특수관계자의 주식 보유현황을 파악하기 어렵다는 이유로 청구인의 주식 보유현황만을 기준으로 소득세법상 대주주 해당여부를 판정할 수 없음

1. OOO세무서장이 2011.11.11. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. OOO세무서장이 2011.11.11. 청구인에게 한 2010년 10월분 증권거래세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 2004.12.31. 현재 청구인은 OOO 주식회사 (유가증권시장에 상장된 법인이며, 이하 “OOO”라 한다)의 주식 OOO를 보유하고 있었고, 청구인의 형인OOO를 보유하고 있었으며, 청구인은 2005.3.22. 외 3차례에 걸쳐 추가로OOO주를 취득한 후 2005.6.22. 외 4차례에 걸쳐 보유하고 있던 OOO 주식OOO에 양도하였으나 이에 대해 양도소득세를 신고하지 않았다.
• 나. 청구인은 2010.10.20. 아들 OOO(비상장주식이며, 이하 “쟁점주식②”라 한다)를 양도하면서 쟁점주식②의 시가를상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제63조에 따라 주당OOO으로 평가하여 2011.2.25. 이에 대한 양도소득세를 예정신고․납부하였다(이에 대한 증권거래세도 신고․납부함).
• 다. 청구인은 본인이 보유하고 있던 OOO OOOO(OOOOOOO OOO OOOO OOO OOOOOO OO OOOOO, OO OOOOOO OO)O OO OOO,OOOO(이하 “쟁점주식③”이라 한다)를 2010.12.29. 양도하고, 취득가액을 선입선출법에 의하여 OOO으로 산정하여 2011.2.25. 양도소득세를 예정신고․납부하였다.
• 라. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 감사결과, (1) 청구인이 쟁점주식①을 양도한 날(2005.6.22. 외 3차례)이 속하는 사업연도인 2005년의 직전사업연도 종료일(2004.12.31.) 현재 청구인의 특수관계인인OOO)을 보유하고 있었고, 청구인 소유의 주식과 OOO소유 주식의 시가를 합산하는 경우 그 가액이OOO 이상으로 이는 대주주의 상장주식 양도에 해당되어 양도소득세 과세대상임에도 청구인이 쟁점주식①을 양도하면서 이에 대한 양도소득세를 무신고하였다 하여 청구인에게 양도소득세를 과세할 것을 처분청에 시정요구하였고, (2) 청구인이 쟁점주식②의 시가 산정시 OOO가치를 산정하면서 OOO이 부채로 계상하고 있는 입회보증금(골프회원권에 대한 보증금으로 이하 “쟁점입회보증금”이라 한다)에 대해 회수기간을 7년으로 보아 쟁점입회보증금 중 반환기일이 평가기준일로부터 5년이 초과하는 입회보증금에 대해서만 현재가치 할인하여 평가하였으나, 쟁점입회보증금의 경우 원본의 회수기간이 정하여지지 않은 부채이므로 이에 대해서는 회수기간 5년을 적용, 국세청장이 고시하는 이자율(6.5%)로 할인하여 평가한 후, OOO 주식의 순자산가치를 계산함으로써 쟁점주식②의 시가를 주당OOO원으로 산정하여야 한다 하여 과소신고된 청구인의 양도소득세 및 증권거래세를 경정할 것을 처분청에 시정요구하였으며, (3) 청구인이 2010.12.29. 쟁점주식③을 양도하면서 취득가액을 선입선출법에 의하여OOO으로 계산하였으나, 상장주식을 증권회사 계좌를 통해 양도하는 경우에는 이를 후입선출법에 의하여 계산하여야 한다 하여 쟁점주식③의 취득가액을 OOO원으로 산정한 후, 청구인의 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 시정요구하였다.
