청구법인이 이를 흡수합병하여 분양이익 등은 청구법인의 소득에 반영된 점 등을 종합할 때, 쟁점미수금에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있음.
청구법인이 이를 흡수합병하여 분양이익 등은 청구법인의 소득에 반영된 점 등을 종합할 때, 쟁점미수금에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있음.
과세표준과 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점미수금은 청구법인이 목적사업인 주택건설 분양업의 수행을 위한 금융기관과의 프로젝트 파이낸싱 협의과정에서 금융기관의 요구에 의하여 특수목적법인을 설립(100% 지분 보유)한 후 사업부지 인계 및 사업을 진행하면서 발생된 미수금으로, (가)～(나)의 사유와 같이 사업진행과정에서 발생된 금융기관과의 프로젝트 파이낸싱업무협약(대출금 및 분양수입 등 자금의 운용순서)에 따라 청구법인 임의로 쟁점미수금을 회수할 수 없는 부득이한 사유(정당한 사유)가 있었음에도 단순히 지연회수한 사실이 있다 하여 쟁점미수금에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 쟁점인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 주택건설 분양업을 영위하는 법인으로 2003년 5월 한국토지공사로부터 공동주택건설용지인 OOO토지(40,092㎡)를 매수하는 매매계약을 체결하여 쟁점①아파트(임대아파트) 신축분양사업을 추진하였고, 특수목적법인인 OOO은 청구법인이 OOO기업금융지점과 쟁점①아파트신축사업 관련 프로젝트 파이낸싱 대출의 협의과정에서 동 지점이 대출조건으로지방세법제283조 제2항 “건설산업기본법에 의하여 등록된 건설업자가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도 법인이 당해 공사를 수행하기 위하여 출자한 건설업자로부터 취득한 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고...」라는 규정을 들어 시행사와 시공사, 금융기관을 연결하면서 청구법인의 고유목적사업인 아파트건설사업을 원활히 추진하고, 등록된 건설업자가 여러 종류의 건설사업을 추진하는 경우 당해 법인의 다른 사업장의 부실로 인하여 특정아파트 건설에 차질이 발생하는 것을 방지하고 건설업 회계처리 및 채권․채무관계를 단순 명확하게 함으로써 수분양받은 자의 재산권을 보호하고 금융기관이 채권확보를 용이하게 하기 위하여 특정아파트의 건설부분만을 담당하는 특수목적법인의 설립을 권유함에 따라 설립한 법인으로, 청구법인은 2005.3.14. 이사회를 소집하여 OOO토지상에 쟁점①아파트 신축사업만을 수행하기 위한 건설공사별 회계처리 목적의 특수목적법인인 OOO을 설립한다는 안건을 가결한 후 2005.3.15. 임시주주총회에서 위 이사회의 결의 내용대로 OOO(청구법인이 100% 투자: 50,000주, 1주당 OOO원)을 설립할 것을 승인함에 따라 법인을 설립한 후, 한국토지공사 입회하에 청구법인과 OOO은 2005.5.9. 쟁점①아파트 사업부지에 대한 매수인의 지위를 양도․양수하는권리의무승계계약을 체결하고 동 아파트건설 및 분양사업을 진행하여 사업완료 후 당초 정관에 기재된 바와 같이 OOO을 장부가액대로 승계받는 흡수합병을 실시하여 동 법인에서 발생된 이익을 청구법인의 2010사업연도 소득금액계산시 반영하여 법인세를 납부한 사실이 있으며, 쟁점①아파트 신축사업진행과정에서 PF대출금의 대주 겸 자금관리기관인 OOO와의프로젝트 금융기관 사업약정서체결시 대출금관리계좌 및 분양금관리계좌에 입금된 금원은 ① 제세공과금, 법령에 의한 부담금, 사업수행상 필수비용, ② 대출원리금 및 이자, ③ 도급공사비, ④ 시행사, 시공사, 대출은행, 제3자가 인정하는 용도의 비용, ⑤ 사업시행이익(사업이 완료된 이후 정산시점까지 유보)의 자금집행 우선순위에 따라 순차적으로 집행하도록 사용용도를 제한하게 되었고, 이를 위반하면 사업권 회수, 대출금 회수 등의 조치를 취할 수 있도록 약정함에 따라 공사진행기간 중에는 매출액이 없어 차입금과 주주 모집금 외에는 영업이익으로 대금을 지급할 여력이 없었고, 분양수입이 발생한 이후에는 위 자금운용의 순서에 따라 청구법인이 쟁점미수금을 2007.7.19.