정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 받은 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 서비스업(온라인 정보제공업)을 영위하는 사업자로 문화체육관광부 및 〇〇도가 추진하는 ‘지역문화산업연구센터 지원사업’ 중 ‘〇〇 청정자원 네이처 콘텐츠 제작’ 사업에 사업자로 선정되었고, 동 사업의 관리기관인 재단법인 〇〇테크노파크(이하 “〇〇테크노파크”라 한다)로부터 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 수령한 4억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부가가치세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사를 실시하여 쟁점금액을 청구법인이 제공한 용역의 공급대가로 보아 이를 부가가치세 매출 과세표준에 포함하여 2012.5.9. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 32,524,130원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인과 〇〇테크노파크가 체결한 지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서는 〇〇테크노파크가 지원하는 모든 사업에 적용하는 서식에 의한 것으로 연구과제 1차 협약서(협약기간 2011.7.1~2011.12.30.) 제12조에 “연구에 따른 결과물의 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 〇〇테크노파크의 소유로 한다”로 되어 있기는 하나, 실질적으로 결과물을 〇〇테크노파크가 소유하는 것이 아니고 쟁점금액에 대한 사후관리차원에서 형식상의 표현인 것 뿐이어서 실질적으로는 주관기관인 청구법인이 소유하는 것이며, 제2차 협약서(협약기간 2012.2.1.~2012.11.30.) 제12조는 “결과물은 주관기관의 소유로 한다”로 수정되고 사후관리 차원의 문구를 삽입하였는 바, 이는 용역사업이 아니라 총사업비 지원사업임을 알 수 있다. 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업 출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 자기에게 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업 출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 〇〇테크노파크가 체결한 지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서를 보면 2011년 제2기 과세기간에 4억원을 사업비로 지급받기로 되어 있고, 청구법인은 연구결과보고서를 매년 중간보고 및 연차실적보고서 등을 〇〇테크노파크에 제출하여야 하며, 연구결과에 따른 결과물의 소유는 〇〇테크노파크가 지급한 사업비에 상당하는 부분은 〇〇테크노파크의 소유로 한다고 되어 있는 바, 연구결과물의 소유권이 〇〇테크노파크에 귀속되므로 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액이 부가가치세법 제13조 제2항 에 의한 보조금에 해당하여 부가가치세 과세표준에서 포함되지 아니한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 〇〇테크노파크는 〇〇도가 100% 출연한 재단법인으로 〇〇도 사업을 대행하여 추진하면서 〇〇도로부터 사업비를 수령 및 지급하고 사업완료 후 정산하는 것으로 〇〇테크노파크 담당자는 답변하고 있고, ‘〇〇테크노파크 설립 및 운영 조례’는 아래와 같다. 제1조(목적) 이 조례는 민법 제32조 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법 등 관계법령에 따라 산업기술기반조성사업과 지식기반산업 및 지역산업진흥사업의 종합적이고 체계적인 추진을 통한 지역산업 경쟁력 향상을 위하여 재단법인 〇〇테크노파크의 설립운영에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다. 제11조(업무의 위탁) 도지사는 지역의 지식기반산업육성, 진흥을 위한 업무 중 일부를 테크노파크에 위탁할 수 있다.

