관리운영권 최초 등록이후에도 청구법인과 지자체간 총투자비에 대한 이견이 있었던 것으로 보이므로, 관리운영권 최초 등록시에는 쟁점용역에 대한 역무제공은 완료되었으나, 그 공급가액이 확정되지 아니한 것으로 보임
관리운영권 최초 등록이후에도 청구법인과 지자체간 총투자비에 대한 이견이 있었던 것으로 보이므로, 관리운영권 최초 등록시에는 쟁점용역에 대한 역무제공은 완료되었으나, 그 공급가액이 확정되지 아니한 것으로 보임
부가가치세 부과처분은 이를 취소한다
① 청구법인의 OOO시에 대한 BTL 민간투자사업에 따른 용역의 공급시기를 언제로 볼 것인지 여부
② 쟁점가산세 부과에 국세기본법상 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인의 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 심리자료에는 다음 과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2006.4.27. 민간투자사업을 수행하기 위하여 설립된 특수법인으로서 OOO시 하수관거정비, 관리 및 운영 사업을 목적으로 설립되었다. (나) 청구법인은 2010.5.24.자 준공확인필증 및 2010.5.25.자 관리운영권 등록필증을 OOO시로부터 교부받았으며 운영기간은 임대개시일로부터 20년간이며, 준공 후 동 시설의 소유권은 민간투자법에 의한 민간투자사업기본계획에 의거 OOO시에 귀속되고, 청구법인은 운영개시일로부터 20년 무상사용기간 동안 동 시설에 대한 관리운영권을 가지는 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 2006.3. OOO시와 BTL방식으로 하수관거 정비사업을 시행하고, 시설물을 기부채납하는 조건으로 하는 실시협약을 체결하고 아래 표와 같은 추진 일정으로 공사를 완공하고 OOO시에 기부채납하였다.
(2) 처분청은 과세근거를 답변서 등 심리자료에서 다음과 같이 제시하 고 있다. (가) 청구법인은 부가가치세법상 공급시기는 기부채납액이 확정되고 관리․운영권이 변경․등록되어 기부채납 절차가 완료된 날인 2011.2.23.로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 재정경제부 소비46015-347(2002.12.12)에 의하면, “사업자가 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제2호 의 방식(BTL 방식)으로 국가 또는 지방자치단체와 기부채납하기로 약정하고, 동 법에 의한 사회간접자본시설물을 신축하여 준공한 후 일정기간 동안 사용․수익하다가 기부채납하는 경우, 당해 시설물의 공급에 대한 부가가치세법 제9조 의 규정에 의한 거래시기는 기부채납절차가 완료되는 때” 라고 되어 있고, 실지 기부채납절차가 완료되는 때는 모든 공사를 완료하고 준공확인필증을 교부받은 후 관리운영권 등록부에 등재된 날인 2010.5.25.자로 보아야 한다. (나) OOO시와 청구법인도 2010.5.25.자에 “기부채납절차가 완료되는 때”로 보고 기부채납 사용수익권에 대한 임대개시 시작일로 임대료를 계상하여 수입금액을 수수하였고, 청구법인의 2010사업년도의 감사보고서상에도 기부채납자산을 완공된 것으로 보았고, 2010사업년도 법인세과세표준 신고시에도 기부채납자산을 완공된 것으로 보아 감가상각한 것은 당해 법인 또한 기부채납절차가 완료된 것으로 보았음을 알 수 있다. (다) 청구법인은 2011.2.23.자로 관리운영권등록부를 변경하여 최종 확정하였다고 주장하나, 2010.9.17. 환경공단에서 OOO시장에게 발송한 『2005년 OOO시 하수관거정비 BTL 정부지급금 산정(안) 재검토(안) 송부』라는 공문을 보면 당초 총민간투자비가 OOO백만원에서 OOO백만원으로 변경 권고한 공문을 발송하였고, 2010.10.4. OOO시에서 청구법인에게 발송한 『OOO시 하수관거 정비 BTL 민간투자 사업 정부 지급금 산정(안) 검토결과 송부』와 2010.10.5.자로 청구법인이 OOO시에 회신한『OOO시 하수관거 BTL사업 정부지급금 산정(안) 검토결과 회신』의 내용으로 보아 2010.10.5.자로 총민간투자비가 OOO백만원으로 확정되었으며, 청구법인이 주장한 2011.2.23.