까지 전액 회수한 사실이 있어 쟁점공사미수금의 지연회수는 정당한 사유가 있는 것으로 경제적 합리성을 벗어난 행위로 보여지지 아니하고, 분양수익이 발생하는 즉시 소정의 약정순서에 의하여 미수금을 회수하였던 사실로 볼 때 처분청이 단순히 지연회수한 사실만을 근거로 이러한 합법적이고 정상적인 거래를 특수관계자간 부당한 것으로 보아법인세법제52조에 의한 부당행위계산의 부인규정을 적용하는 것은 동 규정의 법리에 어긋나는 처분이다. (나) OOO 설립 및 사업부지 매입과정을 보면, 청구법인은 2006.9.29. 한국토지공사로부터 부산광역시 OOO를 매입하여 주택분양사업을 추진하는 과정에서 OOO과 동일한 방법으로 채권․채무관계가 깨끗한 별도 법인인 OOO[청구법인이 100% 투자(60,000주, 1주당 OOO원)]를 설립하여 사업부지취득에 관한 권리를 인계하고 금융기관과 프로젝트 파이낸싱대출을 추진하고자 하였으나, 당시 주택경기의 급속한 위축으로 대출이 불가능하게 됨에 따라 잔금 납부를 위하여 부득이하게 2008.3.31. OOO지점에 사업부지인 OOO를 담보물로 제공하고 OOO원을 차입하여 잔금을 납부하였으나,주택법제40조 제1항에서 입주자모집공고 승인신청일 이후부터는 사업부지상에 근저당권이 설정되어 있으면 안된다는 규정에 위배되어 사업진행에 차질이 발생됨에 따라 부득이하게 위 대출금을 청구법인이 인수하면서 장부상 OOO에 대한 채권(미수금)으로 계상하면서 OOO로 설정된 근저당권을 말소한 후 OOO를 이용한 주택분양사업을 계속 진행하였고, 2010년 5월 OOO토지상 신축중인 쟁점②아파트 978세대(100%)를 분양한 후 2011년 10월 완공 및 소유권이전 절차가 완료됨에 따라 법인등기부등본과 정관에서 정한 바와 같이 2012.5.3. 청구법인이 OOO를 흡수합병하여 동 아파트사업성과(예상매출액 OOO원, 예정원가 OOO원, 분양이익 OOO원)를 청구법인의 사업소득금액계산시 반영하여 법인세를 신고하였음에도 이러한 경제적 합리성을 무시하고 특수관계자간 부당한 금전거래로 보고 부당행위계산의 부인규정을 적용한 것은 잘못이 있다.
(2) 청구법인은 위(1)과 같이 청구법인이 목적사업인 주택건설 분양업의 수행을 위한 프로젝트 파이낸싱 대출을 협의하는 과정에서 임대아파트 신축건설공사별 회계처리목적으로 별도 법인 설립을 금융기관이 요구함에 따라 부득이하게 2개의 특수목적법인(SPC법인으로 면허요건 유지를 위한 최소한의 인원만을 보유하고 모든 업무는 청구법인의 인력으로 기획 집행된 법인들로, OOO은 OOO, OOO는 OOO A-3블럭)을 설립(100% 지분 보유)하여 아파트 신축사업을 진행한 것이고, 특수목적법인의 업무는 사실상 청구법인의 임직원이 수행하였으며, 사업의 중요한 결정도 모두 청구법인의 의사결정에 의하여 이행되었고, OOO이 제기한 지방세(취득세)에 대한 심판청구(조심 2008지1075, 2009.9.11.)에서 조세심판원도 OOO을 특수목적법인으로 인정하여 등록세를 면제하는 것으로 결정한 사실이 있으며, 처분청도 인정한 바와 같이 쟁점미수금은 청구법인 업무수행과정에서 발생된 업무와 관련된 미수금으로, OOO의 경우 OOO토지상 쟁점①아파트 건설 및 분양사업을 완료한 후 2010.11.5. 청구법인이 OOO을 흡수합병하여 청구법인의 2010사업연도 소득금액계산시 이를 반영하여 법인세를 납부한 사실이 있고, OOO의 경우도 OOO상 아파트신축․분양사업이 성공리에 추진되어 사업이 종료된 2012.5.23.에 청구법인에게 흡수합병되어 청구법인이 동 사업의 성과인 분양수익 OOO원(자산 OOO원, 부채 OOO원, 당초 출자금 OOO원)을 그대로 승계받아 청구법인의 2012사업연도 법인세 신고시 반영한 사실이 있어 결과적으로 OOO과 OOO의 주택건설사업의 이익이 모두 청구법인에게 귀속된 사실이 있는 점 등으로 볼 때 특수목적법인들의 영업활동은 사실상 청구법인의 영업활동으로 쟁점미수금의 지연회수와 관련하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로 보여지지 아니함에도 처분청이 쟁점미수금에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 쟁점인정이자를 산정하여 과세한 처분은 부당하다.
