쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 연구용역으로 보기는 어려우나, 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 가산세 부과는 타당하지 아니함
쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 연구용역으로 보기는 어려우나, 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 가산세 부과는 타당하지 아니함
1. OOO세무서장이 2012.8.6. 청구법인에게 한 부가가치세 2005년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 기각한다.
(1) 쟁점용역은 청구법인이 고유의 목적사업으로 제공하는 연구용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다. (가) 구 부가가치세법 시행령제37조 제1의2호에서는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역에 한정하여 부가가치세를 면제하고 있지만, OOO이 제공하는 연구용역은 구 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령제355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의3 제3항의 규정에 의한 학술ㆍ기술연구용역에 해당되는 경우뿐만 아니라 OOO이 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세를 면제하고 있다(같은 취지의 예규: 서면3팀-3042, 2006.12.6.). (나) 일반 학술연구단체 또는 기술연구단체가 제공하는 연구용역은 새로운 학설 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론, 방법, 공법 또는 공식 등에 관한 연구인 학술연구용역과 기술연구용역에 한하여 면세용역으로 하고 이에 해당하지 아니하는 상업적 연구용역은 과세대상으로 하고 있으나, 청구법인의 경우 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 해당하기만 하면 상업적 연구용역인지 순수학술(또는 기술) 연구용역인지를 구분하지 아니하고 면세대상이며, OOO이 제공한 용역 중 이러한 연구용역에 해당하지 아니하는 일반용역(자문용역, 입주업체에 대한 부동산 임대용역, 지적 재산권의 취득 및 관리용역 등)은 부가가치세 과세대상이라 할 것이다. (다) 쟁점용역의 경우 청구법인이 그 고유의 목적사업으로 제공한 연구용역인지, 아니면 연구용역이 아닌 일반용역(단순 확인용역 또는 평가용역)인지가 쟁점으로서 처분청은 쟁점용역을 연구용역이 아닌 일반용역으로 판단하였으나, 다음과 같은 이유로 쟁점용역은 연구용역에 해당한다. 쟁점용역은해사안전법및 해상안전진단지침고시(2010년 시행)에 따른 용역으로서 안전진단항목의 대부분은 시뮬레이션 연구를 수반하게 되고, 어떤 사업을 시행시 개발에 앞서 여러 가지 상황을 종합적으로 분석․검토하고 문제점을 기술하고 그에 대한 개선점을 제시하여 개발의 최적화가 되도록 하는 것이며 어떤 정형화된 기준에 의해 단순한 결과치를 도출하는 것은 아니다. 쟁점용역에서 이루어지는 세부항목인 자연환경 수치해석연구, 해상교통현황조사 연구, 해상교통현황측정 연구, 해상교통시스템 적정성 연구(통항안전성 및 접이안전성 연구, 계류안전성 연구, 해상교통류 연구), 해상교통안전대책 연구 등은 모두가 전문적 지식을 갖추지 아니한 일반인이 하기에는 어려움이 있고 해당 자격과 경험을 가진 전문연구원이 참석하여 조사․측정하고 평가하며 시뮬레이션기법을 주로 사용하여 연구하여야 한다. 더구나, 쟁점용역의 수행자인 책임연구원과 선임연구원은 항해학, 선박조정학, 항만공학, 해상교통공학, 조선공학, 수치모델링 전공분야의 자격요건 등을 갖춘 OOO의 현직 OOO로, 보조연구원은 일정한 자격요건을 갖춘 대학원생․대학생들로 구성되어 있으며, 약 2～5개월의 장기간 소요되는 쟁점용역이 연구용역에 해당하지 아니하고 단순한 일반용역에 해당한다는 처분청의 판단은 받아들이기 어렵다.
