쟁점매입세액이 물류대행수수료와 대응하는 매입세액으로 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액에 해당함

OOO세무서장이 2011.11.24. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 주식회사의 OOO의 지점인 주식회사 OOO물류센터(이하 “쟁점사업장”이라 한다)는 대구광역시 OOO에서 2000.5.1. 개업하여 농․축․수산물 및 식료품 도매업 및 운수보관업 등을 영위하였으며, 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지 상품운반용역(차량운송료) 및 상품분류용역(인적용역료)을 공급받고 발생한 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공통매입세액으로 보아 OOO 부문 전사 면세율을 적용하여 산출된 매입세액에 대하여 매입세액불공제하여 각 과세기간별로 부가가치세 신고․납부하였다.
• 나. 2011.5.3. 회사분할에 의하여 쟁점사업장을 포함한 주식회사 OOO 사업부문에 대한 모든 권리와 의무를 이전받은 청구법인은 2011.11.3. 쟁점매입세액이 전액 과세사업인 물류대행매출에 귀속되는 매입세액에 해당한다 하여 처분청에 부가가치세 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2011.11.24. 쟁점매입세액이 공통매입세액에 해당한다 하여 이를 거부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점사업장은 OOO 사업장이 증가함에 따라 협력업체의 납품편의와 물류비용의 절감 및 물류효율을 제고하기 위하여 설치되었고, 쟁점사업장은 청구법인의 정관상 명시된 목적사업 중 물류배송센터 운영업을 영위하기 위하여 인적․물적설비를 갖춘 물류배송운영센터(이하 청구법인이 운영 중인 물류배송운영센터를 함께 칭할 때는 “물류센터”라 한다) 기능의 사업장으로 쟁점매입세액은 과세사업인 물류대행사업에 직접 대응되는 매입세액에 해당하며, 물류센터에서 일정기간 보관 후 배송하는 상품의 경우, 물류센터의 상품매출과 상품매입 신고분이 발생하게 되나, 이러한 경우에도 상품을 공급하는 협력업체로부터 상품공급계약과는 별도의 배송계약을 체결하고 일정액의 물류대행수수료를 받고 있어 쟁점매입세액은 면세사업과 관련이 없으므로 공통매입세액에 해당하지 않는다. 물류대행수수료는 물류센터 수익의 대부분을 차지하며, 협력업체가 청구법인 물류센터를 이용함으로써 각 사업장에 상품을 배송하는 물류대행에 대한 대가로 상품배송을 위해서는 협력업체가 납품한 상품을 각 배송점으로 분류․상차하는 인적용역과 운송을 위한 차량 운송용역이 필요하므로 이에 따른 인적용역료 및 차량운송료는 물류대행수수료에 직접 대응되는 비용에 해당함에도 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입세액은 과세사업인 물류대행사업에 반드시 수반되는 매입세액이면서 과․면세사업인 상품공급업에도 반드시 수반되는 매입세액이므로 이는 부가가치세법 시행령제61조 제1항에 규정하는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에 해당한다. 아울러 청구법인이 영위하고 있는 상품공급업(과․면세상품)의 경우 프렌차이즈 매장(‘OOO’ 상호를 쓰는 타법인으로 이하 “FC매장”라 한다)과 직영매장(이하 FC매장과 직영매장을 함께 칭할 때는 “할인매장”이라 한다)에 공급하고 있으며, FC매장 공급분은 세금계산서 또는 계산서를 교부하고 있으나, 직영매장 공급분은 부가가치세 총괄납부로 인해 세금계산서 또는 계산서를 교부하지 않고 있는 바, 쟁점매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 귀속되는 매입세액이 명백함에도 청구법인이 과세사업에 반드시 수반되는 매입세액이라 하여 전액공제대상이라고 주장하는 것은 이유가 없으므로 경정청구를 거부한 당초처분을 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액이 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 현재 160여개의 직영매장과 5개의 물류센터를 운영하고 있으며, 7개의 FC매장에 상품을 공급하고 있는 것으로 법인등기부등본 등에 의하여 나타나며, 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 물류센터의 사업 및 매출․입 유형은 아래와 같다.

(2) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 쟁점매입세액과 관련한 공통매입세액 계산 내역은 아래와 같다. 쟁점매입세액 관련 공통매입세액 계산 내역 (OO: O, O) O OOOO OOOOO OO OO OOOO OOO OO OOOOO OOOOO OOOOOO OOO,OOO,OOOOOO O OOO OOOOO OOOOOOOO OOO OOOO(OOOOO OOO)O OOO OOOOOO OOOO OOO OOOO OOO OOO OOO

(3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인에게 상품을 공급하는 협력업체는 자기가 공급하는 상품을 물류센터까지 운송하고, 물류센터에서 할인매장으로의 배송은 물류센터에서 하게 되며, 물류센터는 물류센터에서 할인매장으로 배송용역을 제공하는 대가로 협력업체로부터 상품특성에 따라 상품가격의 1～8%에 상당하는 물류대행수수료를 받는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 물류센터에서 할인매장으로 배송하는 방법은 두가지로 구분되며, 물류센터의 분류라인을 통해 할인매장으로 직접 배송[물량의 대부분(95% 내외)을 차지하며, 이하 “T/C배송”이라 한다]하는 방법과 물류센터에 일정기간 보관 후 할인매장으로 배송[쟁점사업장의 매출․매입으로 신고(직영매장 매출 제외)되며, 이하 “D/C배송”이라 한다]하는 방법으로 구분되는데, 물류센터사업장은 T/C배송과 D/C배송을 구분하지 않고 협력업체로부터 정해진 물류대행수수료를 받은 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 쟁점사업장 외 타 물류센터 사업장에 대하여도 동일한 사유로 경정청구한 사실이 있으며, OOO물류센터 등 3개 사업장은 청구법인의 경정청구가 받아들여져 환급액을 수령하였다고 주장하면서 환급통지서 사본 등을 제출하였다. OOOO OOOOOOO OOOO OO (OO: O) (6) 부가가치세법 시행령제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산하도록 규정하고 있다.

(7) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 처분청은 쟁점매입세액이 과․면세사업인 상품공급업에도 반드시 수반되는 매입세액이므로 공통매입세액 안분계산 대상으로 보았으나, 쟁점사업장은 상품을 공급하는 협력업체로부터 별도의 물류대행수수료를 지급받고 이를 과세매출로 신고하고 있으므로 쟁점매입세액은 청구법인의 면세사업과 직접 관련이 없는 것으로 보이는 점, 청구법인이 지급받는 물류대행수수료는 과․면세 상품 구분없이, T/C배송과 D/C배송을 구분함이 없이 수취하고 있어 쟁점매입세액은 쟁점사업장의 물류대행수수료와 직접 대응하는 매입세액으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.