(1) 쟁점미수금은 특수목적법인의 사업수행에 사용된 사실이 확인되므로 업무관련성은 인정할 수 있으나, 아래 (가)～(다)의 사유에서 보는 바와 같이 특수관계자간 자금을 무상대여한 사실에 대하여는 부당행위계산의 부인대상이므로 적정이자율을 적용하여 산정한 쟁점인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 정당하다. (가) OOO의 경우는 2006.6.3. 임대분양을 개시한 이후 2006.6.21. OOO원을 시작으로 2006년 중 OOO원, 2007년 중OOO원의 미수금 및 대여금을 회수하였고, 2007년부터 2010년까지는 오히려 OOO로부터 청구법인이 OOO원을 차입하는 등 변제여력이 충분히 있었음에도 2009.12.30.까지 OOO원을 미수금 상태로 남겨둔 것은 자금회수를 지연하게 된 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 계정과목에 관계없이 금전소비대차로 보아 2006년과 2007년의 금전거래에 대하여 인정이자(OOO원)를 계산하여 익금산입한 것이며, (나) OOO의 경우는 2009.12.1. 이전에도 청구법인이 OOO로부터 대여금을 회수(2007년 중 OOO원, 2008년 중 OOO원)한 바 있으나, 2009.12.1. 회수된 미수금은 OOO의 변제능력이 생겨서라기보다는 단기대여금의 잔액이 부족해서 발생한 현상이며, 또한, 2009년 중 OOO원과 2010년중에 OOO원의 미수금이 각각 증가하였으나 이는 기존 용지대금의 미수금과 그 성격이 다른 것으로 OOO의 채무를 인수하여 미수금으로 계상하였거나 부채를 변제하도록 계좌이체를 통하여 대여한 것이라는 점에서 OOO의 채무를 인수하고 미수금으로 계상함으로써 2009.6.5. 최초로 채무를 인수한 날부터 2010.12.31.까지 청구법인은 OOO원의 부채가 증가하거나 자산이 감소하였는바, 이에 대하여 적정한 이자를 수수하지 않은 행위는 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당하는 것이며, 또한, OOO는 2007.10.3.부터 2010.6.29. 분양개시일 이전까지 OOO은행으로부터 2007.12.3. OOO원을, OOO로부터 2008.6.18. OOO원을, 김OOO로부터 2008.12.26. OOO원 등 단기차입금이 발생하였고, 단기차입금 변제목록에서 보는 바와 같이 청구법인의 자금지원 외에 자체적으로 OOO원을 차입하여 운영한 사실이 있으며, 이를 다른 택지지구 토지분양 입찰신청금으로OOO원을 사용하거나 국민주택채권 매입에 OOO원을 사용하였고, 청구법인의 차입금 상환에도 OOO원을 사용하는 등 청구법인이 자금지원을 할 정도의 불가피한 상황은 아니었던 점으로 볼 때 쟁점미수금의 지연회수에 있어 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 계정과목에 관계없이 금전소비대차로 보아 2007년부터 2010년까지의 금전거래에 대하여 인정이자(OOO원)를 계산하여 익금산입한 것이므로 정당하다. (다) 또한, OOO 등의 합병을 통한 특수목적법인의 영업이익을 모두 청구법인의 법인세 신고시 과세소득으로 신고하였다고 하나, OOO을 합병함으로써 OOO토지상 아파트신축․분양사업과 관련된 분양이익 OOO원이 추가되었음에도 2010사업연도의 신고소득금액은 OOO원으로 2009사업연도의 OOO원에 비해OOO원밖에 증가하지 않았고, 2008사업연도 신고소득금액 OOO원에 비해 오히려 OOO원 감소한 사실로 볼 때 합병을 통한 경영성과의 반영이라기 보다는 청구법인의 결손금 발생을 이용하여 OOO의 세부담을 오히려 축소한 혐의가 있어 이는 결손금이 발생한 청구법인을 이용하여 법인세를 감소시킨 것에 불과한 점에서 특수관계자간 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로 봄이 타당하므로 쟁점미수금에 대하여 적정이자율을 적용하여 산정한 쟁점인정이자를 익금에 산입한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 건설공사별 회계처리를 목적으로 100% 투자하여 2개의 특수목적법인을 설립한 것이라 하더라도, 법률적 실체가 엄연히 다른 별도 법인이므로, 정당한 사유없이 무상대여하고 지연회수한 쟁점미수금에 대하여 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 적정이자율에 따라 산정한 쟁점인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 정당하다.
