쟁점토지의 취득시기를 특별조치법에 의한 소유권이전등기접수일로 함이 타당함

OOO세무서장이 2012.6.12. 청구종중에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원 및 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구종중은 2011.6.17. OOO 대 200.6㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)를, 2011.7.6. 동소 156-10 대 453.6㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 각각 양도(양도가액: 쟁점1토지 OOO원, 쟁점2토지 OOO원)하고 쟁점1,2토지의 취득시기를 부동산등기접수일인 2006.7.28.로 하여 환산가액으로 취득가액(쟁점1토지 OOO원, 쟁점2토지 OOO원)을 산정하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 OOO세청장으로부터 국세청 특정감사 대상자료인 종중 부동산 양도 등 자료를 통보받고 쟁점1,2토지의 취득시기를부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “특조법”이라 한다)에 의한 등기접수일이 아닌 등기원인일(1970.10.5)로 보아 취득가액(쟁점1토지 OOO원, 쟁점2토지 OOO원)을 산정하여 2012.6.12. 청구종중에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원과 OOO원을 경정․고지하였다가 합산소득 오류 등을 직권시정하여 위 양도소득세를 각각 OO,OOO,OOO원 및 OOO원으로 감액경정하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2012.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구종중 주장 특조법에 의하여 등기된 부동산이라 하더라도 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니한 이상소득세법제98조 및 같은법 시행령 제162조의 규정에 따라 취득시기를 정하는 것이 타당한 바, 쟁점1,2토지의 경우 명확한 잔금청산일이 확인되지 아니한 상황에서 등기부 등재사항과 실제 권리관계를 일치시키기 위하여 특조법에 의하여 청구종중으로 이전등기를 경료한 것일 뿐 실질심사를 통하여 등기여부가 결정된 것이 아니므로 처분청이 취득시기로 들고 있는 등기원인일은 형식적인 일자에 불과하다 할 것이고, 등기접수일과 등기원인일의 시간차가 상당하여 대금지급에 대한 사실관계를 확인하여 과세여부를 결정하여야 함에도 구체적인 확인 없이 등기신청시 첨부된 보증서와 청구종중 관계인의 문답서 등을 근거로 과세하는 것은 근거과세원칙에 위배될 뿐만 아니라, 특히 쟁점2토지의 전소유자 중 장OOO은 등기원인일(1970.10.5.) 이전인 1968.3.29. 이미 사망하여 등기원인일 당시 매매계약의 당사자가 될 수 없으므로 등기원인일을 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 특조법에 의한 등기는 소유권이전등기 절차를 경료하지 못한 선의의 피해자를 구제하기 위한 제도이지 과거의 사실을 묵인하기 위한 목적이 아니라 할 것이고, 처분청 조사담당 공무원이 소유관계를 확인하기 위하여 청구종중에게 종중기록원을 요구하였으나 이에 응하지 않는 등 등기원인일이 등기를 위한 형식적인 일자에 불과하다는 청구주장은 오류가 있어 보이며, 처분청이 과세근거로 들고 있는 확인서 및 보증서 등은 청구종중의 종중원이 작성한 것으로 특조법에 의하면 사실과 다르게 작성할 경우 징역 또는 벌금에 처하도록 규정하고 있으므로 등기원인일을 취득시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점1,2토지의 취득시기
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 (3) 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법 제1조 [목적] 이 법은부동산등기법에 따라 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행 당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부의 기재가 실제 권리 관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 따라 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제3조 [적용범위]이 법은 제2조 제1호에 규정된 부동산으로서 1995년 6월 30일 이전에 매매ㆍ증여ㆍ교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다. 제10조 [확인서의 발급] ① 미등기부동산을 사실상 양수한 사람과 이미 등기되어 있는 부동산을 그 부동산의 등기명의인 또는 상속인으로부터 사실상 양수한 사람, 부동산의 상속을 받은 사람 및 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 이 법에 따른 등기를 신청하기 위하여 대장소관청으로부터 확인서를 발급받아야 한다.

② 제1항의 규정에 따른 확인서를 발급받으려는 사람은 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 해당 부동산소재지 동ㆍ리에 대통령령이 정하는 기간 이상 거주하고 있는 사람 중에서 보증인으로 위촉하는 3인 이상의 보증서를 첨부하여 대장소관청에 서면으로 신청을 하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 따른 신청서를 접수한 대장소관청은 보증인들에게 허위보증의 벌을 경고한 다음 보증취지를 확인하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 따른 보증취지를 확인한 대장소관청은 해당 부동산에 대하여 현장조사를 실시하여 보증사실의 진위를 확인하여야 한다. 제13조 [벌칙] ① 다음 각호의 1에 해당하는 자는 1년 이상 10년 이하의 징역 또는 500만원 이상 5,000만원 이하의 벌금에 처한다.