• 마. 이에 처분청은 2011.11.11. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원, 2010년 귀속 양도소득세OOO원을 각각 경정․고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 여타 특수관계인의 주식 보유현황을 파악하기 어려우므로 청구인의 보유 주식현황을 기준으로소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주 해당 여부를 판단하여야 한다. 청구인은 주식거래가 빈번하게 발생하는 유가증권시장에 등록된 상장주식을 계속적으로 거래하는 상황인바, 청구인에게 매 양도시마다 청구인의 친족 및 그 밖의 특수관계에 있는 자의 직전사업연도 종료일 현재 지분현황을 모두 파악하여 양도소득세 납부의무가 있는 대주주에 해당하는지 여부를 확인하도록 하는 것은 헌법에서 요구하는 “과잉금지의 원칙” 및 “재산권 보장”에 반하는 것으로 판단되므로 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. (가)소득세법제94조 제1항 제3호에서 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율 및 시가총액 등을 고려하여 대주주가 보유하는 주식의 양도로 발생하는 소득은 양도소득세 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서는 주주 1인 및 그와 국세기본법 시행령제20조에서 규정하고 있는 친족 및 그 밖의 특수관계에 있는 자가 보유한 주식이 양도일 직전사업연도 종료일 현재 시가 100억원 이상이거나 발행법인 주식합계의 100분의 3 이상인 경우, 주주 1인 및 특수관계인 모두를 대주주로 보도록 규정하고 있다. (나) 청구인은 2003년부터 2005년까지 유가증권시장에 상장되어 있는 OOO를 보유하고 있었으며, 2005년 중OOO, 쟁점주식①)을 양도하는 등 단기에 주식을 매매하면서 친족인OOO가 동일 주식을 보유하고 있는지 여부를 전혀 파악할 수 없었고, 따라서, 2004.12.31. 현재 보유주식의 시가총액이 양도소득세 과세대상 대주주 요건인 OOO원 이상에 해당하지 않는 것으로 판단하였다. (다) 특히, 친족인OOO의 경우 청구인과 생계를 같이하고 있는 상황이 아니므로 그 보유내역에 대해서는 사실상 확인이 불가능하였고, 이에 따라 양도소득세를 신고하지 않은 것일 뿐, 조세를 부당하게 회피할 의도는 전혀 없었으며, 납세자 개인별의 주식거래 및 보유내역 등을 확인할 수 있는 처분청에서도 특수관계인 간 합산된 주식 보유내역의 확인이 불가능한 사항인바, 이에 대해 청구인으로 하여금 합산내역을 파악하도록 하는 것은 헌법에서 국민의 기본권을 제한하는 법률은 그 방법의 적절성을 준수하도록 한 “과잉금지의 원칙”에 반하는 것으로 판단된다. (2) 설령 청구인이 쟁점주식①과 관련하여소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주에 해당된다고 하더라도 이는 법령의 부지, 착오 등 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당되므로 이에 대해 가산세를 부과하는 것은 부당하다. (가)국세기본법제48조 제1항에서 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 규정되어 있고, 대법원 판례(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결)에서는 “신고 및 납부불성실 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다”라고 하고 있다. 상장주식 양도에 따른 양도소득세 납세의무가 있는 대주주의 범위에는 국세기본법 시행령제20조에서 규정하고 있는 친족 및 그 밖의 특수관계인이 포함되어 있고, 넓게는 ‘6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 아내’까지 포함되어 있으나, 상장주식의 경우 그 특성상 거래가 빈번하게 일어나고, 매매시기를 정해놓고 거래를 하는 것이 아니며, 생계를 같이하지 않는 친족의 주식보유 현황까지 파악하는 것은 현실적으로 무리가 있고, 처분청에서도 청구인과 그의 친족의 지분 합산내역 등을 확인하기 어려운바, 이는 세법규정에 대한 해석이 불분명한 경우로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 있으므로 청구인에게 부과된 가산세는 취소되어야 한다. (나) 과세관청이 2006년 당시 청구인의 친족에게 OOO 주식에 대한 양도소득세를 추징하였는바, 이 과정에서 청구인의 양도소득세 신고누락분에 대하여도 과세할 수 있었음에도 불구하고 이에 대해 과세하지 않다가 2011년에서야 양도소득세를 과세한 것은 신의성실의 원칙에 반한다. 청구인의 친족의 경우에도 청구인의 주식 보유내역을 일일이 확인할 수 없어 2004.12.31. 현재 청구인과 친족이 보유한 OOO을 초과하였음에도 2005년 주식을 양도하면서 양도소득세를 신고하지 않았고, 2006년OOO의 대주주 양도소득세 조사시 적출되어 과세되었으며, 이 때 해당 친족과 특수관계에 있었던 청구인의 양도소득세 미신고분에 대해서도 과세하는 것이 사회통념상 합리적임에도 불구하고 처분청은 청구인의 양도분에 대해서는 과세하지 않다가 2011년에 이를 과세한 결과 가산세만 OOO에 달하게 되었다. 청구인은 2005년 쟁점주식① 양도시 본인이 양도소득세 납세의무자인 대주주에 해당하지 않는다고 판단하였고, 위와 같이 처분청이 2006년 청구인의 친족에 대하여 양도소득세를 추징하는 과정에서 청구인에게도 충분히 과세할 수 있었지만 과세하지 않은 것은 처분청도 청구인과 친족의 주식 합산내역을 파악할 수 없었다는 반증이므로 청구인에 대한 가산세 부과처분은 신의성실의 원칙에 반하는 행위이다. (3) OOO의 비상장주식을 평가함에 있어 부채로 계상되어 있는 쟁점입회보증금의 회수기간이 OOO의 회칙 및 입회약정서에서 7년으로 규정되어 있음에도 회수기간이 정하여지지 않았다 하여 이를 5년으로 보아 쟁점입회보증금을 현재가치 할인하여 평가한 처분은 부당하다. 