(1) 청구법인의 주주명부를 보면 주주구성은〈표1〉과 같고, 청구법인의 2005.3.15. 임시주주총회 의사록 및 이사회 회의록에 의하면, OOO토지에 연면적 72,623㎡ 규모의 임대주택 및 부대복리시설을 신축하고 분양하는 사업과 관련하여 별도법인인 OOO을 설립하여 당해 공사를 수행하기 위한 모든 제반업무와 임대분양 관리 및 회계처리하는 것을 승인한 것으로 나타나고 있고, OOO의 법인등기부등본을 보면, 2005.4.15. 광주광역시 OOO에서 설립된 후 2010.11.5. 청구법인에 흡수합병되어 동 원인으로 등기부등본이 폐쇄된 것으로 나타나며, 임원에 관한 사항은 강OOO을 대표이사(이사 김OOO)로 하면서, 법인설립목적은 주택건설 및 분양공급업, 토목건축공사 및 도급업, 부동산 매매업, 부동산 임대업으로 등기되어 있으며, 주주는 청구법인이 100% 투자한 것으로 주주명부상 확인되고 있으며, 또한, OOO의 법인등기부등본을 보면, 2007.7.3. 전라남도 OOO에서 OOO택지개발사업지구 에이-3블럭(2006년 9월에서 12월부터 사용가능) 지상에 주택건설사업(“OOO 주식회사가 회계처리 목적으로 설립한 법인이다”)을 목적으로 설립된 사실을 등기한 것으로 나타나며, 동 사업이 완료된 시점인 2012.5.24. 청구법인에 흡수합병되어 등기부등본이 폐쇄된 것으로 나타나며, 임원에 관한 사항은 백OOO를 대표이사(이사 OOO)로 하면서, 법인의 사업범위는 주택건설 및 분양공급업, 토목건축공사 및 도급업, 부동산 매매업, 부동산 임대업으로 등기되어 있으며, 주주는 청구법인이 100% 투자한 것으로 주주명부상 확인된다. OOOOOOOOO OOOO (OO: O)
(2) 사업지구내 토지의 권리의무변경 내용을 보면, 한국토지공사 및 대한주택공사는 전용면적 85㎡ 이하 공동주택용지를 추첨입찰방식으로 분양하며 300세대 이상 주택건설실적 또는 사용검사실적을 가진 일반건설업(건축공사업, 토목건축공사업에 한함) 등록업자에 한해서 입찰참가자격을 부여함에 따라 청구법인은 전용면적 85㎡ 이하의 공동주택용지인 OOO토지와 OOO토지에 대한 입찰에 참여하여 2003.5.2.과 2006.9.29. 각각 토지매매계약을 체결하였고, 그 조건은 토지분양 당시에는 시행업체의 무분별한 토지투기를 방지하기 위하여 소유권을 이전하기 전에는 토지 낙찰자가 가지는 분양권을 제3자에게 양도하는 것을 금하였고, 만일 제3자에게 양도할 경우 매매계약을 해제할 수 있도록 하고, 다만, 예외적으로 낙찰받은 법인이 당해 용지에 아파트분양사업만 수행하기 위한 특수목적으로 설립한 별도 법인이면서 일반건설업을 등록한 법인에게 양도할 경우에만 권리의무변경을 승인할 수 있는 것으로 약정한 사실이 있고, 청구법인은 위 약정내용과 금융기관의 요구에 따라 특수목적법인인 OOO과 OOO를 설립하고 아래 (가) 및 (나)와 같이 아파트신축사업부지에 대한 명의변경을 한 것으로 확인된다. (가) 청구법인이 2004.4.1. 한국토지공사로부터 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 OOO에 대하여 2005.5.9. 당초 매매계약자인 청구법인에서 OOO로 권리의무승계계약을 한국토지공사와 체결하여 주택신축사업을 진행한 사실이 있는바, 청구법인의 2005사업연도 외부감사보고서에 의하면 재무제표에 대한 주석사항으로『OOO임대아파트 신축공사와 관련하여 특수목적법인인 OOO을 설립하고 전기중 당사가 분양받은 OOO2-2블럭 용지를 OOO에 장부가액에 매도하였다』라고 기재되어 있고, 2008사업연도 외부감사고보서에는『등기부상 OOO의 주주는 당사의 대표이사 외 2명으로 되어 있지만, 설립당시 주식대금OOO원이 당사 통장에서 출자금으로 직접 출금되어 설립된 법인으로 실질적인 주주는 OOO(청구법인)임』으로 기재되어 있다. OOOOOOO OO OOOO OOOOO (나) 청구법인이 2006.9.29. 대한주택공사 부산지역본부장으로부터 취득하는 매매계약을 체결한 OOO토지에 대하여 2007.9.11. 대한주택공사 OOO과 당초 청구법인에서 OOO로 변경하는 권리의무변경계약을 체결하여 사업을 진행한 것으로 확인된다.
