여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.8.14.OOO(최초 취득시 면적은 352.8㎡이었으나, 2005.6.2. 합병으로 인하여 토지 352.7㎡가 같은 동 18-19에서 이기되어 면적은 705.5㎡가 되었으며, 이하 “관련토지”라 한다)를 취득하여 2007.3.22. 동 토지 위에 2층의 근린생활시설(면적은 974.16㎡이며, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축(건축허가일 2005.6.17., 착공일 2005.6.30., 사용승인일 2005.11.1.)한 후 이를 부동산임대업에 사용하다가 2010.5.14. 관련토지와 쟁점건물을 OOO에게 양도하였으며, 이에 대해 관련토지의 취득가액을 실지거래가액 OOO으로, 쟁점건물의 취득가액을 환산가액 OOO원을 예정신고, 납부하였다.
• 나. ○○ 지방국세청장은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 통해 쟁점건물의 취득가액을 청구인이 양도소득세 신고시 적용한 환산가액이 아닌 청구인이 2009년 귀속 종합소득세 신고시 첨부한 대차대조표상 장부가액 OOO원으로 보아 이를 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 2011.12.15. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원을 경정, 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.16. 이의신청을 거쳐 2012.4.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 본 대차대조표상 장부가액은 쟁점건물의 취득시 소요된 금액이 아니라 임대소득이 발생하기 시작한 2007년 귀속 종합소득세 확정신고를 위해 쟁점건물의 기초장부가액을 산정하면서 2007년 국세청 기준시가평가액에서 신축연도(2005년)부터 감가상각을 고려하여 평가한 가액에 불과하며, 이러한 사실은 청구인의 세무대리인이 제출한 확인서에서도 확인된다. 청구인은 공사비를 줄이기 위해 쟁점건물을 직접 신축하려고 하였으나건설산업기본법제41조 제1항의 규정(연면적 495㎡를 초과하는 주거용 외의 건축물의 건축에 관한 건설공사는 건설업자가 시공하여야 함)에 따라 부득이하게 주식회사 OOO건설”이라 한다)이 쟁점건물을 시공하는 것으로 하여 OOO원(부가가치세 별도)에 도급계약을 체결하였는바, OOO건설은 철구조물 공사만 하고, 전기,설비,인테리어 등 잔여공사는 청구인이 직접 전문건설업자에게 도급을 주어 시공하였다. 이러한 잔여공사를 이행한 건설업자에게 공사비가 지급된 사실을 입증하는 증빙서류는 해당 건설업자가 사업자등록이 되어 있지 않거나, 세금계산서 등의 발급을 기피하여 제출할 수 없어 부득이하게 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 한 것이다. 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 본 장부가액 OOO천원, 국토해양부가 고시하는 표준건축비(2007년 1,382천원/㎡) OOO원과 비교시에도 지나치게 낮으므로 대차대조표상 장부가액이 쟁점건물의 취득가액이 아니라는 청구주장에 대한 조사 없이 장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 본 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물의 양도에 대한 양도소득세 신고를 하면서 쟁점건물의 신축비용에 대한 증빙자료가 없다는 이유로 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액이 아닌 환산가액으로 신고하였으나, 건물신축비용의 지급은 청구인이 관리하였으므로 신축과 관련된 증빙자료는 청구인이 제시하여야 하고, 청구인이 과세관청의 자료수집에 전혀 협조를 하지 않는 상황에서 과세관청에게 직접 근거자료를 수집하여 과세하도록 요구하는 것은 불가능하며, 실지거래가액이 환산가액보다 적음에도 불구하고 아무런 검증절차 없이 환산가액을 취득가액으로 인정하게 된다면, 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익의 산정이 불리하다고 판단하는 청구인에게 보다 유리한 환산가액의 적용 여부를 선택할 수 있게 되어 부당하다. 또한, 청구인은 소득세법상 복식부기의무자로서 종합소득세 신고시 쟁점건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 회계처리하는 등 세무대리인의 기장과 조정을 거친 대차대조표 등 재무제표를 첨부하여 신고를 하였고, 납세의무자가 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 한 장부를 근거 없이 부인할 수 없는바, 청구인이 제출한 결산서 및 장부에 회계처리한 쟁점건물의 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 실제 내용대로 계상되었다고 보아야 한다. 