비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대해 과세표준 신고하지 아니한 경우, 각 사업연도의 소득금액 계산시 과세표준에 포함되지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2007.9.1. 개업한 비영리법인으로서 2007사업연도에 대한 법인세를 당초 신고기한인 2008.3.31.을 경과한 2008.10.29.에 영업손익 △291,656,470원, 이자수익 92,569,581원(이하 “쟁점이자소득”이라한다), 원천징수납부세액 12,959,720원으로 하여 기한후 신고를 하였고, 이에따라 처분청에서는 2008.12.17. 원천징수납부세액 12,886,090원을 청구법인에게 환급하였다.
• 나. 2012년 4월 국세청의 ○○지방국세청 감사시 쟁점이자소득은 기한후 신고등에 의하여 과세표준에 포함하여 신고할 수 없음에도 기한후 신고하여 원천징수된 법인세를 환급받은 것은 부당한 것으로 보아 처분청에 지적하였고, 처분청은 2012.6.11 청구법인에게 2007사업연도 법인세 18,803,870원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 비영리법인의 경우는 2007사업연도 이전에는 원천납부세액명세서만 제출하면 법인세를 환급받았지만, 2007사업연도 법인세 신고에 대하여는 복식부기에 의한 방식으로 각종자료를 전산으로 입력하여 신고하는 것으로 양식이 변경되면서 사전교육이나 유예기간없이 법정신고기한내에 신고하지 않았다고 하여 기납부한 이자소득세를 환급받을 수 없다는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제62조에서 비영리법인은 원천징수된 이자소득의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 기획재정부 예규(재정책-708, 2009.07.09.)에서 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 국세기본법제45조의3의 규정에 따른 기한후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬수 없도록 규정한 것은 비영리법인의 경우 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 원천징수방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결도니다고 할 것이므로 이미 납세의무가 확정되어 과세절차가 종결된 이자소득에 대하여 기한후 신고에 의한 환급청구를 허용하는 취지는 아니라고 볼 것이므로 법인세 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 비영리내국법인이 법인세 과세표준 신고기한까지 신고하지 아니한 원천징수된 이자소득을 기한후 신고에 의하여 과세표준에 포함하고 환급신청할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 “학교안전사고 및 보상에 관한 법률” 제15조에 의거 ○○광역시교육청에서 설립한 법인으로서 학교안전사고를 예방하고, 학교안전사고로 인하여 입은 피해를 신속 적정하게 보상하기 위하여 2007.8.30. 설립된 비영리재단법인으로서, 2007사업연도에 ○○ 및 ◇◇은행으로부터 92,569,581원의 이자소득이 발생하여 12,959,720원의 이자소득세를 납부하였다.

(2) 청구법인은 법인세 신고기한인 2008.3.31.까지 2007사업연도 법인세 과세표준신고를 하지 아니하였다가 신고기한 후인 2008.10.29.에 기한후 신고서를 제출하였고, 처분청은 2008.12.17. 청구법인 명의의 ○○계좌로 12,886,090원을 계좌이체로 환급하였다.

(3) 법인세법제62조 제1항의 비영리내국법인의 과세표준 신고특례에서 “ 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준 신고를 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다”라고 규정되어 있고, 비영리법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 당해 이자소득을 국세기본법제45조의3 규정에 따른 기한후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 과세표준에 포함시킬 수 없다.(같은 뜻 ; 기획재정부 재정책-708, 2009.7.9.3)

(4) 살피건대, 청구법인은 법인세 과세표준 및 세액을 기한 내에 신고하지 아니하였다가 기한후에 원천징수된 이자소득을 법인세 과세표준에 포함하여 신고하였으나, 당초 법인세 신고기한내에 원천징수된 이자소득에 대한 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것으로 기한후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없으므로(조심 2009부2891, 2010.3.8. 조세심판관합동회의, 같은 뜻) 처분청의 법인세 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.