(2) 이 건 과세는 신의성실의 원칙에 위배된다. (가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 ①과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ②과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, ③납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, ④과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 ⑤납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1987.5.26. 선고 86누92 판결, 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우, ①OOO이 고유목적사업으로 제공하는 모든 연구용역은 면세대상으로 한다는 다수의 예규(서면3팀-439, 2008.2.27., 서면3팀-3042, 2006.12.6., 서면3팀-3984, 2006.12.4., 재경부 부가가치세과-265, 2006.11.29.)가 계속 발표되었고, 청구법인은 2004년 3월 설립이후 쟁점용역을 당연히 연구용역으로 판단하고 부가가치세 신고를 하지 아니하였음에도 이를 용인하는 과세관청의 부작위의 묵시적인 견해표시가 계속되었으며, ②청구법인이 제공한 쟁점용역을 과세당국이 면세로 판단하였다는 것을 신뢰한 것에 대한 청구법인의 귀책사유가 없었고, ③청구법인은 과세당국도 쟁점용역을 면세로 판단하고 있다고 신뢰하고 쟁점용역에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니하였고, ④과세관청이 2012년에 쟁점용역이 연구용역이 아니라고 하여 쟁점용역에 대한 과세처분을 하였고, ⑥이로 한하여 청구법인의 이익이 침해받는 결과를 초래하게 되었으므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.
(3) 이 건 과세시 무신고 가산세와 납부불성실 가산세 부과는 부당하다. (가) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이므로, 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403 판결 외 다수, 같은 뜻임). (나) 청구법인이 소속 OOO들과 소속 석․박사들로 구성되어 연구 등이 이루어지는 쟁점용역을 부가가치세가 면제되는 연구용역이라고 판단한 것에 대한 과실이 있다고 보기 어려운 점, 쟁점용역은 다른 연구용역과 마찬가지로 OOO 중앙 연구비 관리규정을 적용받고 있는데 이러한 쟁점용역을 연구용역이 아닌 일반용역일 것이라고 판단할 것이라고 기대하기 어려운 점, 우리나라에 쟁점용역을 제공하는 기관이 4～5개에 불과한데 어느 한 기관도 쟁점용역을 일반용역으로 판단하지 아니하였고, 심지어 2012년 상반기 타 과세당국이 타 기관의 쟁점용역을 조사하여 부가가치세가 면제되는 연구용역 또는 학술(기술)연구용역이라 하여 조사를 종결한 것에 비추어 볼 때, 청구법인이 동일한 쟁점용역에 대하여 부가가치세 신고 및 납부의무를 이행하지 아니한 것은 그 의무이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 사정이 있는 점 등 “부가가치세 신고 및 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우”에 해당한다.
(4) 쟁점용역 중에 부가가치세 면제대상인 순수 연구용역이 포함되어 있으므로 정확한 구분을 위한 재조사를 실시하여야 한다. (가) 쟁점용역에는 평가 또는 확인이나 진단의 성격을 전혀 갖지 아니하는 순수한 연구용역OOO이 다수 포함되어 있다. (나) 청구법인의 부설센터인 OOO은 2010년 3월에 설립되어 관련법령에 따른 OOO사업을 실시하게 되었는데, 동 진단사업은 선박조정시뮬레이션, 선체동요시뮬레이션, 해상교통시뮬레이션, 해상교통류시뮬레이션, 유동시뮬레이션, 오염물질확산시뮬레이션 등의 기법을 개발하고 실무에 적용하여 항만시설의 설계 및 정비, 수역시설의 설계 및 평가, 해양환경보호 사업에 대한 안전성 진단 평가를 하는 것이다. 이러한 진단사업단의 진단평가용역이 연구용역이 아닌 단순 평가나 확인용역이라고 가정하더라도 처분청에 의해 과세된 2010년 3월 이전의 각종 OOO 등은 관련 법령에 의해 이루어지는 OOO사업과는 관련 없는 연구용역이다. (다) 처분청은 2010년 3월 이전에 이루어진 청구법인의 연구용역 중 연구과제명 등을 참고하여 OOO사업과 유사한 연구용역을 과세대상인 일반용역으로 판단한 것으로서, 이는 건건이 세부적으로 개별 용역이 연구의 정의에 부합하는 연구용역인지 여부가 검토된 것이 아니다. 따라서, OOO용역이 연구용역이 아닌 일반용역이라 하더라도 처분청이 과세한 다른 용역들은 연구용역에 부합하는 것인지, 그렇지 아니한 일반용역에 해당하는 것인지 정확히 구분하기 위한 재조사를 실시하여야 한다.