청구인은 쟁점건물의 장부가액이 취득가액으로 인정되는 경우 시가표준액이나 국토해양부가 고시하는 표준건축비와 비교시 현저히 차이가 난다고 주장하고 있으나, 쟁점건물은 표준건축건물 중앙의 계단부분을 기준으로 좌우에 매장이 있고, 매장내부에는 별도의 구획된 공간이 없으며, 외벽 및 지붕이 판넬로 공사되어 일반적인 철골․철근콘크리트구조의 건축물과는 다르므로 쟁점건물의 건축단가를 시가표준액과 비교할 수 없고, 쟁점건물은 표준건축비 대상 건축물이 아니며, 공사시방서의 공사내역은 가설공사, 토공사, 철근콘크리트공사, 벽돌공사, 타일공사, 목공사, 돌공사, 미장공사, 방수공사, 창호공사, 수장공사, 유리공사, 잡공사로 구성되어 있어 쟁점건물에 대한 필수적인 공사가 모두 포함된 것으로 보이는바, 설계도면 및 공사시방서를 근거로 계약된 공사도급계약서를 감독관청에 신고한 후 쟁점건물을 신축하였음에도, 타당한 근거자료 제시 없이 도급 계약된 금액을 부인하는 청구주장은 이유없다 할 것이다. 따라서, 청구인은 장부가액이 실지거래가액이 아니라는 주장만 할 뿐 장부가액이 실지거래가액과 다르다는 사실을 객관적 증빙자료에 의하여 입증하지 못하므로, 쟁점건물의 장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 산정한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

② 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액(제2항에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 금액)에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액 (2) 소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (3) 소득세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. (4) 소득세법 시행령 제176조의2 (추계결정 및 경정)

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가 (괄호 생략)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. (단서 생략)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식 등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 쟁점건물의 등기부등본과 건축물대장에 따른 쟁점건물의 구조 및 용도 등은 다음 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OO O OO O (나) 청구인이 2009년 귀속 종합소득세 신고시 첨부한 부동산임대소득에 대한 대차대조표에서 쟁점건물의 장부가액은OOO)으로 기재되어 있다. (다) 청구인의 세무대리인 OOO이 작성한 사실확인서(2012년 3월)에서 OOO은 쟁점건물에 대한 임대소득과 관련하여 청구인의 종합소득세 신고를 위해 장부 작성시 기재한 쟁점건물의 가액 OOO은 국세청 기준시가에서 신축연도부터 평가연도까지의 감가상각을 고려하여 임의평가한 가액임을 확인한다고 기재되어 있고, 이를 입증하기 위해 첨부된 기준시가계산서에서 계산된 2008년 기준시가는OOO원으로 나타난다(용도는 ‘제1종 및 제2종 근린생활시설’ 및 ‘창고시설’로, 구조지수, 용도지수 및 위치지수를 각각 90, 90 또는 60 및 100으로, 잔가율을 0.91 등으로 적용하여 산정함). (라) 청구인과 OOO이 2005.6.29. 체결한 민간건설공사 표준도급계약서의 주요내용은 다음 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOOOO (마) 쟁점건물의 시가표준액 전산출력물 및 청구인의 취득세 납세고지서(2007.4.30.)에서 쟁점건물의 2007년 시가표준액 및 취득세 과세표준은 OOO으로 기재된 전산출력물을 제출하였다. (바) OOOOOOOO OOO OOO가 작성한 쟁점건물의 공사원가 계산서(2005년 6월)에서 쟁점건물의 총공사원가는OOO으로 기재되어 있다. (사) 청구인은 그밖에 관련토지 및 쟁점건물의 양도계약서, 관련토지의 입주계약서(토지분양계약서) 등을 제출하였다. (2)