자에는 시설임대료 가액 변동이 없는 단순한 관리운영권 등록부 최종 변경 등록 및 부본 교부 요청만 있는 상황 이었는데, 만약 청구법인의 주장과 같이 시설임대료 등의 중대한 변동 상황이 있을 경우에는 한국환경공단과 협약체결을 하여야 하나, 협의과정 없이 단순히 OOO사업소의 하수과장 전결로 통보한 『하수관거 BTL 민간투자사업 관리운영권 변경등록 및 부본교부』공문만을 가지고 “기부채납절차가 완료되는 때”라고 주장하는 것은 부당하며, 사업시행자가 당초 실시협약서 내용대로 기부채납절차를 완료한 후, 물가 및 원가 상승 등으로 인해 주무관청과 실시협약서를 변경하여 총민간투자비 증감으로 당초 관리운영권 등록을 수정하는 경우의 공급시기는 당초 실시협약서에 따른 기부채납절차가 완료된 때이고, 다만, 총민간투자비가 증감되어 관리운영권을 수정 등록하는 경우에는 수정세금계산서를 교부하는 것인 바, 청구법인은 쟁점 민간투자사업과 관련하여 2010.5.24. 준공 후 변경 실시협약(2009.12. 체결)에 따른 총 민간투자비 OOO원을 2010.5.25.자로 관리운영권에 등재하였고, 2010.10.13. 재변경 실시협약(2010.10.5.)에 따른 민간투자비 증가액 OOO원이 반영되어 관리운영권 등록부에 변경․등록한 점 등을 종합하여 고려하면, 준공 후 관리운영권 등록부에 최초 등록된 2010.5.25. 기부채납절차가 완료되었다고 볼 수 있으므로 이때를 용역의 공급시기로 보아야 하며, 그 후 총민간투자비가 증가되어 2010.10.13. 관리운영권을 수정 등록하는 때에는 수정세금계산서를 발행․교부하여야 한다. (라) 쟁점가산세는 가산세 면제사유에 해당하지 않는 바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자의 고의·과실이나 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(대법원2010두16622, 2011.4.28., 심사증여2010-0102, 2010.11.08. 같은 뜻임)이므로, 위 사실관계 및 관련법령 등에 의하면 청구법인이 부가가치세 신고의무를 불이행하고, 세금계산서를 미발행한 것은 BTL 민간투자사업에 따른 용역의 공급시기에 대해 법령의 착오(또는 청구법인의 과실)를 한 것으로 판단되므로 쟁점가산세가 면제되는 국세기본법 제48조 에 해당하는 정당한 사유가 없다 할 것이므로, 청구법인이 용역의 공급시기를 잘못 판단한 것으로 보아 이에 대하여 가산세를 부과한 처분청의 처분은 정당하다.
(3) 청구인은 이건 부과처분이 청구이유 등에서 다음과 같은 이유로 부당하다고 주장하며 관련증빙 등을 제출하였다. (가) 청구법인과 OOO시 간 공급가액에 관한 다툼이 발생하여 “역무의 제공이 완료”되기는 하였으나 그 공급가액이 확정되지 아니하였던 사정이 있어, 부가가치세법상 용역의 ‘원칙’적인 공급시기가 아닌 ‘예외’적인 공급시기 즉, 2011.2.23.를 공급시기로 보아야 하는 바[대법원 2004.11.26.선고 2004두4796 판결, 대법원 1999.5.14.선고 1998두3952 판결외 참조], 쟁점시설 준공당시인 2010.5.25. 이전부터 총투자비 OOO원에 대하여 상당한 금액을 차지하는 항목인 물가변동비와 건설이자에 관하여 다툼이 있어 왔고, 최종 합의가 있었던 2011.2.23. 전까지는 각 거래당사자인 청구법인과 OOO시 중 누구도 어떻게 될 것인지 판단하기는 어려운 상황이었다.
1. 본 사안과 유사한 심판례에서도 용역의 공급시기 규정의 ‘원칙’이 아닌 ‘예외’를 적용해야 한다고 판단한 사실이 있는 바, [국심2005서4217(2006.5.30.)] 결정례에서 부가가치세법상 “용역의 공급시기로 규정한 역무의 제공이 완료되는 때”를 정함에 있어서는 서로 대가관계에 있는 기부채납과 무상사용권 등에 관한 구체적 사정을 종합적으로 살펴 판단하여야 하고, 그 공급시기를 일률적으로 사업완료시인 준공검사를 마친 때라고 볼 것은 아니다.(대법원 2003.3.28. 선고 2001두9950 판결 참조)”라고 하면서, 준공 당시 등록부에 기재된 기부채납 재산가액 및 관리운영권 존속기간을 당초 협약대로 기재하였다 하여 기부채납절차가 완료된 것으로 보기는 어렵다고 판단하여, 납세자의 주장을 인용하였다. 2) 처분청의 주장대로 일단 세금계산서를 교부한 뒤 사후적으로 수정세금계산서를 교부하였다면 청구법인에게 상당한 법률적ㆍ사실적 손해가 발생하였을 것이라는 점은, 본 사안이 ‘원칙’이 아닌 ‘예외’에 해당한다는 점을 방증하는 것이다.
