별개법인의 연구,인력개발비를 청구법인의 연구,인력개발비로 공제할 수 없음

OOO세무서장이 2012.6.4. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원의 부과처분은 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 계산시 OOO인더스에서 발생한 연구 및 인력 개발비 금액을 제외한 후 공제감면세액을 계산하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1984년 7월 개업하여 자동차용범퍼 등 자동차부품을 제조하는 코스닥상장 법인으로, OOO 주식회사는 2004년 3월 청구법인을 인수하면서, 강성노조로 인한 노사문제를 최소화하기 위하여 청구법인의 종업원들을 중심으로 한 별도의 신설법인을 설립하기로 하였고, 이에 따라 청구법인은 2004.3.4. 노조와의 단체교섭을 통해 고용승계 등에 대한 합의를 체결하고 2004.3.5. 종업원들을 중심으로 하여 주식회사 OOO인더스(이하 “OOO인더스”라 한다)를 설립하면서 대부분의 임직원은 청구법인을 퇴사한 후 2004.3.16. OOO인더스에 재입사하였으며, 연구․인력은 청구법인의 기업부설연구소에서 계속 근무를 하였다.
• 나. 청구법인의 대주주인 OOO는 청구법인을 매각(2006년)하는 과정에서 OOO인더스의 노동조합원들이 고용불안 등을 이유로 청구법인 소속 직원으로 원상복귀시켜줄 것을 요구하였고, 이에 따라 노조와의 단체교섭을 통하여 2006.10.1. OOO인더스의 노동조합원들을 청구법인 에 다시 입사시켜 주었고, 그 후 청구법인은 2007년부터 연구․인력개발비 세액공제를 신청 하면 서 “직전 4년간 연평균 연구․인력개발비 발생액”을 산정 함에 있어 2004 년 부터 2006년까지 발생한 OOO인더스의 연구․인력개발비는 공제대상 에 포함하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 2007사업 연도분 법인세 통합조사를 실시하면서, “직전4년간 발생한 연구․인력 개발비 에 O O인더스 소속 직원의 인건비 포함 여부”에 대하여 과세기준자문신청을 하였고, 국세청장은 “고용을 승계한 법인(OOO인더스)이 고용을 승계받은 법인 (청구법인)의 기업부설연구소에서 연구요원의 업무를 직접 지원함에 따 라 지출한 인건비는 직전 4년간 발생한 연구․인력개발비에 포함한다”고 회신(국세청 법규과-230호, 2012.3.8.) 하였으며, 이에 따라 처분청은 2012.6.4. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 합계금액 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) OO인더스는 청구법인과는 별도의 법인으로 자동차용 부품을 위탁생산하는 협력사에 불과하고, 청구법인과 위탁연구개발 약정을 체결하거나 청구법인으로부터 인건 비를 별도로 지급받은 사실이 전혀 없으며, 생산된 제품별로 약정된 단가를 적용하여 위탁생산 대가를 받은 것이 전부인 바 이를 연구․인력개발에 대한 인건비를 지급받은 것으로 볼 수는 없으며, 청구법인과 OOO인더스는 2004년부터 2006년까지 발생한 연 구․인력개발비에 대하여는 세액공제를 적용받지 아니하였는 바, 국세청의 유권해석(서이46012-11796, 2003.10.17.)의 취지에 비추어 볼 때 OO인더스의 연구․인력개발비를 청구법인의 것으로 보아 공제세액 을 계산하는 것은 부당하고, OOO인더스는 엄연히 청구법인과는 별도의 법인이며, 관련법령에도 별도의 다른 법인의 연구․인력개발비를 합산하여 공제세액을 산출하도록 하는 명확한 규정 이 없음에도 자의적인 판단으로 이 건 부과처분을 한 것은 실질과세원칙에 위배된다.