(3) 처분청의 처분내역을 보면, 2006.1.1.부터 2010.12.31.사업연도 기간동안 각 사업연도 소득금액을 계산하면서, 청구법인이 특수관계에 있는 특수목적법인인 OOO과 OOO에 대하여 금전을 무상대여한 사실이 있고, 쟁점미수금은 특수목적법인의 사업수행을 위한 OOO토지 및OOO토지의 취득대금 납부 및 동 법인의 운영자금 등으로 사용된 사실을 확인하고 업무와 관련된 대여금이라는 사실은 인정하면서 특수관계자간 금전을 무상대여한 것이라 하여법인세법제52조의 규정에 의한 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 〈표2〉,〈표3〉,〈표4〉와 같이 쟁점미수금에 대한 쟁점인정이자(OOO원)를 익금에 산입하는 등 하여 법인세를 과세한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OO OOOOO O OOOO OOOO (OO: O) (가) OOO 관련 미수금 및 인정이자 계산내역을 보면,OOO의 경우 임대․분양을 개시한 2006.6.3. 이후인 2006.6.21. OOO원을 시작으로 2006년 중 OOO원, 2007년 중 OOO원의 미수금 및 대여금을 회수하였고, 2007년부터 2010년까지는 오히려 OOO로부터 청구법인이 OOO원을 차입한 사실이 있고, 처분청은 2009.12.30.까지 OOO원의 미수금 상태로 남겨둔 것은 자금회수를 지연하게 된 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 계정과목에 관계없이 금전소비대차로 보아 2006년과 2007년의 금전거래에 대하여 인정이자(OOO원)를 계산하여 익금산입한 것으로 나타나며, OOOOOOOOOOO OOOO OO OOOOO OOOO OOOO (OO: O) (나) OOO 관련 미수금 및 인정이자 계산내역을 보면, 2009.12.1. 이전에도 OOO로부터 대여금을 회수(2007년 중 OOO원, 2008년 중OOO원)한 바 있고, 2009년 중 OOO원, 2010년중에OOO원의 미수금이 각각 증가하였으나 이는 기존 용지대금의 미수금과 그 성격이 다른 것으로 OOO의 채무를 인수하여 미수금으로 계상하였거나 부채를 변제하도록 계좌이체를 통해 대여하고 대여금으로 계상하는 등 2009.6.5. 최초로 채무를 인수한 날부터 2010.12.31.까지 청구법인은 OOO원의 부채가 증가하거나 자산이 감소하였는바, 이에 대하여 적정한 이자를 수수하지 않은 행위는 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것에 해당한다 하여 인정이자를 다음과 같이 산정한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOOO OOOO OO OOOOO OOOO OOOO (OO: O)
(4) OOO 설립배경 및 과정을 살펴보면, 청구법인은 주택건설 분양업을 영위하는 법인으로서 2003년 5월 한국토지공사로부터 OOO택지개발지구내 공동주택건설용지인 OOO토지(40,092㎡)를 매수하는 매매계약을 체결하여 쟁점①아파트 신축공사사업을 추진하던 중 OOO기업금융지점과 프로젝트 파이낸싱 대출을 협의하였으나 동 지점이 대출조건으로지방세법제283조 제2항 “건설산업기본법에 의하여 등록된 건설업자가 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도 법인이 당해 공사를 수행하기 위하여 출자한 건설업자로부터 취득한 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고...」라는 조항을 들어 청구법인의 고유목적사업인 아파트건설사업을 원활히 추진하기 위하여 시행사와 시공사, 금융기관을 연결하는 것으로서 등록된 건설업자가 여러 종류의 건설사업을 추진하는 과정에서 당해 법인 다른 사업장의 부실로 인하여 특정아파트 건설에 차질이 발생하는 것을 방지하기 위함과 건설업 회계처리 관계와 채권․채무관계를 단순 명확하게 함으로써 분양받은 사람의 권익을 보호하고 금융기관 채권학보를 용이하게 하고자 특정아파트의 건설부분만을 따로 떼어낸 법인을 설립하도록 금융기관이 요구함에 따라 청구법인은 2005.3.14. 