자체 조합원들이 생산한 농산물이 아닌 도매상으로부터 구입하여 판매한 농산물 관련 영업이익은 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 농업경영의 합리화로 농업생산성의 향상과 조합원의 소득증대를 도모함을 사업목적으로 하여농업․농촌 기본법에 의하여 설립된 영농조합법인으로 2007～2009사업연도에 발생한 농산물 도매업 관련 소득을조세특례제한법제66조 및 같은 법 시행령 제63조에 따른 법인세 감면대상 소득으로 보아 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 감면세액으로 계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 나. 처분청은 농산물 도매업에서 발생한 소득은 위 법률 등 규정에 의한 감면대상 소득에 해당하지 아니한다고 보아 감면을 배제하여 2011.12.27. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 OOO원, 2008사 업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 경정․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 정관의 사업목적에서 규정한 농산물 유통업을 영위하고 있으며, 국세청의 유권해석 및 조세심판결정례에서 농산물의 출하․가공․수출 등은조세특례제한법제66조 제1항의 감면소득에 해당한다고 해석하고 있으므로 감면대상 소득으로 봄이 타당 하다.
• 나. 처분청 의견 농업․농촌기본법」에 의하여 당초 설립한 영농조합법인일지라도 현재 청구법인의 구성원 전원은 비농업인으로서 영농조합법인의 감면취지와 맞지 않고, 영농조합법인이 감면을 적용받으려면 조합원들로부터 구입한 농산물을 유통 및 가공 판매하여야 함에도 불구하고 일반 도매상으로부터 계산서 수취하여 매입한 뒤 이를 대형마트에 납품하고 이와 관련하여 발생한 소득을조세특례제한법제66조 규정을 적용하여 감면세액을 계상한 것은 일반 영리법인과의 과세형평과 관 련법에서 규정한 감면조항과 일치하지 아니하므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 청구법인의 농산물유통업에서 발생한 소득이조세특례제한법제66조 제1항에 규정하는 법인세 감면대상 농업소득 외의 소득에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제66조 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】①농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제66조(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】①농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제66조(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】①농업ㆍ농촌기본법에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제66조(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】①농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제66조(2009.4.1. 법률 제9620호 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률부칙에 의하여 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제63조 (2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. 사업연도월수 1천200만원 × 조합원 수 × ─────── 12 제63조 (2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 농업ㆍ농촌기본법 시행령 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. (산식 생략) 제63조(2008.6.20. 대통령령 제20854호농업ㆍ농촌 기본법시행령부칙에 의하여 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제22조 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한
• 다. (3) 농업․농촌기본법(농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률로 개정되었으나, 이하 “농업․농촌기본법”이라 한다)제3조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. “농업”이라 함은 농작물 생산업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 사업으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

3. “농업경영체”라 함은 농업인, 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. 제15조【영농조합법인의 육성】 (영농조합법인의 육성) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

② 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.

④ 영농조합법인은 대통령령이 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.

⑤ 상법 제176조 의 규정은 영농조합법인의 해산명령에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 농림부장관은 법원에 영농조합법인의 해산을 청구할 수 있다.

⑥ 영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항 및 해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 농업․농촌기본법 시행령 (농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령으로 개정되었으나, 이하 “농업․농촌기본법 시행령”이라 한다) 제2조 【농업 의 범위】법 제3조 제1호의 규정에 의한 농업은 다음 각 호와 같

• 다. 1. 작물생산업: 식량작물생산업·원예작물생산업·특용작물생산업·양잠업 및 종자생산업

2. 축산업: 가축의 사육업·부화업 및 종축업

3. 임업: 영림업(자연휴양림의 조성 또는 관리·운영업을 포함한다)·임산물생산업 및 야생조수사육업 제13조【영농조합법인의 사업】 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.