상속세 및 증여세법 시행규칙(이하 “상증법 시행규칙”이라 한다) 제18조의2 제2항 제1호에서 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 경우에는 각 연도에 회수할 금액을 국세청장이 고시하는 이자율로 현재가치할인한 금액의 합계액으로 하되, 시설물이용권에 대한 입회금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 보는 것으로 규정되어 있고, 국세청 예규(재산세과-141. 2012.4.6., 재산-1516, 2009.7.23., 재산-1229, 2009.6.19. 외 다수)에 따르면, 이에 대한 회수기간은 평가기준일부터 입회금을 반환하기로 약정한 날까지의 기간을 말하는 것으로 회신하고 있는바, 쟁점입회보증금은 OOO과 회원 간 합의한 골프클럽 회칙에 반환기간이 7년으로 명확하게 규정되어 있고, 입회금 반환기간 경과 후 회원의 탈회시 입회금을 반환해야 할 의무를 지닌 채무에 해당하므로 쟁점입회보증금의 회수기간은 7년으로 보는 것이 타당하다. 상속세 및 증여세법 시행령(이하 “상증법 시행령”이라 한다) 제58조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제2항은 조문 그대로 엄격히 해석하여야 할 것인바, OOO의 골프클럽 회칙에서 반환기간을 명확히 정하고 있음에도 불구하고 과거 통상적으로 반환기간 만료 후 회원자격이 자동 연장되었다 하여 이를 입회보증금의 회수기간이 정하여지지 아니한 경우에 해당하는 것으로 해석하는 것은 법조문을 자의적으로 해석한 것이다. 처분청은 ① OOO이 임의로 반환기간을 연장할 수 있고, ② 상거래 관행상 골프회원권이 양도되는 경우는 있을지라도 만기 회원권 반환사례가 발생하기 어려우며, ③ 회원의 의사표시가 없으면 자동적으로 재연장된다는 점을 근거로 하여 쟁점입회보증금을 ‘원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것’으로 보았으나, 이는 아래와 같은 이유를 감안할 때 불합리하다. (가) 처분청은 OOO이 쟁점입회보증금의 반환기간을 임의로 연장할 수 있다고 하나, OOO의 골프클럽 회칙 제8조 제2호에서 “입회금이 반환은 서면 반환 요청 후 반환한다. 단, 천재지변이나 회사의 사정상 즉시 지급이 불가할 경우는 이사회의 결의에 따라 일정기간 반환을 연장할 수 있다”라고 규정되어 있어 특별한 상황에서만 반환기간의 연장이 가능하고,체육시설의 설치 및 이용에 관한 법률 시행령제19조에서 “입회금의 반환을 요구하는 때에는 지체없이 이를 반환하여야 한다”라고 규정되어 있어 회원들이 계약기간 종료시 입회보증금의 반환을 요청하는 경우 즉시 이를 반환하여야 하며, 임의로 연장하는 것은 현실적으로 불가능하다. (나) 불과 몇 년 전만해도 시장을 통한 골프회원권의 현금화가 용이하였을 뿐 아니라 직접 시장에서 매매하는 것이 반환기간 만료 후 원금만 회수하는 것에 비해 시세차익을 실현할 수 있어 입회보증금의 반환을 청구한 사례가 거의 없었으나, 현재는 골프장 수의 급격한 증가, 골프인구 증가율의 둔화, 국내경기 위축 등의 사유로 골프회원권의 시세가 하락세로 돌아섰고, 지방권을 중심으로 일부 골프회원권의 시세는 입회보증금 미만으로 하락한 경우도 많으며, 골프장 사업의 부실로 인한 보증금 회수 우려 등으로 만기시 입회보증금 반환을 청구하는 사례가 많이 발생하고 있다. 특히, OOO의 경우 입회보증금은 분양시기에 따라 OOO3개의 종류로 구성되어 있고, 모든 회원권의 만기는 2012.10.30. 도래예정이며, 2011년 12월말 기준으로 OOO의 회원권은 거래가 전혀 이루어지지 않고 있고, OOO의 시세를 형성하고 있어 이러한 시세가 만기까지 지속될 경우 2012.10.30. 만기시점에 대량의 반환청구가 들어올 것이 명확한 상황이므로 약정에 의한 반환기간 7년을 그 회수기간으로 보아 현재가치 할인하여 평가하여야 한다. (다) 입회금의 반환기간 만료 후 회원이 입회금의 반환 청구를 하지 아니할 경우 계약기간이 자동연장되는 것이 아니라 사실상 새로운 회원권의 취득으로 보아야 하며, 계약기간 또한 새로운 7년으로 재연장되는 것인바, 최초 입회기간(7년) 만료시 해당 회원의 반환청구가 없어 계약기간이 재연장될 경우 재연장에 의한 반환기간(7년)을 기준으로 5년 초과 여부를 판단해야 할 것이다. 지방세법 기본통칙 6-5에서 골프회원권 등 가액에는 보증금, 입회비가 포함되고, 골프회원권 등을 사용하다가 계약기간 만료로 인하여 재계약을 하는 경우 새로운 취득에 해당한다고 규정되어 있으며, 다수의 선결정례 등(조심 2008지783, 2009.5.12. 외 다수)에서 골프장의 회원자격을 가진 자 중 존속기간을 정하여 있는 자의 경우 원칙적으로 그 계약기간 만료로 인하여 회원의 자격을 상실하고, 입회금 반환청구권만 갖게 되는 것이며, 이 중 계약기간 만료시점에서 회원권의 계약기간을 연장하는 경우는 새로이 회원의 입회청약을 하고, 회원제 골프장업자가 이를 승낙하는 계약이 체결되는 것으로서 비록 새로이 회원권을 취득하면서 입회금 채무를 종전에 납부한 입회금의 반환청구권과 상계하는 방식으로 연장계약이 이루어졌다 하더라도 이는 회원권 취득에 대한 대가의 지급방법의 차이일 뿐 회원권 취득 여부와 관련이 없다고 하고 있으며, 다른 선결정례 등(지방세심사 2006-1048, 2006.11.27. 외 다수)에서는 “입회계약기간이 종료되어 그 입회기간을 연장하는 경우는 입회기간 중에 골프장이용특혜조건으로 시설투자예치금ㆍ주주전환 등 제반 명목으로 추가입회금을 제공하는 경우와 달리 이는 통상적으로 당초 입회금을 반환한 후 새로이 정한 약관내용을 수용한 다음 그 약관상의 입회금을 납부함으로써 그 기간을 연장하는 절차를 가지고 있으며, 특히, 골프회원권(회원제)을 사용하다가 그 계약기간의 만료로 인하여 계약기간을 다시 연장하는 경우에는 회원권을 새로이 취득하는 것과 다를 바 없다”라고 하고 있는바, 비록 재계약절차나 당초 입회금을 반환받지 않았다 하더라도 기간이 만료되어 연장된 이 사건 골프회원권의 실질은 새로운 약관상의 권리의무를 가지는 것이라고 할 수 있다. OOO의 경우 입회보증금이 분양시기에 따라 OOO3개의 종류로 구분되어 있음에도 그동안 회원들에 대한 실질적인 혜택은 동일하였으나, 2012.10.30. 