(1) 쟁점용역은 일반기술용역에 해당되므로 부가가치세 면제대상이 아니다. (가) 대법원 2011두3913(2012.12.13.)에 의하면, “구부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 후단의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역 뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정·보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다”고 판시하고 있는 바, (나) 청구법인이 수행한 쟁점용역은 OOO현황조사와 OOO현황측정을 통해 자연환경(바람, 조류, 파랑), 항행여건, 해역이용자 의견, 혼잡도 조사 등을 통해 어떠한 수치를 산출하여 이를 컴퓨터를 이용, OOO에 대입 및 실행시키는 것으로서, 오히려 OOO을 수행하는 쟁점용역이야말로 연구용역이 아닌 일반용역이라 할 것이다. 즉, 기존의 이론이나 공법 등을 응용하여 개발사업자가 추진하는 개발사업이 OOO에 미치는 영향 등을 분석하여 OOO을 이용하여 OOO법령의 규정에 맞도록 진단서를 작성하는 용역으로서 일반기술용역에 해당하므로 부가가치세가 면제되는 용역으로 볼 수 없다 할 것이다. (다) OOO사업은 진단서 작성에 있어 구 해상교통안전법제2조 및 같은 법 시행규칙 제2조의3의 OOO기준(별표1의 2), 제2조의5의 OOO진단서 작성기준에 진단항목과 상세가 체계적으로 기술되어 있어서 OOO사업과 관련한 용역은 연구용역이 아닌 동일기법과 기술을 이용하여 동일한 절차와 방법, 내용으로 반복 수행하는 기술용역에 해당한다 할 것이다. (라) 따라서, 청구법인의 쟁점용역은 OOO과 관련한 이론·방법·공법 또는 공식에 대한 연구활동을 하는 것이 아니라, 기존의 이론이나 공법 등을 분석하여 OOO법령의 규정에 맞도록 진단서를 작성하여 제공하는 일반적인 기술용역에 불과하다.
(2) 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반하지 아니한다. (가) 청구법인은 ‘OOO이 고유목적사업으로 제공하는 모든 연구용역(재정경제부 부가가치세제과-265, 2006.11.29. 등)’에 대하여 부가가치세를 면제한다는 예규에 터 잡아 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 주장하나, 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 구 부가가치세법 시행령제37조 제1의2호에 규정한 연구용역에 해당되지 않으며, 이 건 회신문은 ‘과세관청이 청구법인의 쟁점용역 즉 OOO용역 제공에 대하여 부가가치세를 면제하겠다’는 것을 명시적으로 공적 견해를 표명한 것이 아니라, 구 부가가치세법 시행령제37조 제1호의2와 관련하여 ‘OOO이 공급하는 연구용역’의 범위에 대하여 일반적인 의미의 법규를 해석한 것에 불과하다. (나) 청구법인이 위 예규 등 회신내용을 근거로 ‘쟁점용역 제공행위가 부가가치세가 면제되는 용역에 해당한다’고 신뢰하였다면, 오히려 청구법인에게 사실판단을 그르친 귀책사유가 있다 할 것이다. (다) 따라서, 청구법인이 주장하는 예규 등 각종 회신 내용은 ‘일반적 의미의 OOO이 제공하는 연구용역’에 관한 법규 해석이며, 이는 일반적인 견해표명에 불과하고, ‘청구법인이 제공하는 쟁점용역’에 대하여 과세할 수 있었음에도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사를 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시한 사실이 없을 뿐만 아니라, 청구법인이 쟁점용역의 면세 여부를 질의하여 유권해석을 받은 바도 없으므로, 청구법인 설립이후 부가가치세를 과세하지 않았다는 사실만으로 ‘신의성실의 원칙에 위배’되었다는 청구법인의 주장은 이유가 없다 할 것이다.