3. 처분청은 쟁점기부채납에 대하여 용역의 공급시기 규정의 ‘원칙’에 근거하여 (i) 2010. 5. 25. 준공 당시 총투자비인 OOO백만원을 공급가액으로 하여 영세율 세금계산서를 교부한 후 (ii) 청구법인과 OOO시가 사후적으로 합의한 총투자비와 기존 총투자비의 차액에 대하여는 수정세금계산서를 교부하면 되는 것이라고 주장하고 있으나, 처분청이 주장하는 것처럼 ‘원칙’대로 청구법인이 준공시점인 2010.5.25.에 당초 총투자비 금액인 OOO백만원을 공급가액으로 기재하여 영세율 세금계산서를 교부하였다면 청구법인으로부터 공사대금 또는 이자를 지급받게 될 이해관계자나 출자자 등으로부터 법적 문제(소송 등)를 제기할 위험이 있었으며, 일단 OOO시 주장대로 총투자비 OOO백만원으로 영세율 세금계산서를 교부한 뒤 협상에 임하였다면 청구법인이 OOO시 주장을 인정한 외관이 되어 협상력에 치명적인 손상이 가해질 가능성이 있었으므로, 따라서 본 사안에서 BTL 사업관련 기부채납의 부가가치세법상 공급시기는, ‘원칙’인 역무의 제공이 완료되는 때가 아닌 ‘예외’인 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액 확정되는 때로 보아야 한다. (나) 가산세의 본질에 비추어 보더라도, 본 가산세 부과처분 은 부당한 것으로, 세법상 가산세는 납세의무자에게 부여된 협력의무위반에 대한 책임을 묻는 행정적 제재를 조세의 형태로 구성한 것이고, 본질에 있어서는 본세의 징수를 확보하기 위한 수단으로서 행정상의 제재인 바 [대법원 1989.4.25.선고 88누4218 판결, 헌법재판소 2005.10.27.선고2004헌가21 판결 참조], 그런데 납세자의 세무처리가 과세관청의 사후적 견해에 배치된다는 결과만으로 무차별적인 가산세가 부과된다면, 이는 가산세의 본질에 어긋나는 것이며, 따라서 가산세의 부과는 “적어도 조세의 형태로 가해지는 제재에 상응하는 납세자의 협력의무 위반이 인정되고 있는가라는 관점”에서 평가되어야 할 것이며, 본 사안의 경우 청구법인이 발행하여야 하는 세금계산서는 영세율세금계산서로 청구법인이 고의로 세금계산서를 지연발급하여 세금을 탈루할 목적은 전혀 없었으며, 세금계산서 발급시기를 조작하여야 할 어떠한 동기나 이유도 없었고, 다만, 청구법인은 단순한 부가가치세법의 부지 때문이 아니라, 용역의 공급시기에 관한 해석을 함에 있어, 결과적으로 처분청과 견해의 차이가 있었던 바, 이와 같은 견해의 차이만을 이유로 청구법인에게 쟁점 부과처분을 하는 것은 너무 가혹한 처분이라고 주장하고 있다.
(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴보면, 처분청은 준공검사필증, 사회기반시설 관리운영권을 등록한 2010.5.25.을 공급시기로 보았으나, 부가가치세법제9조 및 같은 법 시행령 제22조 제3호에 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’를 그 용역의 공급시기로 규정하고 있는 바, 청구법인과 OOO시간 공급가액의 다툼이 발생하여 이에 대한 공급가액 확정을 위한 협상이 아래 표와 같이 진행된 것이 관련기관의 공문 및 증빙에 의하여 확인된다. 처분청이 용역의 공급시기로 본 2010.5.25. 이후인 2013.6.13. OOO사업소 공문을 보면 “준공당시 기존 실시협약서상 총투자비 금OOO백만원으로 관리운영권을 등록하고 등록부에 ‘향후 실시협약 변경에 따라 조정(예정)이라고 부기한 사실이 있습니다”라는 내용이 확인되고, 2010.5.25. 사회기반시설관리운영권 등록부에 향후 실시협약 변경에 따라 조정(예정) 한다는 내용이 실지로 확인되는 점, 이후에도 한국환경공단 및 OOO사업소의 공문 등을 통해 총투자비에 대한 협상․협의가 지속된 점, “역무의 제공이 완료”되기는 하였으나 그 공급가액이 확정되지 아니한 사정이 있는 것으로 볼 수 있다는 점에서 용역의 ‘원칙’적인 공급시기가 아닌 ‘예외’적인 공급시기[대법원2004.11.26.선고 2004두4796 판결, 조심2009부3576(2010.02.25.)외 다수 같은 뜻]인 공급가액의 최종합의일인 2011.2.23.을 쟁점사업에 대한 용역의 공급시기로 보아야 한다는 점 등으로 볼 때, 쟁점사업은 용역제공 완료시에 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에 해당된다고 보이지 아니하며, 부가가치세법 시행령제22조 제3호에 따라 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때인 2011.2.23.을 쟁점사업에 대한 용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 쟁점사업의 공급시기를 2010.5.25.로 보아 이 건 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. 쟁점(2)는 쟁점(1)이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정 내용은 붙임과 같습니다.”