입회보증금의 만기도래시 대대적인 입회금 반환청구가 있을 것으로 생각되어 이에 대한 대책으로 재계약시OOO만원으로 분양가를 단일화하고, 다양한 회원 특전을 부가하는 방안에 대하여 논의 중에 있으며, 이 경우 기존OOO억원)이 재계약을 하면, 분양가와 관련 혜택이 모두 기존 회원권과 상이하므로 기존의 회원권과 동일한 것으로 보는 것은 불합리하다. (4) 쟁점주식③의 경우 그 취득시기가 불분명한 경우에 해당되므로 취득가액을 산정할 때 선입선출법을 적용하여야 한다. (가) 청구인은 본인이 보유한OOO 주식을 양도 및 증여하였는바, 구체적인 거래내역은 다음 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO OOOO OOO OO OOOO (OO: O, O) OO) OOOO OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOO OO O OOO OOOOOOOO OOOO OOO OOOOO OO OO) OOOO OOOOOOOOOO OOO OO O OOOO OOO OOO,OOOO O OOO OO) OOOO OOOOOOOOOO OOO OOOO(OOOOOOOO OOOO)O OOOOO, OOOOOOOOO OOO OOOO OOOO OOO OOO O,OOO,OOOO O OOO OO) OOOOO, OOO(OOOOO): OOO OO OOOOOOOO OOOO OO OO OOO OOOOOO, OO OOOOOOOOOOO OOOOO OOOOOO OOOO OOO OOOO OOOO OOO OO OOOOOO OOOOOO OOOOO, OO OOOOOO OOOOOOOOOOO OOO OOOO OOO 위의 <표1>과 같이 2009.1.14. O,OOO,OOOOO OOOOO, OOOOOOOOO OOO,OOOOO OOOOOO, OOOOOOOOOO OOOO OO OOO,OOOO O OOOOOOOOOO OOOO OO OOO,OOOOO OOOOOO OOOOOOOOOOO OOO,OOOO(OOOOO)O OOOO, OOO OOO,OOOOO OOOOO 주식회사에 증여를 원인으로 같은 날 대체출고되었다. 이 중 2010.12.29. 양도된 쟁점주식③ OOO는 유가증권시장 내에서 양도되었으며, 이에 대해 청구인은 2011.2.25. 양도소득세를 예정신고하였는바, 청구인은 양도소득세 신고를 하면서 양도와 증여가 같은 날 발생함에 따라 취득시기가 분명하지 않은 것으로 판단하여 선입선출법에 따라 2009.1.4. 입고된 주식이 먼저 양도된 것으로 보고 쟁점주식③의 취득가액을 OOO으로 산정하였으나, 처분청은 쟁점주식③은 증권회사 계좌를 통해 양도되었고, 증권회사가 관행상 후입선출법을 적용하여 주식 입출고를 관리하므로 취득시기가 불분명한 경우에 해당되지 않는다 하여 후입선출법을 적용, 2010.9.27. 입고된 무상주 OOO와 2010.5.28. 입고된 유상증자 주식OOO주가 양도된 것으로 가정하여 쟁점주식③의 취득가액을OOO원으로 산정하였다. (나) 국세청 예규(재산 46014-643, 2000.5.30.)에서 양도주식의 취득시기를 판단함에 있어 무상감자가 있는 경우 양도하는 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 먼저 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 해석하고 있는바, 청구인이 2010.12.29. 쟁점주식③을 양도한 경우에도 OOO가 주식양도 전 무상증자를 하였으므로 2010.12.29. 출고된 쟁점주식③(OOO 그 취득시기가 불분명한 것으로 보는 것이 타당하다. (다) 무상증자로 인한 취득을 기존 보유주식에서 파생된 것이 아닌 독립적인 취득이라고 본다 하더라도, 청구인의 경우 2010.12.29. OOO 주식의 양도와 증여가 동시에 발생하였는바, 이 중 어떠한 행위가 먼저인지 객관적으로 판단할 수 없고, 그에 상응하는 취득시기 역시 알 수 없으므로 선입선출법을 적용하여 취득가액을 산정한 것은 타당하다. (라) 한편, 처분청은 대법원 판례(대법원 2007.4.13. 선고 2007두2432 판결 등)에서 상장주식을 증권회사 계좌를 통하여 양도하는 경우 국내에 있는 모든 증권회사가 후입선출법에 의하여 입출고하므로 이에 따라 취득가액을 산정해야 한다고 하나, 이러한 판례는 증권회사들이 실무상으로 ‘일자별’로 주식을 관리하면서 후입선출 방식을 적용한 것을 근거로 하여 일반적인 주식 양수도시 이러한 증권회사의 실무관행에 따라 후입선출법을 적용하여야 한다는 것으로서, 이 건 쟁점주식③의 경우 양도 및 증여일자가 동일하여 취득가액이 불분명한 사례에 해당하므로 사실관계 자체가 상이하다고 판단되며, 처분청이 제시한 청구인의 다른 사건(OOO 판결)도 쟁점주식③의 경우와 같이 무상증자로 일부 주식을 취득하였고, 같은 날 양도 및 증여가 동시에 발생한 사례에 해당되지 아니하므로 이를 이 건에 적용할 수 없다고 판단된다. (마) 또한, 처분청은 OOO주식의 양도일과 증여일이 같은 날이라도 청구인의 OOO계좌 거래내역에서 주식의 출고 순서가 양도분 → 증여분으로 분명히 기재되어 있어 후입선출법으로 쟁점주식③의 취득가액을 산정한 것은 정당하다고 하나, 증권회사의 실무상 양도계약이 체결된 후 2거래일 후에 주식이 출고되고, 해당 출고시간에 대하여 별도 정함이 없는 관계로 증권사마다 상이할 수밖에 없으며, 증여의 경우에는 신청인이 증권회사를 방문하여 출고요청을 하면 즉시 출고가 되므로 이와 같이 같은 날 발생하는 주식 출고는 증권예탁원이 임의적으로 정한 순서에 따른 것이라고 보는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 (1)소득세법제94조 및 같은 법 시행령 제157조에 양도소득세 과세대상으로 규정된 상장법인의 대주주는 양도일 직전사업연도말 본인 및 국세기본법 시행령제20조의 규정에 의한 특수관계인 보유 주식을 포함하여 계산하는 것으로 규정되어 있고, 청구인 및 OOO가 2004.12.31. 