① 쟁점주식의 명의신탁에 대해 과세된 증여세를 쟁점주식으로 물납함에 따른 양도소득세 납세의무자는 명의신탁자인 청구인이 아닌 명의수탁자인 OOO라는 청구주장의 당부
② 설령 쟁점주식의 물납에 대한 양도소득세 납세의무자가 명의신탁자인 청구인이라 하더라도 처분청은 쟁점주식의 명의신탁사실을 인지하고 있었고, 해당 양도소득세가 신고되었으므로 국세부과의 제척기간은 5년이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 사실관계 및 판단 (1) OOO가 청구인으로부터 명의수탁한 전체주식의 취득 내역 및 이에 대해 과세된 내역은 다음 <표>와 같다. (2) OOO는 위의 증여세 과세처분에 대해 전체주식이 명의신탁주식이 아니며, 설령 명의신탁이라 하더라도 이에 대한 평가시 보충적 평가방법을 적용한 처분은 부당하다는 취지로 2004.4.7. 심판청구를 제기하였으나 ‘기각’된 바 있으며(국심 2004부1570, 2004.12.20.), 이에 대해 행정소송을 제기하였는바, 대법원(대법원 2009.3.12. 선고 2007두8652 판결)은 전체주식 중 OOO가 2000.10.25. 및 2000.12.4. 무상증자를 통해 취득한 주식은 청구인으로부터 명의신탁받은 주식으로 볼 수 없다고 판결하였다. (3) OOO는 전체주식의 명의신탁과 관련하여 행정소송을 제기하는 과정에서 위의 증여세OOO하였고, 부족세액은 청구인이 현금으로 납부하였으며, 위 대법원의 판결(대법원 2009.3.12. 선고 2007두8652 판결)로 처분청은 위 증여세 중 일부를 감액결정하여 2009.5.14. OOO에게 OOO주식 OOO 각각 환급하였다. (4) 청구인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) OOO가 2004사업연도 법인세 신고시 OOO세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서(2005.3.31.), 주식․출자지분 양도명세서 및 OOO의 증권거래세 과세표준신고서(2004.7.10.)에 따르면, 2004.1.1.에는 청구인, OOO가 각각 OOO발행주식OOO)를 보유하고 있었고, 2004.12.31.에는 청구인, OOO가 각각OOO), 0주(OOO는 2004.6.10. 보유주식 모두를 구 OOO에게 양도함)를 보유하고 있었던 것으로 나타나며, OOO는 위의 보유주식 양도에 대해 2004.7.10. 처분청에 증권거래세 OOO원을 신고한 것으로 나타난다. (나) 전체주식 물납과 관련하여 OOO가 처분청에 제출한 양도소득세 신고서(2005.5.31.), 주식양도소득금액 계산명세서 및 주식거래내역서에서 OOO는 전체주식의 양도가액을 물납시 평가된 가액인 OOO을 처분청에 신고한 것으로 나타난다. (다) 그밖에 청구인은 처분청이 OOO에게 송부한 ‘물납허가기한 연장통지 및 물납재산 변경(보정) 요구’ 공문, 처분청의 물납허가서(2004.6.5.) 및 국세물납수납증서(2004.6.10.), OOO 보유 OOO주권(1,000주) 사본, 대법원 판례(대법원 1999.11.26. 선고 1998두7084 판결, 대법원 1991.3.27. 선고 88누10329 판결, 대법원 1996.2.9. 선고 95누9068 판결) 등을 제출하였다. (5) OOO에 대한 국세물납주식 반환통지(2009.6.3.)에서 처분청은 OOO로부터 OOO주식을 물납받았으나 대법원 판결에 따라 명의신탁주식의 무상증자로 추가 취득한 부분에 대하여 증여세 부과가 위법하다는 원심의 판결이 인용되어 당초 물납재산 일부의 반환을 요청하였는바, OOO주식 OOO를 반환한다고 기재되어 있다. (6) 처분청은 OOO이 처분청에 대한 감사 결과 통보한 시정사항, 청구인에 대한 환급금 조회 내역(국세통합전산망), 전체주식과 관련한 OOO에 대한 OOO 및 대법원 판결문(대법원 2009.3.12. 선고 2007두8652 판결) 등을 제출하였다. (7) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 쟁점주식의 명의신탁에 대해 과세된 증여세를 쟁점주식으로 물납함에 따른 양도소득세 납세의무자는 명의수탁자인 OOO라고 주장하고 있으나, 주식 등의 귀속 명의자는 이를 지배․관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 관련 세법규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 당해 주식이나 지분은 실질적으로 이를 지배․관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 보아야 하는바(대법원 2012.2.9. 