이사회를 소집하여 OOO토지상에 재점①아파트 신축사업만을 위한 건설공사별 회계처리 목적의 별도 법인인 OOO을 설립한다는 안건을 가결 및 2005.3.15. 임시주주총회에서는 이사회의 결의 내용대로 OOO의 설립을 승인함에 따라 청구법인이 100% 투자(50,000주, 1주당 OOO원)하여 OOO이라는 법인을 설립․등기한 후, 한국토지공사의 입회하에 OOO과 청구법인은 2005.5.9. 사업부지에 대한 매수인의 지위를 양수하는권리의무승계계약을 체결하고 아파트건설 및 분양사업을 진행한 것으로 주장하면서 그 증빙으로 아래 (가)～(다)를 제출하였다. (가) OOO의 정관 및 법인등기부등본을 보면, 2005.4.15. 광주광역시 OOO에서 설립된 후 2010.11.5. 청구법인에 흡수합병되어 동 원인으로 등기부등본이 폐쇄된 것으로 나타나며, 임원에 관한 사항은 강OOO을 대표이사(이사 김OOO)로 하고, 법인설립목적은 주택건설 및 분양공급업, 토목건축공사 및 도급업, 부동산 매매업, 부동산 임대업으로 하면서 “OOO 주식회사가 회계처리 목적으로 설립한 법인이다”로 등기되어 있어 실제 청구법인의 특수목적법인임이 확인된다. (나) OOO이 제기한 심판청구에 대한 결정서(조심 2008지1075, 2009.9.11.)를 보면, OOO지기업금융지점장의 확인서(OOO 43016-56, 2008.11.12.)상 “OOO 아파트 신축관련 프로젝트금융을 취급함에 있어, 동 프로젝트 사업의 원만한 진행을 위하여 본 사업과 관련된 특수목적법인을 설립토록 하였고, 특수목적법인인 OOO의 실질적인 지배권은 OOO(청구법인)에 있어 청구법인을 연대보증토록 하였다”라는 사실을 확인한 것으로 나타나고 있고, 조세심판원도 OOO이 OOO토지상에 임대아파트 신축사업만을 위한 건설공사별 회계처리 목적으로 청구법인에 의하여 설립된 특수목적법인임을 인정한 것으로 나타나고 있다. (다) OOO과 OOO간 2005.5.4. 체결된 대출약정서에서 차주(OOO)는 대주인 OOO에 대한 대출 원리금 상환의무를 담보하기 위하여 차주 발행 주식에 대하여 대주를 근질권자로, 피담보 채무를 OOO원으로 하는 근질권설정계약을 체결하고, 차주는 최초인출일 이전까지 대주가 동의하는 형식과 내용으로 대표이사, 청구법인 및 시공회사가 작성한 각 연대보증서를 제출하는 것으로 되어 있음이 확인되고 있고, 대주 겸 자금관리기관인 OOO와의프로젝트 금융기관 사업약정서에 의하면 대출금관리계좌 및 분양금관리계좌에 입금된 금원은 ① 제세공과금, 법령에 의한 부담금, 사업수행상 필수비용, ② 대출원리금 및 이자, ③ 도급공사비, ④ 시행사, 시공사, 대출은행, 3자가 인정하는 용도의 비용, ⑤ 사업시행이익(사업이 완료된 이후 정산시점까지 유보)의 자금집행 우선순위에 따라 순차적으로 집행하며, 이를 위반하면 사업권 회수, 대출금 회수 등의 조치를 취할 수 있도록 약정한 것으로 나타난다.
(5) OOO 설립 및 사업부지 매입과정을 보면, 청구법인은 2006.9.29. 한국토지공사로부터 OOO토지를 매입하여 주택분양사업을 추진하는 과정에서 채권․채무관계가 깨끗하고 OOO토지 지상에 주택건설사업을 하면서 OOO과 동일하게 동 건설사업과 관련된 회계처리목적의 별도 법인의 설립을 OOO에서 요구(협의과정에서 진행된 사안으로 구체적인 증빙은 없음)함에 따라 별도법인인 OOO를 청구법인이 100% 투자(60,000주, 1주당 OOO원)하여 설립하여 사업부지취득에 관한 권리를 인계하고 아파트 신축분양사업을 진행한 후, 동 사업이 종료됨에 따라 정관과 등기부등본의 등재사항과 같이 2012.5.3. 청구법인에게 장부가액으로 자산․부채를 승계하는 흡수합병되어 소멸한 사실이 2007.7.3. OOO 법무법인에서 공증(동부 2007년 제3425호)한 공증서에 첨부된 OOOOOO의 정관 제2조(목적) 및 OOO의 등기부등본상 확인되고 있다.
