부가가치세 경감세액을 직원 퇴직금으로 사용한 것은 경감세액 추징대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1981.2.10.부터 택시운송업을 영위하고 있는 사업자로서 2009년 제2기~2010년 제2기 부가가치세 신고시조세특례제한법106조의7 제1항에 따라 175,601,935원의 경감세액을 납부세액에서 차감하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 ○○광역시장으로부터 청구법인이 위 과세기간중 경감세액으로 신고한 부가가치세액 중 합계 10,224,321원(이하“쟁점금액”이라 한다)을 국토해양부장관이 정하는 지침에 따라 사용하지 아니하였다고 통보하자 조세특례제한법제106조의7 제3항에 의거 계산한 세액을 추징하여 2012.7.5. 청구법인에게 부가가치세 3건 합계 14,060,160원(2009년 제2기분 1,524,630원, 2010년 제1기분 4,175,240원, 2010년 제2기분 8,360,290원)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 택시운송업을 관리 감독하는 국토해양부(○○광역시)의 부가가치세 경감세액 사용 관리지침, 업무지시, 유권해석, 판례 등에 근거하여 경감세액을 노사합의에 따라 근로자의 퇴직금으로 정당하게 집행하였는 바, 이에 대하여 과세관청이 경감세액을 추징함은 신의성실원칙에 어긋나므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 직원 퇴직금으로 사용한 쟁점금액에 대하여 택시운송사업자를 관리·감독하는 국토해양부장관(

○○광역시 대중교통과)이 여객자동차 운수사업법에 따른 일반택시 운수종사자에게 현금으로 지급하지 아니한 것으로 보아 조세특례제한법 제106조의7 제3항 에 의거 관할세무서로 통보하였으며 이에 대하여 처분청이 경감세액에 대하여 추징한 처분은 정당하다. 또한, 국토해양부장관이 정한‘택시 부가세 경감세액 사용지침(2005년 4월)’에 따르면 부가가치세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위해 사용되어야하고 경감 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지하고 있으며, 국토해양부장관의 위 경감세액을 퇴직금에 반영한 것이 사용지침을 위배한 것이라는 회신에 따라 ○○광역시장은 쟁점금액을 부당사용으로 보아 부가가치세를 추징하도록 처분청에 통보하였는 바, 조세특례제한법제106조의7 규정에 따르면 이러한 경우 부가가치세 경감세액 추징대상이 되므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 부가가치세 경감세액 중 일부를 국토해양부장관이 정하는 바와 달리 부당사용한 것으로 보아 경감세액을 추징하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

① 여객자동차 운수사업법 및 같은 법 시행령에 따른 일반택시 운송사업자(이하 이 조에서 "일반택시 운송사업자"라 한다)에 대해서는 부가가치세 납부세액의 100분의 90을 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간분까지 경감한다.

② 일반택시 운송사업자는 제1항에 따른 경감세액 전액을 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 여객자동차 운수사업법에 따른 일반택시 운수종사자(이하 이 조에서 "일반택시 운수종사자"라 한다)에게 현금으로 지급하여야 한다. 이 경우 일반택시 운송사업자는 지급하는 현금이 부가가치세 경감세액임을 일반택시 운수종사자에게 알려야 한다.

③ 국토해양부장관은 일반택시 운송사업자가 제1항에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 확정신고납부기한 종료일부터 1개월 이내에 제2항에 따라 지급하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보(이하 이 항에서 "미지급통보"라 한다)하여야 하며, 미지급통보를 받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 추징한다.

1. 일반택시 운송사업자가 제2항에 따라 지급하지 아니한 경감세액

2. 다음 계산식에 따라 계산한 경감세액 상당액의 이자상당액 이자상당액 = 경감세액 상당액 × 제1항에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음 날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 1만분의 3

3. 경감세액 상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 부가가치세 경정결의서, ○○광역시장의 부가가치세 경감세액 부당사용 통보공문(대중교통과-16815, 2011.12.6.) 등의 심리자료에 의하면, 처분청은 아래<표>와 같이 청구법인이 공제한 경감세액(납부세액의 90%)중 ○○광역시장이 부당사용액으로 통보한 쟁점금액에 이자상당액 및 가산세를 합한 금액을 추징세액으로하여 부가가치세를 과세한 사실이 나타난다. <표> 청구법인의 경감신고 및 처분청의 추징과세 내역 (단위: 원) 구분 2009년 제2기 2010년 제1기 2010년 제2기 합계 경감신고 세액 61,225,689 30,205,335 54,170,911 175,601,935 부당사용 통보세액 1,046,132 2,975,730 6,202,459 10,224,321 추징(고지)세액 1,524,630 4,175,240 8,360,290 14,060,160

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) ○○광역시장이 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감세액을 퇴직금적립금으로 반영한 것이 국토해양부장관이 정한 ‘택시 부가세 경감세액 사용지침’에 위배되는지 여부 등을 질의하자(대중교통과-9110, 2011.7.19.), 국토해양부장관은 동 지침상 부가가치세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로 사용하여야하고, 부가가치세 경감 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지하고 있으므로 부가가치세 경감세액을 퇴직적립금 명목으로 사용한 것은 지침을 위반한 것이라고 회신(대중교통과-3214, 2011.8.16.)하였다. (나) 이에 따라 ○○광역시장은 처분청에 쟁점금액은 청구법인이 국토해양부장관이 정하는 사용지침에 다라 사용하지 아니한 금액이므로 조세특례제한법제106조의7 제3항에 따라 추징할 것을 통보하는 공문(대중교통과-12938, 2011.9.30.; 대중교통과-16815, 2011.12.6.)을 발송하였다. (다) 국토해양부장관이 정한 ‘택시 부가세 경감세액 사용지침’의 주요한 내용을 보면, 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위해서만 사용하면서 근로자 개개인에게 현금으로 지급함을 사용의 기본원칙으로 하며, 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 사용하거나 근로자가 아닌 관리직 직원의 후생복지 및 사용자의 경영개선, 노동조합 운영비 등을 위해 사용·지원하는 것 등을 금지하는 것이다.

(3) 청구법인은 부가가치세 경감세액 사용내역, 노사합의 내용 등을 증빙으로 제시하였다.

(4) 살피건대, 청구법인은 부가가치세 경감세액 중 쟁점금액은 운전기사의 퇴직금 계산시 반영되어 조세특례제한법제106조의7 제2항이 정하는 바에 따라 사용되었으므로 이를 추징하여 과세한 처분은 부당하다는 주장이나, ○○광역시장이 청구법인과 같이 경감세액을 퇴직금에 반영한 것이 사용지침을 위배하였는지를 질의하자 국토해양부장관은 이는 금지조항에 의하여 사용지침을 위배한 것이라고 회신하였고, 이에 처분청이 경감세액을 추징하여 과세한 것이므로 과세처분이 잘못이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.(조심2012구1452, 2012.4.23. 같은 뜻) 또한, 청구법인은 처분청의 과세처분이 신의성실의 원칙에 어긋난다는 취지로도 주장하나, 신의성실 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하엿을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 관세관청이 경감세액의 퇴직금 사용에 대하여 과세를 하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니하므로 이부분 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(조심 2012중2737, 2012.7.25. 참고)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.