청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 적용하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.6.21. 취득(분양)한 OOO 1783-7 대지 423.92㎡상에 2003.12.13. 상가건물(건물면적 1,949.5㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 부동산임대업을 영위하다 2010.4.9. 토지와 건물의 구분없이 OOO원에 양도하고, 2010.6.30. 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고하면서 양도가액은 OOO원으로 하고, 토지의 취득가액은 OOO원 및 건물의 취득가액은 환산가액인 OOO원으로 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점건물의 환산가액을 부인하고 임대사업용 부동산에 대한 장부가액 OOO원을 취득가액으로 하여 2012.6.15. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2003.12.13. 쟁점건물은 OOO건설이 OOO원(공급가액)에 시공하고 나머지 부분은 직영공사를 하기로 계약하였고, 인건비 지출 관련 대금지급증빙(송금통장사본)에 의하면 실제로 이를 이행하였으며, 임대사업을하는 일반사업자로서 부가가치세 신고시 건설비와 관련한 지출내용 중 적격증빙인 세금계산서 수취금액(OOO원)을 신고하였고, 종합소득세 신고시 대차대조표의 건물가액은 통상 세금계산서 등의 적격 증빙의 지출증빙이 갖추어진 범위 내에서만 장부에 반영하므로 세금계산서 수취금액과 취․등록세의 합계액을 건물가액으로 계상한 것으로 건물계정에 계상한 금액이 진정한 건물의 취득가액이라 생각하지 아니하여 종합소득세 신고시 감가상각비를 계상하지도 않았으며, 장부상 계상금액은 취득당시(2003년)의 건물기준시가OOO에도 미치지 못하는 금액이므로 장부가액 OOO원을 취득가액으로 적용한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 OO건설과 쟁점건물의 나머지 직영공사를 청구인이 수행하기로 하였다는 내용의 도급계약서 등이 없고, 부가가치세 신고시 건설사로부터 수취한 세금계산서 수취금액 OOO원(공급가액)은 확인되나, 직영공사 부분에 대한 구체적인 증빙이 없으며, 청구인이 제출한 직영공사 부분에 대한 공사비(인건비) 지출의 대금지급증빙명세(송금통장사본)는 거래일자․성명․거래금액만이 나타나는 통장사본이고, 세금계산서․거래명세서․거래처 사업자등록번호 등 거래처 인적사항․인건비 지급대장․인건비 수급자의 주민등록번호 등 거래증빙으로 확인할 수 있는 서류가 없으므로, 통장상 인출금액과 실제 인건비 지급 및 설비자금 등으로 지급된 금액과의 개연성은 짐작할 수 있으나 동 건물 신축비용과의 직접적인 연관성을 확인할 수 없을 뿐만 아니라 쟁점건물 장부가액이 취득당시의 기준시가 OOO원의 79.2%에 해당하고, 이는 토지․건물 전체기준시가 대비 86.2%로 현격한 차이로 볼 수 없는 바, 부동산임대업자인 청구인(복식부기의무자)의 취득일부터 양도일까지 종합소득세 신고시 제출된 재무제표의 장부가액을 취득가액으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 부동산임대사업에 공하던 부동산을 양도(OOO원)하고, 쟁점건물의 취득가액을 환산가액(OOO원)으로 신고한데 대하여, 장부상 가액(OOO원)으로 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 양도소득세 조사대상자 선정 검토조서 등 심리자료에 의하면, 쟁점건물은 2003.12.13. 주식회사 OOO건설이 공사를 시공하였는데, 청구인은 2003년 제1기〜2003년 제2기 부가가치세 신고시 고정자산매입으로 OOO원(공급가액)을 신고하였고, 2004년〜2010년 귀속 종합소득세 신고시 건물가액을 OOO원으로 신고(감가상각계상액 없음)한 것과 달리, 이 건 양도소득세 신고시에는 취득가액을 환산가액으로 신고한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 2003.12.13. 