선고 2008두13293 판결 참조), 쟁점주식의 명의신탁자(청구인)를 동 주식의 양도에 따른 양도소득세의 납세의무자로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구인을 쟁점주식의 물납에 따른 양도소득세의 납세의무자로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (8) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 설령 쟁점주식의 물납에 대한 양도소득세 납세의무자가 명의신탁자라 하더라도 처분청이 쟁점주식의 명의신탁사실을 인지하고 있었고, 해당 양도소득세가 이미 신고되었으므로 이에 대해서는 국세부과의 제척기간을 5년으로 적용하여야 한다고 주장하고 있으나,국세기본법제26조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에는 국세부과의 제척기간을 그 국세를 부과할 수 있는 날(과세표준신고기한의 다음날)부터 10년간, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우에는 7년간, 그 밖의 경우에는 5년간으로 규정하고 있는바, 비록 명의수탁자(OOO)가 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세를 신고하였으나, 명의신탁자(청구인)가 양도소득세를 무신고하였고, 명의수탁자의 신고를 명의신탁자가 신고한 것으로 볼 수 없으므로 7년의 국세부과의 제척기간이 적용되어야 하므로(조심 2011중4973, 2012.5.31. 참조), 이 건 양도소득세의 부과제척기간이 경과되었다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (9) 다만, 처분청은 청구인이 OOO에게 전체주식을 명의신탁한 사실을 인지하여 이에 대해상속세 및 증여세법에 따른 명의신탁재산의 증여의제를 적용, 2004년 3월 명의수탁자인 OOO에게 증여세를 과세하였고, OOO가 동 증여세를 전체주식으로 물납할 것을 신청하자 2004년 6월 OOO에게 물납을 허가하였으며, 이 경우 확립된 대법원 판례(대법원 1993.9.24. 선고 93누517 판결, 대법원 1997.10.10. 선고 96누6387 판결 등 참조) 등에 따라 물납한 전체주식에 대한 양도소득세 납세의무자가 명의수탁자인 OOO가 아니라 명의신탁자인 청구인인 사실을 충분히 인지할 수 있었을 것으로 보임에도 불구하고 명의신탁자인 청구인이 전체주식의 물납에 대한 양도소득세를 신고하지 않고, 명의수탁자인 OOO가 이에 대해 2005년 5월 처분청에 양도소득세를 신고한 것에 대해 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 쟁점주식의 양도소득세를 부과할 수 있는 2005년 6월부터 6년 이상이 경과한 2011년 11월에서야 OOO국세청장의 감사지적에 따라 이 건 양도소득세를 청구인에게 부과한 점, 전체주식의 명의수탁자인 OOO가 명의신탁재산의 증여의제에 따라 부과된 증여세를 전체주식으로 물납하는 것에 대해서는 전체주식의 명의신탁자(실질소유자)인 청구인의 위임 또는 승낙이 있어야 하고, 처분청은 이러한 사실 여부를 확인하여야 하나, 처분청은 이에 대한 확인 없이 OOO가 증여세를 전체주식으로 물납하는 것을 허가하였는바, 그 절차상 하자도 있었던 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인에게 신고 및 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당한 측면이 있다 하겠다. 따라서, 처분청이 2011.10.7. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 1,664,619,520원의 부과처분은 신고 및 납부불성실가산세를 배제하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.