각각 보유한 OOO 주식 OOO으로 과세대상에 해당됨에도 청구인은 본인 주식의 시가만으로 대주주 여부를 판단해야 한다는 주장하고 있는바, 이는 특수관계인 보유 주식을 포함하여 계산한다는 법령의 취지를 잘못해석한 것으로 청구인의 주장은 이유 없다. (2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정한 바에 따라 부과하는 행정상 제재이므로 납세자의 고의․과실은 고려되지 않고, 법령의 부지, 착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으며, 청구인이 현실적으로 특수관계인 소유 주식을 파악하기 어렵다는 사정이 정당한 사유가 될 수 없다. 또한, 과세관청이 청구인이 대주주에 해당한다는 사실을 충분히 알고 과세할 수 있었는데도 과세를 하고 있지 않다가 2011년에 이르러서야 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위반된다고 주장하고 있으나, 이는 법적 근거가 전혀 없는 주장이다. (3) OOO의 입회약정서 및 회칙에서 입회보증금은 골프장 개장 후 7년간 반환을 요구할 수 없고, 이 기간이 경과되는 날부터 반환청구를 할 수 있다고 규정되어 있으나, 회원의 의사표시가 없으면 반환기간이 재연장되고, OOO이 임의로 반환기간을 연장할 수 있으며, 상거래 관행상 골프회원권이 양도(OOO의 경우 2006년부터 2010년까지 OOOO OOOOO OOO OOOO)OO OOO OOOOO OOO OOO OO OO OOOO OOOO OOO OOOO OOO O OO OOO O, OOO OOOO OOOOOO OOO OOOO OOO OOOO OOOOO OOOOO OOO OOOOOOO OOOO OO OOOO OOO OOOO OOOO OO OOOO OOOOO OO OOO OOOOOO OOOO OOOOOO OOOO OOO OOOOO OOOO O OOO (O) OOO OO(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO)OOO OOOOO OOOO OOO OOO OOOO OO OOO OO OO OOOOO OOOOOO OOO OOOOOO O OOOOO OOOO OOO OOOO OO OOOOOO OOO OOOOO OOOO OO OOO OOOO OOOOO OOO O OO, OOOO OOOOOOOOOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOO OOOOOOOOO OO OOOOOO, OOOOOOOO OOOOOO OOOO(2011.4.28.)의 판결에서도 OOO주식회사에서 거래한 주식의 취득가액을 후입선출법에 따라 산정하도록 선고하여 동 판결이 확정되었으며[예규 및 조세심판원에서는 상장주식의 경우 선입선출(취득시기 불분명)에 의하여 취득가액을 산정하는 것으로 해석하고 있고, 청구인의 2005년 상장주식 양도차익에 대하여 선입선출에 의하여 과세하였으나, 청구인이 2010년 제기했던 행정소송에서 증권회사가 후입선출에 의하여 주식을 입출고하고 있어 후입선출에 의하여 취득가액을 산정하여야 한다며 국가패소로 판결하였고, 과세관청에서는 대법원 판결의 취지를 받아들여 항소 포기함으로써 동 판결이 확정됨], 양도일과 증여일이 같은 날이라 하더라도 청구인의 OOO 거래내역에서 2010.12.29. 출고된 주식의 순서는 매도분 OOO이므로 대법원 판례 취지 등에 비추어 볼 때 주식의 출고 순서에 따라 후입선출로 취득가액을 산정한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 여타 특수관계인의 주식 보유 현황을 파악하기 어려우므로 청구인의 보유 주식현황을 기초로소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주 해당 여부를 판단하는 것이 정당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

① -1 청구인이소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주에 해당된다고 하더라도 이는 법령의 부지, 착오 등 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당되므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

② OOO의 비상장주식을 평가함에 있어 부채로 계상되어 있는 쟁점입회보증금의 회수기간이 OOO의 회칙 및 입회약정서에서 7년으로 규정되어 있음에도 회수기간이 정하여지지 아니하였다 하여 이를 5년으로 보아 쟁점입회보증금을 현재가치할인하여 평가한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

③ 쟁점주식③의 경우 그 취득시기가 불분명한 경우에 해당 되므로 취득가액을 산정할 때 선입선출법을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관계법령 (1) 쟁점① 관련 (가) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 가.증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (나) 소득세법 시행령 제157조(대주주의 범위) (2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것)

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원(괄호 생략) 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각 호의 금액에 의한다.