(2) 또한, 처분청도 청구법인과 OOO인더스가 별개의 법인인 것은 인정하고 있으므로, 2004년부터 2006년까지 별도법인인 OOO인더스가 수행한 연구개발을 청구법인의 연구개발로 보려면, OOO인더스의 연구개발 이 조세특례제한법 시행령 [별표6] 1-나.의 위탁 및 공동기술개발에 해당하여야 할 것이며, 기술개발 용역을 위탁함에 따른 비용과 이들 위탁기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용을 연구․인력개발비 세액공제 대상인 기술개발로 규정하고 있으며, 또한 국내외기업의 연구기관 또는 전담부서를 열거하고 있으므로, OOO인더스의 연구․인력개발비가 청구법인의 연구․인력개발 비가 되려면 최소한 OOO인더스가 [별표6] 1-나.①㉲ 또는 다른 열거된 기관에 해당하여야 할 것이나, OOO인더스에는 조세특례제한법 시행령 제7조 제1항 제1호 의 교육 과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소나 연구개발 전담부서가 없으므로 OOO인더스의 연구․인력개발비는 청구법인의 연구․인력개발비가 될 수 없으며, 다음으로, 과세자문신청에서 회신내용은 “청구법인의 4년간 발생한 연구․인력개발비 합계액 계산에 있어 OOO인더스가 청구법인의 기업부설연구소에서 연구요원의 업무를 직접 지원함에 따라 지출한 인건비를 포함하여 계산하는 것”인지 여부에 따라 판단하라는 것으로, 위 자문신청에 대한 회신은 타법인의 연구원이 다른 법인의 연구를 지원한 경우, 지원받은 법인의 연구․인력개발비라는 것인데 이러한 비용은 연구․인력개발세액공제 대상 비용을 규정한 조세특례제한법 [별표6]의 어느 항목에도 해당하지 않기 때문에 이를 청구법인의 연구․인력개발비로 볼 수 없고, OOO인더스는 청구법인에게 제품종류별 단가계약을 하고 납품수량에 따라 납품대가를 받았을 뿐이고, 연구․인력개발에 대하여 어떠한 대가를 받은 것이 없으며, 또한 청구법인의 위 기간동안의 연구․인력 및 개발비용은 아래 표와 같이 연구인원이 1명 또는 2명에 불과하므로 연구를 수행하였다고 볼 수 없으며, 자문신청에 대한 회신내용과 같이 "청구법인이 연구업무 를 직접 지원"하였다고 볼 수도 없는, 청구법인에게는 연구활동이라는 것이 없으므로 연구지원을 하였다 고 볼 수 없으므로 OOO인더스가 자체적인 연구활동을 하였다고 보아야 하고, 마지막으로, 청구법인이 합병에 관한 유권해석을 인용한 것은 본건이 합병과 유사하므로, 국세청 서이46012-11796(2003.10.7.)에서 합병에 의하여 세액공제를 받지 못한 피합병법인의 연구․인력개발비의 비용이 연평균발생액에 포함되지 않는다는 유권해석의 취지에 비추어 볼 때도 청구법인의 연구․인력개발비로 볼 수 없다.

• 나. 처분청 의견 이 건의 쟁점이 되는 연구․인력개발비는 기업을 인수하는 측과 노동조합간의 현실적인 문제 등으로 인해 청구법인이 기업부설연구소의 종사직원을 퇴직시키고 추후에 재고용하면서 발생된 비용이므로 관련 예규및 기본통칙 등에서 정한 “동일한 기준에 상응하는 연구․인력개발비”에 해당되며, 연구․인력개발비 세액공제의 입법취지는 연구 및 인력개발 투자에 대하여 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구․인력개발을 촉진․장려․유도하고자 하는 것이 분명한 점에 비추어 볼 때, 연구․인력개발비 공제세액 산정시 기준이 되는 “직전 4년간 발생한 연구․인력개발비 합계액”에 OOO인더스의 연구․인력개발비를 포함하여 과세한 당초 처분은 적법하고 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인과 별개의 법인(OOOOO)인 소속직원들의 연구․인력개발비 를 청구법인의 연구․인력개발비에 합산하여 공제세액을 산정한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발 을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업(이하생략)

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년 간 발생한 중소기업 등에 의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에 의 위탁 연구·인력개발 비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하 는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발 비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바 에 따라 세액공제 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 소비성서비스업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다) 을 말한다.