쟁점건물을 OOO건설이 OOO원(공급가액)에 시공하고 나머지 부분은 직영공사를 하기로 계약하였고, 실제로 이를 이행하였다고 주장하며 직영공사 부분에 대한 인건비 지출 관련 대금지급증빙으로 송금통장사본, OOO은행 및OOO의 송금계좌별 수취인 확인서 등을 제출하고 있고, 임대사업을 하는 일반사업자로서 부가가치세 신고시 건설비와 관련한 지출내용 중 적격증빙인 세금계산서 수취금액(OOO원)을 신고하였고, 종합소득세 신고시 건물가액은 통상 세금계산서 등의 적격 증빙의 지출증빙이 갖추어진 범위 내에서만 장부에 반영하므로 세금계산서 수취금액과 취․등록세의 합계액을 건물가액으로 계상한 것으로 건물계정에 계상한 금액이 진정한 건물의 취득가액이라 생각하지 아니하여 종합소득세 신고시 감가상각비를 계상하지도 않았으며, 장부상 계상금액은 취득당시(2003년)의 건물기준시가(OOO원) 및 2003.12.17. 은행대출 당시의 감정평가서상 감정가액 OOO원에 미치지 못하고, OOO건설로부터 수취한 세금계산서 외에 추가 공사비(직영공사 인건비 등)가 있어 환산가액보다 많은 취득가액으로 신고할 수 있었으나, 관련 증빙의 분실 등으로 정확한 입증이 곤란하여 보수적으로 환산가액을 적용하여 신고한 것이라는 주장인 바, 청구인이 제출한 송금계좌별 수취인 확인서 및 송금통장사본에 의하면, 2003.6.8.～2004.1.8. 기간 동안 청구인의 OOO은행(--**, ---) 계좌 및 OOO(--****) 계좌에서 청구인이 직영공사를 하였다고 주장하는 자들(15명)에게 OOO원을 입금한 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 감정평가표에 의하면, 감정시점인2003.12.17. 현재 토지는 OOO원, 건물은 OOO원으로 기재되어 있고, 양도당시(2010년) 건물의 기준시가는 OOO원, 취득당시(2003년) 건물의 기준시가는 OOO원으로 되어 있다.

(3) 처분청은 쟁점건물을 OOO건설이 시공하되 일부는 청구인이 직영공사로 하기로 하였다는 내용의 도급계약서 등이 없고, 부가가치세 신고시 건설사로부터 수취한 세금계산서 금액 OOO원(공급가액)은 확인되나, 직영공사 부분에 대한 구체적인 증빙이 없으므로 종합소득세 신고시 제출된 재무제표의 장부가액을 취득가액으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 살피건대, 종합소득세 신고시 제출한 재무제표(대차대조표, 잔액합계시산표 등)에 기재된 양도부동산의 자산가액은 실지거래가액을 반영하여 작성된 것으로 봄이 상당하므로 환산가액을 부인하고 실지거래가액에 의하여 취득가액을 산정한 처분은 적법한 것(OOO지방법원 2011구합2980, 2011.11.11. 참조)이고, 장부에 계상된 건물가액 외에 추가로 지출하였다는 공사비를 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 없다면 장부가액을 건물의 취득가액으로 산정한 처분은 정당하다 할 것(조심2009중3098, 2009.12.30. 참조)인 바, 청구인이 제출한 직영공사 부분에 대한 공사비(인건비) 지출의 대금지급증빙(송금통장사본 및 송금계좌별 수취인 확인서)은 거래일자․성명․거래금액만이 나타나는 것으로, 세금계산서․거래명세서․거래처 사업자등록번호 등 거래처 인적사항․인건비 지급대장․인건비 수령자의 주민등록번호 등을 확인하기 어렵고, 통장상 인출금액으로 실제 인건비 지급 및 설비자금 등으로 지급되었을 개연성은 있어 보이나 쟁점건물 신축비용과의 직접적인 연관성이 불분명하며, 달리 직영공사 부분에 대한 구체적이고 객관적인 입증자료의 제시가 없으므로, 처분청이 쟁점건물의 취득가액에 대하여 환산가액을 부인하고 장부가액 OOO원을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.