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다. (다) 국세기본법 시행령 제20조 (친족 기타 특수관계인의 범위) (2010.2.18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것) 법 제39조 제2항에서 "대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다. (단서 생략)

1. 6촌 이내의 부계혈족과 4촌 이내의 부계혈족의 처 (2) 쟁점①-1 관련 소득세법 제115조 (양도소득세에 대한 가산세) (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 "신고불성실가산세액"이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 "납부불성실가산세액"이라 한다)을 산출세액에 가산한다. (3) 쟁점② 관련 (가) 소득세법 제101조 (양도소득의 부당행위계산) (2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계에 있는 자의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 시행령 제167조 (양도소득의 부당행위 계산)

③ 법 제101조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하 거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는상속세 및 증여세법제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조 및 조세특례제한법제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며,조세특례제한법제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다. (다) 상속세 및 증여세법 제63조 (유가증권 등의 평가) (2011.12.31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것)

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2. 제1호 외에 국채(國債)·공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (라) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 (비상장주식의 평가) (2012.2.2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것)

① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(소득세법 시행령제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다) 상속세 및 증여세법 시행령 제58조 (국채ㆍ공채 등 그 밖의 유가증권의 평가)

② 대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음 등의 채권가액과 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. (단서 생략) (마) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제18조의2 (액면가액으로 직접 매입한 국채 등의 평가) (2011.7.26. 기획재정부령 제223호로 개정되기 전의 것)

② 영 제58조 제2항 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 1의 방법에 의하여 평가한 가액을 말한다.

1. 원본의 회수기간이 5년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 의하여 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액. 이 경우소득세법제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금·보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다. (4) 쟁점③ 관련 (가) 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) (2012.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (나) 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) (2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것)

① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(괄호 생략)을 청산한 날로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 2004.12.31. 현재 OOO 주식OOO있었고, 이후 2005.3.22.부터 2005.4.22.까지OOO를 추가 취득한 후 2005.6.22. 외 4차례에 걸쳐 보유주식OOO주(쟁점주식①)를 전량 양도하였는바, 청구인이 제시한 OOO 주식의 거래내역은 다음 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OOOO OOOO OO OO O OO OO (OO: O) (O) OOOOOOOO이 처분청에게 한 시정사항에 따르면, 청구인과 특수관계인인 OOO는 청구인이 쟁점주식①을 양도한 날이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일인 2004.12.31. 현재 OOO 주식OOO주를 보유하고 있었고(국세청 통합전산망에서 확인됨), 이에 따라 2004.12.31. 현재 청구인과 OOO가 보유하고 있던 OOO 주식수는 OOO으로 쟁점주식①의 양도일 현재 청구인은 소득세법 시행령제157조 제4항에 따른 대주주에 해당되므로 쟁점주식①의 양도에 따른 양도차익OOO에 대해 양도소득세를 신고하여야 하나 이를 신고하지 않았다고 기재되어 있다. (다)소득세법제94조(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우 당해 주주 1인 및 특수관계인이 양도하는 주권상장법인 주식은 양도소득세 과세대상에 해당된다고 규정되어 있다. (라) 살피건대, 청구인은 상장주식의 양도시마다 본인의 친족 등 특수관계인의 직전사업연도 종료일 현재 지분현황을 모두 파악하는 것은 헌법에서 요구하는 “과잉금지의 원칙” 및 “재산권 보장”에 반하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점주식①을 양도한 날이 속하는 사업연도(2005년)의 직전사업연도 종료일인 2004.12.31. 