(2) 2011.5.12. 〇〇테크노파크가 공고한 2011년도 지역문화산업 연구센터 지원사업 과제수행기관 선정 공고문 일부 내용을 아래와 같다. (가) 사업목적은 〇〇고유의 전통문화 및 청정자원 기반의 문화콘텐츠 상품시장 확대와 관광산업과의 연계를 통해 지역산업 고부가가치를 창출하고, 세계자연유산 〇〇의 자연환경 및 문화자원과 디지털기술을 융합한 실용적인 콘텐츠 개발로 전문 특화기술 육성과 CT전문기업을 육성함 (나) 사업기간은 2011.1. ~ 2013.12.으로 총 12억원을 지원하며, 사업내용으로는 〇〇 전통문화 콘텐츠 기반의 스토리텔링 및 캐릭터 개발, 〇〇청정자원 소재의 음원 및 음향 상품화, 전통문화콘텐츠의 애플리케이션개발(웹, 스마트폰 등 기반), 문화콘텐츠를 활용한 테마파크, 놀이공간 응용상품 개발함 (다) 연구결과물의 귀속 등은 지원과제의 수행과정에서 취득하거나 제작한 기자재, 시설 등은 특별한 사유가 없는 한 주관기관의 소유로 하고, 산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 정부출연금 및 지방비 지분에 상당하는 부분을 〇〇테크노파크 소유로 함

(3) 2011.8.4. 〇〇테크노파크(관리기관)와 청구법인(주관기관)간 체결한 ‘지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서’ 일부 내용은 아래와 같다. (가) 연구과제명은 ‘토종캐릭터 활용한 〇〇기반 〇〇 네이처콘텐츠 제작 및 사용화 사업’이고, 협약연구기간은 2011.7.1.~2011.12.30.임 (나) 청구법인은 매년 중간보고 및 연차실적보고서, 차년도 계획서(종료과제의 경우에는 최종보고서)를 사업종료일까지 〇〇테크노파크에게 제출하여야 하고, 〇〇테크노파크는 연구결과에 대하여 매년 중간평가 및 결과평가, 최종평가를 실시할 수 있음 (다) 산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 지원금 지분(총사업비 기준)에 상당하는 부분은 〇〇테크노파크의 소유로 함

(4) 2012.4. 〇〇테크노파크(관리기관)와 청구법인(주관기관)간 체결한 ‘지역문화산업연구센터 지원사업 과제협약서’ 일부 내용은 아래와 같다. (가) 연구과제명은 ‘토종캐릭터 활용한 〇〇기반 〇〇 네이처콘텐츠 제작 및 상용화 사업’이고, 협약연구기간은 2012.2.1.~2012.11.30.임 (나) 지역문화산업연구사업의 수행결과로 얻어지는 연구기자재, 연구시설 및 시작품 등 유형적 결과물 및 지식재산권, 보고서의 저작권 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 하고. 다만, 참여기관 등이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설 등은 당해 참여기관 등의 소유로 할 수 있으며, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 유·무형적 결과물을 〇〇테크노파크가 활용하거나 소유로 할 수 있음

• 사업수행결과를 공공의 목적으로 활용하기 위하여 필요한 경우

• 주관기관이 정당한 사유없이 성과물을 실시하지 않는 경우

• 기타 수행기관이 소유하기에 부적합하다고 인정되는 경우 (다) 청구법인은 사업수행성과에 따른 결과로서 지식재산권을 출원하거나 등록하는 경우에는 지원하는 기관(문화체육관광부와 〇〇도, 〇〇테크노파크), 과제명의 기재가 누락되지 않도록 하여야 하고, 수행기관의 임직원·총괄책임자·참여연구원 등이 단독명의 또는 기관이 임직원과 공동 명의로 출원하거나 등록하지 않아야 함

(5) 살피건대, “사업자(주관기관)가 정부 또는 정부의 위임을 받은기관(전담기관)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것(2010.9.28, 국세청 부가가치세과-1269 참조)”인 바, 〇〇테크노파크가 2011.5.12. 사업자 선정시 ‘산업재산권, 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 지원금 지분에 상당하는 부분은 〇〇테크노파크의 소유’로 공고하였고, 사업자 선정 후 〇〇테크노파크와 청구법인 간에도 동일한 내용으로 협약을 체결한 점 등을 보면, 이 건 부가가치세 해당 과세기간에 지급한 쟁점금액은 청구법인이 제공한 용역의 대가라 할 것이므로 쟁점금액이 부가가치세법 제13조 에 따른 보조금으로 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.