(3) 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당되지 아니한다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 것이고, 다만, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에만 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두403 판결, 같은 뜻임) 할 것인 바, (나) 이 건의 경우, 당초부터 관련 법령의 규정에 따라 청구법인이 제공하는 쟁점용역은 부가가치세가 면제되지 아니함에도, 부가가치세를 신고·납부하여야 할 청구법인이, 법령을 잘못 해석하여 부가가치세가 면제되는 것으로 판단하여 부가가치세를 신고하지 않은 것일 뿐, 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
(4) 쟁점용역은 모두 부가가치세 부과대상이다. 청구법인은 OOO을 통한 용역제공 부분은 연구용역에 해당하므로 2010년 3월 이전 OOO 사업과 유사하게 수행한 용역 중 OOO 용역이 포함된 연구용역에 대하여 재조사를 실시하여 부가가치세를 면제하여야 한다는 주장이나, OOO 용역은 연구용역으로 볼 수 없으며, OOO제도 시행(2009.11.28.) 이전에도 현재와 유사한 형태의 용역을 수행해 오다가 동 제도 시행이후 객관적이고 정형화된 기준에 따라 진단을 수행한 사실 등에 비추어 볼 때, OOO 시행 이전 수행한 용역 중 일부OOO가 연구용역에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(1) 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 연구용역인지 여부
(2) 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
(3) 가산세가 면제되는 정당한 사유에 해당되는지 여부
(4) 쟁점용역 중 면세대상인 연구용역이 포함되어 있다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2004.3.11.산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설치된 특수법인으로 산업발전에 필요한 새로운 지식, 기술을 개발․보급․확산하여 대학과 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 설립되었고, 그 하부조직으로 해OOO사업단(2010.2.5. 설립)을 두면서 OOO사업이 OOO에 미치는 영향을 사전에 조사․측정 및 평가하여 설계에 반영토록 하는 용역을 수행하고 있다. (나) 구해상교통안전법제6조의2에 의하면, 청구법인OOO이 수행하는 OOO은 진단대상사업이 향후 OOO에 어떠한 영향을 미치게 될지를 사전에 예측하여 평가하는 제도로서 해상교통현황조사, 해상교통 현황측정, 해상교통시스템 적정성평가, 해상교통안전대책 등을 평가하며, OOO 평가항목은 아래와 같이 나타난다. 해상교통 현황조사 ⇨ 해상교통 현황측정 ⇨ 해상교통시스템 적정성평가 ⇨ 해상교통 안전대책
• 사업개요
• 설계기준
• 자연환경
• 항행여건조사
• 해상교통조사
• 해상교통특성진단
• 해역이용자 의견분석
• 해상교통혼잡도 조사
• 현행 해상교통류 진단
• 통이안정성평가
• 접이안정성평가
• 계류안전성 평가
• 해상교통류평가
• 종합평가
• 전문가 의견
• 대안이 필요한 경우의 평가항목
• 안전대책 OOO (다) 또한, 같은 법 제6조의5 규정에 의하면, 쟁점용역을 대행하기 위해서는 항해사 자격증 또는 OOO관련분야 학위 소지자로 일정 경력을 갖춘 전문기술인력이 8명이상이어야 하고, OOO를 갖추어야 하며, 국토해양부장관에게 등록하여야 하는 것으로 나타난다. (라) 처분청이 과세대상으로 본 쟁점용역은 선박조종시뮬레이션과 OOO 용역으로서 그 금액은 아래와 같으며, 청구법인은 OOO용역을 일반 기술용역으로 보더라도 OOO은 학술연구용역에 해당한다고 주장한다. OOO (마) 쟁점용역의 부가가치세 과세여부와 관련하여, 구 재정경제부장관은 OOO이 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률제27조에 규정하는 업무를 제공하는 경우 그 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역에 대하여 부가가치세 면제하는 것으로 회신(재정경제부 부가가치세과-265, 2006.11.29.)하였고, 국세청 과세기준자문위원회는 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 OOO이 해상교통안전법에 따른 OOO용역을 제공하는 경우 부가가치세법제12조 제1항 제17호와 같은 법 시행령 제37조 제1호의2를 적용할 수 없는 것으로 회신(법규과-237, 2012.3.12.) 하였다.