(6) OOO과 OOO의 근무자 구성내역을 보면, 일반적으로 청구법인의 자회사인 OOO과 OOO가 개발지구내 용지의 권리의무를 승계받기 위해서는 일반건설업등록을 해야 하는바, 건축공사업을 등록하면서건설산업기본법제10조에 따라 건축공사업을 위해서는 반드시 건설기술자 5인이 필요함에 따라 각 회사의 직원으로 건설기술자 5인을 배치하였으나 실제 법인조직을 자체적으로 운용할 인력배치는 없었고, 건설기술자 5인은 현장관리업무를 하는 사람들로 실제 시행업무는 전혀 알지 못하였고, 시행에 대한 모든 업무는 OOO의 직원들이 하였으며, OOO과 OOO의 임원(대표이사 및 이사)은 명목상으로 등재한 것이므로 이들에 대한 급여는 지급하지 않았고, OOO과 OOO의 이사회는 동 법인의 실질적인 의사결정기관이 아니었기에 모든 의사결정은 청구법인의 이사회에서 결정하였다고 주장하면서 월별 OOO과 OOO의 급여수령자 명세 및 OOO 조직도 등을 제출하고 있어 이를 살펴보면, OOO에 근무한 직원의 인사발령 및 퇴직처리에 대한 기안서를 보면 청구법인의 직원인 김OOO가 기안하여 시행한 사실이 인사기안문 및 인사명령서에 나타나고 있고, OOO의 2006년 및 2007년도 근무자 및 급여지급현황을 보면 OOO의 대표이사에게 OOO이 급여를 지급한 사실이 없으며, 2006년부터 2007년까지 청구법인의 건축관리팀에 속한 건축기사들은 팀장 권OOO 외 11인으로 이 중 OOO로 근무발령을 내고 월별 평균 5인에게 청구법인이 급여를 지급한 것으로 확인된다. 또한, OOO에 근무한 직원의 인사발령 및 퇴직처리에 대한 기안서를 보면 청구법인의 직원인 김OOO가 기안하여 시행한 사실이 청구법인이 제출한 인사기안문 및 인사명령서에 나타나고 있고, OOO의 2007～2009년도 근무자 및 급여지급현황을 보면 OOO의 대표이사에게 OOO에서 급여를 지급한 사실이 없고, 근무자 중 급여수령자들을 보면 법인조직도상 2007년부터 2010년까지 청구법인의 건축관리팀에 속한 건축기사들인 양OOO 외 13인이 근무한 사실이 있으며, 이 중 OOO에서 근무한 것으로 하여 월별 평균 5인에게 청구법인이 급여를 지급한 것으로 확인된다.
(7) 청구법인은 2005.5.9. OOO토지를 OOO원에 취득하고 2008.9.22. 등록세 등 OOO원을 자진신고하면서 OOO이 부담할 등록세에 대하여는지방세법제283조 제2항에 따른 건설업자인 청구법인이 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인에 해당하는 것으로 보고 2008.10.8. 소유권이전에 따른 등록세를 감면신청하였으나, 화성시장은 OOO의 경우 개인출자자가 출자한 법인이지 청구법인이 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도 법인에 해당하지 않는다고 하여 등록세 감면대상으로 볼 수 없다고 한데 대하여 조세심판원(조심 2008지1075, 2009.9.11.)은 청구법인의 자본금을 실질적으로 청구법인에서 출자하였음이 금융증빙 등에 의해 확인되는 점, 청구법인의 주주총회 의사록과 외부 감사보고서에서 청구법인이 건설공사별 회계처리를 위해 OOO을 설립하였고, OOO의 실질적인 주주는 청구법인임을 명시하고 있는 점, 이 건 토지상의 임대아파트 신축과 관련하여 OOO 동광주지점에서 프로젝트파이낸싱(P.F) 대출시 특수목적법인인 OOO의 설립을 요구하였으며 청구법인이 연대보증을 한 점, 청구법인과 김OOO 외 2인이 서로 어떠한 손익도 없는 상태에서 착오로 김OOO 외 2인이 청구법인의 주주가 된 사실을 인정하고 있으며, 이를 확인하기 위해 소를 제기하여 OOO이 발행한 전체주식이 청구법인의 주식임을 확인하는 확정판결을 받아 주식 명의개서 및 주주명부를 정정하고 회계처리도 정정한 점 등을 종합하여 볼 때, OOO은지방세법제283조 제2항에서 규정하고 있는건설산업기본법에 의하여 등록된 건설업자인 청구법인이 건설공사별 회계처리를 목적으로 설립한 별도법인에 해당하는 것으로 판단되며, 이 건 토지의 소유권 이전에 따른 등록세 등을 면제함이 타당한 것으로 결정한 것으로 확인된다.