2. 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영

3. 농산물의 공동출하·가공 및 수출

5. 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업 제14조【정관기재사항】

① 영농조합법인의 정관에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

② 농림부장관은 영농조합법인의 효율적인 설립을 위하여 영농조합법인의 정관례를 정하여 이를 정관작성의 기준으로 이용할 것을 권장할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부등본에 의하면 목적사업은 과채류 및 버섯류의 재배(고추,오이,호박 등), 집단재배 및 공동작업에 관한 사업, 농업에 관련된 공동이용시설의 설치 및 운영, 과채류 및 버섯류의 가공, 유통과 수출입업, 농산물 중개업 등으로 나타난다.

(2) 청구법인 정관의 주요 내용을 보면 제5조(사업)에서 본 조합법인은 그 설립목적을 달성하기 위하여 과채류 및 버섯류의 재배(고추,오이, 호박 등), 집단재배 및 공동작업에 관한 사업, 농업에 관련된 공동이용시설의 설치 및 운영, 과채류 및 버섯류의 생산과 기술연구 보급, 과채류 및 버섯류의 가공, 유통과 수출입업, 각 항에 관련되는 부대사업 일체의 사업을 행한다고 하고 있고, 제6조(협동조합에의 가입)에서 본 조합법인은 OOO조합에 준 조합원으로 가입한다고 되어 있으며, 제9조(조합원의 자격)에서 본 조합법인의 조합원이 될 수 있는 자는 ① 제4조의 규정에 의한 조합법인의 구역 내에서 과채류와 버섯재배농업을 경영하고 있는 자, 10,000㎡(3,025평) 미만의 농지를 소유하는 자, 만 20세 이상의 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자, 출자할 수 있는 농지, 현금, 농기계, 기타의 현물을 소유한 자 등의 요건을 모두 갖춘 자로 한다고 하고 있다.

(3) 청구법인의 주식등변동상황명세서에 의하면 당초 법인설립시 발기인이었던 출자자(조합원으로 김용배, 최순점, 박미상, 김종란, 배둘순 등 5인)들이 개인들에게 2005년도에 지분을 양도한 것으로 나타는바, 개인들의 인적사항 및 사업이력은 아래 <표1>과 같다. <표1> 성명 관계 주식수 주소지 상호 업태/종목 개업일 (폐업일) 이○철 본인 3,000 부산 기장 아○스 스포츠 도,소매/ 운동용품 2010.3.1. 2010.11.22 이○희 부 3,000 부산 해운대 부○농산 도,소매/ 채소 2000.12.22.~ 강○희 모 3,000 부산 해운대 이○용 형제 500 부산 해운대 아○스스포츠마사지 서비스/ 마사지 2009.7.1. 2010.11.22. 강○헌 친족 500 부산 해운대 이○농산 도,소매/ 채소 2007.3.12 ～

(4) 국세청 국세통합전산망 조회자료에 의하면 청구법인의 2005～2010사업연도분 법인세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> (단위: 백만원) 사업 연도 수입 금액 매출 원가 판관비 계산서합계표 (매입) 계산서합계표 (매출) 매입세금계산서 합계표 당기 순이익 감면세액 (납부세액) 2005 0 -262 0 2006 676 648 22 1,324 676 0 5 0.7 2007 6,415 5,698 672 5,716 6,415 604 41 5 2008 8,468 7,486 7,483 8,468 818 58 5 2009 3,961 3,378 562 3,401 3,920 476 20 2 2010 9,057 7,728 1,306 7,688 9,057 22 0.2

(5) 청구법인은 2010.12.15. 국세청장에게 청구법인의 목적사업 중 하나인 농산물유통업에서 발생한 소득이조세특례제한법제66조 제1항에 규정하는 감면대상 농업소득 외의 소득에 해당하는지 여부에 대해 질의를 하였고, 국세청장은 “농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제11조 제1항 제5호에 따라 영농조합법인이 정관에서 정하는 사업목적을 달성하기 위해 영위하는 농산물유통업에서 발생하는 소득은조세특례제한법제66조 제1항의 농업소득 외의 소득에 해당하는 것”이라고 회신(법인세과-1214, 2010.12.30.)한 것으로 나타난다.