(2) 먼저, 쟁점①과 쟁점④에 대하여 본다. (가) 구 부가가치세법 시행령제37조 제1호의2에서 부가가치세가 면제되는 용역에 OOO이 제공하는 연구용역을 규정하고 있는바, ‘연구용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역 뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 불과하다면 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다 할 것이다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 같은 뜻임). (나) 구해상교통안전법제6조의2에 의거 OOO용역은 항만, 교량, 부두 등의 개발사업자가 사업설계 전에 당해 사업이 선박통항에 미치는 영향을 사전에 조사하여 설계에 반영하도록 하기 위하여 의무적으로 시행하는 것으로서 개발사업자가 개발사업 허가를 받기 위해서는 청구법인과 같은 OOO대행기관이 진단한 진단서를 허가권을 가진 기관장에게 제출하도록 하고 있는바, 청구법인이 수행한 OOO은 기존의 이론이나 공법 등을 응용하여 개발사업자가 추진하는 개발사업이 OOO 등 OOO에 미치는 영향 등을 분석하여 해상교통안전법령의 규정에 맞도록 진단서를 작성하여 제공하는 것으로 전문가들이 보유한 전문지식을 개별 사업현장에 적용한 일반적인 용역의 성격으로 보이는 점, OOO은 자연환경(바람, 조류, 파랑), 항행여건, 해역이용자 의견, 해상교통혼잡도 등을 조사․측정하여 수치화하고 이를 컴퓨터를 이용한 OOO에 대입 실행시켜 OOO개발사업이 OOO에 미치는 영향을 분석․평가하고 위해요인에 대한 대책을 수립하는 것으로서 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 정립하는 연구용역이라 보기 어려울 뿐 아니라 기존의 학술 또는 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역으로도 보기 어려운 점 등으로 보아 청구법인이 수행한 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 연구용역에 해당한다는 청구주장을 그대로 받아들이기는 어렵다. (다) 한편, 청구법인은 쟁점용역 중 OOO을 일반 기술용역으로 보더라도 2010년 3월 청구법인 부설 OOO사업단이 위 OOO용역을 대행하기 이전에 수행한 각종 OOO 용역은 학술연구용역에 해당한다고 주장하나, OOO 진단과 분석이 OOO를 통해 이루어지고 있고, OOO은 OOO의 과정으로서 이를 별도의 학술연구용역으로 보기 어려울 뿐더러 OOO 용역의 성격이나 내용에 있어서 OOO 용역과 별다른 차이가 없어 보이는 점 등으로 비추어 볼 때, 동 OOO 용역을 부가가치세 면제대상인 연구용역으로 인정하기 어렵다고 판단된다.