(8) 청구법인과 OOO 및 OOO의 합병 및 법인세 신고 내역을 보면, OOO의 경우 사업초기에는 일시적으로 청구법인의 자금이 투입되었지만, 동 주택건설사업에서 임대수익과 분양수익이 발생하기 시작한 2006년 6월부터는 건설비용과 차입금 상환액을 제외한 자금이 청구법인에 상환되었고, 청구법인이 OOO을 통하여 추진한 쟁점①아파트는 5년의 임대기간이 종료되는 2010.11.5. OOO이 청구법인에게 흡수합병[2010.9.24. 청구법인이 OOO을 흡수합병(등기부상 2010.11.5. 흡수합병등기함)]되어 OOO은 임대아파트의 취득원가 그대로 청구법인에게 인계하고 소멸되었고, 청구법인은 2010년 12월부터 인계받은 임대아파트를 분양 전환하여 ① 2010사업연도 중에 OOO원의 매출이익을 시현하여 법인세 납부, ② 2011사업연도 중 OOO원의 매출이익을 시현하여 법인세 납부, ③ 2012사업연도 중 OOO원의 매출이익을 손익계산에 반영하여 법인세를 신고․납부한 것으로 나타나며(주택건설사업용 임대아파트를 분양전환하여 분양함으로써 분양수익 OOO원, 분양원가 OOO원, 분양매출이익OOO원이 청구법인의 이익으로 실현), OOO는 청구법인의 자금지원에 의하여 OOO토지에 OOO를 신축․분양완료하고 입주가 완료된 시점인 2012.5.21. 청구법인의 회계처리 목적으로 설립한 법인이라는 목적을 달성함에 따라 당초 OOO의 법인정관에 명시한 바와 같이 2012.4.16. 합병계약을 하고 2012.4.17. 주주총회의에서 승인받은 바에 따라 청구법인에게 흡수합병(등기부상 2012.5.23. 흡수합병등기함)되는 방식으로 그 동안의 모든 사업수익 OOO원(자산 OOO원, 부채 OOO원, 당초 출자금 OOO원, 미처분이익잉여금 OOO원)을 청구법인에 장부가액대로 인계(청구법인이 OOO의 발행 주식을 100% 소유하고 있어 합병교부금 지급은 없음)하고 2012.5.24. 해산등기 및 소멸되는 등 청구법인은 OOO로부터 승계받은 자산․부채 등을 청구법인의 재무상태표에 반영시킨 사실이 있는 것으로 확인된다. (9)법인세법제52조 제1항에 의하면 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 하고 있다.
(10) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 공사미수금의 지연회수를 업무와 관련없는 가지급금으로 보기 위하여는 공사미수금이 실질적으로 소비대차로 전환되거나, 회수가 가능함에도 특수관계자에게 금융혜택을 주기 위하여 그 회수를 지연하는 등 그 실질을 대여금으로 볼 수 있는 경우에 한정되어야 할 것이나, 특수목적법인은 청구법인이 목적사업인 주택건설 분양업의 수행을 위한 금융기관과의 프로젝트 파이낸싱 협의과정에서 금융기관의 요구에 의하여 설립(청구법인이 100% 지분 보유)되었고 청구법인의 회계처리 목적으로 설립되었음이 정관 및 등기부등본에 의해 확인되는 점, 특수목적법인의 업무를 사실상 청구법인의 임직원이 수행하였고, 사업의 중요한 결정도 모두 청구법인의 결정에 의하여 이행된 점, 조세심판원에서도 지방세 심판청구시 청구법인이 특수목적법인을 사실상 지배하고 있음을 인정한 사실(조심 2008지1075, 2009.9.11.)이 있는 점, 사실상 쟁점①, ②아파트 신축․분양사업 등 목적사업이 완료된 이후 청구법인이 특수목적법인을 합병하는 방법으로 특수목적법인에게 발생된 영업이익 등을 모두 청구법인의 법인세 신고시 반영된 사실로 미루어 볼 때 특수목적법인들의 영업활동을 사실상 청구법인의 영업활동으로 볼 수 있는 점, 쟁점미수금은 청구법인이 목적사업인 주택건설 분양업의 수행을 위한 금융기관과의 프로젝트 파이낸싱 협의과정에서 우월적 지위에 있는 금융기관의 요구에 의하여 특수목적법인을 설립(100% 지분 보유)하여 사업부지 인계 및 사업을 진행하면서 발생된 미수금임이 확인되고 있고, 동 사업의 핵심인 사업자금조달을 금융기관으로부터 차입하여 사업진행과정에서 당사자간에 합의한 금융기관과의 프로젝트 파이낸싱업무협약(대출금 및 분양수입 등 자금의 운용순서)에 따라 청구법인의 가용자금의 순위가 이미 결정되어 있어 쟁점미수금을 청구법인 임의로 회수할 수 없는 부득이한 사유(정당한 사유)가 있었던 것으로 보이는 점, 쟁점미수금 뿐만 아니라 청구법인이 OOO로부터의 차입한 금액에 대하여도 이자를 지급한 사실이 없고 특수목적법인의 목적이 달성된 시점에 특수목적법인이 장부가액으로 청구법인에게 흡수합병되어 특수목적법인에서 발생된 수익이 모두 청구법인에게 이전된 사실이 있어 쟁점미수금에 대하여 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 볼 수 없는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점미수금을 특수관계자간 금전을 무상대여함으로 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아법인세법제52조의 규정에 의한 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 쟁점인정이자를 익금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)
결정 내용은 붙임과 같습니다.