신축주택 취득자에 대한 감면세액 계산에서 취득 당시 기준시가 적용 시 분자는 신축주택, 분모는 종전주택의 것을 적용한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1987.6.9. OOO 소재 주택 36.360㎡(토지 면적은 71.215㎡이고, 이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재개발사업 시행으로 2004.11.30. 준공된 OOO(건물 107.54㎡, 토지 30.61㎡이며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(소유권 이전등기일 2007.3.29.)한 후, 2010.12.29. 신축주택을 OOO원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택의 취득 후 5년간의 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 감면세액은 다음 <표>와 같은 신축주택의 취득 후 5년간의 감면금액 산식에서 분모 중 양도당시 기준시가에서 차감하는 ‘취득당시 기준시가’를 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 산정하였다. <표> 양도소득 감면금액 계산 산식 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}
• 다. 처분청은 양도소득세 감면은 신축주택의 양도에 대하여 적용되므로 위 <표>의 분모 중 취득당시 기준시가는 신축주택이 아닌 종전주택의 기준시가에 의하여야 한다고 보아, 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 산정하여 2011.11.17. 청구인에게 납부불성실가산세를 포함, 2010년 귀속 양도소득세 25,161,160원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 위 <표>의 산식은 취득당시의 기준시가로만 되어 있으므로 엄격해석 원칙에 따라 그대로 적용하여야 하는바, 처분청이 똑같은 문구로 되어 있음에도 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 것을, 분모의 경우는 종전주택의 기준시가를 적용하여 감면혜택을 축소하는 것은 자의적인 유추․확장해석이라 할 것이므로 부당하다. 또한, 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 “신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상에서 뺀다”라는 명문규정을 두고 있음에도, 하위 시행령에서 세액계산 이후의 단계에서 감면소득의 비율에 따라 세액을 감면하는 방식을 적용하면 법률에서 주어지는 것보다 양도소득세 감면이 축소되는 결과가 되므로, 이러한 시행령의 규정은 법률의 취지에 반하는 것으로 무효이고 처분청의 과세처분은 잘못이다.

(2) 청구인이 신축주택을 취득하기 위하여 지출한 비용에는 종전주택의 취득가액 이외에 재개발조합에 납부한 청산금이 있는바, 산식의 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가에 납부한 청산금을 합한 가액으로 하여야 한다.

• 가. 쟁 점

① 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 산출방법

② 양도소득세 감면소득 계산시 기준시가에 재개발조합에 납부한 청산금을 포함하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(괄호 생략)를 받은 신축주택

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수 토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점①에 관하여 살펴보면, 청구인은 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 위 <표>의 산식은 취득당시의 기준시가로만 되어 있으므로, 그 문언대로 분자 및 분모의 기준시가를 모두 신축주택의 것을 적용하여야 한다고 주장하나, 신축주택 취득자에 대한 감면은 그 취지가 신축주택에 대한 것이므로 재개발 이전 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 감면소득금액을 계산하도록 규정한 점을 종합하여 볼 때, 처분청이 산식에서 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 것을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(OOO, 2011.9.30. 외, 다수 같은 뜻). 또한, 청구인은 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 “신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상에서 뺀다”라는 명문규정을 두고 있음에도, 하위 시행령에서 감면소득의 비율에 따라 세액을 감면하는 것은 법률의 취지에 반하여 무효라는 취지로도 주장하나, 소득세법제90조에서 양도소득에 대하여 소득세법또는 다른 법률에 의한 감면소득금액이 있을 때에는 감면소득금액을 직접 차감하는 것이 아니라, 감면소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 관하여 살펴보면, 청구인은 재개발조합에 납부한 청산금과 종전주택의 기준시가를 더한 금액을 위 산식 분모의 취득당시 기준시가로 하여야 한다고 주장하나, 청산금은 소득세법 시행령제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐, 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이 부분 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.