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2008.6.12. 선고 2008두1115 판결, 같은 뜻임). (나) 살피건대, 청구법인은 ‘OOO이 고유목적사업으로 제공하는 모든 연구용역(재정경제부 부가가치세제과-265, 2006.11.29. 등)’에 대하여 부가가치세를 면제한다는 예규에 터 잡아 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 주장하나, 동 질의회신은 ‘과세관청이 청구법인의 쟁점용역에 대하여 부가가치세를 면제하겠다’는 것을 명시적․묵시적으로 공적 견해를 표명한 것이 아니라 구 부가가치세법 시행령제37조 제1의2호와 관련하여 ‘OOO이 공급하는 연구용역’의 범위에 대한 일반적인 의미의 법규해석인 점, 청구법인이 쟁점용역에 대하여 면세여부를 질의하여 유권해석을 받지도 아니한 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙에 위배하였다는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 부과할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다. (나) 이 건의 경우 당초 구 재정경제부장관은 OOO이 제공하는 모든 연구용역에 대하여는 부가가치세 면제대상으로 회신(재정경제부 부가가치세제과-265, 2006.11.29.)한 바 있고, 청구법인과 같은 쟁점용역을 제공한 OOO OOO도 이를 부가가치세 면제대상으로 보아 제세신고 등을 해 온 점, 동 OOO OOO 등의 경우 당초 2012년 3월 세무조사에서 쟁점용역을 면세로 보아 조사종결하였다가 다시 국세청 과세기준자문위원회의 회신 등에 따라 쟁점용역을 과세대상으로 본 점, 이와 같이 구 재정경제부의 회신 등이 명확하지 아니한 상태에서 청구법인이 OOO들과 소속 석·박사 등이 주관하여 수행하는 쟁점용역을 부가가치세 면제대상인 연구용역이 아닌 것으로 볼 것이라 기대하기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구법인에게 쟁점용역에 대하여 부가가치세 신고납부를 기대하는 것은 무리이고 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 이 건 부가가치세와 함께 부과한 가산세(세금계산서합계표 미제출 및 신고․납부불성실가산세)는 취소함이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별지】관련법령 < 쟁점① 연구용역 해당여부 관련 > (1-1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
14. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역
17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (1-2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제35조【인적용역의 범위】법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.
2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 제37조【종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역 1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 OOO이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다) (1-3) 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 개정되기 전의 것) 제11조의3【인적용역의 범위】③ 영 제35조 제2호 라목에서 "기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. 제11조의5【종교·자선·학술·구호단체 등의 범위】① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. < 쟁점② 신의칙 관련 > (2) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. < 쟁점④ 가산세 관련 > 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. < 산학연협력 관련 > (1) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 산업교육을 진흥하고 산학연협력을 촉진하여 교육과 연구의 연계를 기반으로 산업사회의 요구에 따르는 창의적인 산업인력을 양성하며, 효율적인 연구개발체제를 구축하고, 나아가 산업발전에 필요한 새로운 지식․기술을 개발․보급․확산․사업화함으로써 지역사회와 국가의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "산업교원"이란 산업교육기관에서 산업교육을 하는초ㆍ중등교육법제19조 및 고등교육법제14조에 따른 교원(교원)을 말한다.
4. "산업자문"이란 산업교원이 산업체의 경영이나 산업기술의 개량ㆍ개발 등에 관하여 산업체, 사업자단체 및 직능단체(이하 "산업체등"이라 한다)의 자문(자문)에 응하는 것을 말한다.
6. "산학연협력"이란 산업교육기관과 국가, 지방자치단체, 연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는 다음 각 목의 활동을 말한다.
② OOO은 법인으로 한다.
③ OOO은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.
④ OOO의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다.
⑤ OOO이 해산하는 경우 남은 재산은 해당 학교의 설립·경영자에게 귀속한다. 이 경우 학교법인에 귀속하는 남은 재산은 사립학교법 제29조제2항 에 따른 교비회계에 편입한다.