(6) 이 건 관련 처분청의 과세전적부심사결정서에 의하면 처분청은 국세청장에게 영농조합법인이 설립된 후 조합원이 전원 탈퇴하여 농민조합원이 없는 영농조합법인의 농업소득 외의 소득에 대하여조세특례제한법제66조 제1항에 따라 법인세 면제가 가능한지 여부를 과세기준자문 신청하였고, 국세청장(법규과장)은농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인의 조합원이 전원 탈퇴하여 농민조합원이 없는 영농조합법인이 농산물 도매상으로부터 농산물을 매입하여 판매함으로써 발생한 소득은조세특례제한법제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항에 따른 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득에 해당되지 아니하는 것으로 회신하였다.

(7) 처분청은 국세청장의 과세기준자문신청 회신내용에 따라 청구법인이 당초농업‧농촌기본법및농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 의하여 설립된 영농조합법인 일지라도 현재 청구법인의 구성원 전원은 비농업인으로서 영농조합법인의 감면 취지와 맞지 않고, 영농조합법인이 감면을 적용 받으려면 조합원들로부터 구입한 농산물을 유통 및 가공 판매하여야 함에도 불구하고 일반 도매상들로부터 계산서를 수취하여 매입한 뒤 이를 대형마트에 납품하고 이와 관련하여 발생된 소득을조세특례제한법제66조의 규정을 적용하여 감면세액을 계상한 것이므로, 이는 일반 영리법인과의 과세형평과 관련법에서 규정한 감면조항과 일치하지 않는다 하여 과세함이 타당하다는 의견이다. (8) 조세특례제한법제66조 및 같은 법 시행령 제63조는 당초 영농조합법인의 소득 중 ‘농업소득(지방세법 제197조 에 의한 소득으로 작물재배업소득이다)’의 경우 법인세를 전액 면제하고, ‘농업소득 외의 소득’은 인적 한도 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을 2003.12.31.(일몰기한은 2003.12.30. 법률 제7003호에 의하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가, 2006.12.30. 조세특례제한법의, 2007.2.28. 조세특례제한법 시행령의 각 규정 개정을 통하여, 일몰기한을 “2009.12.31.”로 연장하고, 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’을 “농업․농촌기본법 시행령제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득”으로 한정하면서, 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데, 2007년 개정세법해설(기획재정부 및 국세청)은 그 개정취지에 관하여 “한․미 FTA 추진 등과 관련하여 농․어업 경쟁력 강화를 위해 농․어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정”한 것이라고 밝히고 있다.

(9) 살피건대, 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 공동출하·가공·수출을 영농조합법인의 설립목적으로 정한농업․농촌기본법제15조 제1항,조세특례제한법제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 입법 취지 등을 고려하여 보면, 구 조세특례제한법 시행령제63조에 따라 법인세가 면제되는 소득 중농업․농촌기본법 시행령제13조 제5호 소정의 ’기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업’이란 형식적으로 정관에 기재된 것만으로는 부족하고, 정관에 기재된 그 사업 내용이 실질적으로농업․농촌기본법 시행령제13조 제1호 내지 제4호에서 정한 영농조합법인의 사업 즉, 농업의 경영 및 부대사업(제1호), 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영(제2호), 농산물의 공동출하·가공 및 수출(제3호), 농작업의 대행(제4호)에 준하는 사업이거나 협업적 농업경영을 통한 생산성 증대라는 영농조합법인의 목적달성에 직접적으로 필요한 사업으로 봄이 타당하다 할 것인바, 청구법인의 경우 2005년에 농업인인 출자조합원이 모두 탈퇴하면서 비농업인이 조합원으로 취임한 점, 농산물 유통도 자체 조합원들이 생산한 농산물이 아닌 도매상으로부터 구입한 농산물로 이루어진 점, 청구주장이 감면관련 법조항의 입법취지에 맞지 아니하는 점 등을 고려하면 청구법인의 농산물유통 관련 소득은 영농조합법인에 대한 법인세 감면대상인 농업소득 외의 소득에 해당한다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.