② 법 제10조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 [별표6] 의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위 탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비"라 함은 [별표6] 의 제1호 나목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한 한다) 또는 전담부서

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비 의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우 동기간에 발생한 연 구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발 비의 합계액 × 당해 과세연도의 월수 4 12

⑤ 제4항의 산식중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설 법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 재정경제부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병 법인등"이라 한다)의 경우 에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 재정경제부령이 정하는 현 물 출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분 할 법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인 등"이 라 한다)로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인 등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 피합병 법인 등에서 합병등을 하기 전에 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사 업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 연구 및 인력개발비 로 본다.

⑥ 제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하 고, 과세연도종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 기본통칙 10-9…2(연구·인력개발비의 연평균발생액 계산) 법령의 개정으로 최초 로 세액공제 대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 항변서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음 과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 1984.7. 개업하여 자동차용 범퍼 등 플라스틱제품을 생산하고 있으며, OOO는 2004.3. 청구법인을 인수하였고, OOO가 인수과정에서 청구법인의 노동조합이 민주노총 산하 OOO노동조합연맹 소속의 강성노조로 종업원 고용승계에 따른 노사문제 발생였고, 동 문제해결을 위하여 청구법인의 종업원들을 중심으로 하는 별도의 법인OOO을 설립하고, 신설된 법인에서 그들이 근무할 수 있도록 하였다. (나) 청구법인과 노동조합은 2004.3.4. 단체교섭을 거쳐 “법인을 설 립 하되, 인위적인 구조조정 금지, 노동조합의 경영참여 보장, 향후 발생 하는 퇴직금의 사외적립, 고용승계, 노동조합 승계, 단체협약 승계 등” 을 내용으로 하는 노사합의를 체결하였고, 이에 따라 2004.3.5. OOO인더스가 설립되었고, 청구법인의 종업원 중 재무, 경리, 기획 관련 직원을 제외한 생산, 연구개발 등 대부분의 임직원은 2004.3.15. 퇴사하여 퇴직금을 일괄 정산하였고, 그 후 임직원들은 2004.3.16. OOO인더스에 다시 입사하였고, 입사 후에도 청구법인에서 하고있던 업무를 그대로 수행하였을 뿐만 아니라, 그 구성원의 지위 및 역할 등 고용조건도 동일하며, 급여체계 역시 청구법인의 것을 그대로 승계받았다. (다) 청구법인과 OOO인더스는 사출 및 도장 제품의 위탁생산 계약에 따라 물적설비(생산설비, 건물, 비품, 기구)와 원부자재를 청구법인으로부터 무상으로 임차 또는 제공받아 작업을 수행하였으며, 청구법인의 기업부설연구소에서 근무하였던 연구․인력은 OOO인더스 소속으로 전직한 이후에도 청구법인의 기업부설연구서에서 계속하여 근무하였으며, 그 후 청구법인의 대주주인 OOO가 2006년 청구법인을 매각하는 과정에서, OO인더스의 종업원들(노동조합원)은 고용불안 등을 이유로 원상복귀(청구법인 소속으로 신분을 전환)하여 줄 것을 요구하였고, 청구법인은 노동조합과 2006.8.30. 