청사항에 대하여 아래와 같이 회신하오니 업무에 참고하시기 바라며, 총투자비 확정이 조기에 이루어질 수 있도록 적극 노력하여 주시기 바랍니다. <아 래> 우리시와 사업시행자간 총투자비 확정에 관하여 첨부와 같이 협의를 진행하고 있으며, 총투자비가 확정될 경우 한국환경공단의 검토를 거쳐 변경협약을 체결할 예정이고, 변경협약시 현재까지 지급된 시설임대료와 운영비 차액에 대한 정산절차를 진행하여야 하며, 준공시 제출한 사회기반시설관리등록부상 내용을 수정할 예정이며, 귀사는 변경협약과 동시에 부가가치세법상 영세율세금계산서를 우리시에 제출하여 주시기 바랍니다”라고 기재되어 있다 (차) 2012.5.15. OOO시장과 청구법인이 체결한 쟁점BTL사업 변경실시협약의 주요 내용을 보면 “OOO시장은 사회기반시설에 대한 민간투자법 및 동 법 시행령 및 민간투자사업기본계획”에 근거하여 민간부분이 OOO시 하수관거 시설의 설계건설유지관리 및 운영과 사업시행을 위한 재원조달을 수행하도록 하는 것을 내용으로 하는 쟁점BTL사업 시설사업기본계획을 2006.11.3. 수립 고시하였으며, 이를 근거로 OOO시장은 2007.2.28. 청구법인을 본 사업의 협상 대상자로 선정하고 협상을 진행하여 2007.7.10.일자 본사업 실시협약 및 그 내용의 일부를 변경하는 2007.12.26.일자 변경실시협약(이하 “기존 실시협약”이라 한다)을 체결하였으며, 기존 실시협약의 내용 중 총민간투자비가 변경됨에 따라 이를 반영하여 본 변경실시협약(이하 “본 협약”이라 한다)을 체결하기에 이르렀다”고 기재되어 있다.

(2) 살피건대, 기부채납재산의 용역에 대한 공급시기는 통상의 경우와 달리 사업자가 자기의 비용을 투입하여 기부채납재산을 건설하고 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 것을 부가가치세 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당한다고 보는 것이므로 그 기부채납과 무상사용권 사이에 실질적 경제적 대가관계가 있다고 보아야 하며,부가가치세법상 용역의 공급시기로 규정한 “역무의 제공이 완료되는 때”를 정함에 있어서는 서로 대가관계에 있는 기부채납과 무상사용권 등에 관한 구체적 사정을 종합적으로 살펴 판단하여야 하고, 그 공급시기를 일률적으로 사업완료시인 준공검사를 마친 때라고 볼 것은 아닌(대법원2001두9950, 2003.3.28 같은 뜻)바, 수정세금계산서는 공급가액이 확정된 상태에서 공급시기가 도래한 것을 전제로 하여 세금계산서를 발행하고 그 공급가액에 변동이 있었을 때, 가감된 금액에 대하여 수정세금계산서를 발행하는 것이나, 이 건의 경우, 2011.1.20. 등록원부에 설정된 OOO억원은 확정된 공급가액이 아니므로 공급가액의 확정이 없어 공급시기가 도래한 것으로 볼 수 없어 수정세금계산서 발행대상으로 보기 어려운 점, 쟁점시설의 건설용역 공급시기를 총 민간투자비가 최종적으로 확정되어 변경협약에 의한 관리운영권(기부채납시설가액)의 등록부사본이 교부된 2012.5.15로 보고, 확정된 가액에 의하여 2012.5.15. 청구법인이 OOO시장에게 영세율세금계산서를 교부한 것을 정당한 것으로 볼 수 있는 점, 20011.1.20. 최초 관리운영권 등록원부에 기재한 OOO억원은 2007.12.26. 합의서상 금액으로 총사업비가 미확정된 상태에서 잠정적으로 기재된 금액인 것으로 나타나고 있는 점, 쟁점시설의 기부채납은 영세율이 적용되는 사업으로, 세금계산서 교부상대방이 지방자치단체(국가)이므로 조세일실이나 조세행정상 차질이 발생한다고 보기 어렵고, 청구법인이 의도적으로 세금계산서를 발행하지 아니한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 OOO시장에게 공급가액(총민간투자비 또는 관리운영권 가액)을 확정하여 줄 것을 수차에 걸쳐 공문에 의하여 요청한 사실이 확인되고, OOO시가 이를 확정한 날을 2012.5.15.이라고 확인하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점용역에 대한 역무제공은 완료되었으나 그 공급가액이 확정되지 아니하였으므로, 처분청이 쟁점시설의 관리운영권 등록일을 쟁점용역의 공급시기로 보고 이 건 가산세(영세율과세표준 신고불성실 및 세금계산서 미교부)를 부과한 처분은 부당하다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.