현재 OOO 2004.12.31. 현재 OOO 주식 OOO주를 보유하고 있어 2004.12.31. 현재 청구인 및 그의 특수관계인OOO가 보유하고 있던 OOO 주식수는 OOO원으로소득세법이 규정하는 양도소득세 과세대상에 해당되므로 청구인이 특수관계인 OOO의 OOO 주식 보유현황을 파악하기 어렵다는 이유로 청구인의 보유 주식현황만을 기준으로소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주 해당 여부를 판단하는 것이 정당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. (2) 쟁점①-1에 대하여 본다. 청구인은 설령 본인이소득세법제94조 제1항 제3호 가목에 따른 대주주에 해당된다고 하더라도 이는 법령의 부지, 착오 등 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당되므로 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이며, 납세자의 세법에 대한 부지․착오는 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유에 해당되지 아니한다 할 것인바(조심 2011서1676, 2011.6.10., 조심 2008중3534, 2008.12.23., 대법원 1998두1253, 2000.9.8. 등 참조), 청구인이 쟁점주식①의 양도와 관련하여 현실적으로 특수관계인 소유 주식을 파악하기 어렵다는 사유로 양도소득세를 신고․납부하지 않은 것에 대해 가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 청구인은 과세관청이 청구인이 대주주에 해당한다는 사실을 2006년 충분히 알고 과세할 수 있었음에도 과세하지 않다가 2011년에 과세한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점주식①의 양도에 대해소득세법상 양도소득세 과세대상에 해당되는지 여부를 확인하고, 이에 해당되는 경우 양도소득세를 자진하여 신고․납부하여야 할 의무가 있으므로, 과세관청이 청구인의 양도소득세 신고누락사실을 알 수 있었음에도 이에 대해 과세하지 않은 것이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다 하겠다. (3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 쟁점②와 관련하여OOO지방국세청장이 처분청에게 한 시정사항의 주요내용은 다음과 같다. 1) 청구인은 2010.10.20. 쟁점주식OOO를 상증법 제63조에 의하여 주당 OOO으로 평가하여 아들 OOO에게 양도하고, 2011.2.25. 양도소득세를 예정신고하였으며, 쟁점주식②를 평가하는 과정에서 평가기준일 현재 OOO이 부채로 계상하고 있는 쟁점입회보증금 OOO 중 반환기일이 평가기준일로부터 5년이 초과되는OOO을 부채에서 차감하였다. 2) OOO의 입회약정서 및 회칙에서 쟁점입회보증금은 골프장 개장후 7년간 반환을 요구할 수 없고, 7년 경과 후 회원이 탈퇴 요구를 하는 경우에만 원금을 반환하며, 이 또한 OOO의 사정상 지급이 불가할 경우 이사회의 결의에 따라 반환을 연장할 수 있도록 규정하고 있다. 3) 비록 OOO의 입회약정서에서 OOO년으로 이 기간이 경과되는 날부터 반환청구가 가능하다고 규정하고 있으나, 회원의 의사표시가 없으면 재연장되고, OOO이 임의로 OOO의 반환기간을 연장할 수 있으며, 상거래 관행상 골프회원권이 양도되는 경우는 있다 하더라도 만기에 원금을 받기 위해 회원권을 반환하는 사례가 발생하기 어려운 점 등을 보면, 쟁점입회보증금을 상증법 시행규칙 제18조의2 제2항에서 규정된 ‘원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것’으로 보아 회수기간을 5년을 적용하여 현재가치할인 평가함이 타당하다(국세청 법규과-647, 2010.4.19., 국세청 적부 2007-69, 2007.8.2.). 4) OOO이 부채로 계상한 쟁점입회보증금을 국세청장이 고시하는 이자율인 OOO를 적용하여 5년으로 현재가치 평가하면, 동 입회보증금의 평가액은OOO 과소평가되었다. (나) 청구인이 제시한 OOO의 입회약정서(OOO이 법인 및 개인과 2004.10.18., 2004.5.17. 각각 체결한 입회약정서의 사본)의 주요내용은 다음 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO (다) 청구인이 제시한 2007.2.16. 개정된 OOO의 회칙의 주요내용은 다음 <표4>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OO(OOOOOOOOOO OO)O OOOO (라) 청구인이 아들 OOO과 체결한 주식매매계약서(2010.10.20.)에 의하면, 청구인은 본인이 보유하고 있는 OOO의 주식 OOO에 매각하기로 하고, OOO은 매매대금을 계약일로부터 10일 이내에 전액 지급하되, 대금 중 일부는 OOO이 보유하고 있는 OOO의 주식 3,117주로 지급한다고 기재되어 있다. (마) OOO의 OOO의 주식평가보고서(2010.10.15.)에 따르면, OOO은 상증법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 비상장주식 평가방법에 따라 2010.10.12. 