특별단체교섭을 거쳐 “OOO인더스 종업원의 당사전환에 따른 고용승계 및 각종 합의내용을 승계 하였고, 인위적인 구조조정 금지 등”을 내용으로 하는 노사합의를 하고, OOO인더스 소속 종업원들은 2006.9.30. 모두 퇴사하면서 퇴직금을 일괄정산 하였으며, 2006.10.1. 청구법인으로 모두 재입사 하였고 OOO인더스는 2006.10.16. 해산 후 2006.12.19. 청산되었다. (라) OOO인더스 및 OOO플라스틱 연구인원에 대한 개발비용 현황은 다음 표와 같으며, 청구법인은 2004～2006사업연도에는 조세특례제한법 제10조 에 따른 연구․인력개발비세액공제를 적용받지 아니하다가, OO인더스의 종업원을 승계받은(고용) 이후인 2007사업연도부터 세액공제를 적용받으면서 직전 4년간 연평균 연구․인력개발비 발생액을 산정함에 있어 2004～2006사업연도 중 다음 표와 같이 OOO인더스에서 발생된 연구․인력개발비는 포함하여 계산하지 아니하였다. OOOOOOOOOOOO OOO OOOOOOO (OO: OOO) (2) 처분청은 다음과 같은 사유로 이 건 부과처분한 것이라고 답변 서 등 심리자료에서 과세근거를 밝히고 있다. (가) 청구법인은 OOO인더스가 별개의 독립된 법인임에도 영업상 밀접한 관계가 있다는 사유로 청구법인과 OOO인더스를 동일한 실체로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 이 건은 청구법인과 OOO인더스를 동일한 실체로 보거나, OOO인더스의 연구․인력개발 관련 인건비를 청구법인의 것으로 간주하려는 것이 아니며, 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 기준이 되는 직전 4년간 연구․인력개발비의 합계액을 산출함에 있어, 인적용역을 제공한 OOO인더스 소속 직원들의 인건비를 청구법인의 기업부설연구소에서 근무한 인건비에 포함시킬 수 있는지 여부에 대하여 검토한 것이다. (나) 과세기준자문신청의 회신에 의하면, “청구법인의 직전 4년간 연구․인력개발 비 합계액 계산에 있어 OOO인더스가 청구법인의 기업부설연구소에서 연구요원의 업무를 직접 지원함에 따라 지출한 인건비를 포함하여 계산하는 것”이라고 회신하였고, 과세전적부심사청구 심리결과, 1) OO인더스는 청구법인의 물적설비 및 원부자재를 통하여 인적용역 을 청구법인에게 전적으로 제공하였으며, 2) 그 이후 청구법인의 최대주주인 OOOOO가 청구법인을 매각하는 과정에서 노사합의에 따라 대부분의 직원이 일괄퇴직한 후 청구 법인 소재지에서 별도로 설립된 OO인더스를 2년 8개월만에 청산하고 OOO인더스 소속 전직원이 청구법인에 다시 입사한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 OO인더스의 연구․인력개발비를 포함 하여 공제세액을 재계산하여 법인세를 과세한다는 세무조사 결과통지는 잘못이 없는 것으로 불채택결정을 하였으므로 청구법인의 주장은 이유가 없는 것으로 보았다. (다) 청구법인은 OOO인더스의 종업원을 재고용한 것을 실질적인 합병으로 보아 과세한 것이 부당하다고 주장하나, 당초 처분은 실질적인 합병을 전제로 하여 과세한 것이 아니라, 연 구․인력개발비 세액공제 계기준에 대한 검토와 과세기준자문결과 및 과세전적부심사청구 심리결과를 거쳐 과세한 것으로 청구법인이 주장하는 논점과는 차이가 있는 것으로 판단된다. (라) OOO인더스의 종업원들은 동일한 설비를 이용하여 동일한 장소 (청구법인 소속 기업부설연구소)에서 동일한 업무를 계속 하였는 바, 이와 관련된 인건비는 청구법인 소속 기업부설연구소의 업무(연구업무 직접 지원)를 위하여 지출된 비용이므로, 동 직원들의 소속(청구법인 또는 OOO인더스)에 불구하고 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 기준이 되는 직전 4년간 연구․인력개발비의 합계액을 산출함에 있어 포함시켜야 하는 것이다.