⑥ OOO의 능력, 주소, 등기, 재산목록, 이사, 해산 및 청산에 관하여는 민법제34조부터 제36조까지, 제50조부터 제52조까지, 제53조, 제54조, 제55조 제1항, 제59조 제2항, 제61조, 제65조 및 제81조부터 제95조까지를 준용하며, OOO의 청산인에 관하여는 같은 법 제59조 제2항, 제61조 및 제65조를 준용한다. 제27조【산학협력단의 업무】① OOO은 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1. 산학연협력계약의 체결 및 이행
2. 산학연협력사업과 관련한 회계의 관리
3. 지식재산권의 취득 및 관리에 관한 업무
5. 기술의 이전과 사업화 촉진에 관한 업무
6. 직무발명과 관련된 기술을 제공하는 자 및 이와 관련된 연구를 수행하는 자에 대한 보상
7. 그 밖에 산학연협력과 관련한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항
② 국·공립대학은 제1항 제5호의 업무를 전담하는 조직을 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률 제11조제1항 및 제2항에도 불구하고 제29조에 따라 OOO의 하부조직으로 둘 수 있다. 이 경우 발명진흥법제10조제2항 단서를 적용할 때에는 그 OOO을 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률제11조에 따른 전담조직으로 본다. (2) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 제20조【산학협력단의 업무】법 제27조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 다만, OOO은 OOO의 연구원과 직원의 수, 사무소 위치 등을 고려하여 정관에서 정하는 바에 따라 제8호부터 제11호까지의 사항의 전부 또는 일부를 OOO의 업무로 하지 아니할 수 있다.
1. 대학 내 산학연협력 총괄 기획·조정
2. 산업교원과 학생의 교내 창업 지원
3. 산학연협력을 통한 학생의 취업 지원
4. 해당 대학 안에 설치·운영 중인 중소기업창업 지원법제2조 제7호에 따른 창업보육센터(이하 “창업보육센터”라 한다)와 이에 입주한 기업 등에 대한 지원
5. 해당 대학 안에 설치된벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조제5항에 따른 실험실공장(이하 “실험실공장”이라 한다)에 대한 지원
6. 산학연협력 수요 및 활동에 대한 정보의 수집·제공 및 홍보
7. 산학연협력사업 관련 업무 담당자에 대한 교육·훈련
8. 산학연협력과 관련하여 해당 대학의 소속 교직원이 소유하거나 소속 교직원과 그 외의 자가 공동으로 소유하는 지식재산권의 수탁관리
9. 해당 대학과 법 제37조 제1항에 따른 협력연구소(이하 “협력연구소”라 한다) 간의 상호 협력 활동 지원
10. 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제2조 제1호 에 따른 산업기술단지(이하 “산업기술단지”라 한다) 안에 해당 대학의 전부 또는 일부가 포함되어 있는 경우 산업기술단지 안에 포함된 대학의 교지(校地) 안에 입주한 기업과 연구소 등에 대한 지원
11. 그 밖에 해당 대학의 교지 안에 설치·운영되는 기업과 연구소 등에 대한 지원 < 해상교통안전진단 관련 > (1) 해상교통안전법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
16. "해상교통안전진단"이란 해상교통안전에 영향을 미치는 다음 각 목의 사업(이하 "안전진단대상사업"이라 한다)으로 발생할 수 있는 항행안전 위험 요인을 전문적으로 조사·측정하고 평가하는 것을 말한다.
② 사업자는 진단대상사업에 대하여 관계 법령에 따른 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ신고 등(이하 "허가등"이라 한다)을 받으려는 경우 제1항에 따라 실시한 해당 해상교통안전진단의 결과(이하 "진단서"라 한다)를 허가등의 권한을 가진 행정기관의 장(이하 "처분기관"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 다만, 허가등을 받지 아니하여도 되는 사업자는 진단대상사업을 하기 전에 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 진단서를 제출하고 협의하여야 한다. 제6조의5【해상교통안전진단의 대행】① 사업자는 해상교통안전진단을 실시하려는 경우에는 제2항에 따라 등록한 진단대행업자로 하여금 대행하게 할 수 있다.
② 해상교통안전진단을 대행하려는 자(이하 "진단대행업자"라 한다)는 국토해양부령으로 정하는 기술인력ㆍ장비 등 자격을 갖추어 국토해양부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 국토해양부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에도 같다.