기준으로 OOO 주식의 1주당 가치를 OOO으로 평가하였고, 이 과정에서 상증법 시행령 제58조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2에 따라 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 입회보증금에 대해서는 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(6.5%)에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액으로 평가하 였으며, 이에 따라 쟁점입회보증금은 OOO원으로 평가되었다. (바) 살피건대, 처분청은 OOO의 입회약정서 및 회칙에서 회원의 의사표시가 없으면 입회보증금의 반환기간이 재연장되고, OOO이 임의로 반환기간을 연장할 수 있으며, 상거래 관행상 만기에 원금을 받기 위해 회원권을 반환하는 사례가 발생하기 어려운 점 등을 근거로 쟁점입회보증금을 상증법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호에 규정된 ‘원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 입회금․보증금 등’으로 보아 회수기간 5년을 적용하여 현재가치 할인 평가하여야 한다고 하나, OOO의 입회약정서 및 회칙에서 회원은 골프장 개장 후 7년간 입회보증금의 반환을 요구할 수 없고, 이 기간이 경과되는 날부터 반환청구를 할 수 있다고 규정되어 있어 동 약정서 및 회칙에서 규정된 7년의 기간을 쟁점입회보증금의 회수기간으로 볼 수 있는 점, 회원의 입회보증금 반환의 의사표시가 없어 입회보증금의 반환기간이 연장되는 경우에 있어, 우리 원 선결정례(조심 2008지783, 2009.5.12.)에서 골프장 회원권과 관련하여 계약기간 만료시점에서 회원권의 계약기간을 연장하는 것은 새로이 회원의 입회청약을 하고 회원제 골프장업자가 이를 승낙하는 계약이 체결된 것이며, 신규로 회원권을 취득하는 자와 종전의 회원권을 연장하는 형태로 계약을 체결하여 동일한 회원권을 소유하는 자와 아무런 차이가 없으므로 회원권을 연장하는 것도 새로운 골프장 회원권의 취득이 이루어진 것으로 보고 있는바, 회원권의 계약기간을 연장하는 경우에는 입회보증금의 회수기간이 새로이 시작되는 것으로 보아야 하므로 이 경우 쟁점입회보증금의 회수기간은 OOO의 입회약정서 및 회칙에서 규정된 7년으로 보는 것이 타당하다고 판단되는 점, OOO의 입회보증금 반환기간의 연장은 쟁점입회보증금 회수기간의 연장이 아니라 OOO이 이를 회원에게 반환할 수 있는 기간의 연장을 의미하는 것이고, 반환기간의 연장 또한 천재지변이나 OOO의 사정상 즉시 지급이 불가할 경우에 한정하고 있어 이를 근거로 쟁점입회보증금의 회수기간이 정하여지지 않았다고 보기 어려운 점, 최근에는 골프장 수의 급격한 증가 등으로 골프장의 업계 현황이 과거에 비해 어려워져 일부 골프회원권의 시세가 입회보증금 미만으로 하락한 사례가 발생되고 있어, 처분청의 의견과 같이 만기에 원금을 받기 위해 회원권을 반환하는 사례가 발생하기 어렵다는 이유로 쟁점입회보증금의 회수기간이 정하여지지 않았다고 보기는 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점입회보증금을 상증법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호에 규정된 ‘원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 입회금․보증금 등’으로 보아 회수기간 5년을 적용하여 현재가치 할인 평가하여 청구인에게 이 건 양도소득세 및 증권거래세를 부과한 처분청의 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 쟁점③과 관련하여OOO지방국세청장이 처분청에게 한 시정사항의 주요내용은 다음과 같다. 1) 청구인이 OOOOOO(OOOOOOOO-OO)O OO OOO OO을 거래한 내역은 다음 <표5>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOO OO OOOO (OO: O, O) 2) 청구인은 쟁점주식③의 양도(양도일 2010.12.29.)에 따른 양도소득세 신고시 선입선출법에 의하여 2009.1.4. 입고된 주식이 먼저 양도된 것으로 보아 취득가액을OOO으로 산정하였으나, 대법원 판례(대법원 2007.4.13. 선고 2007두2432 판결, 대법원 2010.4.29. 선고 2007두22030 판결)에서 상장주식을 증권회사 계좌를 통하여 양도하는 경우 국내에 있는 모든 증권회사가 그 주식을 후입선출법에 의하여 입출고하므로 이는 그 취득시기가 불분명한 경우에 해당되지 않아 선입선출법에 의하여 취득가액을 산정하는 것은 잘못된 것이라고 하였고, 청구인이 2007년 양도한 OOO주식과 관련하여 제기한 행정소 송(OOO판결) 결과 후입선출법에 의하여 그 주식의 취득가액을 산정하는 것으로 소송이 종결되었는바, 청구인이 2010.12.29. 양도한 쟁점주식③ OOO는 후입선출법을 적용하여 2010.9.27. 입고된 무상주 OOO주와 2010.5.28. 입고된 유상증자 주식 OOO원의 차이가 발생하므로 이에 대해 청구인의 양도소득세를 경정하여야 한다. (나) 살피건대, 처분청은 대법원 판례(대법원 2007.4.13. 선고 2007두2432 판결, 대법원 2010.4.29. 선고 2007두22030 판결)에서 상장주식을 증권회사 계좌를 통하여 양도하는 경우 국내의 모든 증권회사가 후입선출법에 의하여 입출고하므로 후입선출법에 의하여 그 주식의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다 하고 있으므로, 쟁점주식③에 대해서도 후입선출법에 따라 취득가액을 산정하여야 한다고 하나, 소득세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제162조에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정되어 있는바, 유가증권시장의 주식거래시스템이나 매도주식의 입․출고관리방법과 주식의 양도에 대한 과세방법은 별개의 문제이고(조심 2011중956, 2011.6.3., 조심 2009부3656, 2010.2.23. 등 참조), 청구인이 취득한 OOO주식의 경우 유상증자, 무상증자 등을 원인으로 여러 차례에 걸쳐 청구인의OOO계좌에 입고되어 2010.12.29. 양도된 쟁점주식③의 취득시기를 특정하기 어려운바, 이는 소득세법 시행령제162조 제5항에 따른 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당된다고 보이므로, 쟁점주식③의 취득가액 산정시 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 타당성이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.