(3) 청구법인은 청구이유서 등 항변자료를 통하여 이 건 부과처분이 다음과 같은 사유로 부당하다고 주장하고 있다. (가) OOO인더스는 청구법인으로부터 위탁받은 연구개발업무를 수행하지 아니하였고, 연구개발 관련 인건비를 지급한 사실도 없으며, 청구법인의 제품을 위탁제조하는 협력사로, 생산수량에 따라 약정된 위탁제조 수수료를 수령하고 이에 대한 세금계산서를 교부하였다. (나) 조세특례제한법(같은 법 시행령 제9조 제5항)에는 합병 법인의 경우 합병 후 연구․인력개발비 발생액이 합병전 연구․ 인력개발비 발생액보다 초과하여 세액공제 를 적용받는 것을 방지하기 위하여 피합병법인에서 발생한 연구․인력개발비는 합병법인에서 발생한 것으로 보도록 규정되어 있으며, 이에 따라 국세청은피합병법인이 연구․인력개발비 세액공제를 적용받지 못한 경우, 피합병법인이 연구․인력개발비는 합병법인의 연구․인력개발비에 포함되지 아니하는 것으로 유권해석을 하고 있어 피합병법인에서 발생한 연구․인력개발비를 합병법인 에서 발생한 연구․인 력 개발비로 보도록 규정한 조세특례제한법 시행령 제9조 제5항을 적용할 수는 없다. (다) 청구법인과 OOO인더스는 별도의 경영진에 의하여 경영되는 각각 의 독립적 실체를 가진 법인으로 청구법인은 자산인수방식으로 OOO인더스를 설립(고용승계) 하였는 바, 이는 사법상 유효한 법률행위로 조세회피를 목적으로 한 것이 아니며, 이 과정에서 종업원들은 청구법인에 사표를 제출하였고 청구법인 은 이들에게 퇴직금을 지급하였는바, 이들간 고용계약은 정당하게 종료되었으며, 2004년 당시 OOO 입장에서도 고용관계를 승계하지 않음에 따라 기존에 적용받던 연구․인력개발비 세액공제를 더 이상 적용받지 못하게 되어 결과적으로 세금을 더 납부하게 된 것인 바, OOO인더스 설립으로 인해 어떠한 세무상 이익도 없었음이 명백하고, 납세의무자는 경제활동에 있어 목적을 달성하기 위해 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는 바,(대법원 2001.8.21.선고, 2000두963판결 참조), OOO가 어떠한 방식으로 청구법인을 인수할 것인지는 전적으로 OOO의 사적자치 영역에 속하며, 기존의 대법원판례에 의하더라도 본건 OOO인더스의 실체를 부인하고 이를 청구법인의 연구․인력개발비로 볼 수는 없으므로, 실질과세원칙에 따라 당사자의 거래행위를 그 법 형식에도 불구 하고 실질에 따라 과세하기 위해서는 법률에 개별적이고 구체적인 부인 규정이 마련되어 있어야 할 것이며, 비록 조세회피 의도가 있었다고 하더라도 개별적이고 구체적인 법률의 규정을 두고 있지 아니한 이상 근거없이 과세할 수는 없으며(대법원 2009.5.14.선고, 2008두14067판결, 참조), 개별세법에 별도법인인 OOO인더스의 연구개발비를 청구법인의 연구개발비로 볼 수 있다는 구체적인 과세근거 규정이 없음에도, 처분청이 실질과세원칙을 임의로 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (라) 청구법인은 제출증빙으로 OOO인더스 법인 등기부등본, 청구법인 조직도, OOO인더스 조직도, OOO인더스의 법인세신고서 및 재무제표, 위탁생산계약서, 제품별 납품단가표, 세금계산서, 전표, 확약서 등을 제출하였으며, 제출증빙에는 청구법인의 연구전담부서 직원들은 2004.3.16. OOO인더스 소속직원으로 각 부문별 생산부서에 나뉘어 배치되었으며, OOO인더스에 조세특례제한법 [별표6] 1-나. 위탁 및 공동연구개발①㉲에 해당하는 연구기관 또는 전담부서는 설치되지 않았던 것이 나타난다.

(4) 위의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 OOO인더스는 별도의 경영진에 의하여 운영되는 독립적 실체를 가진 서로 다른 법인이었고, 세무서에 별도로 사업자등록OOO이 되어 있었던 점, 청구법인이 OOO인더스를 합병한 것이 아니라 OOO인더스의 해산으로 인하여 퇴사한 직원들을 청구법인이 다시 고용(재입사)한 것에 불과한 점, OOO인더스는 청구법인으로부터 연구개발 업무를 위탁받아 수행한 적이 없으며, 연구개발 관련 인건비를 지급받은 사실도 없고 단순히 청구법인의 제품을 수탁 제조하는 협력사로 약정된 위탁 생산제품에 대한 수수료를 수령한 점 등을 종합할 때, 청구법인과 별개의 법인인 OO인더스 직원들의 연구․인력개발비 를 청구법인의 연구․인력개발비로 보아 공제세액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.