③ 그 밖에 등록절차 및 등록증의 교부 등에 필요한 사항은 국토해양부령으로 정한다. (2) 해상교통안전법 시행규칙 제2조의2【진단대상사업】법 제2조 제38호 라목에서 "국토해양부령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 구역 또는 수역 등에서 부두의 기능과 유사한 선박 계류시설을 설치하거나 설치된 시설을 변경하는 사업을 말한다.
1. 항만법제2조 제4호에 따른 항만구역
2. 법 제2조 제14호·제15호에 따른 항로지정방식이나 통항분리방식이 적용되는 수역
3. 법 제2조 제18호에 따른 연안통항대(沿岸通航帶)
4. 법 제57조에 따른 교통안전특정해역(이하 "교통안전특정해역"이라 한다) 제2조의3【해상교통안전진단기준】법 제6조의2 제1항에서 "국토해양부령으로 정하는 진단기준"이란 별표 1의2와 같다. [별표 1의 2] 해상교통안전진단기준(제2조의 3 관련) 구 분 진단기준
항 목 포함되어야 하는 내용 해상교통현황조사
• 통항안전성 평가․접이안안전성 평가․계류안전성 평가․해상교통류 평가
• 공사 중 안전대책
• 완공 후 안전대책
1. 바람
2. 조류: 해당 해역에 작용하는 최강창조류 및 최강낙조류
3. 수심: 현행 해도상의 수심 또는 장래계획상 준설수심
4. 파랑
5. 안개: 통상적인 시정 및 해당 항만의 입출항 제한 최저 시계 통항환경
1. 통항 형태: 해당 해역에서 선박 양방향 통항(교행)을 기본원칙으로 설정
2. 통항 규제: 해당 해역의 각종 통항 규제
3. 예선 운용: 해당 항만의 예선 운용 세칙
4. 표준 조선법: 현지 교통조사 결과 또는 해상이용자 의견
5. 대상 선박의 조종성능: IMO의 조종성 기준을 최소기준으로 설정 선박운항자
1. 해기면허를 소지한 해기사
2. 해당 해역 도선사가 일정 비율 이상 반드시 참여 평가기법
1. 근접도 평가: 통항에 지장을 초래하는 장애물과의 충돌(침범)확률
2. 제어도 평가: 타각과 엔진 등에 대한 사용량
3. 운항자(주관적) 평가: 선박 운항자가 심리적으로 느끼는 부담 또는 위험도에 대한 의견수렴 결과
4. 종합평가: 위의 3가지 평가 방법에 대한 종합 평가
1. 바람: 순간 최대풍속 및 풍향
2. 조류: 해당 해역에 작용하는 최강창조류 및 최강낙조류
3. 파랑
1. 선박: 자유도 운동에 대한 시계열 동요 해석
2. 계류삭(繫留索): 선박거동에 따른 계류삭 장력의 시계열 해석
3. 방현재(防舷材): 선박거동에 따른 방현재 반력의 시계열 해석 하역 한계
1. 하역가능한계: 선박동요 요소별 하역한계
2. 항만가동률: 자연환경 분석을 통한 항만가동일수 및 가동률
1. 교통량: 기본교통량, 가능교통량, 실용교통량으로 구분하여 교통량의 혼잡도 모델링 평가
2. 환산교통량: 통항 선박의 제원을 활용한 환산교통량 평가
3. 교통혼잡도 분석: 주요 항로별 항로폭의 혼잡도지수 범위에 따른 교통혼잡도 분석
또는 위험도
1. 조건설정: 해역별 해상교통 환경조건 설정 및 해상교통 특성
2. 스트레스값: 해상교통환경․조선환경 스트레스값 및 종합환경 스트레스값 산출 또는 이와 유사한 형태의 위험도 산출
1. 안전성평가: 종합환경스트레스값 분석을 통하여 산출된 대상해역 및 항로의 안전성
2. 위험해역 도출: 종합환경스트레스 값 분석을 통하여 산출된 교통량 밀집 위험해역
결정 내용은 붙임과 같습니다.