1. 허위의 방법으로 확인서를 발급받은 자

2. 행사할 목적으로 제10조의 문서를 위조 또는 변조한 자

4. 제1호 내지 제3호의 문서를 행사한 자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본에 의하면 쟁점1,2토지에 대한 청구종중의 소유권이전등기(취득) 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점1,2토지에 대한 청구종중의 소유권이전등기 내역 구분 등기원인 등기접수일 전 소유자 쟁점1토지 1970.10.5. 매매 2006.7.28. 장○○, 장□□, 장** (공유지분 각 1/3) 쟁점2토지 1970.10.5. 매매 2006.7.28. 장○○, 장■■,장□□,장▲▲, 장△△(공유지분 각1/5)

(2) 쟁점1,2토지에 대한 청구종중의aaaaa소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정내역 (단위: 만원) 구분 취득일자 취득가액 양도일자 양도가액 쟁점1토지 신고 2006.7.28(등기접수일) 신고 0억0,000 2011.6.17. 0억 000 경정 1970.10.5.(등기원인일) 경정 0,000 쟁점2토지 신고 2006.7.28.(등기접수일) 신고 0억0,000 2011.7.6. 0억 0,000 경정 1970.10.5.(등기원인일) 경정 000

(3) 특조법에 의한 소유권이전등기신청 당시 관할 지방지방자치단체장OOO에게 제출된 보증서(작성일자: 2006.4.1., 작성명의인: OOO)에 의하면, 청구종중이 쟁점1,2토지를 취득한 시기는 “1970.10.5.”인 것으로 기재되어 있다.

(4) 처분청이 제출한 장OOO(청구종중의 관계자)의 문답서(2012.4.17.)에 의하면, 쟁점1,2토지는 1970.10.5.자 종중재산으로 사실상 이전되었으나 장OOO가 직접 특조법에 의거 2006.7.28. 소유권이전등기를 경료하였는데, 1970년 이전의 권리관계 및 매매내용은 알지 못하며, 소유권이전 당시 종중회의록 등 관련서류는 없다고 진술한 것으로 되어 있다.

(5) 청구종중이 제출한 이OOO, 장OOO, 장OOO의 확인서에 의하면, 이OOO 등은 농지위원으로 특조법에 의한 등기이전 당시 취득날짜에 대해서는 사실관계를 확인하지 못한 상태에서 위 보증서상의 내용대로 청구종중이 당해 토지의 소유자임을 확인해 준 사실이 있다고 기재되어 있다.

(6) 쟁점2토지의 전 소유자 중 장OOO의 제적등본에 의하면, 장OOO은 1968.3.29. 사망한 것으로 나타난다.

(7) 특조법 제1조 및 제3조에 의하면 특별조치법은 1995.6.30 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산을 대상으로 하여 간이한 절차에 의하여 등기부를 정리할 수 있도록 한 간이절차법에 불과하므로 특조법에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 특조법에 의하여 소유권이전등기가 된 법률행위는 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니라 할 것이고, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 당해 자산의 취득 및 양도시기는 소득세법제98조 및 같은법 시행령 제162조 제1항 제1호에서 당해 자산의 대금을 청산한 날로 규정되어 있으며, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일로 규정되어 있고, 이 건과 같은 특조법에 의하여 등기된 부동산의 취득시기 및 양도시기에 대하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로, 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는소득세법제98조 및 같은법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라야 할 것으로 해석된다(조심 2012광100, 2012.3.20. 같은 뜻임).

(8) 살피건대, 처분청은 청구종중의 쟁점1,2토지의 취득시기를 등기원인일인 1970.10.5.로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 이는 소유권이전등기시 제출된 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나, 전 소유자 중 1인이 그 이전에 이미 사망한 점 등을 보면 위 보증서만으로 등기원인일에 매매대금이 청산되었다고 보기는 어렵다 할 것이고, 매매계약서 등 기타 증빙에 의하여 대금청산일이 확인되지 아니하므로소득세법제98조 및 같은법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우로서 등기접수일인 2006.7.28.을 취득시기로 봄이 타당하다 하겠다. 따라서, 쟁점1,2토지의 취득시기를 등기원인일인 1970.10.5.로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.