○○지방국세청 소속 세무공무원이 작성한 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2011년 10월) 및 이 건에 대한 처분청 답변서의 주요내용은 아래와 같다. (가) 관련토지 및 쟁점건물의 양도가액 및 취득가액에 대한 신고,조사내역은 다음 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOOOO (나) 청구인이 2005.10.28. OOO가 쟁점건물의 설계자 및 감리자로, OOO이 시공자로 기재되어 있으며, 사용승인 동의를 위해 첨부된 소방시설공사완공검사필증은 2005.10.14. OOO이 발급한 것으로 쟁점건물에 소화기구, 자동화재탐지설비, 시각경보기 등이 설치,완공된 것으로 나타난다. (다) 청구인이 쟁점건물에 대하여 2005.6.30. OOO에게 제출한 착공신고서에서 쟁점건물의 착공예정일은 2005.7.4., 신축공사 도급금액은 OOO으로 기재되어 있고 청구인 및 건축사OOO가 2005.6.29. 작성한 건축물 설계계약서(계약금액 OOO 선임), 민간건설공사 표준도급계약서(2005.6.29.), OOO가 작성한 공사시방서가 부속서류로 첨부되어 있다. (라) 국세청 통합전산망(TIS)에서 청구인은OOO 표준도급계약서상 쟁점건물의 공급가액 OOO0,000천원을 부가가치세 신고시 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다. (마) OOO가 작성한 공사시방서에 따르면, 쟁점건물에 대해 가설공사, 토공사, 철근 콘크리트공사, 벽돌공사, 타일공사, 목공사, 돌공사, 미장공사, 방수공사, 창호공사, 수장공사, 유리공사, 잡공사 등이 이행되는 것으로 기재되어 있다. (바) 쟁점건물에 대한 2007년도 재산세대장 전산출력물과 취득세 납세고지서 사본에는 쟁점건물의 과세표준이 615,760천원으로 확인되나, 2005년 신축건물에 대하여는 일반철골조에 벽면과 지붕이 판넬인 구조에 대한 구조지수(변경전 100, 변경후 80)가 세분화되어 있지 않아 다소 높게 산정된 것으로 확인된다. (사) 국토해양부의 표준건축비 고시표에 의하면, 쟁점건물 신축당시인 2005년의 표준건축비가 1,321천원/㎡으로 확인되나, 표준건축비는수도권정비계획법제14조 규정에 따라 수도권에 과밀하게 집중된 인구 및 산업의 적정배치를 위해 수도권의 과밀억제권역 안에서 대형 건축물을 건축하는 경우 부담금 부과를 목적을 고시되는 단위 면적당 금액이고, 쟁점건물은 동 부담금 부과대상이 아니다.

(3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 가목에서 양도차익을 계산할 때, 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 한다고 규정되어 있고, 같은 법 제114조 제7항에는 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정되어 있다. (4) 청구인은 쟁점건물의 신축비용으로 ○○종합건설과 체결한 도급계약서상 금액 OOO,000,000원(부가가치세 별도) 외에 전기․설비․인테리어 등 잔여공사로 상당한 금액이 소요되었으나, 이에 대한 증빙을 수취하지 못하여 부득이하게 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 한 것이며, 쟁점건물의 장부가액은 종합소득세 신고를 위해 쟁점건물의 기초 장부가액을 산정하면서 국세청 기준시가평가액에서 신축연도부터 감가상각을 고려하여 평가한 가액에 불과하므로 이를 쟁점건물의 취득가액으로 볼 수 없다고 주장하고 있다. (5) 살피건대, 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이라고 볼 수 있는바(조심 2011중2429, 2011.11.25., 조심 2011중1610, 2011.9.14. 외 다수 참조), 청구인은 쟁점건물을 취득한 후 부동산임대사업에 사용하면서 복식부기의무자로서 쟁점건물의 가액을 장부에 기장하고 감가상각비를 매년 계상하여 종합소득세를 신고한 점, 청구인의 2009년 귀속 종합소득세 신고시 첨부된 대차대조표상 쟁점건물의 장부가액은 OOO건설과의 쟁점건물 도급계약서의 계약금액이 OOO원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있어 처분청이 위의 장부가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 본 것이 비합리적이라고 볼 수 없는 점, 청구인은 OOO이 철구조물공사만을 이행하였고, 쟁점건물의 전기, 설비, 인테리어 등 잔여공사 비용으로 다른 건설업자에게 상당한 추가비용이 지출되었다고 하나, 이에 대한 증빙자료가 제시되지 않고 있으며, 청구인이 OOO과 체결한 쟁점건물의 도급계약서에 첨부된 공사시방서에는 쟁점건물에 대한 가설공사, 토공사, 철근 콘크리트공사, 벽돌공사 등이 포함되어 있어 ○○종합건설이 철구조물공사만을 이행하였다는 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등을 감안할 때 청구인의 장부에 계상된 가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.